金属有机化合物\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

期刊徽标晶体学的
通信
国际标准编号:2056-9890

双(2-丙基-1H(H)-咪唑-3-碘)双(吡啶-2,6-二羧基原子-κO(运行)2,N个,O(运行)6)球童(二)

河北联合大学化工学院,唐山063009b条河北联合大学迁安学院,唐山063009
*通信电子邮件:tsdgying@126.com

(收到日期:2011年6月6日; 2011年6月23日接受; 在线2011年6月30日)

标题盐,(C6H(H)11N个2)2[镉(C7H(H)4)2],显示了一个离散的单核结构,其中中央Cd原子在扭曲的八面体配位几何中由来自两个不同的吡啶-2,6-二羧酸阴离子的两个N和四个O原子在O(运行)2,N个,O(运行)6-三齿的螯合作用模式。晶体堆积由N-H…O氢键和π——π相互作用[质心-质心距离=3.576(5)Ω]。

相关文献

有关吡啶-2,6-二羧酸的背景和生物活性,请参见:Hay等人。(2003【Hay,M.P.、Anderson,R.F.、Ferry,D.M.、Wilson,W.R.和Denny,W.A.(2003),《医学化学杂志》第46期,第5533-5545页。】)。有关相关综合体,请参见:Dong等人。(2006[Dong,G.-Y.,Cui,G.-H.&Wang,S.-C.(2006),《结晶学报》E62,m606-m607.]); 盖里罗等人。(1987【Guerirero,P.,Casellato,U.,Sitran,S.,Vigato,P.A.&Graziani,R.(1987),《无机化学学报》,133,337-345。】); 凯尔等人。(1993【Kjell,H.、Martin,L.、Goran,S.和Jorgen,A.(1993),《化学学报》第47期,第449-455页。】); 阿博德等人。(1998【Abboud,K.A.,Xu,C.&Drago,R.S.(1998),《结晶学报》C541270-1273。】).

【方案一】

实验

水晶数据
  • (C)6H(H)11N个2)2[镉(C7H(H)4)2]

  • M(M)第页= 664.95

  • 单诊所,C类2/c(c)

  • = 19.928 (4) Å

  • b条= 9.5038 (19) Å

  • c(c)= 15.073 (3) Å

  • β=109.90(3)°

  • V(V)= 2684.2 (11) Å

  • Z轴= 4

  • K(K)α辐射

  • μ=0.88毫米−1

  • T型=295千

  • 0.22×0.12×0.08毫米

数据收集
  • Bruker SMART CCD面阵探测器衍射仪

  • 吸收校正:多扫描(SADABS公司; 谢尔德里克,1996年[Sheldrick,G.M.(1996),SADABS,德国哥廷根大学。])T型最小值= 0.796,T型最大值= 0.808

  • 11223次测量反射

  • 2364次独立反射

  • 2238次反射> 2σ()

  • R(右)整数= 0.034

精炼
  • R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.031

  • 水风险(F类2) = 0.065

  • S公司= 1.19

  • 2364次反射

  • 186个参数

  • 受约束的氢原子参数

  • Δρ最大值=0.26埃−3

  • Δρ最小值=-0.46埃−3

表1
氢键几何形状(λ,°)

D类-H月A类 D类-H(H) H月A类 D类A类 D类-H月A类
N2-H2气体B类●氧气 0.86 1.93 2.753 (3) 160
编号3-H3B类●O4ii(ii) 0.86 1.84 2.690 (3) 173
对称代码:(i)〔-x+{\script{1\over 2}},y+{\script{1\over 2},-z+{\script{1\over 2}}〕; (ii)[x+{\script{1\over 2}},y-{\script{1\ over 2{},z].

数据收集:智能(布鲁克,1998年[Bruker(1998)。SMART和SAINT。Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊。]); 细胞精细化: 圣保罗(布鲁克,1998年[Bruker(1998)。SMART和SAINT。Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊。]); 数据缩减:圣保罗; 用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 用于细化结构的程序:货架xl97(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 分子图形:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 用于准备出版材料的软件:SHELXTL公司.

支持信息


注释顶部

吡啶-2,6-二羧酸(二吡啶)现在被认为是细菌孢子的主要成分,在多种工艺中用作酶抑制剂,植物防腐剂和食品消毒剂(Hay等人。2003). 吡啶-2,6-二羧酸盐已被证明是一种多功能配体N个,O(运行)-螯合并采用不同的配位模式(格雷罗等人。,1987年;凯尔等人。, 1993; 阿博德等人。, 1998; 等人。,2006). 我们实验室最近努力用吡啶-2,6-二羧酸和2-丙基咪唑与过渡金属合成配位聚合物,从而合成了标题络合物(I)。

在标题化合物中,Cd由两个三齿二斜配体八面体配位通过它们的O和N原子。晶体结构,相邻分子相连通过强N-H··O氢键成平行于b条轴,见图2。还有π-π相邻吡啶环质心之间的相互作用。对于Cg公司1(环N1、C1-C5的质心)和Cg公司1(环N1,C1-C5级)[对称代码(a):-x个,-,-z(z)+1),质心-质心距离为3.576(5)°,二面角为12.43(3)°,这可以进一步稳定结构。

相关文献顶部

有关吡啶-2,6-二羧酸的背景和生物活性,请参见:Hay等人。(2003). 相关综合体见:Dong等人。(2006); 盖里罗等人。(1987); 凯尔等人。(1993); 阿博德等人。(1998年)。

实验顶部

将四水合硝酸镉(II)混合物(308.49 mg,1 mmol)添加到吡啶-2,6-二羧酸(334 mg,2 mmol)的弱碱性(pH>8)溶液中,然后在搅拌的情况下添加2-丙基咪唑(440 mg,4 mmol)。过滤反应混合物,并使滤液保持在室温下。一周后获得无色棱柱状晶体(产率:0.132 g,20%)。C的分析26H(H)28CdN公司6O(运行)8(%):计算C 46.96,H 4.24,N 12.64;发现C 46.85,H 4.13 N 12.57。

精炼顶部

H原子被放置在计算位置,N-H=0.86 Au;甲基氢原子的C-H=0.97º,其他氢原子的C-H=0.93º,并在骑乘模型中进行细化U型国际标准化组织(H) =1.5U型等式(C) 对于甲基氢原子和U型国际标准化组织(H) =1.2U型等式(C,N)表示其他原子。

计算详细信息顶部

数据收集:智能(布鲁克,1998);细胞精细化: 圣保罗(布鲁克,1998);数据缩减:圣保罗(布鲁克,1998);用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008);用于优化结构的程序:货架xl97(谢尔德里克,2008);分子图形:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008);用于准备出版材料的软件:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008)。

数字顶部
[图1] 图1。图1。(I)的分子结构,在30%的概率水平上显示位移椭球。对称代码:(i)-x个,, 0.5 -z(z).
[图2] 图2。标题化合物的部分包装图。氢键以虚线示出,并且省略了不参与氢键的H原子。
双(2-丙基-1H(H)-咪唑-3-碘)双(吡啶-2,6-二羧基-κO(运行)2,N个,O(运行)6)球童(二)顶部
水晶数据 顶部
(C)6H(H)11N个2)2[镉(C7H(H)4)2]F类(000) = 1352
M(M)第页= 664.95D类x个=1.645毫克
单诊所,C类2/c(c)K(K)α辐射,λ= 0.71073 Å
大厅符号:-C 2yc5638次反射的细胞参数
=19.928(4)Åθ= 22.4–4.6°
b条= 9.5038 (19) ŵ=0.88毫米1
c(c)= 15.073 (3) ÅT型=295千
β= 109.90 (3)°无色棱镜
V(V)= 2684.2 (11) Å0.22×0.12×0.08毫米
Z轴= 4
数据收集 顶部
Bruker SMART CCD区域探测器
衍射仪
2364次独立反射
辐射源:精细聚焦密封管2238次反射> 2σ()
石墨单色仪R(右)整数= 0.034
ϕω扫描θ最大值= 25.0°,θ最小值= 3.5°
吸收校正:多扫描
(SADABS公司; 谢尔德里克,1996)
小时=2323
T型最小值= 0.796,T型最大值= 0.808k个=1111
11223次测量反射=1717
精炼 顶部
优化于F类2主原子位置定位:结构-变量直接方法
最小二乘矩阵:完整二次原子位置:差分傅立叶图
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.031氢站点位置:从邻近站点推断
水风险(F类2) = 0.065受约束的氢原子参数
S公司= 1.19 w个= 1/[σ2(F类o(o)2) + (0.0218P(P))2+ 4.3339P(P)]
哪里P(P)= (F类o(o)2+ 2F类c(c)2)/3
2364次反射(Δ/σ)最大值< 0.001
186个参数Δρ最大值=0.26埃
0个约束Δρ最小值=0.46埃
水晶数据 顶部
(C)6H(H)11N个2)2[镉(C7H(H)4)2]V(V)= 2684.2 (11) Å
M(M)第页= 664.95Z轴= 4
单诊所,C类2/c(c)K(K)α辐射
= 19.928 (4) ŵ=0.88毫米1
b条= 9.5038 (19) ÅT型=295千
c(c)=15.073(3)Å0.22×0.12×0.08毫米
β= 109.90 (3)°
数据收集 顶部
Bruker SMART CCD区域探测器
衍射仪
2364次独立反射
吸收校正:多扫描
(SADABS公司; 谢尔德里克,1996)
2238次反射> 2σ()
T型最小值= 0.796,T型最大值= 0.808R(右)整数= 0.034
11223次测量反射
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0310个约束
加权平均值(F类2) = 0.065受约束的氢原子参数
S公司= 1.19Δρ最大值=0.26埃
2364次反射Δρ最小值=0.46埃
186个参数
特殊细节 顶部

几何图形.所有s.u.(除了两个l.s.平面之间二面角中的s.u.)均使用全协方差矩阵进行估计。在估计s.u.的距离、角度和扭转角时,单独考虑单元s.u;只有当s.u.的胞内参数由晶体对称性定义时,才使用它们之间的相关性。细胞s.u.的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的s.u。

精炼.改进F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,带有F类负值设置为零F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt).与选择反射进行细化无关。R(右)-因素基于F类2在统计上大约是基于F类、和R(右)-基于所有数据的因素将更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式
抄送100.07339 (3)0.25000.03025 (11)
O1公司0.09384 (11)0.0821(2)0.31049 (13)0.0428 (5)
抄送70.13072 (14)0.0697 (3)0.39623 (19)0.0301 (6)
N1型0.04450 (10)0.0993 (2)0.40666 (14)0.0221 (5)
臭氧0.06932 (10)0.2362 (2)0.29862 (13)0.0400 (5)
氧气0.18879 (10)0.1286 (2)0.43686 (14)0.0413 (5)
O4号机组0.07871 (12)0.3529 (3)0.42064 (15)0.0513 (6)
C6级0.05008(14)0.2656 (3)0.3843 (2)0.0309 (6)
C5级0.10172 (13)0.0254 (3)0.45517 (17)0.0228 (5)
C1类0.01417 (13)0.1878 (3)0.44944 (18)0.0243 (6)
补体第四成份0.13092(14)0.0374 (3)0.55192 (18)0.0298 (6)
H4A型0.17130.01390.58560.036*
C3级0.09920 (15)0.1269 (3)0.59761 (18)0.0349 (7)
H3A型0.11730.13490.66300.042*
指挥与控制0.04064 (14)0.2043 (3)0.54622 (18)0.0321 (6)
过氧化氢0.01930.26670.57600.039*
N3号机组0.33043 (12)0.0315 (2)0.29967 (17)0.0340 (6)
H3B型0.35710.03110.33600.041*
C9级0.24342 (15)0.1779 (3)0.2381 (2)0.0357(7)
H9A型0.20190.23070.22540.043*
氮气0.29048 (11)0.1827 (2)0.18995 (16)0.0313 (5)
过氧化氢0.28660.23570.14220.038*
C10号机组0.26839 (15)0.0829(3)0.3068 (2)0.0379 (7)
H10A型0.24760.05690.35110.045*
抄送80.34294 (14)0.0927(3)0.2285 (2)0.0316 (6)
第11条0.40311 (17)0.0637 (4)0.1952 (3)0.0531 (9)
H11A型0.43450.00510.23650.064*
H11B型0.43030.14950.19860.064*
第12项0.3781 (3)0.0082 (5)0.0936 (3)0.0786 (14)
H12A型0.35080.08110.05170.094*
H12B型0.41960.01180.07600.094*
第13页0.3335(2)0.1215 (5)0.0797 (3)0.0729 (13)
H13A型0.31950.15050.01490.109*
H13B型0.29170.10210.09560.109*
H13C型0.36050.19510.11950.109*
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
抄送10.03459 (18)0.03409 (18)0.01739(15)00.00275 (11)0
O1公司0.0528 (13)0.0463 (12)0.0258 (11)0.0206 (11)0.0090 (9)0.0040 (9)
抄送70.0329 (15)0.0278 (14)0.0306 (15)0.0010 (13)0.0123 (12)0.0042 (12)
N1型0.0216(11)0.0243 (12)0.0198 (11)0.0003 (9)0.0062 (9)0.0008 (9)
臭氧0.0346 (11)0.0486 (13)0.0298 (11)0.0154 (10)0.0019(9)0.0016 (9)
氧气0.0328 (11)0.0433 (12)0.0431 (12)0.0159 (10)0.0071 (9)0.0023 (10)
O4号机组0.0512 (14)0.0585 (15)0.0436 (13)0.0309(12)0.0154 (11)0.0012 (11)
C6级0.0260 (14)0.0309 (15)0.0352 (16)0.0036 (12)0.0095 (12)0.0034 (13)
C5级0.0215 (13)0.0229 (13)0.0233 (13)0.0009 (10)0.0066 (10)0.0028 (10)
C1类0.0243(13)0.0244 (13)0.0255 (13)0.0000 (11)0.0101 (11)0.0002 (11)
补体第四成份0.0261 (14)0.0337 (16)0.0245 (14)0.0010(12)0.0021 (11)0.0051 (12)
C3级0.0371 (16)0.0478 (18)0.0173 (13)0.0029 (14)0.0062 (12)0.0017 (12)
指挥与控制0.0349 (16)0.0370 (17)0.0268 (14)0.0008 (13)0.0136(12)0.0059 (12)
N3号机组0.0331 (13)0.0281 (13)0.0395 (14)0.0027 (10)0.0107 (11)0.0019 (11)
C9级0.0265 (14)0.0336 (16)0.0462 (18)0.0023 (12)0.0112 (13)0.0047 (14)
氮气0.0296 (12)0.0268(12)0.0373 (13)0.0007 (10)0.0114 (10)0.0020 (10)
C10号机组0.0362 (16)0.0394 (17)0.0421 (17)0.0022 (14)0.0186 (13)0.0046(15)
抄送80.0252 (14)0.0254 (15)0.0439 (17)0.0039 (12)0.0115 (12)0.0034 (13)
第11条0.0419 (18)0.0431 (19)0.087 (3)0.0057 (16)0.0383 (19)0.0133 (19)
第12项0.111(4)0.076 (3)0.081 (3)0.046 (3)0.075 (3)0.034 (2)
第13页0.092 (3)0.076 (3)0.048 (2)0.037 (3)0.021 (2)0.006 (2)
几何参数(λ,º) 顶部
Cd1-N1号2.235 (2)C2-H2A型0.9300
Cd1-N1号2.235 (2)N3-C8型1.316 (4)
Cd1-O1号机组2.313 (2)N3-C10型1.368 (4)
Cd1-O1号机组2.313 (2)N3-H3B型0.8600
Cd1-O32.351 (2)C9-C10型1.336 (4)
Cd1-O3号2.351 (2)C9-N21.368 (4)
O1-C7型1.256 (3)C9-H9A型0.9300
C7-O21.243 (3)N2-C8气体1.323 (3)
C7-C5型1.513 (4)N2-H2B气体0.8600
N1-C1型1.324 (3)C10-H10A型0.9300
N1-C5型1.326 (3)C8-C11号机组1.475 (4)
臭氧-C61.247 (3)C11-C12号机组1.534 (6)
O4-C6型1.236(3)C11-H11A型0.9700
C6-C1型1.515 (4)C11-H11B型0.9700
C5-C4类1.379 (4)C12-C13型1.492 (6)
C1-C2类1.381 (4)C12-小时12a0.9700
C4-C3型1.376 (4)C12-H12B型0.9700
C4-H4A型0.9300C13-H13A型0.9600
C3-C2型1.374 (4)C13-H13B型0.9600
C3-H3A型0.9300C13-H13C型0.9600
N1-Cd1-N1号167.37 (11)C2-C3-H3A型120.2
N1-Cd1-O1号机组71.16 (7)C3-C2-C1118.7 (3)
N1型-Cd1-O1号机组117.61 (7)C3-C2-H2A120.6
N1-Cd1-O1号机组117.61 (7)C1-C2-H2A120.6
N1型-Cd1-O1号机组71.16 (7)C8-N3-C10型109.5 (2)
O1-Cd1-O1型100.59 (11)C8-N3-H3B型125.3
N1-Cd1-O3号101.12 (7)C10-N3-H3B型125.3
N1型-Cd1-O3号70.27 (7)C10-C9-N2107.0 (3)
O1-Cd1-O393.52 (8)C10-C9-H9A型126.5
O1公司-Cd1-O3号141.21 (7)N2-C9-H9A型126.5
N1-Cd1-O3号70.27 (7)C8-N2-C9型109.1(2)
N1型-Cd1-O3号101.12 (7)C8-N2-H2B型125.5
O1-Cd1-O3141.21 (7)C9-N2-H2B125.5
O1公司-Cd1-O3号93.52 (8)C9-C10-N3型106.7 (3)
臭氧-Cd1-O3号97.69(11)C9-C10-H10A126.6
C7-O1-Cd1117.19 (17)N3-C10-H10A型126.6
O2-C7-O1型125.8 (3)N3-C8-N2型107.7(2)
O2-C7-C5117.2 (2)N3-C8-C11号126.6 (3)
O1-C7-C5117.0 (2)N2-C8-C11型125.7 (3)
C1-N1-C5121.1 (2)C8-C11-C12号机组112.3 (3)
C1-N1-Cd1型120.09 (16)C8-C11-H11A型109.2
C5-N1-Cd1118.80 (16)C12-C11-H11A型109.2
C6-O3-Cd1117.65 (17)C8-C11-H11B型109.2
O4-C6-O3型125.7 (3)C12-C11-H11B型109.2
O4-C6-C1型117.2 (2)H11A-C11-H11B型107.9
臭氧-C6-C1117.1 (2)C13-C12-C11113.6 (3)
N1-C5-C4120.9 (2)C13-C12-H12A型108.9
N1-C5-C7型114.9 (2)C11-C12-H12A108.9
C4-C5-C7型124.2 (2)C13-C12-H12B型108.9
N1-C1-C2型120.9 (2)C11-C12-H12B型108.9
N1-C1-C6114.8 (2)H12A-C12-H12B型107.7
C2-C1-C6型124.3 (2)C12-C13-H13A型109.5
C3-C4-C5型118.7 (2)C12-C13-H13B109.5
C3-C4-H4A型120.7H13A-C13-H13B型109.5
C5-C4-H4A120.7C12-C13-H13C109.5
C4-C3-C2型119.7 (2)H13A-C13-H13C109.5
C4-C3-H3A型120.2H13B-C13-H13C型109.5
对称代码:(i)x个,,z(z)+1/2.
氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)小时···A类D类···A类D类-H(H)···A类
N2-H2气体B类···氧气ii(ii)0.861.932.753 (3)160
编号3-H3B类···O4号机组0.861.842.690 (3)173
对称代码:(ii)x个+1/2,+1/2,z(z)+1/2;(iii)x个+1/2,1/2,z(z).

实验细节

水晶数据
化学配方(C)6H(H)11N个2)2[镉(C7H(H)4)2]
M(M)第页664.95
晶体系统,空间组单诊所,C类2/c(c)
温度(K)295
,b条,c(c)(Å)19.928 (4), 9.5038 (19), 15.073 (3)
β(°)109.90 (3)
V(V))2684.2 (11)
Z轴4
辐射类型K(K)α
µ(毫米1)0.88
晶体尺寸(mm)0.22×0.12×0.08
数据收集
衍射仪布吕克智能CCD区域探测器
衍射仪
吸收校正多扫描
(SADABS公司; 谢尔德里克,1996)
T型最小值,T型最大值0.796, 0.808
测量、独立和
观察到的[> 2σ()]反射
11223、2364、2238
R(右)整数0.034
(罪θ/λ)最大值1)0.595
精炼
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司0.031, 0.065, 1.19
反射次数2364
参数数量186
氢原子处理受约束的氢原子参数
Δρ最大值, Δρ最小值(eó))0.26,0.46

计算机程序:智能(布鲁克,1998),圣保罗(布鲁克,1998),SHELXS97标准(谢尔德里克,2008),货架xl97(谢尔德里克,2008),SHELXTL公司(谢尔德里克,2008)。

氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-H(H)···A类
N2-H2B···O20.861.932.753 (3)160
N3-H3B···O4ii(ii)0.861.842.690 (3)173
对称代码:(i)x个+1/2,+1/2,z(z)+1/2; (ii)x个+1/2,1/2,z(z).
 

致谢

作者感谢河北联合大学对这项工作的支持。

参考文献

第一次引用Abboud,K.A.、Xu,C.和Drago,R.S.(1998年)。阿克塔·克里斯特。C类54, 1270–1273. 科学网 CSD公司 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
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第一次引用Sheldrick,G.M.(1996)。SADABS公司德国哥廷根大学。 谷歌学者
第一次引用Sheldrick,G.M.(2008)。阿克塔·克里斯特。A类64, 112–122. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者

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