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国际标准编号:2053-230X

卡利司他丁的结晶和晶体学研究

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中华人民共和国上海市200025,上海同仁医院、基础医学院虹桥国际医学院、上海交通大学医学院病理生理学系(重庆南路280号2号楼1006室)
*通信电子邮件:weizhq@gmail.com

加拿大阿尔伯塔大学B.Hazes编辑(2014年12月13日收到; 2015年7月3日接受; 在线2015年8月25日)

Kallistatin是一种丝氨酸蛋白酶抑制剂(serpin),能特异性抑制人体组织激肽释放酶;然而,其抑制活性被肝素抑制。为了阐明其潜在机制,在大肠杆菌蛋白质采用坐滴气相扩散法结晶。X射线衍射数据的分辨率为1.9º。这些晶体被发现属于空间组 P(P)61,带有单位-细胞参数= 113.51,b条= 113.51,c(c)= 76.17 Å. 初步分析表明,结晶的kallistatin呈松弛构象,其反应中心环插入中央β-表。

1.简介

Kallistatin是丝氨酸蛋白酶抑制剂(serpin)超家族的一员,特异性抑制人体组织激肽释放酶(Zhou等。, 1992【周国喜、赵立、赵建(1992).生物化学杂志2672583-25880。】). Serpins被折叠成亚稳态构象,带有表面暴露的反应中心环(Huber&Carrell,1989)【Huber,R.&Carrell,R.W.(1989)。生物化学,288951-8966。】; Gettins,2002年【Gettins,P.G.W.(2002),《化学评论》102,4751-4804。】; 欧文等。2000年[Irving,J.A.,Pike,R.N.,Lesk,A.M.&Whistock,J.C.(2000),《基因组研究》第10期,1845-1864年。]). 一旦反应环被靶蛋白酶识别并切割,serpin就会发生显著的构象变化,其中反应环被结合到中心的中间β-带有共价连接蛋白酶移位和失活的薄板(亨廷顿等。2000年[Huntington,J.A.,Read,R.J.&Carrell,R.W.(2000),《自然》(伦敦),407923-926。]). 这种从亚稳态到超稳态的独特构象变化,通常称为应力-松弛(S-到R)构象转变,伴随着用于抑制蛋白酶的巨大自由能变化(Huber&Carrell,1989【Huber,R.&Carrell,R.W.(1989)。生物化学,288951-8966。】; Gettins,2002年【Gettins,P.G.W.(2002),《化学评论》102,4751-4804。】).

卡利司他丁是一种结合肝素的蛇毒蛋白,包括抗凝血酶、蛋白C抑制剂、纤溶酶原激活物抑制剂1、肝素辅因子II和蛋白酶连接蛋白I(Chen等。, 2001【Chen,V.C.,Chao,L.,Pimenta,D.C.,Bledsoe,G.,Juliano,L.&Chao,J.(2001),《生物化学杂志》,2761-284。】; Gettins,2002年【Gettins,P.G.W.(2002),《化学评论》102,4751-4804。】; 雷恩等。, 2011【Rein,C.M.、Desai,U.R.和Church,F.C.(2011)。《酶学方法》501、105-137。】; 帕特斯顿等。, 2004【Patston,P.A.,Church,F.C.&Olson,S.T.(2004)。方法,32,93-109。】). 肝素增强蛇蛋白抑制活性的能力已经得到了很好的研究(Gettins,2002)【Gettins,P.G.W.(2002),《化学评论》102,4751-4804。】; 等。, 2004[Li,W.,Johnson,D.J.,Esmon,C.T.和Huntington,J.A.(2004),《自然结构分子生物学》,第11卷,第857-862页。]; Johnson&Huntington,2003年【Johnson,D.J.和Huntington,J.A.(2003)。生物化学,42,8712-8719。】; 等。, 1997[Jin,L.,Abrahams,J.P.,Skinner,R.,Petitou,M.,Pike,R.N.&Carrell,R.W.(1997).美国国家科学院院刊,9414683-14688.]; 杰缅季耶夫等。, 2004[Demontiev,A.,Petitou,M.,Herbert,J.-M&Gettins,P.G.W.(2004),《自然结构分子生物学》,第11卷,第863-867页。]). 例如,肝素与抗凝血酶的结合使其对凝血酶或活化因子X的抑制作用增加了近1000倍。这要么通过模板机制,要么通过肝素与抗凝血酶螺旋D结合的变构机制(Li等。, 2004[Li,W.,Johnson,D.J.,Esmon,C.T.&Huntington,J.A.(2004)。《自然结构分子生物学》第11期,第857-862页。]; 等。, 1997[Jin,L.,Abrahams,J.P.,Skinner,R.,Petitou,M.,Pike,R.N.&Carrell,R.W.(1997).美国国家科学院院刊,9414683-14688.]). 同样,肝素也可以通过与蛋白C抑制剂的螺旋H结合来加速对活化蛋白C的抑制(Huntington&Li,2009[Huntington,J.A.&Li,W.(2009),《细胞分子生命科学》66,113-121。]). 出乎意料的是,有报道称,肝素阻断了kallistatin和组织激肽释放酶之间的相互作用。肝素结合位点被提议围绕螺旋H和链2β-卡利司他丁C片(陈等。, 2001【Chen,V.C.,Chao,L.,Pimenta,D.C.,Bledsoe,G.,Juliano,L.&Chao,J.(2001),《生物化学杂志》,2761-284。】). 由于这种独特的肝素介导的对kalli­statin的抑制作用尚不清楚,而且kallistatin的结构也不清楚,我们已经制备并结晶了人kalli‐statin,作为阐明肝素介介调控机制的第一步。

2.材料和方法

2.1. 高分子生产

kallistatin IMAGE cDNA克隆购自Geneservices,并使用含有BamHI和HindIII位点的基因特异性引物通过PCR扩增氨基酸48-397的编码序列(表1[链接]). 随后将该片段克隆到pSumoO3表达载体中。重组序列经DNA测序验证。

表1
大分子生产信息

强调了限制酶的切割位点。

源生物 智人
DNA来源 GenBank L19684.1
正向底漆 5′-GTTTGGATCC公司AGCCTCAGAGACTCTG-3′
反向底漆 5′-中国民航协会AAGCTT公司ATGGTTTTCGTGGGTCGAC-3′
克隆载体 相扑3
表达式向量 相扑3
表达式宿主 大肠杆菌BL21(DE3)
所产生结构的完整氨基酸序列 SLKIAPANADFAFRFYYLIASETPGKNIFFS PLSISAAYAMLSLGACSHSQILEGLGFNLTLNLPGHGLETRVGSALFLSHNLKFLAKFLNDTMAVYEKLFHTNFYDTVGTIQLINDHVKKETRGKIVDLVSELKKDVLVNYYFKALWEKPFISSRTPKDFYVDENTTVRVMLQDQEHYLHDRYLPCSVLRMDYKGDATVFFILPNQKMREIEEVLTPLNLLRKRNFYKKFLLHLPKFSISGSYVLDQILPRLGFTDLFSWADL SGITKQQKLEASKSFHKATLDEVEAGTEAAAATSFAIKFFSAQTNRHI公司LRFNRPFLVVIFSTSTQSVLFLGKVVDPTK系列

该结构体在kallistatin的N末端包含一个His-tagged Sumo3。将表达质粒转化为大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞。使用单个菌落接种60 ml LB培养基,在37°C下摇晃培养过夜。然后将培养细胞转移到6 l LB培养基中,并在37°C下摇晃培养4 h,然后将培养温度降至20°C,并用0.25 mM(M)异丙基β--1-硫代吡喃半乳糖苷20小时。诱导后,收集细菌,将其重新悬浮,并在150 ml缓冲液中进行超声破碎A类(20米M(M)Tris–HCl pH值7.5,0.5M(M)氯化钠,20米M(M)咪唑)。细菌细胞裂解液随后在20000离心在4°C下保持30分钟,然后将上清液涂在HisTrap Ni-Sepharose柱上(5 ml)。使用100 ml缓冲液从柱中清洗未结合的细菌蛋白质A类。随后用20–200 m洗脱柱中的目标蛋白M(M)缓冲液中的咪唑梯度A类基于SDS–PAGE分析,将含有融合蛋白的组分合并,然后用SENP2蛋白酶消化,以从融合蛋白中去除Sumo3标签,并生成N端无非天然序列的重组kallistatin。将混合物透析并装入HiTrap SP离子交换柱。卡尔斯他丁用0–1洗脱M(M)10m内的NaCl梯度M(M)MES pH 6.2。在结晶试验之前,收集并浓缩含有卡尔斯他丁的峰。

2.2。结晶

使用Hampton Research的筛选试剂盒(Crystal Screen、Crystal Screen 2、Index HT、PEG/Ion、PEG/Ion 2、SaltRX、Natrix、MembFac和Crystal丝网Cryo),在22°C下通过坐滴蒸汽扩散法在MRC2板中筛选结晶的初始条件。晶体最初从200 nl蛋白质溶液(10 mg ml)的混合物中生长−110米M(M)MES pH 6.2,0.15M(M)NaCl)和200 nl沉淀剂溶液与80µl储层溶液进行平衡。随后使用24孔坐滴板进行优化,晶体在两周内生长到0.2×0.2×0.5 mm的尺寸。结晶总结见表2[链接].

表2
结晶

方法 坐滴式蒸汽扩散
板材类型 MRC2板,96孔
温度(K) 295
蛋白质浓度(mg ml−1) 10
蛋白质溶液的缓冲液成分 10米M(M)MES pH 6.2,0.15M(M)氯化钠
储层溶液的组成 35%第三种-丁醇
跌落体积和比率 0.4微升;0.2:0.2
储液罐容积(µl) 80

2.3. 数据收集和处理

由于第三种-丁醇,晶体漂浮在液滴中,一旦油井打开,就会破裂。将由10%甘油和10%乙二醇组成的冷冻溶液直接添加到液滴中,并使用微操作和液氮中的闪蒸冷却来拾取一小块晶体。在中国上海SSRF的光束线BL17U上收集衍射数据。使用对数据集进行了索引和处理iMosflm公司(巴蒂等。, 2011【Battye,T.G.G.,Kontogiannis,L.,Johnson,O.,Powell,H.R.&Leslie,A.G.W.(2011),《结晶学报》D67,271-281。】)和缩放比例无AIMLESS来自中央对手方清算所4套房(Evans,2011年【Evans,P.R.(2011),《水晶学报》,D67,282-292。】; 优胜者等。, 2011【Winn,M.D.等人(2011),《结晶学报》,D67,235-242。】).

3.结果和讨论

为了了解kallistatin调节蛋白酶活性的分子机制,我们使用大肠杆菌表达系统。在Ni-Sepharose亲和柱纯化后,用SENP2蛋白酶裂解融合标签,并在阳离子交换柱上进一步纯化kallistatin。如图1所示[链接],Sumo3标签在组分9和10中洗脱,kallistatin洗脱为两个峰(I和II)。将两个峰的蛋白质合并并筛选结晶。两周后,使用30%的蛋白质从峰II中获得棒状晶体第三种-丁醇作为沉淀剂(图2[链接]). 这些晶体很容易衍射到2º以上的分辨率,被发现属于空间组 P(P)61,带有单位-细胞参数= 113.51,b条= 113.51,c(c)= 76.17 Å. 衍射数据统计如表3所示[链接].

表3
数据收集和处理

括号中的值用于外壳。

衍射光源 BL17U,不锈钢
波长(Ω) 1.196
温度(K) 100
探测器 ADSC Q315
晶体到探测器的距离(mm) 250
每张图像的旋转范围(°) 1
总旋转范围(°) 60
每张图像的曝光时间(s) 0.5
“空间”组 P(P)61
,b条,c(c)(Å) 113.51, 113.51, 76.17
α,β,γ(°) 90.00, 90.00, 120.00
镶嵌度(°) 0.45
分辨率范围(Ω) 35.7–1.9 (2.0–1.9)
反射总数 185915 (26532)
独特反射次数 44414 (6433)
完整性(%) 99.9 (99.7)
多重性 4.2 (4.1)
/σ()〉 14(2.5)
R(右)合并 0.043(0.326)
R(右)测量 0.049 (0.374)
总体B类Wilson图中的因子(λ2) 30.1
[图1]
图1
离子交换色谱法纯化重组kallistatin。用SENP2和混合物(lane)裂解Sumo3-kallistatin融合蛋白S公司)已加载到HiTrap SP列中。用NaCl梯度从0到1洗脱蛋白质M(M),测量280 nm波长的吸光度(). 通过SDS-PAGE分析流出(FT)和洗脱馏分(b条). 将峰I(13和14)和峰II(15-17)的馏分分别合并,并进行结晶试验。车道M(M)包含分子量标记(以kDa标记)。
[图2]
图2
30%的人kallistatin晶体生长第三种-丁醇属于空间组 P(P)61,带有单位-细胞参数= 113.51,b条= 113.51,c(c) = 76.17 Å.

分子替换使用执行相位器(麦考伊等。, 2007【McCoy,A.J.,Grosse-Kunstleve,R.W.,Adams,P.D.,Winn,M.D.,Storoni,L.C.&Read,R.J.(2007),《应用结晶杂志》,第40期,第658-674页。】). 众所周知,蛇蛋白采用不同的构象,蛋白C抑制剂的模型(亨廷顿等。, 2003【亨廷顿·J·A、凯尔伯格·M·&斯坦夫洛·J(2003),《结构》,第11期,第205-215页。】; 等。, 2007【Li,W.,Adams,T.E.,Kjellberg,M.,Stenflo,J.&Huntington,J.A.(2007),《生物化学杂志》28213759-13768。】)和甲状腺素结合球蛋白(Zhou等。, 2006[周,A.,魏,Z.,Read,R.J.&Carrell,R.W.(2006).美国国家科学院院刊,103,13321-13326.]),代表一个松弛的和两个应力的蛇蛋白构象(~47%序列一致性;PDB条目1升8,2ce0码2小时9),被选为搜索模型。使用PDB条目搜索得到了一个明确的单一解决方案1升8作为在非对称单元,表明溶剂含量为~60%。作为PDB条目1升8对应于蛋白C抑制剂的松弛构象,其反应环被裂解并插入中心β-板材(亨廷顿等。, 2003【亨廷顿·J·A、凯尔伯格·M·&斯坦夫洛·J(2003),《结构》,第11期,第205-215页。】)这表明结晶的kallistatin也处于松弛构象。根据以下公式计算的电子密度图相位器证实kallistatin的反应环被整合到中枢β-板A作为中间股(图3[链接]). 因此,在表达或随后的纯化和结晶步骤中,kallistatin可能经历了构象变化以形成松弛构象。初步精炼具有REFMAC公司(穆尔舒多夫等。, 2011【Murshudov,G.N.,Skubák,P.,Lebedev,A.A.,Pannu,N.S.,Steiner,R.A.,Nicholls,R.A..,Winn,M.D.,Long,F.&Vagin,A.A..(2011),《晶体学报》,D67,355-367。】)使用中的模型相位器给出了一个R(右)工作33%和R(右)自由的37%。进一步精炼解理位点的详细表征正在进行中。

[图3]
图3
电子密度图相位器显示卡尔利司他丁(残基373–380)的反应环插入中央β-表。地图的等高线为2σ图像是用PyMOL公司(https://www.pymol.org).

致谢

这项工作得到了国家自然科学基金31170724和31370727的资助。我们感谢上海SSRF BL17U的工作人员在数据收集方面的帮助。

工具书类

第一次引用Battye,T.G.G.、Kontogiannis,L.、Johnson,O.、Powell,H.R.和Leslie,A.G.W.(2011)。《水晶学报》。67, 271–281. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Chen,V.C.、Chao,L.、Pimenta,D.C.、Bledsoe,G.、Juliano,L.和Chao,J.(2001)。生物学杂志。化学。 276, 1276–1284. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Dementiev,A.、Petitou,M.、Herbert,J.-M.和Gettins,P.G.W.(2004)。自然结构。分子生物学。 11, 863–867. 交叉参考 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Evans,P.R.(2011)。《水晶学报》。67, 282–292. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Gettins,P.G.W.(2002)。化学。版次。 102, 4751–4804. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Huber,R.和Carrell,R.W.(1989年)。生物化学,28,8951–8966交叉参考 中国科学院 公共医学 科学网 谷歌学者
第一次引用亨廷顿,J.A.、凯尔伯格,M.和斯坦夫洛,J.(2003)。结构,11, 205–215. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Huntington,J.A.和Li,W.(2009年)。单元格。分子生命科学。 66, 113–121. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用亨廷顿,J.A.、里德,R.J.和卡雷尔,R.W.(2000)。自然(伦敦),407, 923–926. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Irving,J.A.、Pike,R.N.、Lesk,A.M.和Whistock,J.C.(2000)。基因组研究。 10, 1845–1864. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Jin,L.、Abrahams,J.P.、Skinner,R.、Petitou,M.、Pike,R.N.和Carrell,R.W.(1997)。程序。美国国家科学院。科学。美国,94, 14683–14688. 科学网 交叉参考 中国科学院 公共医学 谷歌学者
第一次引用Johnson,D.J.和Huntington,J.A.(2003)。生物化学,42, 8712–8719. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Li,W.、Adams,T.E.、Kjellberg,M.、Stenflo,J.和Huntington,J.A.(2007年)。生物学杂志。化学。 282, 13759–13768. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Li,W.,Johnson,D.J.,Esmon,C.T.和Huntington,J.A.(2004)。自然结构。分子生物学。 11, 857–862. 科学网 交叉参考 中国科学院 谷歌学者
第一次引用McCoy,A.J.、Grosse-Kunstleve,R.W.、Adams,P.D.、Winn,M.D.、Storoni,L.C.和Read,R.J.(2007年)。J.应用。克里斯特。 40, 658–674. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Murshudov,G.N.、Skubák,P.、Lebedev,A.A.、Pannu,N.S.、Steiner,R.A.、Nicholls,R.A、Winn,M.D.、Long,F.&Vagin,A.(2011)。《水晶学报》。67, 355–367. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Patston,P.A.,Church,F.C.&Olson,S.T.(2004)。方法,32, 93–109. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Rein,C.M.、Desai,U.R.和Church,F.C.(2011年)。方法酶制剂。 501, 105–137. 交叉参考 中国科学院 公共医学 谷歌学者
第一次引用医学博士温恩。等。(2011).《水晶学报》。67, 235–242. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Zhou,G.X.,Chao,L.和Chao,J.(1992)。生物学杂志。化学。 267, 25873–25880. 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Zhou,A.,Wei,Z.,Read,R.J.&Carrell,R.W.(2006)。程序。美国国家科学院。科学。美国,103, 13321–13326. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者

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