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2,5-鲁替丁(2,5-二甲基吡啶,C7H(H)9N) 已在150(2)K下确定就地从液体中生长出晶体。在空间组中P(P)\上划线1,不对称单元包含两个独立的分子。分子相互关联通过C-H公司...N个相互作用形成极性链,以平行方式排列,形成极性片。相邻板材以反平行排列方式包装。

支持信息

到岸价

结晶信息文件(CIF)https://doi.org/10.1107/S16053682003380/cf6153sup1.cif
包含全局数据块,I

香港特别行政区

结构系数文件(CIF格式)https://doi.org/10.107/S1600536802003380/cf6153Isup2.hkl
包含数据块I

CCDC参考:182637

关键指标

  • 单晶X射线研究
  • T型=150 K
  • 平均值[西格玛](C-C)=0.002º
  • R(右)系数=0.054
  • 水风险系数=0.145
  • 数据与参数之比=18.2

检查CIF结果

未发现语法错误ADDSYM报告没有额外的对称性

注释顶部

这项工作是致力于改进以下技术的研究的一部分测定室内液态物质的晶体结构温度。我们之前已经报道了2,6-鲁替丁(键等。和3,5-鲁替丁(邦德和戴维斯,2002年),并在此报告异构体2,5-鲁替丁(I)的结构,在150(2)K下测定就地晶体生长液体。

在空间组中P(P)1,在非对称单元(图1)。分子相互连接通过C-H··N延伸链中的相互作用[图2;H4B··N1A=2.66 Au,C4B-H4B···N1A=159°;H4A··N1B=2.63º和C4A-H4A···N1B=157°; 对称码:(i)x,, -1 +z(z)]. 类似的链条在2,6-鲁替丁和3,5-鲁替丁的晶体结构中观察到。在(I)中的链内,相邻分子绕着方向扭曲最小平方平面之间夹角的链传播54.0(1)°的相邻分子。这种扭曲可能适应空间位阻甲基取代基的要求。相邻链条排列在平行方式,使极片平行于(010)(图2)。链在相邻的薄片以反平行的方式排列,使晶体非宏观极性(图3)。

实验顶部

样本(99%)是从兰开斯特公司获得的,使用时没有进一步净化。晶体生长在0.3毫米的玻璃毛细管中加利福尼亚州236 K(温度仅略低于毛细管中的固体)使用前面描述的技术(戴维斯&邦德,2001年)。晶体生长后,冷却至150(2)K以获取数据收藏。圆柱形晶体的长度没有估计出来,但它超过准直器的直径(0.35 mm)。

精炼顶部

氢原子以几何方式放置,并用各向同性位移进行细化参数,具有指定给化学等效H原子的通用参数(所有甲基H原子一个参数,共四个参数)。两种甲基组是无序的,被建模为两组位置,每个位置位置围绕本地三重轴与另一个旋转60°。

计算详细信息顶部

数据收集:收集(诺尼乌斯,1998);单元格细化:香港(HKL) 电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997);数据缩减:香港(HKL) DENZO公司电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997);用于求解结构的程序:92新加坡元(阿尔托马雷等。, 1994); 用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,1997);分子图形:XP(极限编程)(谢尔德里克,1993)和卡梅隆(沃特金等。, 1996); 用于准备出版材料的软件:SHELXL97型.

数字顶部
[图1] 图1。非对称单位和原子标记方案,显示位移50%概率水平的椭球体(C/N原子)(XP(极限编程); 谢尔德里克,1993). 独立分子用后缀A和B表示。
[图2] 图2。(I)单层的投影到(010),显示极性链通过C-H··N相互作用连接成极片(卡梅隆; 沃特金等。, 1996).
[图3] 图3。投影到(100),显示(I)层排列在反平行方式(卡梅隆; 沃特金等。, 1996).
2,5-二甲基吡啶顶部
水晶数据 顶部
C7H(H)9N个F类(000) = 232
M(M)第页= 107.15D类x=1.113毫克
三联诊所,P(P)1熔点:258 K
= 7.0991 (4) ÅK(K)α辐射,λ= 0.7107 Å
b条= 7.7279 (5) Å2259次反射的单元参数
c(c)= 12.3900 (9) Åθ= 1.0–22.5°
α= 108.139 (4)°µ=0.07毫米1
β= 92.399 (4)°T型=150 K
γ= 96.743 (5)°圆柱体,无色
V(V)= 639.26 (7) Å0.15 mm(半径)
Z轴= 4
数据收集 顶部
Nonius KappaCCD公司
衍射仪
R(右)整数= 0.030
辐射源:细焦点密封管θ最大值= 27.5°,θ最小值= 3.7°
薄片ωϕ扫描小时= 09
4192次测量反射k个=99
2827次独立反射=1515
1643次反射> 2σ()
精炼 顶部
优化于F类2主原子位置定位:结构-变量直接方法
最小二乘矩阵:完整二次原子位置:差分傅里叶映射
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.054氢站点位置:从邻近站点推断
水风险(F类2) = 0.145受约束的氢原子参数
S公司= 1.03 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0487P(P))2+ 0.1043P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
2827次反射(Δ/σ)最大值< 0.001
155个参数Δρ最大值=0.14埃
0个约束Δρ最小值=0.13埃
水晶数据 顶部
C7H(H)9N个γ= 96.743 (5)°
M(M)第页= 107.15V(V)= 639.26 (7) Å
三联诊所,P(P)1Z轴= 4
= 7.0991 (4) ÅK(K)α辐射
b条= 7.7279 (5) ŵ=0.07毫米1
c(c)= 12.3900 (9) ÅT型=150 K
α= 108.139 (4)°0.15毫米(半径)
β= 92.399 (4)°
数据收集 顶部
Nonius KappaCCD公司
衍射仪
1643次反射> 2σ()
4192次测量反射R(右)整数= 0.030
2827次独立反射
精炼 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0540个约束
水风险(F类2) = 0.145受约束的氢原子参数
S公司= 1.03Δρ最大值=0.14埃
2827次反射Δρ最小值=0.13埃
155个参数
特殊细节 顶部

实验.晶体生长就地在236 K的0.3 mm Lindemann管中。

几何图形.所有e.s.d.(两个l.s.平面之间二面角的e.s.d.除外)使用全协方差矩阵进行估计在估计e.s.d.的距离、角度时单独考虑和扭转角;e.s.d.细胞内参数之间的相关性仅为当它们由晶体对称性定义时使用。近似(各向同性)细胞e.s.d.的处理用于估计涉及l.s.的e.s.d。飞机。

最小二乘平面(x,,z(z)晶体坐标)和与它们的偏差(*表示用于定义平面的原子)

2.5016 (0.0055)x+ 6.8487 (0.0029)- 3.1884 (0.0079)z(z)= 5.0267 (0.0020)

*0.0014(0.0008)N1A*-0.0015(0.0011)C2A*0.0002(0.0011”C3A*0.0011(0.0011)C4A*-0.0012(0.0008)C5A

拟合原子的Rms偏差=0.0012

- 2.8000 (0.0048)x+ 6.0639 (0.0036)+ 3.6076 (0.0076)z(z)= 6.5009 (0.0039)

与前一平面的夹角(近似e.s.d.)=54.07(0.05)

*-0.0029(0.0008)N1B*0.0034(0.0011)C2B*-0.0010(0.0010)C3B*-0.001(0.0011)C4B*0.0023(0.0008)C5B

拟合原子的Rms偏差=0.0024

精炼.改进F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,使用F类设置为零消极的F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt).并且与选择反射进行细化无关。R(右)-因素基于F类2从统计上看大约是两倍大作为那些基于F类,以及R(右)-基于所有数据的系数将为甚至更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
xz(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
N1A型0.25742 (19)0.81270 (19)0.37067 (12)0.0456 (4)
C2A公司0.4063 (2)0.7350 (2)0.32155 (15)0.0405 (4)
C3A公司0.4134 (2)0.6780 (2)0.20418 (15)0.0423 (4)
H3A型0.51970.62400.17130.053 (2)*
C4A公司0.2674 (2)0.6995 (2)0.13545 (14)0.0399 (4)
H4A型0.27260.66050.05510.053 (2)*
C5A公司0.1135 (2)0.7775 (2)0.18304 (14)0.0393 (4)
C6A型0.1162 (2)0.8312 (2)0.30039 (15)0.0429 (4)
H6A型0.01060.88510.33420.053 (2)*
C7A型0.5634 (2)0.7155 (3)0.40036 (16)0.0541 (5)
H7AA型0.51180.64060.44600.060 (2)*0.768 (18)
H7AB型0.61880.83740.45100.060 (2)*0.768 (18)
H7AC型0.66200.65580.35550.060 (2)*0.768 (18)
H7AD型0.68330.78200.38900.060 (2)*0.232 (18)
H7AE型0.57620.58510.38390.060 (2)*0.232 (18)
H7AF型0.53310.76670.47950.060 (2)*0.232 (18)
C8A公司0.0512 (2)0.8010 (3)0.11044 (16)0.0562 (5)
H8AA型0.00270.85360.05290.060 (2)*0.638 (17)
H8AB型0.13090.88360.15870.060 (2)*0.638 (17)
H8AC型0.12710.68110.07250.060 (2)*0.638 (17)
H8AD公司0.17120.75850.13650.060 (2)*0.362 (17)
H8AE公司0.04290.72860.03070.060 (2)*0.362 (17)
H8AF型0.04670.93110.11690.060 (2)*0.362 (17)
N1B型0.26955 (18)0.69075 (19)0.84937 (12)0.0430 (4)
C2B型0.4229 (2)0.7806 (2)0.81909 (13)0.0358 (4)
C3B型0.4128 (2)0.8328 (2)0.72224 (14)0.0401 (4)
H3B型0.52250.89500.70220.053 (2)*
C4B型0.2446 (2)0.7952 (2)0.65465 (14)0.0380 (4)
H4B型0.23810.83130.58810.053 (2)*
C5B型0.0858 (2)0.7052 (2)0.68387 (13)0.0368 (4)
C6B型0.1067 (2)0.6566 (2)0.78164 (14)0.0409 (4)
H6B型0.00190.59430.80270.053 (2)*
C7B型0.6037 (2)0.8188 (2)0.89500 (15)0.0510 (5)
H7BA型0.57740.78670.96400.060 (2)*0.593 (18)
H7BB型0.65400.94950.91610.060 (2)*0.593 (18)
H7BC公司0.69750.74490.85440.060 (2)*0.593 (18)
H7BD型0.70860.86740.85910.060 (2)*0.407 (18)
H7BE公司0.63190.70460.90690.060 (2)*0.407 (18)
H7高炉0.58850.90920.96860.060 (2)*0.407 (18)
C8B类0.1029 (2)0.6634 (2)0.61414 (15)0.0520 (5)
H8BA型0.08710.69740.54490.060 (2)*0.627 (18)
h8b型0.19520.73380.65900.060 (2)*0.627 (18)
H8BC型0.14900.53170.59330.060 (2)*0.627 (18)
H8BD型0.20050.61120.65320.060 (2)*0.373 (18)
H8BE型0.09240.57480.53910.060 (2)*0.373 (18)
H8BF型0.13850.77690.60480.060 (2)*0.373 (18)
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
N1A型0.0508 (8)0.0478 (8)0.0395 (9)0.0071 (6)0.0022 (7)0.0160 (7)
C2A公司0.0431 (8)0.0389 (9)0.0415 (10)0.0036 (7)0.0002 (7)0.0166 (8)
C3A型0.0448 (8)0.0414 (9)0.0434 (11)0.0072 (7)0.0097 (8)0.0161 (8)
C4A公司0.0507 (9)0.0398 (9)0.0285 (9)0.0001 (7)0.0036 (7)0.0120 (7)
C5A公司0.0430 (8)0.0371 (9)0.0389 (10)0.0004 (7)0.0016 (7)0.0163 (7)
C6A型0.0452 (9)0.0446 (10)0.0423 (11)0.0093 (7)0.0057 (8)0.0172 (8)
C7A型0.0528 (10)0.0615 (12)0.0510 (12)0.0093 (9)0.0058 (9)0.0229 (10)
C8A公司0.0534 (10)0.0613 (12)0.0542 (13)0.0063 (9)0.0096 (9)0.0213 (10)
N1B型0.0452 (7)0.0484 (8)0.0388 (9)0.0069 (6)0.0030 (6)0.0187 (7)
C2B型0.0387 (8)0.0335 (8)0.0341 (9)0.0080 (6)0.0023 (7)0.0083 (7)
C3B型0.0395 (8)0.0399 (9)0.0437 (11)0.0047 (7)0.0082 (7)0.0171 (8)
C4B型0.0470 (8)0.0417 (9)0.0312 (9)0.0122 (7)0.0068 (7)0.0174 (7)
C5B型0.0385 (8)0.0353 (9)0.0354 (10)0.0088 (7)0.0014 (7)0.0085 (7)
C6B型0.0383 (8)0.0423 (9)0.0432 (11)0.0026 (7)0.0057 (7)0.0161 (8)
C7B公司0.0445 (9)0.0537 (11)0.0502 (12)0.0084 (8)0.0061 (8)0.0106 (9)
C8B类0.0452 (9)0.0546 (11)0.0509 (12)0.0111 (8)0.0069 (8)0.0089 (9)
几何参数(λ,º) 顶部
N1A-C6A型1.350 (2)N1B-C6B型1.3489 (19)
N1A-C2A型1.350 (2)N1B至C2B1.352 (2)
C2A-C3A型1.387 (2)C2B-C3B型1.382 (2)
C2A-C7A型1.503 (2)C2B-C7B型1.5018 (19)
C3A-C4A型1.372 (2)C3B-C4B型1.377 (2)
C3A-H3A型0.950C3B-H3B型0.950
C4A-C5A型1.376 (2)C4B-C5B型1.376 (2)
C4A-H4A型0.950C4B-H4B型0.950
C5A-C6A1.381 (2)C5B-C6B型1.383 (2)
C5A-C8A型1.508 (2)C5B-C8B型1.5074 (19)
C6A-H6A型0.950C6B-H6B型0.950
C7A-H7AA型0.980C7B-H7BA0.980
C7A-H7AB型0.980C7B-H7BB型0.980
C7A-H7AC型0.980C7B-H7BC型0.980
C7A-H7AD型0.980C7B-H7BD型0.980
C7A-H7AE型0.980C7B-H7BE型0.980
C7A-H7AF型0.980C7B-H7BF0.980
C8A-H8AA0.980C8B-H8BA型0.980
C8A-H8AB型0.980C8B-H8BB型0.980
C8A-H8AC型0.980C8B-H8BC型0.980
C8A-H8AD0.980C8B-H8BD型0.980
C8A-H8AE0.980C8B-H8BE型0.980
C8A-H8AF型0.980C8B-H8BF型0.980
C6A-N1A-C2A型116.96 (15)C6B-N1B-C2B117.02 (15)
N1A-C2A-C3A121.25 (15)N1B-C2B-C3B121.16 (13)
N1A-C2A-C7A116.68 (16)N1B-C2B-C7B116.79 (15)
C3A-C2A-C7A122.06 (15)C3B-C2B-C7B122.05 (15)
C4A-C3A-C2A型120.14 (15)C4B-C3B-C2B120.38 (15)
C4A-C3A-H3A型119.9C4B-C3B-H3B型119.8
C2A-C3A-H3A型119.9C2B-C3B-H3B型119.8
C3A-C4A-C5A119.91 (16)C5B-C4B-C3B119.72 (16)
C3A-C4A-H4A120C5B-C4B-H4B120.1
C5A-C4A-H4A120C3B-C4B-H4B120.1
C4A-C5A-C6A型116.77 (15)C4B-C5B-C6B型116.69 (14)
C4A-C5A-C8A121.58 (16)C4B-C5B-C8B121.98 (16)
C6A-C5A-C8A121.65 (15)C6B-C5B-C8B121.33 (15)
N1A-C6A-C5A124.96 (15)N1B-C6B-C5B125.02 (15)
N1A-C6A-H6A117.5N1B-C6B-H6B117.5
C5A-C6A-H6A117.5C5B-C6B-H6B117.5
C2A-C7A-H7AA型109.5C2B-C7B-H7BA型109.5
C2A-C7A-H7AB109.5C2B-C7B-H7BB型109.5
H7AA-C7A-H7AB型109.5H7BA-C7B-H7BB型109.5
C2A-C7A-H7AC型109.5C2B-C7B-H7BC型109.5
H7AA-C7A-H7AC109.5H7BA-C7B-H7BC型109.5
H7AB-C7A-H7AC型109.5H7BB-C7B-H7BC型109.5
C2A-C7A-H7AD型109.5C2B-C7B-H7BD109.5
C2A-C7A-H7AE型109.5C2B-C7B-H7BE型109.5
H7AD-C7A-H7AE型109.5H7BD-C7B-H7BE型109.5
C2A-C7A-H7AF型109.5C2B-C7B-H7BF型109.5
H7AD-C7A-H7AF型109.5H7BD-C7B-H7BF型109.5
H7AEC7A-H7AF型109.5H7BE-C7B-H7BF型109.5
C5A-C8A-H8AA109.5C5B-C8B-H8BA型109.5
C5A-C8A-H8AB109.5C5B-C8B-H8BB型109.5
H8AA-C8A-H8AB型109.5H8BA-C8B-H8BB型109.5
C5A-C8A-H8AC109.5C5B-C8B-H8BC型109.5
H8AA-C8A-H8AC109.5H8BA-C8B-H8BC109.5
H8AB-C8A-H8AC109.5H8BB-C8B-H8BC型109.5
C5A-C8A-H8AD109.5C5B-C8B-H8BD型109.5
C5A-C8A-H8AE109.5C5B-C8B-H8BE型109.5
H8AD-C8A-H8AE109.5H8BD-C8B-H8BE型109.5
C5A-C8A-H8AF型109.5C5B-C8B-H8BF型109.5
H8AD-C8A-H8AF型109.5H8BD-C8B-H8BF型109.5
H8AE-C8A-H8AF型109.5H8BE-C8B-H8BF型109.5
C6A-N1A-C2A-C3A0.4 (2)C6B-N1B-C2B-C3B0.7 (2)
C6A-N1A-C2A-C7A179.80 (15)C6B-N1B-C2B-C7B179.83 (14)
N1A-C2A-C3A-C4A0.2 (3)N1B-C2B-C3B-C4B0.5 (2)
C7A-C2A-C3A-C4A179.60 (16)C7B-C2B-C3B-C4B179.92 (14)
C2A-C3A-C4A-C5A0.1 (2)C2B-C3B-C4B-C5B0.0 (2)
C3A-C4A-C5A-C6A0.1 (2)C3B-C4B-C5B-C6B0.3 (2)
C3A-C4A-C5A-C8A179.07 (15)C3B-C4B-C5B-C8B178.94 (14)
C2A-N1A-C6A-C5A0.3 (3)C2B-N1B-C6B-C5B0.5 (2)
C4A-C5A-C6A-N1A0.1 (3)C4B-C5B-C6B-N1B0.0 (2)
C8A-C5A-C6A-N1A179.26 (16)C8B-C5B-C6B-N1B型179.19 (14)
氢键几何形状(λ,º) 顶部
D类-小时···A类D类-H(H)H(H)···A类D类···A类D类-小时···A类
补体第四成份B类-H4型B类···N1型A类0.952.663.567 (2)159
补体第四成份A类-H4型A类···N1型B类0.952.633.525 (2)157
对称代码:(i)x,,z(z)1

实验细节

水晶数据
化学配方C7H(H)9N个
M(M)第页107.15
晶体系统,空间组三联诊所,P(P)1
温度(K)150
,b条,c(c)(Å)7.0991 (4), 7.7279 (5), 12.3900 (9)
α,β,γ(°)108.139 (4), 92.399 (4), 96.743 (5)
V(V))639.26 (7)
Z轴4
辐射类型K(K)α
µ(毫米1)0.07
晶体尺寸(mm)0.15(半径)
数据收集
衍射仪Nonius KappaCCD公司
衍射仪
吸收校正
测量的、独立的和
观察到的[> 2σ()]反射
4192, 2827, 1643
R(右)整数0.030
(罪θ/λ)最大值1)0.649
精炼
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司0.054, 0.145, 1.03
反射次数2827
参数数量155
氢原子处理受约束的氢原子参数
Δρ最大值, Δρ最小值(eÅ))0.14,0.13

计算机程序:收集(诺尼乌斯,1998),香港(HKL) 电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997),香港(HKL) DENZO公司电子秤组件(Otwinowski&Minor,1997),92新加坡元(阿尔托马雷等。, 1994),SHELXL97型(谢尔德里克,1997),XP(极限编程)(谢尔德里克,1993)和卡梅隆(沃特金等。, 1996),SHELXL97型.

 

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