有机化合物\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号:2056-9890

晶体结构6-(氯甲基)-4-(4-氯苯基)-2-氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-羧酸乙酯

Annamalai大学物理系,Annamalainagar 608 002,泰米尔纳德邦,印度,b条SRM大学物理与纳米技术系,地址:印度泰米尔纳德邦钦奈603 203坎奇普兰区卡坦库拉图尔SRM Nagar,c(c)印度泰米尔纳德邦提鲁奇拉帕利Jamal Mohamed学院(自治)化学系和PG 620 020,以及d日印度泰米尔纳德邦蒂鲁奇拉帕利Jamal Mohamed学院(自治)化学系PG和研究部620 020
*通信电子邮件:phdguna@gmail.com

瑞士诺伊查泰尔大学H.Stoeckli-Evans编辑(2014年10月16日收到; 2014年10月20日接受; 在线2014年10月24日)

在标题化合物中,C14H(H)142N个2O(运行)氯苯基环与四氢嘧啶环形成87.08(9)°的二面角。存在短的分子内C-H…O接触。在晶体中,分子相互连接通过成对的N-H……O氢键,形成具有R(右)22(8) 环形图案。二聚体相互连接通过第二对N-H…O氢键,这次包含一个R(右)44(20) 环形图案,沿[100]形成缎带。丝带相连通过C-H…O氢键,形成平行于(001)的片状物。末端乙基在两个位置上无序,占据率为0.654(17):0.346(17)。

1.相关文献

关于二氢嘧啶酮衍生物的许多生物活性,请参见:Atwal等人。(1991【Atwal,K.S.,Swanson,B.N.,Unger,S.E.,Floyd,D.M.,Moreland,S.,Hedberg,A.&O'Reilly,B.C.(1991),《医学化学杂志》34,806-811.】); 雅克等人。(2000【Jauk,B.,Pernat,T.&Kappe,C.O.(2000)。分子,5,227-239。】); 加藤(1984)【加藤·T(1984),《化学文摘》102、132067。】); Wipf&Cunningham(1995年[Wipf,P.&Cunningham,A.(1995).四面体Lett.36,7819-7822.]); 贝迪亚等人。(2006【Bedia,K.K.,Elçin,O.,Seda,U.,Fatma,K.,Nathaly,S.,Sevim,R.&Dimoglo,A.(2006).欧洲医学化学杂志41,1253-1261.】); 相关结构见:Nayak等人。(2009【Nayak,S.K.,Venugopala,K.N.,Chopra,D.,Govender,T.,Kruger,H.G.,Maguire,G.E.M.&Guru Row,T.N.(2009),《结晶学报》,E65,o2502.】); 尤瓦拉吉等人。(2010【Yuvaraj,H.,Sundaramoorthy,S.,Velmurugan,D.&Kalkhambkar,R.G.(2010),《结晶学报》E66,o3325。】);

【方案一】

2.实验

2.1. 水晶数据

  • C类14H(H)142N个2O(运行)

  • M(M)第页= 329.17

  • 三联诊所,[P\上一行]

  • = 7.4698 (3) Å

  • b条= 9.1436 (3) Å

  • c(c)= 12.6085 (4) Å

  • α= 107.147 (2)°

  • β= 99.941 (2)°

  • γ= 105.331 (2)°

  • V(V)= 763.71 (5) Å

  • Z= 2

  • K(K)α辐射

  • μ=0.44毫米−1

  • T型=295千

  • 0.30×0.25×0.20毫米

2.2. 数据收集

  • 布鲁克APEXII CCD衍射仪

  • 吸收校正:多扫描(SADABS公司; 谢尔德里克,1996年[Sheldrick,G.M.(1996)。SADABS,德国哥廷根大学。])T型最小值= 0.897,T型最大值= 0.917

  • 20157年测量反射

  • 3945个独立反射

  • 2911次反射> 2σ()

  • R(右)整数= 0.022

2.3. 精炼

  • R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.054

  • 水风险(F类2) = 0.153

  • S公司= 1.03

  • 3945次反射

  • 211参数

  • 26个约束

  • H原子参数受约束

  • Δρ最大值=0.64埃−3

  • Δρ最小值=-0.53埃−3

表1
氢键几何形状(λ,°)

-H月A类 -H(H) H月A类 A类 -H月A类
N2-H2气体A类2010年1月 0.86 2.04 2.885 (2) 166
N1-H1和O2ii(ii) 0.86 2.23 3.070 (2) 166
C11-H11B类2010年1月 0.97 2.50 3.069 (3) 117
C11-H11A类●氧气 0.97 2.14 2.814 (3) 126
对称代码:(i)-x个+1, --1, -z(z); (ii)x个+1,,z(z); (iii)x个-1,,z(z).

数据收集:4月2日(布鲁克,2008年[Bruker(2008),APEX2和SAINT.Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊]); 细胞精细化: 圣保罗(布鲁克,2008年[Bruker(2008),APEX2和SAINT.Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊]); 数据缩减:圣保罗; 用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 分子图形:柏拉图式的(斯佩克,2009年[Spek,A.L.(2009),《结晶学报》,D65148-155。]); 用于准备出版材料的软件:SHELXL97型柏拉图式的.

支持信息


注释顶部

二氢嘧啶酮(DHPM)及其衍生物在治疗和药理学中有着广泛的应用,也就是说,它们具有抗癌作用(Kato,1984)、抗高血压作用(Atwal等人。和钙通道调节剂(Jauk等人。,2000)活动。这些衍生物也经过了抗菌(Wipf&Cunningham,1995)和抗结核活性(Bedia等人。, 2006).

标题分子的几何参数(图1)与类似结构(Nayak)的报道一致等人。, 2009; 尤瓦拉吉等人。, 2010). 氯苯基环与四氢嘧啶环形成87.08(9)°的二面角。存在短的分子内C-H··O接触(表1)。

在晶体中,分子通过一对N-H··O氢键连接,形成具有R(右)22(8) 环形图案。二聚体相互连接通过第二对N-H··O氢键,这次包含一个R(右)44(20) 环形图案,沿[100]形成缎带。丝带相连通过形成平行于(001)的C-H··O氢键片;详见表1和图2。

相关文献顶部

有关二氢嘧啶酮衍生物的许多生物活性,请参见:Atwal等人。(1991); 雅克等人。(2000); 加藤(1984);Wipf&Cunningham(1995);贝迪亚等人。(2006); 相关结构见:Nayak等人。(2009); 尤瓦拉吉等人。(2010);

实验顶部

将4-氯乙酰乙酸乙酯(4.1 ml,0.025 mol)、4-氯苯甲醛(3.6 g,0.025 mol)和尿素(4.5 g,0.075 mol)存于乙醇(5 ml)中的混合物在浓HCl(1 ml)存在下回流加热5 h(由TLC监测)。将反应混合物冷却至室温后,倒入碎冰上并搅拌5–10分钟。在抽吸下分离并过滤固体,用冰水(50 ml)清洗,然后从热乙醇中再结晶,得到纯产品[m.p.437 K;产率76%]。

精炼顶部

末端乙基在两个位置上无序。无序C原子的精细位占据率为C13/C14=0.654(17)和C13A/C14A=0.346(17)。O3-C13A和C13A-C14A键距离被限制为1.400(1)Au。精细化,ISOR用于C13、C14、C13A和C14A原子。使用骑行模型对H原子进行几何定位和细化:N-H=0.86Å,C-H=0.93-0.98Å,U国际标准化组织(H) =1.5单位等式(C) 对于甲基H原子和=1.2U等式(N,C)表示其他氢原子。

计算详细信息顶部

数据收集:4月2日(布鲁克,2008);细胞精细化: 圣保罗(布鲁克,2008);数据缩减:圣保罗(布鲁克,2008);用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008);用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008);分子图形:柏拉图式的(斯佩克,2009);用于准备出版材料的软件:SHELXL97型(Sheldrick,2008)和柏拉图式的(斯佩克,2009)。

数字顶部
标题分子的分子结构,带有原子标记。位移椭球体是在30%的概率水平上绘制的。

标题化合物的晶体堆积,沿轴。氢键显示为虚线(详见表1)。
6-(氯甲基)-4-(4-氯苯基)-2-氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-羧酸乙酯顶部
水晶数据 顶部
C类14H(H)142N个2O(运行)Z= 2
M(M)第页= 329.17F类(000) = 340
三联诊所,P(P)1x个=1.431毫克
大厅符号:-P 1K(K)α辐射,λ= 0.71073 Å
= 7.4698 (3) Å4865次反射的细胞参数
b条= 9.1436 (3) Åθ= 2.5–30.1°
c(c)= 12.6085 (4) ŵ=0.44毫米1
α= 107.147 (2)°T型=295千
β= 99.941 (2)°块,无色
γ= 105.331 (2)°0.30×0.25×0.20毫米
V(V)= 763.71 (5) Å
数据收集 顶部
布鲁克APEXII CCD
衍射仪
3945个独立反射
辐射源:细焦点密封管2911次反射> 2σ()
石墨单色仪R(右)整数= 0.022
探测器分辨率:0像素mm-1θ最大值= 31.0°,θ最小值= 2.5°
ωϕ扫描小时=1010
吸收校正:多扫描
(SADABS公司; 谢尔德里克,1996)
k个=1212
T型最小值= 0.897,T型最大值= 0.917=1817
20157年测量反射
精炼 顶部
优化于F类2主原子位置定位:结构-变量直接方法
最小二乘矩阵:完整二次原子位置:差分傅里叶映射
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.054氢站点位置:根据邻近站点推断
水风险(F类2) = 0.153H原子参数受约束
S公司= 1.03 = 1/[σ2(F类o(o)2) + (0.0628P(P))2+ 0.6453P(P)]
哪里P(P)= (F类o(o)2+ 2F类c(c)2)/3
3945次反射(Δ/σ)最大值< 0.001
211参数Δρ最大值=0.64埃
26个约束Δρ最小值=0.53埃
水晶数据 顶部
C类14H(H)142N个2O(运行)γ= 105.331 (2)°
M(M)第页= 329.17V(V)= 763.71 (5) Å
三联诊所,P(P)1Z= 2
= 7.4698 (3) ÅK(K)α辐射
b条= 9.1436 (3) ŵ=0.44毫米1
c(c)= 12.6085 (4) ÅT型=295千
α= 107.147 (2)°0.30×0.25×0.20毫米
β= 99.941 (2)°
数据收集 顶部
布鲁克APEXII CCD
衍射仪
3945个独立反射
吸收校正:多扫描
(SADABS公司; 谢尔德里克,1996)
2911次反射> 2σ()
T型最小值= 0.897,T型最大值= 0.917R(右)整数= 0.022
20157年测量反射
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.05426个约束
水风险(F类2) = 0.153H原子参数受约束
S公司= 1.03Δρ最大值=0.64埃
3945次反射Δρ最小值=0.53埃
211参数
分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
C1类0.8422 (5)0.1384 (4)0.5387 (2)0.0651 (8)
指挥与控制0.7145 (5)0.0099 (4)0.4712 (3)0.0725 (9)
氢气0.67120.08780.50310.087*
C3类0.6488 (4)0.0442 (3)0.3538 (2)0.0598 (7)
H3级0.55880.14530.30730.072*
补体第四成份0.7137 (3)0.0674 (3)0.30506 (18)0.0361 (4)
C5级0.8424 (5)0.2165 (4)0.3761 (3)0.0699 (9)
H5型0.88760.29500.34520.084*
C6级0.9060 (6)0.2518 (4)0.4938 (3)0.0895 (12)
H6型0.99250.35370.54140.107*
抄送70.6508 (3)0.0279 (2)0.17587 (17)0.0306 (4)
H7型0.70320.12800.16130.037*
C80.6382 (3)0.2509 (2)0.06968 (18)0.0342 (4)
C9级0.3408 (3)0.1913 (2)0.06544 (17)0.0315 (4)
C10号机组0.4341 (3)0.0329 (2)0.12644 (16)0.0300 (4)
C11号机组0.1275 (3)0.2650 (3)0.0111 (2)0.0454 (5)
H11A型0.07520.17990.00680.055*
H11B型0.06730.31620.05930.055*
第12项0.3328 (3)0.0848 (3)0.15276 (18)0.0360 (4)
N1型0.7306 (2)0.0910 (2)0.11509 (15)0.0338 (4)
H1型0.84500.05550.10810.041*
氮气0.4415 (2)0.2989 (2)0.05067 (17)0.0375 (4)
过氧化氢0.37810.40090.02850.045*
O1公司0.7187 (2)0.35121 (19)0.04214 (16)0.0488 (4)
氧气0.1610 (2)0.0561 (2)0.13615 (16)0.0508 (4)
臭氧0.4586 (2)0.23490 (19)0.20251 (17)0.0554 (5)
第13条0.374 (3)0.3618 (16)0.2478 (12)0.086 (4)0.654 (17)
H13A型0.29240.37450.18470.103*0.654 (17)
H13B型0.29590.33180.29710.103*0.654 (17)
第14项0.5303 (12)0.5098 (7)0.3121 (11)0.116 (4)0.654 (17)
H14A型0.60810.49640.37520.174*0.654 (17)
H14B型0.48030.59550.34150.174*0.654 (17)
H14C型0.60760.53710.26270.174*0.654 (17)
C13A型0.394 (4)0.368 (3)0.2319 (11)0.070 (7)0.346 (17)
H13C型0.25980.33570.19000.084*0.346 (17)
H13D(H13D)0.46840.45310.20980.084*0.346 (17)
C14A型0.414 (4)0.428 (3)0.3506 (12)0.127 (10)0.346 (17)
H14D型0.31990.35330.36970.190*0.346 (17)
H14E型0.39370.53140.37130.190*0.346 (17)
H14F型0.54090.44150.39200.190*0.346 (17)
第1类0.92366 (19)0.18204 (17)0.68608 (7)0.1114 (4)
氯化二0.07043 (8)0.41074 (8)0.12863 (5)0.0522 (2)
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
C1类0.0719 (18)0.085 (2)0.0334 (12)0.0407 (17)0.0004 (12)0.0089 (13)
指挥与控制0.095 (2)0.079 (2)0.0475 (16)0.0299 (19)0.0186 (15)0.0296 (15)
C3类0.0751 (18)0.0529 (15)0.0402 (13)0.0083 (13)0.0088 (12)0.0163 (11)
补体第四成份0.0315 (10)0.0396 (11)0.0348 (10)0.0151 (8)0.0040 (8)0.0098 (8)
C5级0.076 (2)0.0498 (15)0.0523 (16)0.0029 (14)0.0110 (14)0.0120 (12)
C6级0.099 (3)0.069 (2)0.0506 (18)0.0008 (19)0.0216 (17)0.0003 (16)
抄送70.0246 (9)0.0292 (9)0.0363 (10)0.0085 (7)0.0058 (7)0.0110 (8)
C80.0261 (9)0.0363 (10)0.0398 (10)0.0112 (8)0.0095 (8)0.0122 (8)
C9级0.0228 (8)0.0364 (10)0.0361 (10)0.0107 (7)0.0095 (7)0.0124 (8)
C10号机组0.0255 (9)0.0331 (9)0.0325 (9)0.0112 (7)0.0066 (7)0.0126 (8)
C11号机组0.0262 (10)0.0453 (12)0.0516 (13)0.0079 (9)0.0099 (9)0.0027 (10)
第12项0.0343 (10)0.0374 (10)0.0370 (10)0.0163 (8)0.0061 (8)0.0123 (8)
N1型0.0207 (7)0.0351 (9)0.0416 (9)0.0079 (6)0.0086 (6)0.0094 (7)
氮气0.0237 (8)0.0284 (8)0.0552 (11)0.0069 (6)0.0101 (7)0.0096 (7)
O1公司0.0303 (8)0.0385 (8)0.0734 (12)0.0151 (6)0.0150 (7)0.0103 (8)
氧气0.0333 (8)0.0521 (10)0.0681 (11)0.0229 (7)0.0135 (7)0.0155 (8)
臭氧0.0431 (9)0.0336 (8)0.0738 (12)0.0180 (7)0.0026 (8)0.0034 (8)
第13条0.071 (6)0.051 (6)0.116 (9)0.039 (4)0.008 (6)0.001 (5)
第14项0.100 (5)0.041 (3)0.171 (9)0.017 (3)0.030 (5)0.003 (4)
C13A型0.077 (14)0.052 (10)0.063 (8)0.048 (10)0.016 (7)0.009 (7)
C14A型0.18 (2)0.138 (18)0.075 (9)0.115 (18)0.028 (9)0.000 (9)
第1类0.1383 (10)0.1531 (11)0.0355 (4)0.0742 (8)0.0001 (5)0.0144 (5)
氯化二0.0426 (3)0.0510 (4)0.0510 (3)0.0153 (3)0.0023 (2)0.0100 (3)
几何参数(λ,º) 顶部
C1-C6号机组1.342 (5)C11-氯1.766 (2)
C1-C2类1.352 (5)C11-H11A型0.9700
C1-Cl1号机组1.739 (3)C11-H11B型0.9700
C2-C3型1.388 (4)C12-O21.207 (3)
C2-H2型0.9300C12-O3型1.330 (3)
C3-C4型1.366 (3)N1-H1型0.8600
C3-H3型0.9300N2-H2A气体0.8600
C4-C5型1.369 (3)O3-C13A型1.4000 (10)
C4至C71.518 (3)臭氧层-131.482 (8)
C5至C61.387 (4)C13至C141.430 (19)
C5-H5型0.9300C13-H13A型0.9700
C6-H6型0.9300C13-H13B型0.9700
C7-N1型1.461 (2)C14-H14A型0.9600
C7-C10型1.513 (2)C14-H14B型0.9600
C7-H7型0.9800C14-H14C型0.9600
C8-O1型1.225 (2)C13A-C14A型1.4000 (10)
C8-N1型1.333 (3)C13A-H13C型0.9700
C8-N2型1.373 (2)C13A-H13D型0.9700
C9-C10型1.341 (3)C14A-H14D型0.9600
C9-N2型1.379 (2)C14A-H14E型0.9600
C9-C11型1.498 (3)C14A-H14F型0.9600
C10-C12号机组1.466 (3)
C6-C1-C2型121.0 (3)氯化物-C11-H11A109.2
C6-C1-Cl1119.8 (3)C9-C11-H11B109.2
C2-C1-Cl1型119.2 (3)氯化物-C11-H11B109.2
C1-C2-C3119.1 (3)H11A-C11-H11B型107.9
C1-C2-H2120.5氧气-C12-O3122.43 (19)
C3-C2-H2120.5氧气-C12-C10127.3 (2)
C4-C3-C2型121.3 (3)臭氧-C12-C10110.28 (17)
C4-C3-H3型119.4C8-N1-C7号机组124.46 (16)
C2-C3-H3型119.4C8-N1-H1型117.8
C3-C4-C5型118.0 (2)C7-N1-H1型117.8
C3-C4-C7型121.6 (2)C8-N2-C9123.10 (17)
C5-C4-C7120.4 (2)C8-N2-H2A型118.5
C4至C5至C6120.8 (3)C9-N2-H2A118.4
C4-C5-H5型119.6C12-O3-C13A型120.4 (14)
C6-C5-H5型119.6C12-O3-C13114.8 (8)
C1-C6-C5型119.8 (3)C13A-O3-C1310.8 (18)
C1-C6-H6型120.1C14-C13-O3型107.3 (12)
C5-C6-H6120.1C14-C13-H13A型110.3
N1-C7-C10型109.45 (15)O3-C13-H13A型110.3
N1-C7-C4110.73 (15)C14-C13-H13B型110.3
C10-C7-C4113.47 (16)O3-C13-H13B型110.3
N1-C7-H7型107.7H13A-C13-H13B108.5
C10-C7-H7型107.7臭氧-C13A-C14A110.7 (9)
C4-C7-H7型107.7臭氧-C13A-H13C109.5
O1-C8-N1型123.56 (18)C14A-C13A-H13C型109.5
O1-C8-N2型120.66 (19)O3-C13A-H13D型109.5
N1-C8-N2型115.73 (17)C14A-C13A-H13D型109.5
C10-C9-N2120.01 (17)H13C-C13A-H13D108.1
C10-C9-C11号机组124.57 (18)C13A-C14A-H14D型109.5
N2-C9-C11型115.41 (18)C13A-c114a-H14E109.5
C9-C10-C12型122.35 (17)H14D-C14A-H14E型109.5
C9-C10-C7119.80 (17)C13A-C14A-H14F型109.5
C12-C10-C7型117.78 (17)H14D-C14A-H14F型109.5
C9-C11-Cl2112.02 (15)H14E-C14A-H14F109.5
C9-C11-H11A109.2
C6-C1-C2-C3型0.1 (5)C10-C9-C11-Cl2138.10 (19)
Cl1-C1-C2-C3179.6 (3)N2-C9-C11-Cl242.8 (3)
C1-C2-C3-C4型1.4 (5)C9-C10-C12-O28.7 (4)
C2-C3-C4-C5型1.7 (5)C7-C10-C12-O2168.2 (2)
C2-C3-C4-C7型176.7 (3)C9-C10-C12-O3173.0 (2)
C3-C4-C5-C6型0.7 (5)C7-C10-C12-O3型10.1 (3)
C7-C4-C5-C6177.7 (3)O1-C8-N1-C7163.2 (2)
C2-C1-C6-C5型0.8 (6)N2-C8-N1-C7型19.2 (3)
氯-1-C1-C6-C5179.4 (3)C10-C7-N1-C831.1 (3)
C4-C5-C6-C10.5 (6)C4-C7-N1-C8型94.8 (2)
C3-C4-C7-N168.6 (3)O1-C8-N2-C9171.1 (2)
C5-C4-C7-N1109.8 (3)N1-C8-N2-C96.6 (3)
C3-C4-C7-C1055.0 (3)C10-C9-N2-C8型16.8 (3)
C5-C4-C7-C10126.6 (3)C11-C9-N2-C8164.1 (2)
N2-C9-C10-C12型174.98 (18)O2-C12-O3-C13A3.8 (9)
C11-C9-C10-C124.0 (3)C10-C12-O3-C13A177.8 (9)
N2-C9-C10-C71.8 (3)O2-C12-O3-C136.6 (7)
C11-C9-C10-C7179.16 (19)C10-C12-O3-C13171.8 (7)
N1-C7-C10-C919.3 (3)C12-O3-C13-C14171.9 (10)
C4-C7-C10-C9105.0 (2)C13A-O3-C13-C1465 (9)
N1-C7-C10-C12号机组163.80 (17)C12-O3-C13A-C14A103 (2)
C4-C7-C10-C12型72.0 (2)C13-O3-C13A-C14A42 (7)
氢键几何形状(λ,º) 顶部
-H(H)···A类-H(H)H(H)···A类···A类-H(H)···A类
N2-H2气体A类···O1公司0.862.042.885 (2)166
N1-H1··O2ii(ii)0.862.233.070 (2)166
C11-H11B类···O1公司0.972.503.069 (3)117
C11-H11A类···氧气0.972.142.814 (3)126
对称代码:(i)x个+1,1,z(z); (ii)x个+1,,z(z); (iii)x个1,,z(z).
氢键几何形状(λ,º) 顶部
-H(H)···A类-H(H)H(H)···A类···A类-H(H)···A类
N2-H2A··O10.862.042.885 (2)166
N1-H1··O2ii(ii)0.862.233.070 (2)166
C11-H11B···O10.972.503.069 (3)117
C11-H11A···O20.972.142.814 (3)126
对称代码:(i)x个+1,1,z(z); (ii)x个+1,,z(z); (iii)x个1,,z(z).
 

鸣谢

SB感谢钦奈SRM大学物理与纳米技术系K.Ramamurthi教授的指导和宝贵建议。

工具书类

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