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研究交流\（\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\）

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号：2056-9890
第73卷| 第9部分| 2017年9月| 第1287-1289页
https://doi.org/10.107/S2056989017010799

晶体结构乙基的(E类)-2-氰基-3-（噻吩-2-基）丙烯酸酯：形成离散无序的两个构象

十字标记_颜色_方形_文本.svg
布莱恩·卡斯特罗·阿古德罗,一 胡安·卡尔德纳斯,一 马里奥·马西亚斯,b条* 克里斯蒂安·奥乔亚（Cristian Ochoa-Puntes）一和塞萨尔·塞拉一*

一哥伦比亚波哥大哥伦比亚国立大学科米卡分校b条哥伦比亚哥伦比亚特区波哥大Carrera 1号18A-12，安第斯大学科米卡分校
*通信电子邮件：邮箱：ma.maciasl@uniandes.edu.co,casierraa@unal.edu.co

编辑：K.Fejfarova，中国科学院生物技术研究所，捷克共和国(2017年6月15日收到； 2017年7月21日接受； 2017年8月4日在线)

在标题化合物中，C10H（H）9不2S、 除乙基碎片外，所有非H原子几乎都位于同一平面上。尽管分子具有平面性，但乙基片段呈现出不止一种构象，导致了离散无序，该无序是用乙氧基O和乙氧基的两个不同晶体学位点模拟的α-C原子，占有率值为0.5。在晶体中，三维阵列主要由C-H…（O，N）相互作用引导，产生具有R（右）22（10） 和R（右）22（14） 图案和沿着[100]方向的无限链。

CCDC参考：1563845

类似文章

1.化学背景

氰基丙烯酸酯衍生物是一种有机化合物，由于其在粘合剂和聚合物材料生产中用作单体，因此具有非常重要的工业意义（Gololobov&Krylova，1995【Gololobov，Y.G.和Krylova，T.（1995年），《杂种化学》，第6期，第271-280页。】). 此外，这些化合物被描述为杂环合成的约定中间体（Gololobov等。, 1995【Gololobov，Y.G.和Krylova，T.（1995年），《杂种化学》，第6期，第271-280页。】)以及在生物还原反应中作为腈活化前体（Winkler等。, 2014【Winkler，C.、Clay，D.、Turrini，N.、Lechner，H.、Kroutil，W.、Davies，S.、Debarge，S.和O'Neill，P.、Steflik，J.、Karmilowicz，M.、Wong，J.和Faber，K.（2014），《高级合成目录》3561878-1882。】). 尽管如此，它们最突出的应用还是与它们在紫外-可见光区域非常吸引人的吸收特性有关。在文献中，氰基丙烯酸酯被用作合成染料敏化光伏材料的前体，这一能力得到了广泛的描述（陈等。, 2013【Chen，C.，Yang，X.，Cheng，M.，Zhang，F.&Sun，L.（2013）.化学化学，61270-1275.】; 齐埃茨等。, 2014[Zietz，B.、Gabrielsson，E.、Johansson，V.、El-Zohry，A.、Sun，L.和Kloo，L.（2014）。《物理化学化学物理》第16期，第2251-2255页。]; 李等。, 2009【Lee，M.、Cha，S.B.、Yang，S.、Woong Park，S.，Kim，K.、Park，N.和Lee，D.（2009）。《韩国化学学会公牛》第30期，第2260-2279页。】)和传感器（张等。, 2010[张，X，杨，Z，池，Z，陈，M，徐，B，王，C，刘，S，张，Y.&Xu，J.（2010）.材料化学杂志20，292-298。]). 考虑到吸收性能与氰基丙烯酸酯化合物（Ma等。, 2014【马，J.、张，C.、龚，J.，杨，B.、张，H.、王，W.、吴，Y.、陈，Y.和陈，H.（2014）.化学物理杂志.141，234705，1-10.】)因此，为了更好地理解这些衍生物的结构和性质之间的联系，详细了解它们的晶体结构是非常有用的。在本文中，我们介绍了晶体结构一种基于噻吩的氰基丙烯酸酯衍生物，在合成金属传感配体方面具有广阔的应用前景。

【方案一】

2.结构注释

图1[链接]显示了标题化合物的分子量。分子的近平面性（均方根偏差为0.006Ω）意味着除了乙酯片段（O2/C2/O1/C1/C1）之外，几乎所有原子都位于垂直于[010]的同一平面上A类)，由于存在重叠在同一晶体学位置的乙基部分的两种构象，呈现出离散无序。使用O1、C1和C1的两个位点对这种疾病进行建模A类占据值为0.5的原子。观察到分裂碎片是含有分子量的镜平面两侧两个乙基部分的反射。这些原子分别位于该平面外0.21（2）、0.340（7）和−1.010（10）Au。平面度允许形成弱分子内C5-H5…O2紧密接触（图1[链接]和表1[链接])，它生成一个S公司（6） 图案。这个分子类似于(E类)-2-氰基-3-（呋喃-2-基）丙烯酸乙酯（Kalkhambkar等。, 2012【Kalkhambkar，R.G.，Gayathri，D.，Gupta，V.K.，Kant，R.&Jeong，Y.T.（2012），《结晶学报》E68，o1482。】)与五元环不同，五元环是该化合物中的呋喃基，与标题化合物相比呈现扭曲的平面度[非对称单元与标题化合物的C6-C5-C3-C2片段中的值180.0°相比]。此外，呋喃基分子中未报告分子障碍。

表1
氢键几何形状（λ，°）

D类-H月A类 D类-H（H） 小时A类 D类⋯A类 D类-H月A类
C5-H5……氧气 0.93 2.42 2.799 (3) 104
C7-H7……氧气我 0.93 2.55 3.363 (3) 147
C5-H5乙醇O2我 0.93 2.57 3.425 (3) 153
C9-H9关闭N2ii（ii） 0.93 2.60 3.520 (4) 172
对称代码：（i）-x个+1, -年+1, -z（z）; （ii）-x个, -年+1, -z（z）.
[图1]
图1
标题化合物的分子结构，显示了50%概率水平下绘制的各向异性位移椭球体。分子内C-H…O氢键如虚线所示（见表1[链接])乙基部分也观察到离散无序。

3.超分子特征

在晶体中，填料由C5-H5…O2引导我和C7-H7…O2我[对称码：（i）−x个 + 1, −年 + 1, −z（z）]（见表1[链接]和图2[链接])相互作用，将一对对反转相关分子连接起来，形成沿[100]运行的无限链板R（右）22（10） 和R（右）22（14） 图案（见图2[链接]). 弱C9-H9­N2进一步连接这些板ii（ii）[对称码：（ii）−x个, −年 + 1, −z（z）]沿一-轴方向（表1[链接]). 相邻链沿[001]方向相互作用范德瓦尔斯部队，成形（010）板材。在[010]方向，只有弱偶极相互作用或范德瓦尔斯部队在相邻板材之间进行操作，以合并晶体结构。尽管与(E类)-2-氰基-3-（呋喃-2-基）丙烯酸乙酯（Kalkhambkar等。, 2012【Kalkhambkar，R.G.，Gayathri，D.，Gupta，V.K.，Kant，R.&Jeong，Y.T.（2012），《结晶学报》E68，o1482。】)Kalkhambkar结构中的反转相关分子通过类似的分子间氢键连接，并通过涉及呋喃环的不同种类的C-H…O和C-H…N较弱的相互作用进一步连接。

[图2]
图2
标题化合物的晶体结构，显示沿着[100]方向的C-H……（O，N）氢键相互作用（虚线）。

4.数据库调查

剑桥结构数据库搜索（CSD 5.37版，有两个更新，Groom等。, 2016【Groom，C.R.，Bruno，I.J.，Lightfoot，M.P.&Ward，S.C.（2016），《水晶学报》B72，171-179。】)对于完整的摩尔，如果选择五元环中的任何取代基和/或允许比乙基片段更长的饱和链，则会产生三次碰撞，所有这些碰撞都形成比标题化合物更大的摩尔部分，不仅由于平面性的损失，还会产生不同的超分子相互作用，如乙基-3-（3-氯-4-氰基-5-{[4-（二甲基氨基）-酚基]二氮基}-2-噻吩基）-2-氰基丙烯酸酯（Xu等., 2016[Xu，D.，Li，Z.，Peng，Y.X.，Geng，J.，Qian，H.F.&Huang，W.（2016），《染色猪》133，143-152.])，但也由于饱和链的增加，例如辛基-2-氰基-3-（4,6-二溴-7,7-二甲基-7H（H）-蒂诺[3′，4′：4,5]硅[2,3-b条]噻吩-2-基）丙烯酸酯（Liu等., 2016[刘，L.，宋，J.，卢，H.，王，H.&波，Z.（2016）.理工学院化学7，319-329.])和乙基-2-氰基-3-（3,3′′′-二己基-2,2′：5′，2′′：5〃′，2〃′-四噻吩-5-基）丙烯酸酯（宫崎骏等。, 2011【宫崎骏E.、冈崎T.、铃木Y.、Ishine N.、Mori H.、Takimiya K.和Harima Y.（2011）。美国化学学会杂志，84，459-465。】). 一项考虑到S1中任何杂原子的搜索给出了六个结果。其中，更相似的化合物对应于乙基-（2E类)-2-氰基-3-（1-甲基-1H（H）-吡咯-2-基）丙-2-烯酸酯（Asiri等。, 2011【Asiri，A.M.，Al-Youbi，A.O.，Alamry，K.A.，Faidallah，H.M.，Ng，S.W.&Tiekink，E.R.T.（2011），《结晶学报》E67，o2315。】), (E类)-乙基-2-氰基-3-（1H（H）-吡咯-2-基）丙烯酸酯（Yuvaraj等。, 2011【Yuvaraj，H.、Gayathri，D.、Kalkhambkar，R.G.、Gupta，V.K.和Rajnikant（2011）。《结晶学报》E67，o2135。】)和(E类)-2-氰基-3-（呋喃-2-基）丙烯酸乙酯（Kalkhambkar等。, 2012【Kalkhambkar，R.G.，Gayathri，D.，Gupta，V.K.，Kant，R.&Jeong，Y.T.（2012），《结晶学报》E68，o1482。】)，最后一个是最相似的化合物，因为它的分子构象也是平面的，乙基碎片在平面外，呋喃基形成五元环。

5.合成与结晶

所有试剂和溶剂均从商业来源购买，并按收到时使用。在配备冷凝器的双颈圆底烧瓶中，将噻吩-2-甲醛（740 mg，6.6 mmol）、氰基乙酸乙酯（753 mg，6.6mmol）和哌啶（6.8µL，1%mol）在乙醇中搅拌3 h。获得黄棕色固体，并从乙醇溶液中重结晶（见图3[链接]). 将产品过滤出来，然后在真空下干燥。将黄棕色固体溶解在甲醇中，通过溶剂在室温下缓慢蒸发生长黄色晶体，产率为80%。熔点：366–367 K，报告：365–367 K（Jia等。2015[贾毅、方毅、张毅、米拉斯、H.和宋毅（2015）.《欧洲化学杂志》21，14862-14870.]).1核磁共振氢谱：（二甲基亚砜-d日6，400兆赫，d日，ppm）:1,41(t吨，2H），4,38(q个，3H），7.25(日，1H），7,81(d日，1H），7,85(d日，1H），8.36(秒，1H）。13C核磁共振（二甲基亚砜-d日6，100兆赫，d日，ppm）：14.19、62.54、99.3、115.6、128.6、135.1、136.1、137.1、146.6、162.8。

[图3]
图3
乙基合成途径示意图(E类)-2-氰基-3-（噻吩-2-基）丙烯酸酯。

6.精炼

晶体数据、数据采集和结构精炼表2总结了详细信息[链接]将.H原子放置在计算位置（C-H:0.93–0.97 Au），并将其作为骑乘贡献，各向同性位移参数设置为U型等式父原子的值。

表2
实验细节

水晶数据
化学配方 C类10H（H）9不2S公司
M（M）第页 207.24
晶体系统，空间组 单诊所，C类2/米
温度（K） 298
一,b条,c（c）(Å) 13.637 (2), 6.8965 (16), 11.817 (3)
β(°) 109.28 (2)
V（V）(Å三) 1049.0 (4)
Z 4
辐射类型 钼K（K）α
μ（毫米−1) 0.28
晶体尺寸（mm） 0.19 × 0.12 × 0.07
 
数据收集
衍射仪 安捷伦SuperNova，双通道，零铜，阿特拉斯
吸收校正 多扫描(CrysAlis专业; 安捷伦，2014[安捷伦（2007），CrysAlis PRO.安捷伦科技有限公司，英国雅顿。])
T型最小值,T型最大值 0.760, 1.000
测量、独立和观察的数量[我> 2σ(我)]反射 9896, 1171, 1049
R（右）整数 0.068
（罪θ/λ)最大值(Å−1) 0.625
 
精炼
R（右）[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司 0.047, 0.126, 1.14
反射次数 1171
参数数量 96
氢原子处理 受约束的氢原子参数
Δρ最大值,Δρ最小值（eó）−3) 0.35, −0.24
计算机程序：CrysAlis专业（安捷伦，2014[安捷伦（2007），CrysAlis PRO.安捷伦科技有限公司，英国雅顿。]),超级FLIP（Palatinus和Chapuis，2007年【Palatinus，L.和Chapuis，G.（2007），《应用结晶杂志》，第40期，第786-790页。】),SHELXL2014标准（谢尔德里克，2015年[Sheldrick，G.M.（2015），《晶体学报》，C71，3-8。])和水银（麦克雷等。, 2008【Macrae，C.F.，Bruno，I.J.，Chisholm，J.A.，Edgington，P.R.，McCabe，P.，Pidcock，E.，Rodriguez-Monge，L.，Taylor，R.，van de Streek，J.&Wood，P.A.（2008），J.Appl.Cryst.41，466-470.】).

支持信息

CCDC参考：1563845

晶体结构：包含数据块I。DOI：https://doi.org/10.107/S2056989017010799/ff2150sup1.cif

结构因素：包含数据块I。DOI：https://doi.org/10.107/S2056989017010799/ff2150Isup2.hkl

支持信息文件。内政部：https://doi.org/10.107/S2056989017010799/ff2150Isup3.cml

checkCIF报告


计算详细信息顶部

数据收集：CrysAlis专业（安捷伦，2014）；细胞精细化： CrysAlis专业（安捷伦，2014）；数据缩减：CrysAlis专业（安捷伦，2014）；用于求解结构的程序：SUPERFLIP（Palatinus&Chapuis，2007）；用于优化结构的程序：SHELXL2014标准（谢尔德里克，2015）；分子图形：水银（麦克雷等。, 2008); 用于准备出版材料的软件：SHELXL2014标准（谢尔德里克，2015）。

乙基(E类)-2-氰基-3-（噻吩-2-基）丙烯酸酯顶部
水晶数据 顶部
C类10H（H）9不2S公司F类(000) = 432
M（M）第页= 207.24D类x个=1.312毫克米−三
单诊所，C类2/米钼K（K）α辐射，λ= 0.71073 Å
一= 13.637 (2) Å2818次反射的细胞参数
b条= 6.8965 (16) Åθ= 4.5–26.3°
c（c）= 11.817 (3) ŵ=0.28毫米−1
β= 109.28 (2)°T型=298千
V（V）= 1049.0 (4) Å三平行六面体，黄色
Z= 40.19×0.12×0.07毫米
数据收集 顶部
安捷伦SuperNova，Dual，零铜，Atlas
衍射仪		1171个独立反射
辐射源：SuperNova（Mo）X射线源1049次反射我> 2σ(我)
探测器分辨率：5.3072像素mm-1R（右）整数= 0.068
ω扫描θ最大值= 26.4°,θ最小值= 3.1°
吸收校正：多扫描
（CrysAlis PRO；安捷伦，2014）		小时=−16→16
T型最小值= 0.760,T型最大值= 1.000k个=−8→8
9896次测量反射我=−14→14
精炼 顶部
优化于F类2二次原子位置：差分傅里叶映射
最小二乘矩阵：完整氢站点位置：从邻近站点推断
R（右）[F类2> 2σ(F类2)] = 0.047受约束的氢原子参数
水风险(F类2) = 0.126 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.053P（P）)2+ 0.7374P（P）]
哪里P（P）= (F类o个2+ 2F类c（c）2)/3
S公司= 1.14(Δ/σ)最大值< 0.001
1171次反射Δρ最大值=0.35埃−三
96个参数Δρ最小值=−0.24埃−三
0个约束消光校正：SHELXL2016（Sheldrick，2016），Fc*=kFc[1+0.001xFc2λ三/罪（2θ)]-1/4
主原子位置：迭代消光系数：0.007（2）
特殊细节 顶部

几何图形使用全协方差矩阵估计所有esd（除了两个l.s.平面之间二面角的esd）。在估计距离、角度和扭转角的esd时，单独考虑单元esd；细胞参数中esd之间的相关性仅在由晶体对称性定义时使用。细胞esd的近似（各向同性）处理用于估计涉及l.s.平面的esd。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个年z（z）U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
S1（第一阶段）0.11266 (5)0.500000−0.02961 (7)0.0560 (3)
氮气20.2293 (2)0.5000000.2653 (2)0.0733 (9)
氧气0.53999 (15)0.5000000.1743 (2)0.0732 (7)
指挥与控制0.4730 (2)0.5000000.2195 (3)0.0568 (7)
C3类0.36045 (19)0.5000000.1505 (2)0.0480 (6)
补体第四成份0.2879 (2)0.5000000.2153 (3)0.0531 (7)
抄送70.2120 (2)0.500000−0.1795 (3)0.0555 (7)
H7型0.2648020.500000−0.2130020.067*
C6级0.22929 (19)0.500000−0.0583 (2)0.0470 (6)
C5级0.33082 (19)0.5000000.0298 (2)0.0468 (6)
H5型0.3851930.500000−0.0013070.056*
抄送80.1056 (2)0.500000−0.2475 (3)0.0630 (8)
H8型0.0806140.500000−0.3308730.076*
C9级0.0436 (2)0.500000−0.1786 (3)0.0616 (8)
H9型−0.0285470.500000−0.2092500.074*
O1公司0.48964 (18)0.531 (3)0.3371 (2)0.064 (3)0.5
C1类0.5976 (3)0.5493 (10)0.4143 (4)0.073 (3)0.5
甲型H1A0.6008980.6152770.4879170.088*0.5
H1B型0.6361450.6255440.3741420.088*0.5
C1A公司0.6446 (5)0.3535 (15)0.4422 (6)0.127 (3)0.5
H1AA型0.6411440.2887380.3690770.191*0.5
H1AB型0.6072050.2795780.4834420.191*0.5
H1AC公司0.7159020.3654980.4922300.191*0.5
原子位移参数（2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
S1（第一阶段）0.0331 (4)0.0805 (6)0.0559 (5)00.0168 (3)0
氮气20.0468 (14)0.122 (3)0.0570 (16)00.0246 (12)0
氧气0.0353 (10)0.130 (2)0.0567 (13)00.0184 (9)0
指挥与控制0.0379 (14)0.082 (2)0.0506 (16)00.0144 (12)0
C3类0.0353 (13)0.0627 (16)0.0477 (15)00.0161 (11)0
补体第四成份0.0373 (13)0.0740 (19)0.0472 (15)00.0127 (12)0
抄送70.0428 (14)0.0724 (19)0.0527 (16)00.0179 (12)0
C6级0.0334 (12)0.0580 (15)0.0512 (15)00.0161 (11)0
C5级0.0332 (12)0.0559 (15)0.0530 (15)00.0167 (11)0
抄送80.0491 (16)0.088 (2)0.0462 (16)00.0074 (12)0
C9级0.0368 (14)0.079 (2)0.0622 (18)00.0069 (13)0
O1公司0.0410 (11)0.103 (10)0.0458 (12)−0.003 (2)0.0122 (9)−0.008 (2)
C1类0.046 (2)0.112 (9)0.055 (2)−0.005 (2)0.0070 (17)−0.019 (3)
C1A公司0.093 (5)0.188 (9)0.077 (4)0.053 (5)−0.004 (3)−0.019 (5)
几何参数（λ，º） 顶部
S1-C9号机组1.700 (3)C5-H5型0.9300
S1-C6号机组1.732 (3)C8-C9型1.354 (5)
N2-C4气体1.139 (4)C8-H8型0.9300
氧气-C21.200 (3)C9-H90.9300
C2-O1型1.350 (5)O1-C1型1.459 (5)
C2-C3型1.482 (4)C1-C1A型1.485 (11)
C3-C5型1.347 (4)C1-H1A型0.9700
C3-C4型1.437 (4)C1-H1B型0.9700
C7-C6型1.372 (4)C1A-H1AA型0.9600
C7-C81.407 (4)C1A-H1AB型0.9600
C7-H7型0.9300C1A-H1AC型0.9600
C6-C5型1.431 (4)
C9-S1-C691.57 (14)C9-C8-H8123.6
O2-C2-O1型124.3 (3)C7-C8-H8型123.6
氧气-C2-C3123.9 (3)C8-C9-S1型112.4 (2)
O1-C2-3型111.0 (2)C8-C9-H9型123.8
C5-C3-C4123.0 (2)S1-C9-H9型123.8
C5-C3-C2型118.5 (2)C2-O1-C1116.7 (3)
C4-C3-C2型118.5 (2)O1-C1-C1A109.5 (8)
N2-C4-C3179.1 (3)O1-C1-H1A型109.8
C6-C7-C8型112.7 (3)C1A-C1-H1A型109.8
C6-C7-H7型123.6O1-C1-H1B型109.8
C8-C7-H7型123.6C1A-C1-H1B型109.8
C7-C6-C5型123.4 (2)H1A-C1-H1B型108.2
C7-C6-S1型110.6 (2)C1-C1A-H1AA型109.5
C5-C6-S1126.0 (2)C1-C1A-H1AB型109.5
C3至C5至C6130.5 (3)H1AA-C1A-H1AB型109.5
C3-C5-H5型114.7C1-C1A-H1AC型109.5
C6-C5-H5型114.7H1AA-C1A-H1AC型109.5
C9-C8-C7112.8 (3)H1AB-C1A-H1AC型109.5
O2-C2-C3-C50.000 (1)C2-C3-C5-C6180.000 (1)
O1-C2-C3-C5170.1 (8)C7-C6-C5-C3180.000 (1)
O2-C2-C3-C4180.000 (1)S1-C6-C5-C3型0.000 (1)
O1-C2-C3-C4−9.9 (8)C6-C7-C8-C90.000 (1)
C8-C7-C6-C5型180.000 (1)C7-C8-C9-S1号0.000 (1)
C8-C7-C6-S1型0.000 (1)C6-S1-C9-C80.000 (1)
C9-S1-C6-C70.000 (1)O2-C2-O1-C1−5.6 (17)
C9-S1-C6-C5型180C3-C2-O1-C1−175.6 (9)
C4-C3-C5-C6型0.000 (1)C2-O1-C1-C1A−79.5 (13)
氢键几何形状（λ，º） 顶部
D类-H（H）···A类D类-H（H）H（H）···A类D类···A类D类-H（H）···A类
C5-H5···O20.932.422.799 (3)104
C7-H7···O2我0.932.553.363 (3)147
C5-H5···O2我0.932.573.425 (3)153
C9-H9···N2ii（ii）0.932.603.520 (4)172
对称代码：（i）−x个+1,−年+1,−z（z）; （ii）−x个,−年+1,−z（z）.
 

致谢

作者感谢安第斯大学的财政支持。MAM感谢来自UdelaR（乌拉圭蒙得维的亚）的Leopoldo Suescun教授进行了有益和重要的讨论。

工具书类

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期刊徽标晶体学
通信
编号：2056-9890
第73卷| 第9部分| 2017年9月| 第1287-1289页
https://doi.org/10.1107/S056989017010799