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有机化合物\（\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\）

期刊徽标晶体学
通信
编号：2056-9890
第68卷| 第1部分| 2012年1月| 第o66页
doi:10.1107/S1600536811051762

（5-甲氧基-1H（H）-吲哚-3-基）乙腈

余华阁,一* 李金凤一和杨惠洛一

一东南大学化学化工学院有序物质科学研究中心，南京210096
*通信电子邮件：peluoyh@sina.com

(收到日期：2011年11月5日； 2011年12月1日接受； 在线2011年12月10日)

在标题化合物中，C11H（H）10N个2O、 亚甲基的O原子和C原子与近似平面环系统的偏差仅为[0.029（3）和0.055（3）Au]（均方根偏差=0.013 Au）。在晶体中，N-H…O氢键将分子连接成沿着b条轴。

相关文献

吲哚-3-乙酸被认为是大多数植物中的关键生长素，参见：Woodward&Bartel（2005）[Woodward，A.W.&Bartel，B.（2005），《机器人年鉴》第95期，第707-735页。]).

【方案一】

实验

水晶数据

  • C类11H（H）10N个2O（运行）

  • M（M）第页= 186.21

  • 单诊所，P（P）21/n个

  • 一= 8.9242 (18) Å

  • b条= 11.461 (2) Å

  • c（c）= 9.889 (2) Å

  • β= 110.77 (3)°

  • V（V）= 945.7 (3) Å三

  • Z轴= 4

  • 钼K（K）α辐射

  • μ=0.09毫米−1

  • T型=293千

  • 0.20×0.20×0.250毫米
数据收集

  • Rigaku SCXmini衍射仪

  • 吸收校正：多扫描(CrystalClear公司; 里加库，2005年[Rigaku.（2005）.CrystalClear.Rigaku Corporation，日本东京])T型最小值= 0.983,T型最大值= 0.983

  • 9617次测量反射

  • 2164个独立反射

  • 1225次反射我> 2σ(我)

  • 对整数= 0.085
精炼

  • 对[F类2> 2σ(F类2)] = 0.064

  • 水风险(F类2) = 0.162

  • S公司= 1.01

  • 2164次反射

  • 127个参数

  • 受约束的氢原子参数

  • Δρ最大值=0.16埃−3

  • Δρ最小值=-0.23埃−3

表1
氢键几何形状（λ，°）

D类-H月A类 D类-H（H） H月A类 D类⋯A类 D类-H月A类
N1-H1型A类2010年1月我 0.86 2.18 3.038 (3) 175
对称代码：（i）[-x+{\script{1\over 2}}，y+{\sscript{1\ over 2{}，-z+{\script{3\over 2neneneep}].

数据收集：CrystalClear公司（里加库，2005年[Rigaku.（2005）.CrystalClear.Rigaku Corporation，日本东京]); 细胞精细化： CrystalClear公司; 数据缩减：CrystalClear公司; 用于求解结构的程序：SHELXS97标准（谢尔德里克，2008年[Sheldrick，G.M.（2008），《水晶学报》，A64112-122。]); 用于优化结构的程序：SHELXL97型（谢尔德里克，2008年[Sheldrick，G.M.（2008），《水晶学报》，A64112-122。]); 分子图形：钻石（Brandenburg&Putz，2005）【Brandenburg，K.和Putz，H.（2005）。钻石。水晶冲击GbR，德国波恩。】); 用于准备出版材料的软件：SHELXL97型.

支持信息

晶体结构：包含全局数据块I。内政部：10.1107/S1600536811051762/bt5708sup1.cif

结构因素：包含数据块I。DOI：10.1107/S1600536811051762/bt5708Isup2.hkl

支持信息文件。内政部：10.1107/S1600536811051762/bt5708Isup3.cml

checkCIF报告


注释顶部

吲哚衍生物是重要的化学原料，因为它们是许多医药产品的优良药物中间体。作为我们对这些材料感兴趣的一部分，我们在这里报告晶体结构标题化合物的名称。

标题化合物的分子结构如图1所示。原子O1和N3位于吲哚平面。标题化合物形成之字形链结构通过分子间N-H··O氢键相互作用（图2）。

相关文献顶部

吲哚-3-乙酸被认为是大多数植物中的关键生长素，参见：Woodward&Bartel（2005）

实验顶部

通过缓慢蒸发甲醇溶液，获得了适用于X射线衍射的3-氰基-5-甲氧基吲哚晶体。

精炼顶部

所有附着在C原子和N原子上的H原子都被几何固定，并被视为骑在C-H=0.93º（CH），C-H=0.97º（CH）上2)，C-H=0.96º（CH三)且N-H=0.86ºU型国际标准化组织（H） =1.2U型等式（瑞士、瑞士2和NH）和U型国际标准化组织（H） =1.5U型等式（瑞士三).

计算详细信息顶部

数据收集：CrystalClear公司（里加库，2005年）；细胞精细化： CrystalClear公司（里加库，2005年）；数据缩减：CrystalClear公司（里加库，2005年）；用于求解结构的程序：SHELXS97标准（谢尔德里克，2008）；用于优化结构的程序：SHELXL97型（谢尔德里克，2008）；分子图形：钻石（勃兰登堡和普茨，2005年）；用于准备出版材料的软件：SHELXL97型（谢尔德里克，2008）。

数字顶部
[图1] 图1。标题化合物的分子结构与原子标记方案。位移椭球是在30%的概率水平上绘制的。氢原子表示为任意半径的小球。
[图2] 图2。下面的打包视图一显示三维网络的轴。分子间氢键显示为虚线。
（5-甲氧基-1H（H）-吲哚-3-基）乙腈顶部
水晶数据 顶部
C类11H（H）10N个2O（运行）F类(000) = 392
M（M）第页= 186.21D类x个=1.308毫克−三
单诊所，P（P）21/n个钼K（K）α辐射，λ= 0.71073 Å
大厅符号：-P 2yn2164次反射的单元参数
一= 8.9242 (18) Åθ= 3.0–27.5°
b条= 11.461 (2) ŵ=0.09毫米−1
c（c）= 9.889 (2) ÅT型=293千
β= 110.77 (3)°棱镜，白色
V（V）= 945.7 (3) Å三0.20×0.20×0.250毫米
Z轴= 4
数据收集 顶部
Rigaku SCXmini公司
衍射仪		2164个独立反射
辐射源：细焦点密封管1225次反射我> 2σ(我)
石墨单色仪对整数= 0.085
探测器分辨率：13.6612像素mm-1θ最大值= 27.5°,θ最小值= 3.0°
CCD_Profile_fitting扫描小时=−11→11
吸收校正：多扫描
(CrystalClear公司; 里加库，2005年）		k=−14→14
T型最小值= 0.983,T型最大值= 0.983我=−12→12
9617次测量反射
精炼 顶部
优化于F类2主原子位置定位：结构-变量直接方法
最小二乘矩阵：完整二次原子位置：差分傅里叶映射
对[F类2> 2σ(F类2)] = 0.064氢站点位置：从邻近站点推断
水风险(F类2) = 0.162受约束的氢原子参数
S公司= 1.01 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0742P（P）)2]
哪里P（P）= (F类o个2+ 2F类c（c）2)/3
2164次反射(Δ/σ)最大值< 0.001
127个参数Δρ最大值=0.16埃−三
0个约束Δρ最小值=−0.23埃−三
水晶数据 顶部
C类11H（H）10N个2O（运行）V（V）= 945.7 (3) Å三
M（M）第页= 186.21Z轴= 4
单诊所，P（P）21/n个钼K（K）α辐射
一= 8.9242 (18) ŵ=0.09毫米−1
b条= 11.461 (2) ÅT型=293千
c（c）= 9.889 (2) Å0.20×0.20×0.250毫米
β= 110.77 (3)°
数据收集 顶部
Rigaku SCXmini公司
衍射仪		2164个独立反射
吸收校正：多扫描
(CrystalClear公司; 里加库，2005年）		1225次反射我> 2σ(我)
T型最小值= 0.983,T型最大值= 0.983对整数= 0.085
9617次测量反射
精炼 顶部
对[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0640个约束
水风险(F类2) = 0.162受约束的氢原子参数
S公司= 1.01Δρ最大值=0.16埃−三
2164次反射Δρ最小值=−0.23埃−三
127个参数
特殊细节 顶部

几何图形所有的e.s.d.（除了两个l.s.平面之间的二面角中的e.s.d.）都是使用全协方差矩阵估计的。在估计距离、角度和扭转角中的e.s.d.时，单独考虑单元e.s.d；只有当e.s.d.的胞内参数由晶体对称性定义时，才使用它们之间的相关性。单元e.s.d.的近似（各向同性）处理用于估计涉及l.s.平面的e.s.d。

精炼.改进F类2对抗所有反射。加权对-因子水风险和贴合度S公司基于F类2，常规对-因素对基于F类，使用F类负值设置为零F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算对-因子（gt）等.与选择反射进行细化无关。对-因素基于F类2在统计上大约是基于F类，以及对-基于所有数据的因素将更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个年z（z）U型国际标准化组织*/U型等式
O10.08200 (19)0.23891 (13)0.92113 (17)0.0519 (5)
N1型0.4881 (3)0.52233 (16)0.7682 (2)0.0518 (6)
甲型H1A0.47450.58340.71460.062*
C11号机组0.3678 (3)0.45969 (19)0.7916 (2)0.0427 (6)
抄送70.1867 (3)0.30957 (19)0.8827 (2)0.0411 (6)
C6级0.3486 (3)0.29199 (18)0.9310 (2)0.0397 (6)
H6A型0.39530.23060.99320.048*
C5级0.4415 (3)0.36821 (17)0.8848 (2)0.0375 (5)
C90.1145 (3)0.40038 (19)0.7890 (2)0.0471 (6)
H9A型0.00390.40970.75780.056*
指挥与控制0.6091 (3)0.37808 (19)0.9158 (2)0.0435 (6)
C10号机组0.2039 (3)0.4759 (2)0.7425 (2)0.0493 (7)
H10A型0.15590.53660.67950.059*
补体第四成份0.7188 (3)0.1836 (2)0.9369 (3)0.0512 (7)
氮气0.7006 (3)0.0969 (2)0.8796 (3)0.0763 (8)
C3类0.7349 (3)0.2968 (2)1.0056 (3)0.0499 (7)
H3A型0.83990.32881.01920.060*
H3B型0.72580.28841.10000.060*
C1类0.6310 (3)0.4726 (2)0.8428 (2)0.0488 (6)
H1B型0.72970.49930.84380.059*
第12项0.1430 (3)0.1826 (2)1.0567 (3)0.0674 (8)
H12A型0.06030.13611.07070.101*
H12B型0.17920.24011.13190.101*
H12C型0.23120.13341.05960.101*
原子位移参数（2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O10.0497 (10)0.0531 (11)0.0501 (10)−0.0009 (8)0.0141 (9)0.0083 (8)
N1型0.0763 (15)0.0387 (11)0.0433 (11)−0.0030 (11)0.0248 (11)0.0039 (9)
C11号机组0.0580 (15)0.0334 (13)0.0369 (12)0.0000 (11)0.0171 (12)−0.0018 (10)
抄送70.0483 (14)0.0359 (13)0.0375 (12)−0.0007 (10)0.0132 (11)−0.0029 (10)
C6级0.0510 (15)0.0296 (12)0.0354 (12)0.0022 (10)0.0116 (11)0.0016 (9)
C5级0.0482 (14)0.0336 (12)0.0297 (11)0.0016 (10)0.0127 (10)−0.0052 (9)
C90.0496 (15)0.0413 (14)0.0422 (13)0.0042 (11)0.0063 (12)−0.0013 (11)
指挥与控制0.0533 (15)0.0397 (14)0.0387 (13)0.0006 (11)0.0181 (12)−0.0064 (10)
C10号机组0.0649 (17)0.0367 (14)0.0393 (13)0.0084 (12)0.0098 (13)0.0051 (10)
补体第四成份0.0540 (16)0.0443 (16)0.0596 (16)0.0075 (12)0.0253 (13)0.0017 (13)
氮气0.0910 (19)0.0520 (16)0.0877 (18)0.0086 (13)0.0337 (15)−0.0115 (14)
C3类0.0490 (14)0.0445 (15)0.0569 (15)0.0016 (11)0.0197 (12)−0.0065 (12)
C1类0.0589 (16)0.0443 (15)0.0497 (14)−0.0050 (12)0.0274 (13)−0.0078 (11)
第12项0.0650 (18)0.0741 (19)0.0598 (17)−0.0023 (15)0.0180 (14)0.0212 (15)
几何参数（λ，º） 顶部
O1至C71.387 (3)C9-H9A型0.9300
O1-C12型1.411 (3)C2-C1型1.353 (3)
N1-C1型1.352 (3)C2-C3型1.487 (3)
N1-C11号机组1.378 (3)C10-H10A型0.9300
N1-H1A型0.8600C4-N2型1.127 (3)
C11-C5型1.397 (3)C4-C3型1.448 (3)
C11-C10型1.381 (3)C3-H3A型0.9700
C7-C6型1.366 (3)C3-H3B型0.9700
C7-C91.391 (3)C1-H1B型0.9300
C6-C5型1.389 (3)C12-小时12a0.9600
C6-H6A型0.9300C12-H12B型0.9600
C5-C2类1.420 (3)C12-H12C型0.9600
C9-C10型1.363 (3)
C7-O1-C12117.14 (18)C5-C2-C3126.4 (2)
C1-N1-C11109.2 (2)C9-C10-C11118.0 (2)
C1-N1-H1A125.4C9-C10-H10A121
C11-N1-H1A型125.4C11-C10-H10A型121
N1-C11-C5106.8 (2)N2-C4-C3177.3 (3)
N1-C11-C10131.5 (2)C4-C3-C2型110.65 (19)
C5-C11-C10型121.7 (2)C4-C3-H3A型109.5
C6-C7-O1型123.33 (19)C2-C3-H3A型109.5
C6-C7-C9121.7 (2)C4-C3-H3B型109.5
O1-C7-C9114.9 (2)C2-C3-H3B型109.5
C7-C6-C5型118.2 (2)H3A-C3-H3B型108.1
C7-C6-H6A型120.9C2-C1-N1型110.0 (2)
C5-C6-H6A120.9C2-C1-H1B型125
C6-C5-C11型119.5 (2)N1-C1-H1B型125
C6-C5-C2型133.2 (2)O1-C12-H12A型109.5
C11-C5-C2型107.2 (2)O1-C12-H12B型109.5
C10-C9-C7号机组120.8 (2)H12A-C12-H12B型109.5
C10-C9-H9A型119.6O1-C12-H12C型109.5
C7-C9-H9A型119.6H12A-C12-H12C型109.5
C1-C2-C5型106.8 (2)H12B-C12-H12C109.5
C1-C2-C3126.8 (2)
氢键几何形状（λ，º） 顶部
D类-H（H）···A类D类-H（H）H（H）···A类D类···A类D类-H（H）···A类
N1-H1型A类···O1公司我0.862.183.038 (3)175
对称代码：（i）−x个+1/2,年+1/2,−z（z）+3/2.

实验细节

水晶数据
化学配方C类11H（H）10N个2O（运行）
M（M）第页186.21
水晶系统，太空组单诊所，P（P）21/n个
温度（K）293
一,b条,c（c）(Å)8.9242 (18), 11.461 (2), 9.889 (2)
β(°)110.77 (3)
V（V）(Å三)945.7 (3)
Z轴4
辐射类型钼K（K）α
µ（毫米−1)0.09
晶体尺寸（mm）0.20 × 0.20 × 0.20
数据收集
衍射仪Rigaku SCXmini公司
衍射仪
吸收校正多扫描
(CrystalClear公司; 里加库，2005年）
T型最小值,T型最大值0.983, 0.983
测量、独立和
观察到的[我> 2σ(我)]反射		9617, 2164, 1225
对整数0.085
（罪θ/λ)最大值(Å−1)0.649
精炼
对[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司0.064, 0.162, 1.01
反射次数2164
参数数量127
氢原子处理受约束的氢原子参数
Δρ最大值, Δρ最小值（eó）−三)0.16,−0.23

计算机程序：CrystalClear公司（里加库，2005年），SHELXS97标准（谢尔德里克，2008），SHELXL97型（谢尔德里克，2008），钻石（Brandenburg&Putz，2005）。

氢键几何形状（λ，º） 顶部
D类-H（H）···A类D类-H（H）H（H）···A类D类···A类D类-H（H）···A类
N1-H1A···O1我0.862.183.038 (3)174.8
对称代码：（i）−x个+1/2,年+1/2,−z（z）+3/2.
 

工具书类

第一次引用Brandenburg，K.和Putz，H.（2005）。钻石。Crystal Impact GbR，德国波恩。 谷歌学者
 第一次引用里加库。(2005).CrystalClear公司Rigaku Corporation，日本东京。 谷歌学者
 第一次引用Sheldrick，G.M.（2008）。《水晶学报》。A类64, 112–122. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
 第一次引用Woodward，A.W.和Bartel，B.（2005年）。安·博特。 95, 707–735. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者

这是一篇根据知识共享署名（CC-BY）许可证它允许在任何介质中不受限制地使用、分发和复制，前提是引用了原始作者和来源。

期刊徽标晶体学
通信
编号：2056-9890
第68卷| 第1部分| 2012年1月| 第o66页
doi:10.1107/S1600536811051762