有机化合物\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号:2056-9890

2-羟基-1-甲氧基蒽醌-9-酮一水合物

海南师范大学化学化工学院热带药用植物化学海南省重点实验室,海口571158
*通信电子邮件:hchr116@hainnu.edu.cn

(收到日期:2009年9月10日; 2009年9月28日接受; 在线2009年10月23日)

在标题化合物中,C14H(H)10O(运行)4·H(H)2O、 从根中分离出来的膜厚厚壳,黄嘌呤环系统几乎是平面的(均方根偏差=0.008º)。晶体结构,分子间O-H…O和O-H…(O,O)氢键连接分子。

相关文献

医学和植物学背景见:邹等。(2005[邹J.、靳D.Z.、陈W.L.、王J.、刘Q.F.、朱X.Z.和赵W.M.(2005).《自然生产杂志》681514-1518.]);等。(2008[陈国勇、朱国勇、韩国荣、赵杰、宋晓平、方伟富(2008).阿基沃克,13,249-254.]).

【方案一】

实验

水晶数据
  • C类14H(H)10O(运行)4·H(H)2O(运行)

  • M(M)第页= 260.24

  • 单诊所,P(P)21/c(c)

  • = 8.8008 (6) Å

  • b条= 7.0856 (4) Å

  • c(c)= 19.4596 (9) Å

  • β= 102.402 (4)°

  • V(V)= 1185.16 (12) Å

  • Z轴= 4

  • K(K)α辐射

  • μ=0.11毫米−1

  • T型=295千

  • 0.38×0.26×0.24毫米

数据收集
  • Bruker SMART CCD衍射仪

  • 吸收校正:多扫描(SADABS公司; 布鲁克,1997年[Bruker(1997)。SMART和SAINT。Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊。])T型最小值= 0.959,T型最大值= 0.974

  • 8151次测量反射

  • 2919独立反射

  • 2269次反射> 2σ()

  • R(右)整数= 0.080

精炼
  • R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.053

  • 水风险(F类2) = 0.164

  • S公司= 1.04

  • 2919次反射

  • 181个参数

  • 用独立和约束精化的混合物处理H原子

  • Δρ最大值=0.26埃−3

  • Δρ最小值=-0.36埃−3

表1
氢键几何形状(λ,°)

-H月A类 -H(H) 小时A类 A类 -H月A类
O4-H4型A类2010年1月W公司 0.82 1.90 2.7126 (16) 174
O1公司W公司-上半年A类·氧气 0.83 (3) 2.03 (3) 2.857 (2) 174 (3)
O1公司W公司-上半年B类●O4ii(ii) 0.81 (3) 2.34 (3) 2.9540 (19) 134 (2)
O1公司W公司-H1型B类●臭氧ii(ii) 0.81 (3) 2.37 (3) 3.1195 (17) 155 (2)
对称代码:(i)[x,-y+{\script{1\over2}},z-{\script}1\over 2}}]; (ii)-x个, -, -z(z).

数据收集:智能(布鲁克,1997年[Bruker(1997)。SMART和SAINT。Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊。]);细胞细化: 圣保罗(布鲁克,1997年[Bruker(1997).SMART and SAINT.Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊市]);数据缩减:圣保罗; 用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]);用于细化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]);分子图形:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]);用于准备出版材料的软件:SHELXTL公司.

支持信息


注释顶部

膜厚壳植物中的次生代谢产物主要是黄原酮,香豆素类和类黄酮(邹等。, 2005; 等。, 2008). 该科植物用于民间医药,如风湿、关节炎、腰痛和伤口(邹等。, 2005). 标题黄原酮是从海南省陵水县采集的膜厚壳藻根的75%乙醇提取物中分离得到的。R(右).中国。我们已经接受了X光检查晶体结构对标题黄原酮进行分析,以确定其分子结构和相对立体化学。

(I)(C1-C13/O1)的黄嘌呤环系统几乎是平面的,所有原子位于平均平面的0.008(8)°以内。

在晶体中,分子通过分子间O–H··O氢键连接成链(图2)。氢键和角度如表1所示。

相关文献顶部

医学和植物学背景见:邹等。(2005); 等。(2008).

实验顶部

将膜叶轮藻(Calophyllum membraceum)(15.00 kg)的气干根研磨,并用75%EtOH在333 K下过滤(3×2.5 h),将其悬浮在1.5 l水中,然后依次用石油醚、氯仿、乙酸乙酯和正己烷分隔,得到石油醚提取物、氯仿提取物、,乙酸乙酯提取物和正丁醇提取物。氯仿提取物首先使用石油醚进行硅胶CC柱洗脱液然后用EtOAc增加极性,得到15个分数(A-N)。馏分C进一步分离为柱色谱法CHCl梯度-中国哦,给我一个名字:黄原酮。将粗产物溶解在少量无水甲醇中,通过在298K下缓慢蒸发甲醇溶液获得(I)的无色嵌段。

精炼顶部

结合到C原子上的H原子被放置在几何计算位置,并使用骑乘模型进行细化U型国际标准化组织(H) =1.2U型等式(C) ●●●●。在不同的傅里叶合成中发现了附着在O原子上的H原子,并使用骑乘模型对其进行了细化,O-H距离与最初发现的一样固定U型国际标准化组织(H) 值设置为1.5U型等式(O)。

结构描述顶部

膜厚壳植物中的次生代谢产物主要是黄原酮,香豆素类和类黄酮(邹等。, 2005; 等。, 2008). 这个家族的植物被用于民间医学,如治疗风湿病、关节炎、腰痛和伤口(邹等。, 2005). 标题黄酮是从海南省陵水县采集的膜藻根75%乙醇提取物中分离得到的。R(右).中国。我们已经接受了X光检查晶体结构对标题黄原酮进行分析,以确定其分子结构和相对立体化学。

(I)(C1-C13/O1)的黄嘌呤环系统几乎是平面的,所有原子位于平均平面的0.008(8)°以内。

在晶体中,分子通过分子间O–H··O氢键连接成链(图2)。氢键和角度如表1所示。

医学和植物学背景见:邹等。(2005); 等。(2008).

计算详细信息顶部

数据收集:智能(布鲁克,1997);细胞细化: 圣保罗(布鲁克,1997);数据缩减:圣保罗(布鲁克,1997);用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008);用于细化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008);分子图形:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008);用于准备出版材料的软件:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008)。

数字顶部
[图1] 图1。视图(I):在30%概率水平上绘制位移椭球体。
[图2] 图2。分子包装的观点。虚线表示氢键。
2-羟基-1-甲氧基蒽醌-9-酮一水合物顶部
水晶数据 顶部
C类14H(H)10O(运行)4·H(H)2O(运行)F类(000) = 544
M(M)第页= 260.24x个=1.458毫克
单诊所,P(P)21/c(c)K(K)α辐射,λ= 0.71073 Å
大厅符号:-P 2ybc2919次反射的细胞参数
= 8.8008 (6) Åθ= 2.1–28.2°
b条= 7.0856 (4) ŵ=0.11毫米1
c(c)= 19.4596 (9) ÅT型=295千
β= 102.402 (4)°块,无色
V(V)= 1185.16 (12) Å0.38×0.26×0.24毫米
Z轴= 4
数据收集 顶部
布鲁克智能CCD
衍射仪
2919独立反射
辐射源:精细聚焦密封管2269次反射> 2σ()
石墨单色仪R(右)整数= 0.080
探测器分辨率:0像素mm-1θ最大值= 28.2°,θ最小值= 2.1°
ω扫描小时=611
吸收校正:多扫描
(SADABS公司; 布鲁克,1997年)
k个=89
T型最小值= 0.959,T型最大值= 0.974=2525
8151次测量反射
精炼 顶部
优化于F类2二次原子位置:差分傅里叶映射
最小二乘矩阵:完整氢站点位置:从邻近站点推断
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.053用独立和约束精化的混合物处理H原子
水风险(F类2) = 0.164 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0823P(P))2+0.2871P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+2个F类c(c)2)/3个
S公司= 1.04(Δ/σ)最大值< 0.001
2919次反射Δρ最大值=0.26埃
181个参数Δρ最小值=0.36埃
0个约束消光校正:SHELXL97型(谢尔德里克,2008),Fc*=kFc[1+0.001xFc2λ/罪(2θ)]-1/4
主原子位置定位:结构-变量直接方法消光系数:0.095(8)
水晶数据 顶部
C类14H(H)10O(运行)4·H(H)2O(运行)V(V)= 1185.16 (12) Å
M(M)第页= 260.24Z轴= 4
单诊所,P(P)21/c(c)K(K)α辐射
= 8.8008 (6) ŵ=0.11毫米1
b条= 7.0856 (4) ÅT型=295千
c(c)= 19.4596 (9) Å0.38×0.26×0.24毫米
β= 102.402 (4)°
数据收集 顶部
布鲁克智能CCD
衍射仪
2919独立反射
吸收校正:多扫描
(SADABS公司; 布鲁克,1997年)
2269次反射> 2σ()
T型最小值= 0.959,T型最大值= 0.974R(右)整数= 0.080
8151次测量反射
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0530个约束
水风险(F类2) = 0.164用独立和约束精化的混合物处理H原子
S公司= 1.04Δρ最大值=0.26埃
2919次反射Δρ最小值=0.36埃
181个参数
特殊细节 顶部

几何图形.所有e.s.d.(除了两个l.s.平面之间二面角中的e.s.d.)均使用全协方差矩阵进行估计。在估计e.s.d.的距离、角度和扭转角时,单独考虑单元e.s.d;只有当e.s.d.的胞内参数由晶体对称性定义时,才使用它们之间的相关性。单元e.s.d.的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的e.s.d。

精炼.改进F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,使用F类负值设置为零F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt).与选择反射进行细化无关。R(右)-因素基于F类2在统计上大约是基于F类,以及R(右)-基于所有数据的因素将更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式
O1公司0.65861 (11)0.14472 (16)0.26194(6)0.0409 (3)
氧气0.24707 (14)0.1457 (2)0.33085 (6)0.0577 (4)
臭氧0.09211 (11)0.10250 (16)0.19163 (6)0.0412 (3)
O4号机组0.11784 (12)0.12437(18)0.05791(5)0.0459 (3)
H4A型0.13860.11220.01900.069*
O1瓦0.16228 (15)0.0842 (3)0.07501 (6)0.0581 (4)
甲型H1A0.181 (3)0.166 (4)0.1024 (17)0.097 (10)*
H1B型0.080 (3)0.039 (4)0.0954 (14)0.079 (8)*
C1类0.65891 (18)0.1459 (2)0.33241 (8)0.0377 (3)
指挥与控制0.8053 (2)0.1522 (2)0.37783 (9)0.0491 (4)
过氧化氢0.89550.15480.36020.059*
C3类0.8131 (2)0.1546 (3)0.44946(10)0.0577 (5)
H3A型0.90960.15750.48050.069*
补体第四成份0.6771 (3)0.1527 (3)0.47583 (9)0.0593 (5)
H4B型0.68370.15500.52420.071*
C5型0.5341 (2)0.1475 (2)0.43070 (9)0.0497(4)
H5A型0.44450.14640.44870.060*
C6级0.52170 (18)0.1439 (2)0.35728 (7)0.0367 (3)
抄送70.36878 (17)0.1408 (2)0.30878 (7)0.0360 (3)
抄送80.37350 (15)0.13504 (18)0.23329 (7)0.0299 (3)
C9级0.23858 (15)0.12734 (19)0.17825 (7)0.0316 (3)
第10条0.25162 (16)0.12938 (19)0.10794 (7)0.0343 (3)
C11号机组0.39927 (17)0.1332 (2)0.09150 (7)0.0374 (3)
H11A型0.40750.13310.04460.045*
第12项0.53188 (17)0.1372 (2)0.14382 (8)0.0372 (3)
H12A型0.62930.13850.13250.045*
第13页0.51916 (16)0.13944 (19)0.21397(7)0.0318 (3)
第14项0.0097(2)0.2739 (3)0.19948 (11)0.0578 (5)
H14A型0.09040.24340.20860.087*
H14B型0.00350.34680.15700.087*
H14C型0.06810.34570.23810.087*
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0304 (5)0.0548 (7)0.0354 (6)0.0022 (4)0.0027 (4)0.0018 (4)
氧气0.0468 (6)0.0962 (10)0.0337 (6)0.0072 (6)0.0163 (5)0.0084 (6)
臭氧0.0315 (5)0.0527(7)0.0412 (6)0.0061 (4)0.0118 (4)0.0017 (4)
O4号机组0.0377 (6)0.0689 (8)0.0284 (5)0.0012 (5)0.0010 (4)0.0009 (4)
O1瓦0.0456(7)0.0910(11)0.0357 (6)0.0150 (7)0.0044 (5)0.0005(6)
C1类0.0426 (7)0.0330 (7)0.0337 (7)0.0023 (5)0.0000 (6)0.0023 (5)
指挥与控制0.0439 (8)0.0466 (9)0.0490 (9)0.0025 (7)0.0071(7)0.0036 (7)
C3类0.0627 (11)0.0509 (10)0.0459 (9)0.0027 (8)0.0187 (8)0.0028 (7)
补体第四成份0.0798 (13)0.0582 (11)0.0317 (8)0.0053 (9)0.0063 (8)0.0023 (7)
C5型0.0643 (10)0.0517 (10)0.0304 (7)0.0039 (7)0.0042 (7)0.0028 (6)
C6级0.0453 (8)0.0339 (7)0.0285(7)0.0035 (5)0.0029 (5)0.0022 (5)
抄送70.0400 (7)0.0387 (7)0.0296(7)0.0042 (5)0.0082 (5)0.0030 (5)
抄送80.0315 (6)0.0306 (6)0.0276(6)0.0029(5)0.0062 (5)0.0006 (5)
C9级0.0307 (6)0.0333 (7)0.0315 (7)0.0026 (5)0.0081 (5)0.0002(5)
第10条0.0347 (7)0.0370 (7)0.0298 (6)0.0018 (5)0.0039 (5)0.0014 (5)
C11号机组0.0415 (7)0.0442 (8)0.0286 (7)0.0004 (6)0.0119 (6)0.0021 (5)
第12项0.0341 (7)0.0448 (8)0.0355 (7)0.0009 (6)0.0138 (5)0.0008 (6)
第13页0.0302 (6)0.0325 (7)0.0324 (7)0.0016 (5)0.0055 (5)0.0013 (5)
第14项0.0417 (8)0.0675 (12)0.0693 (11)0.0063 (8)0.0235(8)0.0022 (9)
几何参数(λ,º) 顶部
O1-C1型1.3708 (18)C4-H4B型0.9300
O1-C13型1.3737 (16)C5至C61.409 (2)
氧气-C71.2372 (17)C5-H5A型0.9300
臭氧-C91.3801 (16)C6至C71.469 (2)
臭氧-C141.439 (2)C7-C8号机组1.4790(18)
4至101.3576 (17)C8-C13号机组1.4116 (18)
O4-H4A型0.8200C8-C9型1.4191 (18)
O1W-H1A型0.83 (3)C9-C10型1.3973 (19)
O1W-H1B型0.81 (3)C10-C11号机组1.4036 (19)
C1-C6号机组1.394 (2)C11-C12号机组1.375 (2)
C1-C2类1.398 (2)C11-H11A型0.9300
C2-C3型1.381 (3)C12-C13型1.3935 (19)
C2-H2A型0.9300C12-小时12a0.9300
C3-C4型1.400 (3)C14-H14A型0.9600
C3-H3A型0.9300C14-H14B型0.9600
C4-C5型1.371 (3)C14-H14C型0.9600
C1-O1-C13型119.30 (11)C13-C8-C9117.41 (12)
C9-O3-C14115.13 (12)C13-C8-C7型118.99(12)
C10-O4-H4A型109.5C9-C8-C7123.59 (12)
H1A-O1W-H1B型104 (3)臭氧-C9-C10117.56 (12)
O1-C1-C6型122.10 (13)臭氧-C9-C8121.77 (12)
O1-C1-C2型115.87 (14)C10-C9-C8号机组120.48(12)
C6-C1-C2型122.02(14)O4-C10-C9型117.45 (12)
C3-C2-C1118.55 (17)O4-C10-C11型122.66 (13)
C3-C2-H2A120.7C9-C10-C11119.88 (12)
C1-C2-H2A120.7C12-C11-C10120.79 (12)
C2-C3-C4型120.59 (16)C12-C11-H11A型119.6
C2-C3-H3A型119.7C10-C11-H11A型119.6
C4-C3-H3A基因119.7C11-C12-C13型119.46 (12)
C5-C4-C3120.29 (16)C11-C12-H12A120.3
C5-C4-H4B119.9C13-C12-H12A型120.3
C3-C4-H4B型119.9O1-C13-C12型114.70 (12)
C4-C5-C6120.70 (17)O1-C13-C8型123.34 (12)
C4-C5-H5A型119.6C12-C13-C8型121.95 (13)
C6-C5-H5A型119.6O3-C14-H14A型109.5
C1-C6-C5型117.85 (14)O3-C14-H14B型109.5
C1-C6-C7型121.30 (13)H14A-C14-H14B109.5
C5-C6-C7120.84 (14)臭氧-C14-H14C109.5
O2-C7-C6型121.24 (13)H14A-C14-H14C109.5
O2-C7-C8型123.82 (13)H14B-C14-H14C型109.5
C6-C7-C8型114.92 (12)
C13-O1-C1-C60.65 (19)C14-O3-C9-C1093.42 (16)
C13-O1-C1-C2179.73(12)C14-O3-C9-C891.70 (16)
O1-C1-C2-C3179.71 (14)C13-C8-C9-O3型173.03 (12)
C6-C1-C2-C3型0.6 (2)C7-C8-C9-O3型7.70 (19)
C1-C2-C3-C4型0.7 (3)C13-C8-C9-C101.70 (18)
C2-C3-C4-50.3 (3)C7-C8-C9-C10177.57 (12)
C3-C4-C5-C6型0.1 (3)臭氧-C9-C10-O45.96 (18)
O1-C1-C6-C5179.30 (13)C8-C9-C10-O4型179.09 (12)
C2-C1-C6-C5型0.3 (2)O3-C9-C10-C11172.99 (12)
O1-C1-C6-C70.2 (2)C8-C9-C10-C11号机组1.96 (19)
C2-C1-C6-C7型178.83 (13)O4-C10-C11-C12型179.64(13)
C4-C5-C6-C1型0.1 (2)C9-C10-C11-C120.7 (2)
C4-C5-C6-C7型179.18 (15)C10-C11-C12-C130.7 (2)
C1-C6-C7-O2177.43 (14)C1-O1-C13-C12179.55 (12)
C5-C6-C7-O21.6 (2)C1-O1-C13-C80.03 (18)
C1-C6-C7-C81.57(19)C11-C12-C13-O1179.57 (12)
C5-C6-C7-C8179.36 (13)C11-C12-C13-C80.9 (2)
O2-C7-C8-C13型176.82 (14)C9-C8-C13-O1179.21 (12)
C6-C7-C8-C132.15 (17)C7-C8-C13-O1型1.49 (19)
O2-C7-C8-C92.4 (2)C9-C8-C13-C120.28 (19)
C6-C7-C8-C9178.59 (12)C7-C8-C13-C12179.03 (13)
氢键几何形状(λ,º) 顶部
-H(H)···A类-H(H)H(H)···A类···A类-H(H)···A类
O4-H4型A类···O1公司W公司0.821.902.7126 (16)174
O1公司W公司-上半年A类···氧气0.83 (3)2.03 (3)2.857 (2)174(3)
O1公司W公司-上半年B类···O4号机组ii(ii)0.81 (3)2.34 (3)2.9540 (19)134 (2)
O1公司W公司-上半年B类···臭氧ii(ii)0.81 (3)2.37 (3)3.1195 (17)155(2)
对称代码:(i)x个,+1/2,z(z)1/2;(ii)x个,,z(z).

实验细节

水晶数据
化学配方C类14H(H)10O(运行)4·H(H)2O(运行)
M(M)第页260.24
晶体系统,空间组单诊所,P(P)21/c(c)
温度(K)295
,b条,c(c)(Å)8.8008 (6), 7.0856 (4), 19.4596 (9)
β(°)102.402 (4)
V(V))1185.16 (12)
Z轴4
辐射类型K(K)α
µ(毫米1)0.11
晶体尺寸(mm)0.38 × 0.26 × 0.24
数据收集
衍射仪布吕克智能CCD(电荷耦合器件)
吸收校正多扫描
(SADABS公司; 布鲁克,1997年)
T型最小值,T型最大值0.959, 0.974
测量、独立和
观察到的[> 2σ()]反射
8151, 2919, 2269
R(右)整数0.080
(罪θ/λ)最大值1)0.666
精炼
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司0.053, 0.164, 1.04
反射次数2919
参数数量181
氢原子处理用独立和约束精化的混合物处理H原子
Δρ最大值, Δρ最小值(eó))0.26,0.36

计算机程序:智能(布鲁克,1997),圣保罗(布鲁克,1997),SHELXS97标准(谢尔德里克,2008),SHELXL97型(谢尔德里克,2008),SHELXTL公司(谢尔德里克,2008)。

氢键几何形状(λ,º) 顶部
-H(H)···A类-H(H)H(H)···A类···A类-H(H)···A类
O4-H4A··O1W0.821.902.7126 (16)174
O1W-H1A··O20.83 (3)2.03 (3)2.857 (2)174 (3)
O1W-H1B··O4ii(ii)0.81 (3)2.34 (3)2.9540 (19)134 (2)
O1W-H1B···O3ii(ii)0.81 (3)2.37 (3)3.1195 (17)155 (2)
对称代码:(i)x个,+1/2,z(z)1/2; (ii)x个,,z(z).
 

致谢

这项工作得到了国家自然科学基金(20862005)、新世纪高校优秀人才计划(NCET-08-0656)和海南省自然科学基金项目(070207)的支持。感谢冰晶欣和张婷婷收集晶体数据。

工具书类

第一次引用布鲁克(1997)。智能圣保罗.Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊谷歌学者
第一次引用Chen,G.Y.、Zhu,G.Y.、Han,C.R.、Zhao,J.、Song,X.P.和Fong,W.F.(2008)。阿尔基沃克,13,249–254交叉参考 谷歌学者
第一次引用Sheldrick,G.M.(2008)。《水晶学报》。A类64, 112–122. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Zou,J.、Jin,D.Z.、Chen,W.L.、Wang,J.、Liu,Q.F.、Zhu,X.Z.和Zhao,W.M.(2005)。J.自然产品。 68, 1514–1518. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者

这是一篇根据知识共享署名(CC-BY)许可证它允许在任何介质中不受限制地使用、分发和复制,前提是引用了原始作者和来源。

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号:2056-9890