1.简介
Kallistatin是丝氨酸蛋白酶抑制剂(serpin)超家族的一员,特异性抑制人体组织激肽释放酶(Zhou等。, 1992
). Serpins被折叠成亚稳态构象,带有表面暴露的反应中心环(Huber&Carrell,1989)
; Gettins,2002年
; 欧文等。2000年
). 一旦反应环被靶蛋白酶识别并切割,serpin就会发生显著的构象变化,其中反应环被结合到中心的中间β-带有共价连接蛋白酶移位和失活的薄板(亨廷顿等。2000年
). 这种从亚稳态到超稳态的独特构象变化,通常称为应力-松弛(S-到R)构象转变,伴随着用于抑制蛋白酶的巨大自由能变化(Huber&Carrell,1989
; Gettins,2002年
).
卡利司他丁是一种结合肝素的蛇毒蛋白,包括抗凝血酶、蛋白C抑制剂、纤溶酶原激活物抑制剂1、肝素辅因子II和蛋白酶连接蛋白I(Chen等。, 2001
; Gettins,2002年
; 雷恩等。, 2011
; 帕特斯顿等。, 2004
). 肝素增强蛇蛋白抑制活性的能力已经得到了很好的研究(Gettins,2002)
; 锂等。, 2004
; Johnson&Huntington,2003年
; 金等。, 1997
; 杰缅季耶夫等。, 2004
). 例如,肝素与抗凝血酶的结合使其对凝血酶或活化因子X的抑制作用增加了近1000倍。这要么通过模板机制,要么通过肝素与抗凝血酶螺旋D结合的变构机制(Li等。, 2004
; 金等。, 1997
). 同样,肝素也可以通过与蛋白C抑制剂的螺旋H结合来加速对活化蛋白C的抑制(Huntington&Li,2009
). 出乎意料的是,有报道称,肝素阻断了kallistatin和组织激肽释放酶之间的相互作用。肝素结合位点被提议围绕螺旋H和链2β-卡利司他丁C片(陈等。, 2001
). 由于这种独特的肝素介导的对kallistatin的抑制作用尚不清楚,而且kallistatin的结构也不清楚,我们已经制备并结晶了人kalli‐statin,作为阐明肝素介介调控机制的第一步。
2.材料和方法
2.1. 高分子生产
kallistatin IMAGE cDNA克隆购自Geneservices,并使用含有BamHI和HindIII位点的基因特异性引物通过PCR扩增氨基酸48-397的编码序列(表1
). 随后将该片段克隆到pSumoO3表达载体中。重组序列经DNA测序验证。
源生物 | 智人 | DNA来源 | GenBank L19684.1 | 正向底漆 | 5′-GTTTGGATCC公司AGCCTCAGAGACTCTG-3′ | 反向底漆 | 5′-中国民航协会AAGCTT公司ATGGTTTTCGTGGGTCGAC-3′ | 克隆载体 | 相扑3 | 表达式向量 | 相扑3 | 表达式宿主 | 大肠杆菌BL21(DE3) | 所产生结构的完整氨基酸序列 | SLKIAPANADFAFRFYYLIASETPGKNIFFS PLSISAAYAMLSLGACSHSQILEGLGFNLTLNLPGHGLETRVGSALFLSHNLKFLAKFLNDTMAVYEKLFHTNFYDTVGTIQLINDHVKKETRGKIVDLVSELKKDVLVNYYFKALWEKPFISSRTPKDFYVDENTTVRVMLQDQEHYLHDRYLPCSVLRMDYKGDATVFFILPNQKMREIEEVLTPLNLLRKRNFYKKFLLHLPKFSISGSYVLDQILPRLGFTDLFSWADL SGITKQQKLEASKSFHKATLDEVEAGTEAAAATSFAIKFFSAQTNRHI公司LRFNRPFLVVIFSTSTQSVLFLGKVVDPTK系列 | | |
该结构体在kallistatin的N末端包含一个His-tagged Sumo3。将表达质粒转化为大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞。使用单个菌落接种60 ml LB培养基,在37°C下摇晃培养过夜。然后将培养细胞转移到6 l LB培养基中,并在37°C下摇晃培养4 h,然后将培养温度降至20°C,并用0.25 mM(M)异丙基β-天-1-硫代吡喃半乳糖苷20小时。诱导后,收集细菌,将其重新悬浮,并在150 ml缓冲液中进行超声破碎A类(20米M(M)Tris–HCl pH值7.5,0.5M(M)氯化钠,20米M(M)咪唑)。细菌细胞裂解液随后在20000离心克在4°C下保持30分钟,然后将上清液涂在HisTrap Ni-Sepharose柱上(5 ml)。使用100 ml缓冲液从柱中清洗未结合的细菌蛋白质A类。随后用20–200 m洗脱柱中的目标蛋白M(M)缓冲液中的咪唑梯度A类基于SDS–PAGE分析,将含有融合蛋白的组分合并,然后用SENP2蛋白酶消化,以从融合蛋白中去除Sumo3标签,并生成N端无非天然序列的重组kallistatin。将混合物透析并装入HiTrap SP离子交换柱。卡尔斯他丁用0–1洗脱M(M)10m内的NaCl梯度M(M)MES pH 6.2。在结晶试验之前,收集并浓缩含有卡尔斯他丁的峰。
2.2。结晶
使用Hampton Research的筛选试剂盒(Crystal Screen、Crystal Screen 2、Index HT、PEG/Ion、PEG/Ion 2、SaltRX、Natrix、MembFac和Crystal丝网Cryo),在22°C下通过坐滴蒸汽扩散法在MRC2板中筛选结晶的初始条件。晶体最初从200 nl蛋白质溶液(10 mg ml)的混合物中生长−110米M(M)MES pH 6.2,0.15M(M)NaCl)和200 nl沉淀剂溶液与80µl储层溶液进行平衡。随后使用24孔坐滴板进行优化,晶体在两周内生长到0.2×0.2×0.5 mm的尺寸。结晶总结见表2
.
方法 | 坐滴式蒸汽扩散 | 板材类型 | MRC2板,96孔 | 温度(K) | 295 | 蛋白质浓度(mg ml−1) | 10 | 蛋白质溶液的缓冲液成分 | 10米M(M)MES pH 6.2,0.15M(M)氯化钠 | 储层溶液的组成 | 35%第三种-丁醇 | 跌落体积和比率 | 0.4微升;0.2:0.2 | 储液罐容积(µl) | 80 | | |
3.结果和讨论
为了了解kallistatin调节蛋白酶活性的分子机制,我们使用大肠杆菌表达系统。在Ni-Sepharose亲和柱纯化后,用SENP2蛋白酶裂解融合标签,并在阳离子交换柱上进一步纯化kallistatin。如图1所示
,Sumo3标签在组分9和10中洗脱,kallistatin洗脱为两个峰(I和II)。将两个峰的蛋白质合并并筛选结晶。两周后,使用30%的蛋白质从峰II中获得棒状晶体第三种-丁醇作为沉淀剂(图2
). 这些晶体很容易衍射到2º以上的分辨率,被发现属于空间组 P(P)61,带有单位-细胞参数一= 113.51,b条= 113.51,c(c)= 76.17 Å. 衍射数据统计如表3所示
.
衍射光源 | BL17U,不锈钢 | 波长(Ω) | 1.196 | 温度(K) | 100 | 探测器 | ADSC Q315 | 晶体到探测器的距离(mm) | 250 | 每张图像的旋转范围(°) | 1 | 总旋转范围(°) | 60 | 每张图像的曝光时间(s) | 0.5 | “空间”组 | P(P)61 | 一,b条,c(c)(Å) | 113.51, 113.51, 76.17 | α,β,γ(°) | 90.00, 90.00, 120.00 | 镶嵌度(°) | 0.45 | 分辨率范围(Ω) | 35.7–1.9 (2.0–1.9) | 反射总数 | 185915 (26532) | 独特反射次数 | 44414 (6433) | 完整性(%) | 99.9 (99.7) | 多重性 | 4.2 (4.1) | 〈我/σ(我)〉 | 14(2.5) | R(右)合并 | 0.043(0.326) | R(右)测量 | 0.049 (0.374) | 总体B类Wilson图中的因子(λ2) | 30.1 | | |
| 图1 离子交换色谱法纯化重组kallistatin。用SENP2和混合物(lane)裂解Sumo3-kallistatin融合蛋白S公司)已加载到HiTrap SP列中。用NaCl梯度从0到1洗脱蛋白质M(M),测量280 nm波长的吸光度(一). 通过SDS-PAGE分析流出(FT)和洗脱馏分(b条). 将峰I(13和14)和峰II(15-17)的馏分分别合并,并进行结晶试验。车道M(M)包含分子量标记(以kDa标记)。 |
| 图2 30%的人kallistatin晶体生长第三种-丁醇属于空间组 P(P)61,带有单位-细胞参数一= 113.51,b条= 113.51,c(c) = 76.17 Å. |
分子替换使用执行相位器(麦考伊等。, 2007
). 众所周知,蛇蛋白采用不同的构象,蛋白C抑制剂的模型(亨廷顿等。, 2003
; 锂等。, 2007
)和甲状腺素结合球蛋白(Zhou等。, 2006
),代表一个松弛的和两个应力的蛇蛋白构象(~47%序列一致性;PDB条目1升8,2ce0码和2小时9),被选为搜索模型。使用PDB条目搜索得到了一个明确的单一解决方案1升8作为在非对称单元,表明溶剂含量为~60%。作为PDB条目1升8对应于蛋白C抑制剂的松弛构象,其反应环被裂解并插入中心β-板材(亨廷顿等。, 2003
)这表明结晶的kallistatin也处于松弛构象。根据以下公式计算的电子密度图相位器证实kallistatin的反应环被整合到中枢β-板A作为中间股(图3
). 因此,在表达或随后的纯化和结晶步骤中,kallistatin可能经历了构象变化以形成松弛构象。初步精炼具有REFMAC公司(穆尔舒多夫等。, 2011
)使用中的模型相位器给出了一个R(右)工作33%和R(右)自由的37%。进一步精炼解理位点的详细表征正在进行中。
致谢
这项工作得到了国家自然科学基金31170724和31370727的资助。我们感谢上海SSRF BL17U的工作人员在数据收集方面的帮助。
工具书类
Battye,T.G.G.、Kontogiannis,L.、Johnson,O.、Powell,H.R.和Leslie,A.G.W.(2011)。《水晶学报》。天67, 271–281. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
Chen,V.C.、Chao,L.、Pimenta,D.C.、Bledsoe,G.、Juliano,L.和Chao,J.(2001)。生物学杂志。化学。 276, 1276–1284. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
Dementiev,A.、Petitou,M.、Herbert,J.-M.和Gettins,P.G.W.(2004)。自然结构。分子生物学。 11, 863–867. 交叉参考 中国科学院 谷歌学者
Evans,P.R.(2011)。《水晶学报》。天67, 282–292. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
Gettins,P.G.W.(2002)。化学。版次。 102, 4751–4804. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
Huber,R.和Carrell,R.W.(1989年)。生物化学,28,8951–8966交叉参考 中国科学院 公共医学 科学网 谷歌学者
亨廷顿,J.A.、凯尔伯格,M.和斯坦夫洛,J.(2003)。结构,11, 205–215. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
Huntington,J.A.和Li,W.(2009年)。单元格。分子生命科学。 66, 113–121. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
亨廷顿,J.A.、里德,R.J.和卡雷尔,R.W.(2000)。自然(伦敦),407, 923–926. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
Irving,J.A.、Pike,R.N.、Lesk,A.M.和Whistock,J.C.(2000)。基因组研究。 10, 1845–1864. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
Jin,L.、Abrahams,J.P.、Skinner,R.、Petitou,M.、Pike,R.N.和Carrell,R.W.(1997)。程序。美国国家科学院。科学。美国,94, 14683–14688. 科学网 交叉参考 中国科学院 公共医学 谷歌学者
Johnson,D.J.和Huntington,J.A.(2003)。生物化学,42, 8712–8719. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
Li,W.、Adams,T.E.、Kjellberg,M.、Stenflo,J.和Huntington,J.A.(2007年)。生物学杂志。化学。 282, 13759–13768. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
Li,W.,Johnson,D.J.,Esmon,C.T.和Huntington,J.A.(2004)。自然结构。分子生物学。 11, 857–862. 科学网 交叉参考 中国科学院 谷歌学者
McCoy,A.J.、Grosse-Kunstleve,R.W.、Adams,P.D.、Winn,M.D.、Storoni,L.C.和Read,R.J.(2007年)。J.应用。克里斯特。 40, 658–674. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
Murshudov,G.N.、Skubák,P.、Lebedev,A.A.、Pannu,N.S.、Steiner,R.A.、Nicholls,R.A、Winn,M.D.、Long,F.&Vagin,A.(2011)。《水晶学报》。天67, 355–367. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
Patston,P.A.,Church,F.C.&Olson,S.T.(2004)。方法,32, 93–109. 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
Rein,C.M.、Desai,U.R.和Church,F.C.(2011年)。方法酶制剂。 501, 105–137. 交叉参考 中国科学院 公共医学 谷歌学者
医学博士温恩。等。(2011).《水晶学报》。天67, 235–242. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
Zhou,G.X.,Chao,L.和Chao,J.(1992)。生物学杂志。化学。 267, 25873–25880. 公共医学 中国科学院 谷歌学者
Zhou,A.,Wei,Z.,Read,R.J.&Carrell,R.W.(2006)。程序。美国国家科学院。科学。美国,103, 13321–13326. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
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