有机化合物\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号:2056-9890

3,5-二羟基-2-甲基-4H(H)-吡喃-4-酮

河南中医学院药学系,郑州450008b条天津大学医药科技学院,天津300072,中华人民共和国
*通信电子邮件:pharmgao@tju.edu.cn

(收到日期:2008年3月18日; 2008年4月19日接受; 2008年5月10日在线)

在标题化合物中,C6H(H)64,观察到分子间和分子内氢键,这有助于建立晶体结构。有弱者ππ吡喃环之间的相互作用被3.5692(9)Au隔开。

相关文献

有关一般背景,请参阅:Shinoda等。(2004[Shinoda,Y.,Murata,M.,Homma,S.和Komura,H.(2004)。生物化学。生物技术。生物化学。68,529-536。]). 有关结构,请参见:Yao等。(2005[姚国明,王永斌,王立清,秦国维(2005).《水晶学报》E61,o1403-1405.]); 吉本斯等。(2000【Gibbons,S.、Denny,B.J.、Ali-Amine,S.,Mathew,K.T.、Skelton,B.W.、White,A.H.和Gray,A.I.(2000),《自然生产杂志》63、839-840。】).

【方案一】

实验

水晶数据
  • C类6H(H)64

  • M(M)第页= 142.11

  • 单诊所,P(P)21/n个

  • = 6.9400 (14) Å

  • b条= 6.0648 (12) Å

  • c(c)= 14.008 (3) Å

  • β= 92.77 (3)°

  • V(V)= 588.9 (2) Å

  • Z= 4

  • K(K)α辐射

  • μ=0.14毫米−1

  • T型=113(2)K

  • 0.14×0.12×0.10毫米

数据收集
  • Rigaku土星衍射仪

  • 吸收校正:多扫描(CrystalClear公司; 里加库/MSC,2005年[Rigaku/MSC。(2005)。CrystalClear。Rigaku/MSC,美国德克萨斯州伍德兰。])T型最小值= 0.981,T型最大值= 0.986

  • 3970次测量反射

  • 1381个独立反射

  • 1166次反射> 2σ()

  • R(右)整数= 0.025

精炼
  • R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.032

  • 水风险(F类2) = 0.096

  • S公司= 1.10

  • 1381次反射

  • 115个参数

  • 所有H-ataom参数均已优化

  • Δρ最大值=0.37埃−3

  • Δρ最小值=-0.24埃−3

表1
氢键几何形状(λ,°)

D类-H月 D类-H(H) H月 D类 D类-H月
O4-H6无臭氧 0.838 (18) 1.89 (2) 2.6902 (12) 159.6 (13)
O2-H5…O3ii(ii) 0.94 (2) 1.75 (2) 2.6596 (12) 162.6 (17)
O4-H6无臭氧 0.838 (18) 2.44 (2) 2.7820 (12) 105.4 (10)
C1-H3乙醇O4 1.005 (15) 2.537 (14) 2.8957 (15) 100.5 (9)
C6-H4环氧乙烷 0.936 (14) 2.412 (13) 3.3354 (14) 169.4 (12)
对称代码:(i)[-x+{\script{1\over2}},y-{\script}1\over 2}}]; (ii)[-x+{\script{1\over 2}},y+{\sscript{1\ over 2{},-z+{\sScript{1\ever 2}{]; (iii)-x个+1, -+3, -z(z)+1.

数据收集:CrystalClear公司(里加库/MSC,2005年[Rigaku/MSC。(2005)。CrystalClear。Rigaku/MSC,美国德克萨斯州伍德兰。]); 细胞精细化: CrystalClear公司; 数据缩减:CrystalClear公司; 用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 分子图形:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 用于准备出版材料的软件:SHELXTL公司.

支持信息


注释顶部

标题化合物3,5-二羟基-2-甲基-吡喃-4-酮(I)被鉴定为橙汁(Shinoda,等。, 2004). 我们在这里报告晶体结构标题化合物(图1)的化合物,该化合物是从金鸡菊中分离得到的。(I)的结构由两个O-H··O型强分子间氢键和一个C-H··O型弱分子间相互作用来稳定。还观察到分子内相互作用,从而形成五元环;详情见表1。有迹象表明π-π位于反转中心附近的吡喃环之间的相互作用,最小间距为3.5692(9)欧。2-羟甲基类似物(Yao)的晶体结构等。和5-羟基-3-甲氧基吡喃-4-酮(吉本斯等。,2000)已报告。

相关文献顶部

一般背景见:Shinoda等。(2004). 有关结构,请参见:Yao等。(2005年;吉本斯等。(2000).

实验顶部

用EtOH提取西葫芦干粉,浓缩提取物在真空中.残留物经硅胶柱处理色谱法。用氯仿-甲醇洗脱(95:5v(v)/v(v))产生了标题化合物。适用于XRD研究的晶体是在室温下通过缓慢蒸发从甲醇溶液中获得的。

精炼顶部

所有H原子都是从差分图中定位的,可以自由细化。

计算详细信息顶部

数据收集:CrystalClear公司(里加库/MSC,2005年);细胞精细化: CrystalClear公司(里加库/MSC,2005年);数据缩减:CrystalClear公司(里加库/MSC,2005年);用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008);用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008);分子图形:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008);用于准备出版材料的软件:SHELXTL公司(Sheldrick,2008)。

数字顶部
[图1] 图1。(I)分子的观点。位移椭球体以30%的概率水平绘制,氢原子显示为任意半径的小球体。
3,5-二羟基-2-甲基-4H-吡喃-4-酮顶部
水晶数据 顶部
C类6H(H)64F类(000) = 296
M(M)第页= 142.11D类x个=1.603毫克
单诊所,P(P)21/n个K(K)α辐射,λ= 0.71073 Å
大厅符号:-P 2yn1620次反射的单元参数
= 6.9400 (14) Åθ= 1.5–27.9°
b条= 6.0648 (12) ŵ=0.14毫米1
c(c)= 14.008 (3) ÅT型=113 K
β= 92.77 (3)°块状,无色
V(V)= 588.9 (2) Å0.14×0.12×0.10毫米
Z= 4
数据收集 顶部
Rigaku土星
衍射仪
1381个独立反射
辐射源:旋转阳极1166次反射> 2σ()
共焦单色仪R(右)整数= 0.025
ω扫描θ最大值= 27.9°,θ最小值= 2.9°
吸收校正:多扫描
(CrystalClear公司; 里加库/MSC,2005年)
小时=99
T型最小值= 0.981,T型最大值= 0.986k个=77
3970次测量反射=1018
精炼 顶部
优化于F类2主原子位置定位:结构-变量直接方法
最小二乘矩阵:完整二次原子位置:差分傅里叶映射
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.032氢站点位置:从邻近站点推断
水风险(F类2) = 0.096所有氢原子参数均已细化
S公司= 1.11 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0654P(P))2]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
1381次反射(Δ/σ)最大值< 0.001
115个参数Δρ最大值=0.37埃
0个约束Δρ最小值=0.24埃
水晶数据 顶部
C类6H(H)64V(V)= 588.9 (2) Å
M(M)第页= 142.11Z= 4
单诊所,P(P)21/n个K(K)α辐射
= 6.9400 (14) ŵ=0.14毫米1
b条= 6.0648 (12) ÅT型=113 K
c(c)= 14.008 (3) Å0.14×0.12×0.10毫米
β= 92.77 (3)°
数据收集 顶部
Rigaku土星
衍射仪
1381个独立反射
吸收校正:多扫描
(CrystalClear公司; 里加库/MSC,2005年)
1166次反射> 2σ()
T型最小值= 0.981,T型最大值= 0.986R(右)整数= 0.025
3970次测量反射
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0320个约束
水风险(F类2) = 0.096所有氢原子参数均已细化
S公司= 1.11Δρ最大值=0.37埃
1381次反射Δρ最小值=0.24埃
115个参数
特殊细节 顶部

几何图形.所有e.s.d.(除了两个l.s.平面之间二面角的e.s.d.)均使用全协方差矩阵进行估计。在估计e.s.d.的距离、角度和扭转角时,单元e.s.d.单独考虑;只有当由晶体对称性定义时,才使用电解槽参数中e.s.d.之间的相关性。单元e.s.d.的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的e.s.d。

精炼.改进F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,使用F类负值设置为零F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt).与选择反射进行细化无关。R(右)-因素基于F类2在统计上大约是基于F类、和R(右)-基于所有数据的因素将更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式
臭氧0.27997 (10)1.01120 (11)0.27250 (5)0.0149 (2)
O1公司0.76427 (10)1.05517 (12)0.44524 (5)0.0157 (2)
O4号机组0.56909 (12)0.69576 (12)0.26153 (5)0.0171 (2)
氧气0.32648 (11)1.36372 (12)0.40092 (5)0.0173 (2)
补体第四成份0.43152 (15)1.02588 (15)0.32615 (7)0.0124 (2)
C5级0.46324 (15)1.20540 (16)0.39217 (7)0.0132 (2)
C3类0.58183 (15)0.86536 (16)0.32479 (7)0.0127 (2)
指挥与控制0.74196 (15)0.88197 (16)0.38483 (7)0.0139 (2)
C6型0.62774 (16)1.21333 (17)0.44749 (7)0.0157 (2)
C1类0.90601 (15)0.72547 (19)0.39113 (8)0.0174 (3)
H4型0.656 (2)1.323 (2)0.4929 (10)0.021 (3)*
H3级0.871 (2)0.582 (2)0.3585 (10)0.028 (3)*
H1型1.017 (2)0.782 (2)0.3616 (11)0.037 (4)*
氢气0.940 (2)0.689 (2)0.4591 (10)0.025 (3)*
H5型0.271 (3)1.393 (3)0.3397 (14)0.054 (5)*
H6型0.454 (3)0.669 (2)0.2453 (11)0.037 (4)*
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
臭氧0.0141 (4)0.0150 (4)0.0153 (4)0.0004 (3)0.0022 (3)0.0013 (3)
O1公司0.0155 (4)0.0165 (4)0.0148 (4)0.0005 (3)0.0020 (3)0.0020 (3)
O4号机组0.0136 (4)0.0163 (4)0.0211 (4)0.0004 (3)0.0008 (3)0.0080 (3)
氧气0.0233 (4)0.0142 (4)0.0142 (4)0.0058 (3)0.0018 (3)0.0018 (3)
补体第四成份0.0142 (5)0.0125 (5)0.0105 (4)0.0022 (4)0.0016 (4)0.0017 (3)
C5级0.0177 (5)0.0106 (5)0.0116 (4)0.0007 (4)0.0021 (4)0.0008 (3)
C3类0.0138 (5)0.0118 (5)0.0128 (5)0.0019 (4)0.0023 (4)0.0011 (3)
指挥与控制0.0145 (5)0.0141 (5)0.0132 (4)0.0017 (4)0.0024 (4)0.0003 (3)
C6型0.0200 (6)0.0133 (5)0.0139 (5)0.0012 (4)0.0006 (4)0.0020 (4)
C1类0.0126 (5)0.0200 (6)0.0195 (5)0.0013 (4)0.0001 (4)0.0010 (4)
几何参数(λ,º) 顶部
臭氧-C41.2659 (13)C4至C51.4386 (13)
O1-C6型1.3497 (13)C5至C61.3494 (16)
O1-C2型1.3531 (12)C3-C2型1.3646 (15)
4至31.3577 (12)C2-C1型1.4816 (15)
臭氧-H60.838 (18)C6-H4型0.936 (14)
氧气-C51.3598 (12)C1-H3型1.005 (15)
氧气-H50.94 (2)C1-H1型0.956 (17)
C4-C3型1.4276 (14)C1-H2型0.996 (15)
C6-O1-C2型120.47 (8)O1-C2-C3型120.53 (9)
C3-O4-H6型110.7 (11)O1-C2-C1型113.31 (9)
C5-O2-H5型107.9 (12)C3-C2-C1126.15 (9)
臭氧-C4-C3122.06 (9)C5-C6-O1型122.45 (9)
臭氧-C4-C5122.13 (9)C5-C6-H4型124.0 (8)
C3-C4-C5型115.82 (9)O1-C6-H4型113.5 (8)
C6-C5-O2119.86 (9)C2-C1-H3型111.1 (8)
C6-C5-C4119.68 (10)C2-C1-H1型112.2 (9)
氧气-C5-C4120.44 (9)H3-C1-H1型107.1 (13)
O4-C3-C2118.92 (9)C2-C1-H2110.3 (8)
O4-C3-C4120.04 (9)H3-C1-H2型106.4 (12)
C2-C3-C4型121.01 (9)H1-C1-H2型109.5 (13)
O3-C4-C5-C6179.79 (9)C6-O1-C2-C1179.47 (9)
C3-C4-C5-C6型0.12 (14)O4-C3-C2-O1176.47 (9)
O3-C4-C5-O21.94 (15)C4-C3-C2-O1型1.93 (15)
C3-C4-C5-O2178.15 (8)O4-C3-C2-C12.39 (16)
臭氧-氯代-3-氧代3.12 (15)C4-C3-C2-C1型179.21 (9)
C5-C4-C3-O4176.78 (8)氧气-C5-C6-O1176.71 (9)
O3-C4-C3-C2型178.50 (9)C4-C5-C6-O1型1.58 (15)
C5-C4-C3-C21.59 (14)C2-O1-C6-C5型1.32 (15)
C6-O1-C2-C3型0.47 (15)
氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···D类-H(H)H(H)···D类···D类-H(H)···
O4-H6···O30.838 (18)1.89 (2)2.6902 (12)159.6 (13)
O2-H5···O3ii(ii)0.94 (2)1.75 (2)2.6596 (12)162.6 (17)
O4-H6···O30.838 (18)2.44 (2)2.7820 (12)105.4 (10)
C1-H3··O41.005 (15)2.537 (14)2.8957 (15)100.5 (9)
C6-H4··O20.936 (14)2.412 (13)3.3354 (14)169.4 (12)
对称代码:(i)x个+1/2,1/2,z(z)+1/2; (ii)x个+1/2,+1/2,z(z)+1/2; (iii)x个+1,+3,z(z)+1.

实验细节

水晶数据
化学配方C类6H(H)64
M(M)第页142.11
晶体系统,空间组单诊所,P(P)21/n个
温度(K)113
,b条,c(c)(Å)6.9400 (14), 6.0648 (12), 14.008 (3)
β(°)92.77 (3)
V(V))588.9 (2)
Z4
辐射类型K(K)α
µ(毫米1)0.14
晶体尺寸(mm)0.14 × 0.12 × 0.10
数据收集
衍射仪Rigaku土星
衍射仪
吸收校正多扫描
(CrystalClear公司; 里加库/MSC,2005年)
T型最小值,T型最大值0.981, 0.986
测量、独立和
观察到的[> 2σ()]反射
3970, 1381, 1166
R(右)整数0.025
(罪θ/λ)最大值1)0.657
精炼
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司0.032, 0.096, 1.11
反射次数1381
参数数量115
氢原子处理所有氢原子参数均已细化
Δρ最大值, Δρ最小值(eó))0.37,0.24

计算机程序:CrystalClear公司(里加库/MSC,2005年),SHELXS97标准(谢尔德里克,2008),SHELXL97型(谢尔德里克,2008),SHELXTL公司(Sheldrick,2008)。

氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-H(H)···D类-H(H)H(H)···D类···D类-H(H)···
O4-H6···O30.838 (18)1.89 (2)2.6902 (12)159.6 (13)
O2-H5···O3ii(ii)0.94 (2)1.75 (2)2.6596 (12)162.6 (17)
O4-H6···O30.838 (18)2.44 (2)2.7820 (12)105.4 (10)
C1-H3··O41.005 (15)2.537 (14)2.8957 (15)100.5 (9)
C6-H4··O20.936 (14)2.412 (13)3.3354 (14)169.4 (12)
对称代码:(i)x个+1/2,1/2,z(z)+1/2; (ii)x个+1/2,+1/2,z(z)+1/2; (iii)x个+1,+3,z(z)+1.
 

工具书类

第一次引用Gibbons,S.、Denny,B.J.、Ali-Amine,S.,Mathew,K.T.、Skelton,B.W.、White,A.H.和Gray,A.I.(2000)。《自然生产杂志》。 63, 839–840. 科学网 CSD公司 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用里加库/MSC。(2005).CrystalClear公司里加库/MSC,美国德克萨斯州伍德兰谷歌学者
第一次引用Sheldrick,G.M.(2008)。《水晶学报》。64, 112–122. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Shinoda,Y.、Murata,M.、Homma,S.和Komura,H.(2004)。Biosci公司。生物技术。生物化学。 68, 529–536. 科学网 交叉参考 公共医学 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Yao,G.-M.,Wang,Y.-B.,Wag,L.-Q.&Qin,G.-W.(2005)。《水晶学报》。E类611403年至1405年科学网 CSD公司 交叉参考 IUCr日志 谷歌学者

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国际标准编号:2056-9890