有机化合物\(第5em段)

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号:2056-9890

(E类)-N个′-[1-(噻吩-2-基)亚乙基]苯甲酰肼

中华人民共和国浙江工业大学化学工程与材料科学学院
*通信电子邮件:shanshang@mail.hz.zj.cn

(收到日期:2011年7月16日; 2011年8月15日接受; 在线2011年8月27日)

标题化合物C13H(H)12N个2OS是由2-乙酰噻吩和苯甲酰肼的缩合反应得到的。在分子量中,甲酰肼片段近似为平面(r.m.s偏差=0.0146?),平均平面与苯环和噻吩环的二面角分别为24.47(11)°和28.86(13)°。噻吩环和苯环的二面角为53.21(8)°。苯甲酰胺片段和噻吩环位于C=N键的对侧,显示出一个E类构象。经典的分子间N-H…O氢键和弱的C-H…O相互作用存在于晶体结构:三个这样的键发生在同一个O原子受体上。

相关文献

有关腙衍生物在生物领域的应用,请参见:Okabe等人。(1993[Okabe,N.、Nakamura,T.和Fukuda,H.(1993)。《结晶学报》C491678-1680。]). 有关此工作的一般背景,请参见:Qiang等人。(2007[Qiang,G.-R.,Fan,Z.,Shan,S.,Tian,Y.-L.&Fu,X.C.(2007),《结晶学报》E63,o2246-o2248。]). 有关相关结构,请参见:Xia等人。(2009[夏,L.-Y.,王,W.-L.,王,S.-H.,黄,Y.-L.&珊,S.(2009).《晶体学报》E65,o1900.]); 掸邦等人。(2011[Shan,S.,Wang,Z.,Huang,Y.-L.,Guo,H.-Q.&Li,D.-F.(2011),《结晶学报》E67,o2497。])

【方案一】

实验

水晶数据
  • C类13H(H)12N个2操作系统

  • M(M)第页= 244.31

  • 正交各向异性,P(P) b条 c

  • = 9.906 (3) Å

  • b条= 10.542 (5) Å

  • c= 22.870 (5) Å

  • V(V)= 2388.3 (14) Å

  • Z轴= 8

  • K(K)α辐射

  • μ=0.26毫米−1

  • T型=294千

  • 0.32×0.29×0.28毫米

数据收集
  • Rigaku R轴快速IP衍射仪

  • 7859次测量反射

  • 2153个独立反射

  • 1552次反射> 2σ()

  • R(右)整数= 0.036

精炼
  • R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.041

  • 水风险(F类2) = 0.101

  • S公司= 1.03

  • 2153次反射

  • 155个参数

  • 受约束的氢原子参数

  • Δρ最大值=0.20埃−3

  • Δρ最小值=-0.17埃−3

表1
氢键几何形状(λ,°)

D类-H月A类 D类-H(H) H月A类 D类A类 D类-H月A类
N1-H1和O1 0.86 2.50 3.340 (3) 166
C2-H2乙醚 0.93 2.43 3.251 (3) 147
C13-H13型A类2010年1月 0.96 2.40 3.246(3) 147
对称代码:(i)[-x+{\script{1\over2}},y+{\sscript{1\ever2},z].

数据收集:自动处理(里加库,1998年[Rigaku(1998)。PROCESS-AUTO。Rigaku-公司,日本东京。]); 细胞精细化: 自动处理; 数据缩减:晶体结构(里加库/MSC,2002年[Rigaku/MSC(2002)。《晶体结构》。Rigaku/MSC,美国德克萨斯州伍德兰。]); 用于求解结构的程序:92新加坡元(阿尔托马雷等人。, 1993【Altomare,A.,Cascarano,G.,Giacovazzo,C.&Guagliardi,A.(1993),《应用结晶杂志》,第26期,第343-350页。】); 用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 分子图形:ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997年【Farrugia,L.J.(1997),《应用结晶杂志》,第30卷,第565页。】); 用于准备出版材料的软件:WinGX公司(Farrugia,1999年【Farrugia,L.J.(1999),《应用结晶杂志》,第32期,第837-838页。】).

支持信息


注释顶部

腙衍生物引起了我们的极大关注,因为它们已被证明是潜在的DNA损伤和诱变剂(Okabe等人。, 1993). 作为正在进行的关于腙衍生物(Qiang)结构和性能之间关系的研究的一部分等人。,2007)标题化合物最近在我们的实验室中制备晶体结构此处报告。

标题化合物的分子结构如图所示。1。在分子中,甲酰肼片段近似共面[r.m.s偏差=0.0146?],平均平面相对于苯环和噻吩环分别定向为24.47(11)和28.86(13)°。N2-C8键长为1.286(2)Ω,显示出典型的CN双键。噻吩和苯甲酰胺单元位于C的相对位置N键,显示E配置。

分子间N-H··O和弱C-H··O氢键存在于晶体结构(表1)。

相关文献顶部

有关腙衍生物在生物领域的应用,请参见:Okabe等人。(1993). 有关此工作的一般背景,请参见:Qiang等人。(2007). 有关相关结构,请参见:Xia等人。(2009年)。

实验顶部

将苯甲酰肼(0.68 g,5 mmol)溶解在乙醇(25 ml)中,然后将乙酸(0.2 ml)添加到乙醇溶液中并搅拌。将溶液在约333 K下加热几分钟,直到其变清。然后将2-乙酰噻吩(0.63 g,5 mmol)缓慢添加到溶液中,将混合溶液回流6 h。冷却到室温后,出现黄色微晶。从溶液中分离微晶并用冷水清洗三次。用无水甲醇进行两次再结晶,以获得标题化合物的单晶。

精炼顶部

H原子被放置在计算位置,C-H=0.93(芳香族)、0.96?(甲基)和N-H=0.86?,并在骑行模式下用U型国际标准化组织(H) =1.5U型等式(C) 对于甲基H原子和1.2U型等式(C,N)表示其他。

计算详细信息顶部

数据收集:自动处理(里加库,1998年);细胞精细化: 自动处理(里加库,1998年);数据缩减:晶体结构(里加库/MSC,2002年);用于求解结构的程序:92新加坡元(阿尔托马雷等人。, 1993); 用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008);分子图形:ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997);用于准备出版材料的软件:WinGX公司(Farrugia,1999年)。

数字顶部
[图1] 图1。标题化合物的分子结构具有40%的概率位移(H原子的任意球体)。
(E类)-N个'-[1-(噻吩-2-基)亚乙基]苯甲酰肼顶部
水晶数据 顶部
C类13H(H)12N个2操作系统F类(000) = 1024
M(M)第页= 244.31D类x个=1.359毫克
正交各向异性,P(P)b条cK(K)α辐射,λ= 0.71073 Å
大厅符号:-P 2ac 2ab2153次反射的细胞参数
= 9.906 (3) Åθ= 3.3–25.2°
b条= 10.542 (5) ŵ=0.26毫米1
c= 22.870 (5) ÅT型=294千
V(V)= 2388.3 (14) Å块,黄色
Z轴= 80.32×0.29×0.28毫米
数据收集 顶部
Rigaku R轴快速IP
衍射仪
1552次反射> 2σ()
辐射源:细焦点密封管R(右)整数= 0.036
石墨单色仪θ最大值= 25.2°,θ最小值= 3.3°
探测器分辨率:10.0像素mm-1小时=1011
ω扫描k个=1112
7859次测量反射=2723
2153个独立反射
精炼 顶部
优化于F类2初级原子位点定位:结构不变的直接方法
最小二乘矩阵:完整二次原子位置:差分傅里叶映射
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.041氢站点位置:从邻近站点推断
水风险(F类2) = 0.101受约束的氢原子参数
S公司= 1.03 w个= 1/[σ2(F类o(o)2) + (0.0465P(P))2+0.4798P(P)]
哪里P(P)=(F类o(o)2+ 2F类c2)/3
2153次反射(Δ/σ)最大值= 0.001
155个参数Δρ最大值=0.20埃
0个约束Δρ最小值=0.17埃
水晶数据 顶部
C类13H(H)12N个2操作系统V(V)=2388.3(14)Å
M(M)第页= 244.31Z轴= 8
正交各向异性,P(P)b条cK(K)α辐射
= 9.906 (3) ŵ=0.26毫米1
b条= 10.542 (5) ÅT型=294千
c= 22.870 (5) Å0.32×0.29×0.28毫米
数据收集 顶部
Rigaku R轴快速IP
衍射仪
1552次反射> 2σ()
7859次测量反射R(右)整数= 0.036
2153个独立反射
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0410个约束
水风险(F类2) = 0.101受约束的氢原子参数
S公司= 1.03Δρ最大值=0.20埃
2153次反射Δρ最小值=0.17埃
155个参数
特殊细节 顶部

几何图形所有e.s.d.(除了两个l.s.平面之间的二面角中的e.s.d.)都是使用全协方差矩阵估计的。在估计距离、角度和扭转角中的e.s.d.时,单独考虑单元e.s.d;只有当由晶体对称性定义时,才使用电解槽参数中e.s.d.之间的相关性。单元e.s.d.的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的e.s.d。

精炼.改进F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,使用F类负值设置为零F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt).与选择反射进行细化无关。R(右)-因素基于F类2在统计上大约是基于F类,以及R(右)-基于所有数据的因素将更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式
S1(第一阶段)0.61206 (5)0.31374 (5)0.02223 (3)0.0507 (2)
N1型0.30582 (15)0.50999 (16)0.12073 (8)0.0425(5)
上半年0.30950.58950.12900.051*
氮气20.41317 (15)0.45043 (16)0.09296 (8)0.0422 (4)
O10.19122 (15)0.32660 (14)0.12656 (9)0.0679(5)
C1类0.08229 (18)0.51074 (18)0.16290 (10)0.0376 (5)
指挥与控制0.0570(2)0.6393 (2)0.15591 (10)0.0462 (6)
氢气0.11260.68810.13210.055*
C3类0.0508 (2)0.6949 (2)0.18432 (11)0.0549(6)
H3级0.06750.78100.17940.066*
补体第四成份0.1335 (2)0.6245 (3)0.21977 (11)0.0583 (7)
H4型0.20500.66290.23930.070*
C5级0.1101 (2)0.4972 (2)0.22631 (12)0.0606 (7)
H5型0.16640.44900.25010.073*
C6级0.0040 (2)0.4405 (2)0.19801 (10)0.0495 (6)
H6型0.01030.35380.20240.059*
抄送70.19588 (19)0.4411(2)0.13447 (10)0.0423(5)
抄送80.5283 (2)0.50629 (18)0.09602 (10)0.0377(5)
C9级0.63941 (18)0.44513 (18)0.06501 (9)0.0377 (5)
C10号机组0.7727 (2)0.4768 (2)0.06465 (11)0.0488 (6)
H10型0.80800.54510.08530.059*
C11号机组0.8514 (2)0.3953 (2)0.02980 (11)0.0549 (7)
H11型0.94410.40430.02490.066*
第12项0.7782 (2)0.3029 (2)0.00428 (11)0.0509(6)
H12型0.81410.24090.02010.061*
第13页0.5569 (2)0.6255 (2)0.12900 (11)0.0523 (6)
H13A型0.50230.69300.11370.078*
H13B型0.65060.64710.12490.078*
H13C型0.53620.61300.16960.078*
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
S1(第一阶段)0.0387 (3)0.0543 (4)0.0590 (4)0.0030 (3)0.0008 (3)0.0143 (3)
N1型0.0321 (9)0.0425 (9)0.0529 (13)0.0001 (8)0.0042(8)0.0043 (8)
氮气20.0328 (9)0.0455 (9)0.0484 (12)0.0030 (8)0.0026 (8)0.0031 (8)
O10.0465 (9)0.0458 (9)0.1112 (16)0.0032 (7)0.0204 (9)0.0110(9)
C1类0.0319 (10)0.0441 (11)0.0368(13)0.0032 (9)0.0021 (9)0.0031 (9)
指挥与控制0.0422 (12)0.0472 (12)0.0491 (16)0.0032 (10)0.0022 (11)0.0017(10)
C3类0.0555 (14)0.0501 (13)0.0591 (17)0.0100 (11)0.0014 (12)0.0064(12)
补体第四成份0.0485 (13)0.0730 (17)0.0533 (17)0.0060(13)0.0099 (12)0.0136 (13)
C5级0.0592 (15)0.0688 (16)0.0538 (18)0.0099 (13)0.0207 (13)0.0064 (12)
C6级0.0537 (13)0.0479 (12)0.0470 (15)0.0034 (11)0.0064 (11)0.0016 (11)
抄送70.0344 (11)0.0441 (12)0.0485 (15)0.0015 (10)0.0023 (10)0.0020 (10)
抄送80.0345 (10)0.0393 (10)0.0392 (13)0.0005 (9)0.0022 (10)0.0023(9)
C9级0.0346 (10)0.0382 (10)0.0402 (13)0.0003(9)0.0007 (9)0.0029 (9)
C10号机组0.0375 (11)0.0448 (12)0.0641 (17)0.0057 (10)0.0032(11)0.0064 (11)
C11号机组0.0354 (11)0.0549 (13)0.0744 (19)0.0005 (10)0.0097 (12)0.0043 (13)
第12项0.0437 (12)0.0548 (14)0.0542 (16)0.0068(11)0.0061 (11)0.0068 (12)
第13页0.0389 (11)0.0533(13)0.0646 (18)0.0006 (10)0.0028 (11)0.0126 (12)
几何参数(λ,º) 顶部
S1-C12号机组1.700 (2)C4-H4型0.9300
S1-C9号机组1.717 (2)C5至C61.371(3)
N1-C7型1.346 (2)C5-H5型0.9300
N1-N2型1.389 (2)C6-H6型0.9300
N1-H1型0.8600C8-C9型1.459 (3)
N2-C8气体1.286 (2)C8-C13号机组1.493 (3)
O1-C7型1.222 (2)C9-C10型1.361 (3)
C1-C6号机组1.387 (3)C10-C111.407 (3)
C1-C2类1.388 (3)C10-H100.9300
C1-C7号机组1.492 (3)C11-C12号机组1.347 (3)
C2-C3型1.380 (3)C11-H11型0.9300
C2-H2型0.9300C12-H12型0.9300
C3-C4型1.371(3)C13-H13A型0.9600
C3至H30.9300第13页至第13页0.9600
C4-C5型1.370 (3)C13-H13C型0.9600
C12-S1-C9型92.23 (10)O1-C7-C1121.45 (18)
C7-N1-N2118.85(17)N1-C7-C1116.53 (18)
C7-N1-H1型120.6N2-C8-C9型116.11 (18)
N2-N1-H1120.6N2-C8-C13型125.55 (19)
C8-N2-N1116.57 (17)C9-C8-C13型118.34 (17)
C6-C1-C2型118.51(19)C10-C9-C8128.73 (19)
C6-C1-C7型117.01 (18)C10-C9-S1型110.31(16)
C2-C1-C7型124.48 (19)C8-C9-S1型120.95 (14)
C3-C2-C1120.0 (2)C9-C10-C11113.0 (2)
C3-C2-H2120C9-C10-H10123.5
C1-C2-H2120C11-C10-H10型123.5
C4-C3-C2型120.7 (2)C12-C11-C10112.8 (2)
C4-C3-H3型119.6C12-C11-H11型123.6
C2-C3-H3型119.6C10-C11-H11号机组123.6
C5-C4-C3119.6 (2)C11-C12-S1型111.59 (17)
C5-C4-H4120.2C11-C12-H12型124.2
C3-C4-H4型120.2S1-C12-H12型124.2
C4-C5-C6120.3 (2)C8-C13-H13A型109.5
C4-C5-H5型119.8C8-C13-H13B109.5
C6-C5-H5型119.8H13A-C13-H13B型109.5
C5-C6-C1120.8(2)C8-C13-H13C109.5
C5-C6-H6119.6H13A-C13-H13C型109.5
C1-C6-H6型119.6H13B-C13-H13C型109.5
O1-C7-N1型121.93 (19)
氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-H(H)···A类
N1-H1··O10.862.503.340 (3)166
C2-H2··O10.932.433.251 (3)147
C13-H13型A类···O1公司0.962.403.246 (3)147
对称代码:(i)x个+1/2,+1/2,z(z).

实验细节

水晶数据
化学配方C类13H(H)12N个2操作系统
M(M)第页244.31
水晶系统,太空组正交各向异性,P(P)b条c
温度(K)294
,b条,c(Å)9.906 (3), 10.542 (5), 22.870 (5)
V(V))2388.3 (14)
Z轴8
辐射类型K(K)α
µ(毫米1)0.26
晶体尺寸(mm)0.32×0.29×0.28
数据收集
衍射仪Rigaku R轴快速IP
衍射仪
吸收校正
测量、独立和
观察到的[> 2σ()]反射
7859, 2153, 1552
R(右)整数0.036
(罪θ/λ)最大值1)0.599
精炼
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司0.041, 0.101, 1.03
反射次数2153
参数数量155
氢原子处理受约束的氢原子参数
Δρ最大值, Δρ最小值(eó))0.20,0.17

计算机程序:自动处理(Rigaku,1998),晶体结构(里加库/MSC,2002年),92新加坡元(阿尔托马雷等人。, 1993),SHELXL97型(谢尔德里克,2008),ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997),WinGX公司(Farrugia,1999年)。

氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-H(H)···A类
N1-H1··O10.862.503.340 (3)166
C2-H2··O10.932.433.251 (3)147
C13-H13A···O10.962.403.246 (3)147
对称代码:(i)x个+1/2,+1/2,z(z).
 

致谢

这项工作得到了中国浙江省自然科学基金(编号:M203027)的支持。

工具书类

第一次引用Altomare,A.、Cascarano,G.、Giacovazzo,C.和Guagliardi,A.(1993)。J.应用。克里斯特。 26, 343–350. 交叉参考 科学网 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Farrugia,L.J.(1997)。J.应用。克里斯特。 30, 565. 交叉参考 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Farrugia,L.J.(1999)。J.应用。克里斯特。 32, 837–838. 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Okabe,N.、Nakamura,T.和Fukuda,H.(1993)。《水晶学报》。C类49, 1678–1680. CSD公司 交叉参考 中国科学院 科学网 IUCr日志 谷歌学者
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