有机化合物\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号:2056-9890

2,3-二甲基-6-硝基-2H(H)-吲唑

南京理工大学生物技术与制药工程学院,地址:中华人民共和国南京市新摩藩路5号,邮编:210009b条南京理工大学药物科学学院,南京市新摩凡路5号,邮编:210009
*通信电子邮件:fzcpu@163.com

(收到日期:2009年6月26日; 2009年7月1日接受; 在线2009年7月4日)

在标题化合物的分子量中,C9H(H)9N个O(运行)2,吲唑环体系几乎是平面的[最大偏差=0.019(3)对于含硝基的C原子,则为“。晶体结构,分子间C-H…O相互作用将分子连接成中心对称二聚体,形成R(右)22(18) 环形图案。芳香的ππ吲唑环之间的接触[质心-质心距离=3.632(1) 和3.705(1)奥]可以进一步稳定结构。

相关文献

有关相关结构,请参见:Xu等。(1999【徐,B.-C.,邓,F.&王,H.-Z.(1999),《石油化工专业》,第18-20页。】). 有关键长数据,请参见:Allen等。(1987年【Allen,F.H.、Kennard,O.、Watson,D.G.、Brammer,L.、Orpen,A.G.和Taylor,R.(1987)。《化学与社会杂志》珀金分卷2,第S1-19页。】). 有关环形运动,请参见:Bernstein等。(1995【Bernstein,J.、Davis,R.E.、Shimoni,L.和Chang,N.-L.(1995)。Angew.Chem.Int.Ed.Eng.34,1555-1573。】).

【方案一】

实验

水晶数据
  • C类9H(H)9N个O(运行)2

  • M(M)第页= 191.19

  • 三联诊所,[P\上一行]

  • = 6.5800 (13) Å

  • b条= 7.2050 (14) Å

  • c(c)= 10.752 (2) Å

  • α= 75.07 (3)°

  • β= 74.67 (3)°

  • γ= 66.73 (3)°

  • V(V)= 444.81 (19) Å

  • Z轴= 2

  • K(K)α辐射

  • μ=0.11毫米−1

  • T型=294千

  • 0.30×0.20×0.10毫米

数据收集
  • Enraf–Nonius CAD-4衍射仪

  • 吸收校正:ψ扫描(北方等。, 1968【North,A.C.T.,Phillips,D.C.&Mathews,F.S.(1968),《结晶学报》A24,351-359。】)T型最小值= 0.969,T型最大值= 0.990

  • 1756次测量反射

  • 1606个独立反射

  • 1292次反射> 2σ()

  • R(右)整数= 0.031

  • 3个标准反射频率:120分钟强度衰减:1%

精炼
  • R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.054

  • 水风险(F类2) = 0.154

  • S公司= 1.00

  • 1606次反射

  • 129个参数

  • 受约束的氢原子参数

  • Δρ最大值=0.32埃−3

  • Δρ最小值=-0.25埃−3

表1
氢键几何形状(λ,°)

D类-H月A类 D类-H(H) H月A类 D类A类 D类-H月A类
C1-H1型A类●氧气 0.96 2.58 3.533 (4) 171
对称代码:(i)-x个-1, -+2, -z(z).

数据收集:CAD-4软件(恩拉夫·诺尼乌斯,1989年[Enraf-Nonius(1989)。CAD-4软件。荷兰代尔夫特Enraf-Nius。]); 细胞精细化: CAD-4软件; 数据缩减:XCAD4公司(Harms&Wocadlo,1995年[Harms,K.和Wocadlo,S.(1995),XCAD4。德国马尔堡大学); 用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 分子图形:ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997年【Farrugia,L.J.(1997),《应用结晶杂志》,第30卷,第565页。】)和(斯佩克,2009年[Spek,A.L.(2009),《结晶学报》,D65148-155。]); 用于准备出版材料的软件:SHELXL97型.

支持信息


注释顶部

吲唑的一些衍生物是重要的化工原料。我们在此报告晶体结构标题化合物的名称。

在标题化合物的分子中(图1),键长(艾伦等。和角度在正常范围内。环A(N1/N2/C3/C4/C9)和环B(C4-C9)当然是平面的,它们之间的二面角为A/B=0.80(3)°。吲唑环体系是平面的,C6原子的最大偏差为-0.019(3)Au。原子O1、O2、N3、C1和C2离吲唑环体系平面的距离分别为0.024(3)、-0.124(3。

晶体结构,弱的分子间C-H··O相互作用(表1)将分子连接成中心对称二聚体形成R(右)22(18) 环形图案(伯恩斯坦等。,1995)(图2),其中它们可能有效地稳定结构。这个ππ吲唑环之间的接触,Cg1-Cg2和Cg2-Cg2ii(ii)[对称码:(i)2-x、2-y、-z、(ii)2-x,1-y,-z,其中Cg1和Cg2分别是环A(N1/N2/C3/C4/C9)和环B(C4-C9)的质心]可以进一步稳定结构,质心距离分别为3.632(1)和3.705(1)Ω。

相关文献顶部

有关相关结构,请参见:Xu等。(1999). 有关键长数据,请参见:Allen等。(1987). 有关环形运动,请参见:Bernstein等。(1995).

实验顶部

为了制备标题化合物,将金属钠(3.22 g)溶解在反流性异丙醇(140 ml)中。然后,将溶液加入3-甲基-6-硝基-1中H(H)-少量添加吲唑(13g)和碘甲烷(30g)。将混合物回流5 h。将悬浮液冷却至室温,过滤并用2-丙醇洗涤,得到黄色固体(产率:12 g)(Xu等。,1999年)。通过缓慢蒸发甲醇溶液获得适合X射线分析的晶体。

精炼顶部

氢原子被几何定位,芳香族和甲基氢的C-H分别为0.93和0.96º,并被限制在其母原子上,U国际标准化组织(H) =xU等式(C) 式中,对于甲基H,x=1.5,对于芳香族H原子,x=1.2。

计算详细信息顶部

数据收集:CAD-4软件(Enraf–Nonius,1989);细胞精细化: CAD-4软件(Enraf–Nonius,1989);数据缩减:XCAD4公司(Harms&Wocadlo,1995);用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008);用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008);分子图形:ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997)和(斯佩克,2009);用于准备出版材料的软件:SHELXL97型(Sheldrick,2008)和(斯佩克,2009)。

数字顶部
[图1] 图1。标题分子的分子结构,采用原子编号方案。位移椭球是在30%的概率水平上绘制的。
[图2] 图2。标题化合物的部分包装图。氢键显示为虚线。
2,3-二甲基-6-硝基-2H(H)-吲唑顶部
水晶数据 顶部
C类9H(H)9N个O(运行)2Z轴= 2
M(M)第页= 191.19F类(000) = 200
三联诊所,P(P)1D类x个=1.427毫克
大厅符号:-P 1K(K)α辐射,λ= 0.71073 Å
= 6.5800 (13) Å25次反射的细胞参数
b条= 7.2050 (14) Åθ= 9–13°
c(c)= 10.752 (2) ŵ=0.11毫米1
α= 75.07 (3)°T型=294千
β= 74.67 (3)°块状,无色
γ= 66.73 (3)°0.30×0.20×0.10毫米
V(V)= 444.81 (19) Å
数据收集 顶部
Enraf–Nonius CAD-4型
衍射仪
1292次反射> 2σ()
辐射源:细焦点密封管R(右)整数= 0.031
石墨单色仪θ最大值= 25.3°,θ最小值= 2.0°
ω/2θ扫描小时=07
吸收校正:ψ扫描
(北部等。, 1968)
k=78
T型最小值= 0.969,T型最大值= 0.990=1212
1756次测量反射每120分钟3次标准反射
1606个独立反射强度衰减:1%
精炼 顶部
优化于F类2二次原子位置:差分傅里叶映射
最小二乘矩阵:满氢站点位置:从邻近站点推断
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.054受约束的氢原子参数
水风险(F类2) = 0.154 w个= 1/[σ2(F类o(o)2) + (0.08P(P))2+ 0.235P(P)]
哪里P(P)= (F类o(o)2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 1.00(Δ/σ)最大值< 0.001
1606次反射Δρ最大值=0.32埃
129个参数Δρ最小值=0.25埃
0个约束消光校正:SHELXL97型(谢尔德里克,2008),Fc*=kFc[1+0.001xFc2λ/罪(2θ)]-1/4
主原子位置定位:结构-变量直接方法消光系数:0.059(12)
水晶数据 顶部
C类9H(H)9N个O(运行)2γ= 66.73 (3)°
M(M)第页= 191.19V(V)= 444.81 (19) Å
三联诊所,P(P)1Z轴= 2
= 6.5800 (13) ÅK(K)α辐射
b条= 7.2050 (14) ŵ=0.11毫米1
c(c)= 10.752 (2) ÅT型=294千
α= 75.07 (3)°0.30×0.20×0.10毫米
β= 74.67 (3)°
数据收集 顶部
Enraf–Nonius CAD-4型
衍射仪
1292次反射> 2σ()
吸收校正:ψ扫描
(北部等。, 1968)
R(右)整数= 0.031
T型最小值= 0.969,T型最大值= 0.990每120分钟3次标准反射
1756次测量反射强度衰减:1%
1606个独立反射
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0540个约束
水风险(F类2) = 0.154受约束的氢原子参数
S公司= 1.00Δρ最大值=0.32埃
1606次反射Δρ最小值=0.25埃
129个参数
特殊细节 顶部

几何图形.所有e.s.d.(除了两个l.s.平面之间二面角中的e.s.d.)均使用全协方差矩阵进行估计。在估计e.s.d.的距离、角度和扭转角时,单独考虑单元e.s.d;只有当e.s.d.的胞内参数由晶体对称性定义时,才使用它们之间的相关性。细胞e.s.d.的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的e.s.d。

精炼.改进F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,带有F类负值设置为零F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt).与选择反射进行细化无关。R(右)-因素基于F类2在统计上大约是基于F类、和R(右)-基于所有数据的因素将更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式
O1公司0.2155 (5)0.7495 (5)0.3831 (2)0.1020 (9)
氧气0.1339 (4)0.7845 (4)0.33747 (19)0.0803 (7)
N1型0.2315 (3)0.7731 (3)0.25319 (18)0.0469 (5)
氮气0.3309 (3)0.7997 (3)0.15107 (18)0.0479 (5)
N3号机组0.0392 (4)0.7648 (3)0.3051 (2)0.0611(6)
C1类0.3707 (5)0.7880 (5)0.3829 (2)0.0660 (8)
甲型H1A0.51440.89410.37580.099*
H1B型0.29790.82020.43680.099*
甲型H1C0.39150.65940.42180.099*
C20.1367 (5)0.6977 (4)0.3176 (3)0.0601 (7)
过氧化氢0.04560.70870.40320.090*
过氧化氢0.20980.79710.29290.090*
过氧化氢0.24820.56250.31860.090*
C3类0.0080 (4)0.7362(3)0.2216 (2)0.0432 (6)
补体第四成份0.1582 (3)0.7777 (3)0.0489 (2)0.0390 (5)
C5型0.1637 (4)0.7888(3)0.0830 (2)0.0446 (6)
H5A型0.29660.81600.11080.054*
C6级0.0376 (4)0.7573 (3)0.1678 (2)0.0462 (6)
抄送70.2431 (4)0.7224 (4)0.1315 (2)0.0517 (6)
H7A型0.37410.70570.19430.062*
抄送80.2482 (4)0.7134 (3)0.0049 (2)0.0470 (6)
H8A型0.38190.69100.02040.056*
C9级0.0474(3)0.7388 (3)0.0874 (2)0.0387 (5)
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.1021 (19)0.150 (2)0.0491 (12)0.0512(17)0.0174 (12)0.0311 (13)
氧气0.1002(17)0.0986 (16)0.0521 (12)0.0371 (13)0.0217 (11)0.0183 (11)
N1型0.0480 (11)0.0573 (12)0.0389 (10)0.0226 (9)0.0063 (8)0.0089 (8)
氮气0.0436 (11)0.0606 (12)0.0427 (11)0.0218 (9)0.0069 (8)0.0098 (9)
N3号机组0.0804 (16)0.0572 (13)0.0453 (12)0.0255 (11)0.0051 (12)0.0129 (10)
C1类0.0621 (17)0.095 (2)0.0422(14)0.0311 (15)0.0000 (12)0.0173 (13)
C20.0642 (16)0.0669 (17)0.0564 (15)0.0235 (13)0.0231(13)0.0092 (12)
C3类0.0475 (13)0.0402(12)0.0459 (12)0.0177 (9)0.0112 (10)0.0077 (9)
补体第四成份0.0400 (11)0.0369 (11)0.0427 (12)0.0162 (9)0.0058 (9)0.0085 (9)
C5型0.0501 (13)0.0444 (12)0.0442 (13)0.0207 (10)0.0117 (10)0.0061 (9)
C6级0.0611 (14)0.0384 (12)0.0389 (12)0.0202 (10)0.0034 (10)0.0079 (9)
抄送70.0465 (13)0.0485 (13)0.0523 (14)0.0148 (10)0.0048(10)0.0128 (11)
抄送80.0405 (12)0.0423 (12)0.0579 (14)0.0137 (9)0.0079 (10)0.0104 (10)
C9级0.0426(12)0.0306 (10)0.0448 (12)0.0135(8)0.0098 (9)0.0070 (8)
几何参数(λ,º) 顶部
臭氧-N31.222 (3)C2-H2C型0.9600
氧气-N31.223 (3)C2-H2D型0.9600
N1-N2型1.357 (3)C3-C9型1.389 (3)
N1-C1型1.456 (3)C4-C5型1.409 (3)
N1-C3型1.350 (3)C4至C91.420 (3)
N2-C4气体1.346 (3)C5至C61.366(3)
N3-C6号1.460 (3)C5-H5A型0.9300
C1-H1A型0.9600C6至C71.416(4)
C1-H1B型0.9600C7-C81.354 (3)
C1-H1C0.9600C7-H7A型0.9300
C2-C3型1.487 (3)C8-C9型1.405 (3)
C2-H2B型0.9600C8-H8A型0.9300
N2-N1-C1118.6 (2)N1-C3-C2型124.3 (2)
C3-N1-N2114.84 (19)C9-C3-C2130.3 (2)
C3-N1-C1126.6 (2)N2-C4-C5气体127.8 (2)
C4-N2-N1型102.99(17)N2-C4-C9气体111.81 (19)
O1-N3-O2122.6 (2)C5-C4-C9120.4 (2)
O1-N3-C6型118.2(2)C6-C5-C4116.1 (2)
O2-N3-C6型119.2 (2)C6-C5-H5A型121.9
N1-C1-H1A型109.5C4-C5-H5A型121.9
N1-C1-H1B型109.5C5-C6-C7124.2 (2)
H1A-C1-H1B型109.5C5-C6-N3型117.7 (2)
N1-C1-H1C型109.5C7-C6-N3型118.1 (2)
H1A-C1-H1C型109.5C8-C7-C6119.7 (2)
H1B-C1-H1C型109.5C8-C7-H7A型120.1
C3-C2-H2B109.5C6-C7-H7A型120.1
C3-C2-H2C109.5C7-C8-C9118.6 (2)
H2B-C2-H2C型109.5C7-C8-H8A基因120.7
C3-C2-H2D109.5C9-C8-H8A120.7
H2B-C2-H2D型109.5C3-C9-C8型134.1 (2)
H2C-C2-H2D型109.5C3-C9-C4型105.00 (19)
N1-C3-C9105.36 (19)C8-C9-C4型120.9 (2)
C1-N1-N2-C4179.6 (2)C2-C3-C9-C82.1 (4)
C3-N1-N2-C40.1 (2)N2-C4-C5-C6型178.9 (2)
N2-N1-C3-C2178.6(2)C9-C4-C5-C60.9 (3)
N2-N1-C3-C9型0.2(2)N2-C4-C9-C30.4 (2)
C1-N1-C3-C21.9(4)N2-C4-C9-C8179.25 (18)
C1-N1-C3-C9179.3 (2)C5-C4-C9-C3179.41 (19)
N1-N2-C4-C5号179.5 (2)C5-C4-C9-C80.9 (3)
N1-N2-C4-C90.3 (2)C4-C5-C6-C7型2.2 (3)
O1-N3-C6-C5型175.6 (2)C4-C5-C6-N3型179.20 (19)
O1-N3-C6-C7型3.1 (3)C5-C6-C7-C81.8 (4)
氧气-N3-C6-C55.0 (3)编号3-C6-C7-C8179.7 (2)
氧气-N3-C6-C7176.4 (2)C6-C7-C8-C90.2(3)
N1-C3-C9-C40.4 (2)C7-C8-C9-C3179.0 (2)
N1-C3-C9-C8179.3 (2)C7-C8-C9-C41.4(3)
C2-C3-C9-C4178.3 (2)
氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-H(H)···A类
C1-H1型A类···氧气0.962.583.533 (4)171
对称代码:(i)x个1,+2,z(z).

实验细节

水晶数据
化学配方C类9H(H)9N个O(运行)2
M(M)第页191.19
晶体系统,空间组三联诊所,P(P)1
温度(K)294
b条c(c)(Å)6.5800 (13), 7.2050 (14), 10.752 (2)
αβγ(°)75.07 (3), 74.67 (3), 66.73 (3)
V(V))444.81 (19)
Z轴2
辐射类型K(K)α
µ(毫米1)0.11
晶体尺寸(mm)0.30 × 0.20 × 0.10
数据收集
衍射仪Enraf–Nonius CAD-4型
衍射仪
吸收校正ψ扫描
(北部等。, 1968)
T型最小值T型最大值0.969, 0.990
测量、独立和
观察到的[> 2σ()]反射
1756, 1606, 1292
R(右)整数0.031
(罪θ/λ)最大值1)0.600
精炼
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司0.054, 0.154, 1.00
反射次数1606
参数数量129
氢原子处理受约束的氢原子参数
Δρ最大值, Δρ最小值(eó))0.32,0.25

计算机程序:CAD-4软件(Enraf–Nonius,1989),XCAD4公司(Harms&Wocadlo,1995),SHELXS97标准(谢尔德里克,2008),ORTEP-3(适用于Windows)(Farrugia,1997)和(斯佩克,2009),SHELXL97型(Sheldrick,2008)和(斯佩克,2009)。

氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-H(H)···A类
C1-H1A···O20.962.583.533 (4)171
对称代码:(i)x个1,+2,z(z).
 

致谢

作者感谢南京大学测试与分析中心的支持。

工具书类

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