有机化合物\(第5em段)

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号:2056-9890

(E类)-苯甲醛(2,4,6-三氯苯基)腙

中华人民共和国浙江工业大学化学工程与材料科学学院
*通信电子邮件:shanshang@mail.hz.zj.cn

(收到日期:2011年1月22日; 2011年1月25日接受; 在线2011年1月29日)

标题化合物C13H(H)9N个2,是由苯甲醛和2,4,6-三氯苯肼的缩合反应得到的。模型假设E类苯基环和三氯苯基环的构型位于C=N键的相对侧。苯环与三氯苯基环的二面角为42.58(12)°。在晶体中,分子相互连接通过N-H…N氢键,形成沿着c轴。ππ相邻分子的平行三氯苯基环之间存在堆叠,面对面距离和质心-质心距离分别为3.369(14)和3.724(2)Ω。

相关文献

关于苯腙衍生物的生物活性,请参见:Okabe等人。(1993[Okabe,N.、Nakamura,T.和Fukuda,H.(1993)。《结晶学报》C491678-1680。]). 有关结构,请参见:Shan等人。(2003【Shan,S.、Xu,D.-J.、Hung,C.-H.、Wu,J.-Y.和Chiang,M.Y.(2003)。《结晶学报》C59,o135-o136。】); 风扇等人。(2005[范,Z.,珊,S.&徐,D.-J.(2005).《结晶学报》E61,o2758-o2760。]); Bolte&Dill(1998)【Bolt,M.和Dill,M.(1998),《晶体学报》,C54,IUC9800065。】).

【方案一】

实验

水晶数据
  • C类13H(H)9N个2

  • M(M)第页= 299.57

  • 单诊所,P(P)21/c

  • = 13.913 (6) Å

  • b条= 12.867 (5) Å

  • c= 7.652 (3) Å

  • β=98.739(5)°

  • V(V)= 1353.9 (9) Å

  • Z轴= 4

  • K(K)α辐射

  • μ=0.66毫米−1

  • T型=295千

  • 0.36×0.30×0.26毫米

数据收集
  • Rigaku R轴快速IP衍射仪

  • 吸收校正:多扫描(ABSCOR公司; 东芝,1995年[Higashi,T.(1995)。ABSCOR.Rigaku Corporation,日本东京。])T型最小值= 0.86,T型最大值=0.92

  • 11730次测量反射

  • 2436个独立反射

  • 1936次反射> 2σ()

  • R(右)整数= 0.028

精炼
  • R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.041

  • 水风险(F类2) = 0.105

  • S公司= 1.06

  • 2436次反射

  • 163个参数

  • 受约束的氢原子参数

  • Δρ最大值=0.18埃−3

  • Δρ最小值=-0.32埃−3

表1
氢键几何形状(λ,°)

D类-H月A类 D类-H(H) H月A类 D类A类 D类-H月A类
N1-H1型N个●氮气 0.95 2.44 3.183 (3) 134
对称代码:(i)[x,-y+{\script{1\over2}},z-{\script}1\over 2}}].

数据收集:自动处理(里加库,1998年[Rigaku(1998)。PROCESS-AUTO。Rigaku-公司,日本东京。]); 细胞精细化: 自动处理; 数据缩减:晶体结构(里加库/MSC,2002年[Rigaku/MSC(2002)。《晶体结构》。Rigaku/MSC,美国德克萨斯州伍德兰。]); 用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 分子图形:ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997年【Farrugia,L.J.(1997),《应用结晶杂志》,第30卷,第565页。】); 用于准备出版材料的软件:WinGX公司(Farrugia,1999年【Farrugia,L.J.(1999),《应用结晶杂志》,第32期,第837-838页。】).

支持信息


注释顶部

由于一些苯肼衍生物已被证明是潜在的DNA损伤剂或诱变剂(Okabe等人。为了研究苯肼衍生物的结构/生物活性关系(Shan等人。2003; 风扇等人。2005).

标题分子以E构象结晶,C1-苯环和C8-苯环位于C7的相对侧N2双键。这与苯肼衍生物中常见的构型一致(Bolte&Dill,1998)。在分子中,苯环相对于三色苯基环以42.58(12)°的二面角取向。晶体结构,分子是相连的通过N-H··N氢键形成超分子链,沿着c轴。π-π相邻分子的平行三氯苯基环之间存在堆叠,面对面距离为3.369(14)º。

相关文献顶部

有关苯肼衍生物的生物活性,请参见:Okabe等人。(1993). 有关化合物,请参见:Shan等人。(2003); 风扇等人。(2005); Bolt&Dill(1998)。

实验顶部

将2,4,6-三氯苯肼(0.21克,1毫摩尔)溶于乙醇(18毫升)中,并在搅拌下缓慢加入乙酸(0.3毫升)。将溶液在约333 K下加热几分钟,直到澄清。通过连续搅拌逐滴添加苯甲醛(0.11 g,1 mmol),并使混合溶液回流2 h。当溶液冷却至室温时,出现微晶。从溶液中分离微晶并用冷水清洗三次。用无水乙醇进行两次再结晶,以获得标题化合物的单晶。

精炼顶部

Imino H原子被定位在一个差分傅里叶图上,并被细化为骑在一个相对位置上。其他H原子放置在计算位置,C-H=0.93 Au。U型国际标准化组织(H) =1.2U型等式(北、中)。

计算详细信息顶部

数据收集:自动处理(里加库,1998年);细胞精细化: 自动处理(里加库,1998年);数据缩减:晶体结构(里加库/MSC,2002年);用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008);用于优化结构的程序:货架xl97(谢尔德里克,2008);分子图形:ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997);用于准备出版材料的软件:WinGX公司(Farrugia,1999年)。

数字顶部
[图1] 图1。具有50%概率位移椭球体的(I)结构。
(E类)-苯甲醛(2,4,6-三氯苯基)腙顶部
水晶数据 顶部
C类13H(H)9N个2F类(000) = 608
M(M)第页= 299.57D类x个=1.470毫克
单诊所,P(P)21/cK(K)α辐射,λ= 0.71073 Å
大厅符号:-P 2ybc4171次反射的细胞参数
= 13.913 (6) Åθ= 2.8–26.3°
b条= 12.867 (5) ŵ=0.66毫米1
c= 7.652 (3) ÅT型=295千
β= 98.739 (5)°棱镜,无色
V(V)= 1353.9 (9) Å0.36×0.30×0.26毫米
Z轴= 4
数据收集 顶部
Rigaku R轴快速IP
衍射仪
2436个独立反射
辐射源:细焦点密封管1936次反射> 2σ()
石墨单色仪R(右)整数= 0.028
探测器分辨率:10.0像素mm-1θ最大值= 25.2°,θ最小值=3.0°
ω扫描小时=1616
吸收校正:多扫描
(ABSCOR公司; 东芝,1995年)
k个=1515
T型最小值= 0.86,T型最大值= 0.92=99
11730次测量反射
精炼 顶部
优化于F类2初级原子位点定位:结构不变的直接方法
最小二乘矩阵:完整二次原子位置:差分傅里叶映射
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.041氢站点位置:从邻近站点推断
水风险(F类2) = 0.105受约束的氢原子参数
S公司= 1.06 w个= 1/[σ2(F类o(o)2) + (0.0449P(P))2+ 0.4002P(P)]
哪里P(P)=(F类o(o)2+ 2F类c2)/3
2436次反射(Δ/σ)最大值= 0.001
163个参数Δρ最大值=0.18埃
0个约束Δρ最小值=0.32埃
水晶数据 顶部
C类13H(H)9N个2V(V)=1353.9(9)Å
M(M)第页= 299.57Z轴= 4
单诊所,P(P)21/cK(K)α辐射
= 13.913 (6) ŵ=0.66毫米1
b条= 12.867 (5) ÅT型=295千
c= 7.652 (3) Å0.36×0.30×0.26毫米
β= 98.739 (5)°
数据收集 顶部
Rigaku R轴快速IP
衍射仪
2436个独立反射
吸收校正:多扫描
(ABSCOR公司; 东芝,1995年)
1936次反射> 2σ()
T型最小值= 0.86,T型最大值= 0.92R(右)整数= 0.028
11730次测量反射
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0410个约束
水风险(F类2) = 0.105受约束的氢原子参数
S公司= 1.06Δρ最大值=0.18埃
2436次反射Δρ最小值=0.32埃
163个参数
特殊细节 顶部

几何图形所有e.s.d.(除了两个l.s.平面之间的二面角中的e.s.d.)都是使用全协方差矩阵估计的。在估计距离、角度和扭转角中的e.s.d.时,单独考虑单元e.s.d;只有当由晶体对称性定义时,才使用电解槽参数中e.s.d.之间的相关性。单元e.s.d.的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的e.s.d。

精炼.改进F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,使用F类负值设置为零F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt).与选择反射进行细化无关。R(右)-因素基于F类2在统计上大约是基于F类,以及R(右)-基于所有数据的因素将更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式
第1类0.82868 (5)0.03185(5)0.52523 (10)0.0786 (2)
二氧化氯1.16441 (5)0.21670 (7)0.78646 (11)0.0897 (3)
氯离子0.85826 (6)0.45120(5)0.53336 (10)0.0877 (3)
N1型0.75114 (15)0.24687 (17)0.4714(3)0.0746 (6)
甲型H1N0.72710.19620.38490.089*
氮气20.69094 (13)0.30372 (14)0.5622 (2)0.0566(5)
C1类0.84849 (16)0.24097 (18)0.5442 (3)0.0557 (6)
指挥与控制0.89458 (15)0.14534 (18)0.5762 (3)0.0548 (5)
C3类0.99117 (16)0.13659 (19)0.6484 (3)0.0595 (6)
H3级1.02030.07170.66740.071*
补体第四成份1.04329(16)0.2259 (2)0.6915 (3)0.0612 (6)
C5级1.00210 (17)0.3222 (2)0.6597 (3)0.0638(6)
H5型1.03860.38210.68830.077*
C6级0.90617 (18)0.32876 (19)0.5850(3)0.0603 (6)
抄送70.59985 (17)0.29350 (17)0.5147 (3)0.0582 (6)
H7型0.57690.24640.42580.070*
抄送80.53090 (15)0.35459(18)0.5976 (3)0.0535 (5)
C9级0.56026 (17)0.44135 (18)0.6979 (3)0.0561 (5)
H9型0.62540.46080.71460.067*
C10号机组0.4942 (2)0.4996 (2)0.7737 (3)0.0760 (7)
H10型0.51510.55780.84110.091*
C11号机组0.3983 (2)0.4720(3)0.7501 (4)0.0934 (10)
H11型0.35390.51150.80110.112*
第12项0.3676(2)0.3869 (3)0.6520 (5)0.0952 (10)
H12型0.30220.36830.63690.114*
第13页0.43269 (18)0.3272 (2)0.5741 (4)0.0758 (7)
H13型0.41100.26940.50660.091*
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
第1类0.0633 (4)0.0709 (4)0.1004 (5)0.0018 (3)0.0087 (4)0.0148 (3)
二氧化氯0.0506 (4)0.1110 (6)0.1040 (6)0.0073 (3)0.0007 (3)0.0177 (4)
氯离子0.0985 (5)0.0642 (4)0.0989 (5)0.0182 (4)0.0100 (4)0.0040 (4)
N1型0.0620(12)0.0951 (16)0.0601 (12)0.0270 (11)0.0114 (10)0.0335 (11)
氮气20.0565 (11)0.0629(11)0.0472 (10)0.0140 (9)0.0023(9)0.0060 (8)
C1类0.0581 (13)0.0691 (15)0.0397(11)0.0130 (11)0.0065 (10)0.0078 (10)
指挥与控制0.0520 (12)0.0631 (14)0.0509 (12)0.0030 (10)0.0124 (10)0.0055 (10)
C3类0.0505 (13)0.0658 (14)0.0639 (14)0.0065 (11)0.0144 (11)0.0089 (11)
补体第四成份0.0470 (12)0.0816 (17)0.0564 (13)0.0007 (11)0.0131 (11)0.0108 (12)
C5级0.0634 (15)0.0684 (15)0.0606 (14)0.0047(12)0.0130 (12)0.0005 (12)
C6级0.0697 (15)0.0612 (14)0.0501 (12)0.0092 (12)0.0093 (11)0.0009 (11)
抄送70.0608 (14)0.0596 (13)0.0492 (12)0.0031 (11)0.0081(11)0.0046 (10)
抄送80.0478(12)0.0649 (14)0.0455 (11)0.0044 (10)0.0002 (9)0.0120 (10)
C9级0.0554 (13)0.0670 (14)0.0447 (11)0.0102 (11)0.0039(10)0.0081(11)
C10号机组0.0832 (19)0.0897 (18)0.0567 (15)0.0249 (15)0.0159(14)0.0066 (13)
C11号机组0.077 (2)0.130 (3)0.081 (2)0.030 (2)0.0352 (17)0.023 (2)
第12项0.0486 (15)0.136 (3)0.104 (2)0.0061 (17)0.0195(16)0.042 (2)
第13页0.0581 (15)0.0892 (19)0.0758 (17)0.0089 (14)0.0034 (13)0.0176 (14)
几何参数(λ,º) 顶部
氯-1-C21.737 (2)C5-H5型0.9300
氯化物-C41.735 (2)C7-C8号机组1.458 (3)
氯离子-C61.733 (2)C7-H7型0.9300
N1-N2型1.377 (3)C8-C9型1.381 (3)
N1-C1型1.386 (3)C8-C13号机组1.396 (3)
N1-H1N型0.9526C9-C10型1.380 (3)
N2-C7气体1.271 (3)C9-H90.9300
C1-C2类1.392 (3)C10-C111.367 (4)
C1-C6号机组1.393 (3)C10-H100.9300
C2-C3型1.378(3)C11-C12号机组1.359 (5)
C3-C4型1.372 (3)C11-H11型0.9300
C3至H30.9300C12-C13型1.389 (4)
C4-C5型1.372(3)C12-H12型0.9300
C5至C61.372 (3)C13-H13型0.9300
N2-N1-C1117.26 (18)N2-C7-C8型120.9 (2)
N2-N1-H1N122.5N2-C7-H7型119.6
C1-N1-H1N117.4C8-C7-H7型119.6
C7-N2-N1117.19 (19)C9-C8-C13型118.5(2)
N1-C1-C2型121.0 (2)C9-C8-C7121.3 (2)
N1-C1-C6122.7 (2)C13-C8-C7型120.3 (2)
C2-C1-C6型116.3 (2)C10-C9-C8120.9 (2)
C3-C2-C1122.5 (2)C10-C9-H9型119.6
C3-C2-Cl1型118.09 (18)C8-C9-H9119.6
C1-C2-Cl1型119.38 (18)C11-C10-C9120.2 (3)
C4-C3-C2型118.4 (2)C11-C10-H10型119.9
C4-C3-H3型120.8C9-C10-H10119.9
C2-C3-H3型120.8C12-C11-C10120.1 (3)
C3-C4-C5型121.5 (2)C12-C11-H11型120
C3-C4-Cl2119.22 (19)C10-C11-H11号机组120
C5-C4-Cl2119.3 (2)C11-C12-C13型120.8 (3)
C4-C5-C6118.9 (2)C11-C12-H12型119.6
C4-C5-H5型120.6C13-C12-H12型119.6
C6-C5-H5型120.6C12-C13-C8型119.7 (3)
C5-C6-C1122.3(2)C12-C13-H13120.2
C5-C6-Cl3117.8 (2)C8-C13-H13型120.2
C1-C6-Cl3类119.84 (18)
氢键几何结构(Å,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-H(H)···A类
N1-H1型N个···氮气0.952.443.183 (3)134
对称代码:(i)x个,+1/2,z(z)1/2.

实验细节

水晶数据
化学配方C类13H(H)9N个2
M(M)第页299.57
水晶系统,太空组单诊所,P(P)21/c
温度(K)295
,b条,c(Å)13.913 (6), 12.867 (5), 7.652 (3)
β(°)98.739 (5)
V(V))1353.9 (9)
Z轴4
辐射类型K(K)α
µ(毫米1)0.66
晶体尺寸(mm)0.36 × 0.30 × 0.26
数据收集
衍射仪Rigaku R轴快速IP
衍射仪
吸收校正多扫描
(ABSCOR公司; 东芝,1995年)
T型最小值,T型最大值0.86, 0.92
测量、独立和
观察到的[> 2σ()]反射
11730, 2436, 1936
R(右)整数0.028
(罪θ/λ)最大值1)0.599
精炼
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司0.041、0.105、1.06
反射次数2436
参数数量163
氢原子处理受约束的氢原子参数
Δρ最大值, Δρ最小值(eó))0.18,0.32

计算机程序:自动处理(Rigaku,1998),晶体结构(里加库/MSC,2002年),SHELXS97标准(谢尔德里克,2008),SHELXL97型(谢尔德里克,2008),ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997),WinGX公司(Farrugia,1999年)。

氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-H(H)···A类
N1-H1N···N20.952.443.183 (3)134
对称代码:(i)x个,+1/2,z(z)1/2.
 

致谢

这项工作得到了浙江省自然科学基金(编号:M203027)的资助。

工具书类

第一次引用Bolte,M.和Dill,M.(1998年)。《水晶学报》。C类54,IUC9800065交叉参考 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Fan,Z.、Shan,S.和Xu,D.-J.(2005)。《水晶学报》。E类61公元2758年至2760年科学网 CSD公司 交叉参考 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Farrugia,L.J.(1997)。J.应用。克里斯特。 30, 565. 交叉参考 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Farrugia,L.J.(1999)。J.应用。克里斯特。 32, 837–838. 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Higashi,T.(1995)。ABSCOR公司Rigaku Corporation,日本东京。 谷歌学者
第一次引用Okabe,N.、Nakamura,T.和Fukuda,H.(1993)。《水晶学报》。C类49, 1678–1680. CSD公司 交叉参考 中国科学院 科学网 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用里加库(1998)。自动处理Rigaku Corporation,日本东京。 谷歌学者
第一次引用里加库/MSC(2002年)。晶体结构。Rigaku/MSC,美国得克萨斯州伍德兰谷歌学者
第一次引用Shan,S.、Xu,D.-J.、Hung,C.-H.、Wu,J.-Y.和Chiang,M.Y.(2003)。《水晶学报》。C类59,o135–o136科学网 CSD公司 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
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