1.简介
低温数据采集是目前高分子材料的选择方法结构测定 通过X射线衍射,特别是在高强度同步辐射源中。由于低温下辐射损伤发生较慢,通常可以从单个低温冷却晶体中获得完整的数据集。然而,对于弱信号和/或小晶体,通常无法在辐射损伤开始之前从单晶中收集足够的数据,因此需要使用需要多个晶体的方法。虽然人们普遍认为,由于低温冷却过程细节的变化而增加的非同构(相对于室温)将掩盖弱同构反常散射最近的研究表明,即使是硫SAD也可以使用多个低温冷却晶体来实现(刘等。, 2011, 2012). 因此,低温下多晶体方法的一个关键方面是识别同晶晶体从中可以成功合并数据(佐丹奴等。, 2012; 福亚迪等。, 2013)
从样品处理的角度来看,更多有关晶体安装方面的信息,这些信息会产生单位-单位变化,从而可以更精确地控制冷却协议,这将增加任何两个低温冷却晶体同晶的可能性。这不仅有助于最近描述的多晶体方法,也有助于更传统的方法,包括同晶置换(MIR)和F类o个−F类o个电子密度图用于识别结合配体和构象变化。冷却后提高晶体特性的再现性(即单位-细胞参数、衍射极限和镶嵌性)也有助于系统地确定所选晶体的有利低温冷却条件。
已经讨论了几种不同的低温晶体学晶体安装方法(霍普,1988; 滕,1990; Riboldi-Tunnicliffe和Hilgenfeld,1999年; 基塔戈等。, 2005; Warkentin公司等。, 2008; Warkentin&Thorne,2009年). 最常见的方法是简单地用一个小尼龙或聚酰亚胺环从其生长滴中取出晶体,短暂地将其暴露于一些低温保护处理,然后将其冷却至低温(Teng,1990). 在低温贴装过程中,必须做出多种可能影响或不影响低温冷却结果的决定,包括晶体尺寸、环尺寸、低温溶液和在低温溶液中浸泡时间的选择;是否消除晶体周围的冷冻溶液;是将晶体浸入液体中冷却,还是将其置于冷气流中冷却;对于浸泡,将晶体移动到液体中的速度以及是否使用超淬火(沃肯廷等。, 2006); 对于气流冷却,在安装测角仪之前是否阻挡冷气流。其他变量包括显微镜和冷冻系统之间的距离、房间的环境湿度、晶体缓冲液的湿度、晶体的年龄、冷流的温度和速度、冷却前样品的温度、,环中晶体的方向以及环相对于气流速度的方向。
迄今为止,很少有人对上述变量进行研究,尤其是关于单位-细胞参数的再现性。低温贴装技术的发展旨在通过减少晶体外部的溶液量、增加冷却速度和在高压下冷却,消除结晶后低温保护处理的需要。外部溶液的体积可以通过微加工支架进行限制,该支架有助于从晶体中吸取溶液(Thorne等。, 2003),无环安装(Kitago等。, 2005, 2010),在油下用晶体积极去除外部水溶液(Warkentin&Thorne,2009)以及冷却前晶体中溶液的完全芯吸(Pellegrini等。, 2011). 注入液态丙烷可以提高冷却速度(沃克等。, 1998)或超淬火(Warkentin等。, 2006). 在高压下冷却可防止结冰I的形成以及由此产生的体积膨胀(Thomanek等。, 1973; 金等。, 2005; 伯克哈特等。, 2012).
在这里,我们研究了低温贴装过程的一些方面,以确定单元-细胞变化的潜在来源,这些变化可以通过更精确的冷却方案来减少。我们的结果表明,对于索姆丁晶体,单元-细胞变化的一个主要来源是安装过程中的水分蒸发,这受到几个变量的影响,促使采取一些简单的做法来提高再现性。我们描述了一种新的冷冻安装策略,旨在限制向制冷剂转移过程中的水分损失。小瓶安装方法减少了基于脱水的单位细胞变化,并提供了系统的基于蒸汽扩散的方案的可能性,用于与减少晶体处理的冷冻保护剂平衡。
2.方法
2.1. 化学制品
除非另有说明,否则所有化学品均来自Sigma–Aldrich(美国密苏里州圣路易斯)。
2.3. 标准低温冷却
使用直径为20µm的尼龙冷冻圈安装晶体,微管在安装在SPINE晶体盖上的18 mm缺口处断裂(Hampton Research)。为了采集晶体,倒置盖玻片,在结晶液滴上放置10–20µl井液,并将液滴表面生长的任何晶体与环一起插入液滴中,使其完全浸没。然后用环将晶体转移到10–15µl滴的冷冻溶液中,并将其浸泡在环境空气中(浸泡时间为30 s)或将其放置在含有良好冷冻溶液的表面上(浸泡时间2 min或更长)。
通过直接放置在低温流中冷却晶体并将其安装在衍射仪上(Cryojet,牛津仪器公司,英国阿宾顿;100K;样品流量6 l min−1,屏蔽流量4升(最小值)−1)或将其放入液氮泡沫杜瓦瓶(汉普顿研究所),然后用CryoTongs将其转移到低温流中(汉普敦研究所)。在典型条件下,回路宽度被选择为略小于晶体,以获得晶体外部的适量溶液。通过直接循环安装晶体,然后冷却,而不会吸干或吸湿晶体上残留的任何外部溶液。索姆丁晶体的长轴平行(通常的方向)或垂直于环的长轴。溶菌酶晶体是块状的,并且没有试图获得系统的环状取向。嗜热菌素晶体是以晶体长轴平行于环轴的方式安装在棒上的。为了在气流中冷却,回路是手动操作的。循环后,将晶体放置在测角仪上,不阻挡冷流,使晶体的速度矢量大致垂直于冷流的速度矢量。使用了两种不同的显微镜到冷冻流的距离(1.2和3.0 m)。用于冷却通过下降时,用CryoWand(汉普顿研究所)操纵回路,液氮杜瓦瓶紧邻显微镜放置,氮气上方的冷气体层通常为~1cm.在某些情况下,晶体在注入液氮之前被油覆盖(美国新泽西州雪松格罗夫市嘉吉实验室B型浸没油)。然后使用CryoTongs(汉普顿研究院)将晶体转移到气流中。使用EL-WiFi-TH传感器监测环境湿度和温度(英国索尔兹伯里Lascar Electronics公司)。
2.5. 特定实验的条件
2.5.1. 空气路径依赖性
将晶体在各自的冷冻溶液中浸泡2–3分钟。使用五种不同的安装显微镜-冷却介质布置来实现不同的空气通道长度:0 m(使用直接油冷却技术的柱塞冷却)、0.25 m(显微镜到液氮杜瓦)、1.2和3 m(显微镜至冷冻流)和5 m(3 m显微镜位置,步行至衍射仪时需要额外的距离)。晶体特征和环境湿度如下。索马丁:双锥酰胺,基部140–200µm,相对湿度=24–31%。溶菌酶:具有100–350µm边缘的块,相对湿度=26–30%。嗜热菌蛋白酶:直径100–200µm的棒材,相对湿度=23–29%。对于所有晶体,环境温度为294–297 K。
2.5.2. 环境湿度相关性
Thaumatin晶体浸泡在冷冻溶液中[35%(w个/v(v))乙二醇,0.8M(M)酒石酸钾钠]持续2分钟。0.1毫米的线圈是汉普顿研究公司的“0.1–0.2毫米”线圈,测量的内侧短轴为110–118µm。0.05 mm环为“0.05–0.1 mm”环,内短轴为70–75µm。环境温度为294–297 K。使用小型房间加湿器来获取最高湿度数据点。晶体的尺寸为130–190µm,每个数据点的平均晶体尺寸为162–173µm。
2.5.3. 晶体尺寸依赖性
Thaumatin晶体在冷冻溶液中浸泡约2分钟。将小瓶上的晶体密封在O型环上,并在室温(294 K)下平衡过夜(约15小时)。使用两个循环大小范围大致维持额外溶液的相对体积。对于大于120µm的晶体,使用“0.1–0.2 mm”环(125–155µm小轴内径)。对于120µm和更小的晶体,使用了“0.05–0.1 mm”的环(小轴内径70–80µm)。每个系列的环境湿度如下:小瓶安装,相对湿度22–24%;1.2 m显微镜距离,20–23%RH;3.0 m显微镜距离,18-20%相对湿度;柱塞冷却,24-27%相对湿度。
2.5.4. 低温蒸汽流速
Thaumatin晶体浸泡在冷冻溶液中[35%(w个/v(v))乙二醇,0.8M(M)酒石酸钾钠]持续约2分钟,小瓶安装,粘土密封,并在室温(294 K)下平衡过夜(约15小时)。通过改变氮气流速来控制低温流速度,样品和屏蔽设置为相同的值。设定温度为120 K,因为较低流速无法实现更典型的100 K。晶体尺寸为140–210µm。
2.5.5. 低温溶解浸泡时间
Thaumatin晶体浸泡在冷冻溶液中[35%(w个/v(v))乙二醇,0.8M(M)酒石酸钾钠]放置30 s至5 min,并如上所述在液氮中插入冷却。晶体尺寸为150–190µm。
2.5.7. 室内温度控制
从生长液滴中直接环装索玛丁晶体,插入微RT管(加里宁等。, 2005; MiTeGen)中含有井溶液的储层,并在收集衍射数据之前在室温下培养几分钟。
2.6。X射线数据收集和分析
使用具有Nova X射线源的Agilent Xcalibur X射线衍射仪和Onyx探测器(Agilent Technologies,Santa Clara,California,USA)收集X射线数据,使用以下参数:50kV,0.8mA,晶体到探测器的距离为65.000mm,θ(探测器角度)3.5°,振荡宽度0.25°,帧数=2×6,间隔90°,曝光时间15 sCrysAlis公司赞成在预实验模式下,输出单位-细胞参数,估计衍射极限和镶嵌性。在CrysAlis公司赞成,“镶嵌性”被给出为三个分量,e(电子)1,e(电子)2和e(电子)三,是在每个反射的局部坐标系中定义的三个方向上的镶嵌。e(电子)1和e(电子)2是马赛克吗(即衍射点所对的角度)在与埃瓦尔德球体(在图像上,e(电子)2是从光束中心沿径向的镶嵌度),而e(电子)三是垂直于e(电子)1和S公司−S公司0大致是扫描方向上的镶嵌。在这里,S公司和S公司0分别是散射X射线矢量和入射X射线矢量(Kabsch,2001). 为了检测不对称冷却效应,我们从不受空间组对称性约束的单元-单元参数开始。
3.结果
3.1. 单元间参数对标准低温贴装方面的依赖性
3.1.2. 环境湿度、回路尺寸和回路中晶体的方向
对于索默丁,我们还研究了对环境湿度的依赖性,如图3所示(b条). 直接安装的单元体积随着环境湿度的降低而减小,这也符合脱水模型。这个相对湿度thaumatin EG基冷冻液的含量约为80%。由于蒸发速率与溶液和环境之间的湿度差成正比,因此湿度较低会导致在同一时间段内蒸发更多的水。在九个月的时间里相对湿度从图3判断,我们实验室的变化范围为9%到50%(b条)可以产生1%范围的thaumatin单位细胞体积。
使用了三种不同的环尺寸/晶体取向。对于平行晶体取向,较小的环在所有湿度下产生较小的单位-细胞体积,体积差异为1000–5000º三。较小的环通常在循环时带来较少的额外溶液,增加晶体对脱水的敏感性。0.1 mm/垂直方向具有中间单位-细胞体积。虽然此方向的晶体似乎有中等量的额外溶液,但在冷却过程中,它们在冷冻流中的位置也会有所不同。脱水和相对于低温流的取向这两个方面都有助于形成垂直取向的晶体中间体积。
3.2. 替代低温贴装程序的单元间变化
研究了可能限制脱水的替代晶体安装方法。我们首先测试了传统柱塞冷却的两种变体。
3.2.1. 柱塞冷却的变化:直接到油输送
限制脱水的一种方法是使用动力屏障,我们实施了这一方法通过一种直接对油安装方法,将一滴油与含有晶体的水溶液接触。使用一个环,晶体被直接从冷冻溶液中推入油中,从未与周围空气直接接触。然后将晶体环起来(不去除晶体周围残留的任何水溶液),并投入液氮中,在短暂的~0.5 s的时间内,油降低了从晶体到氮气杜瓦瓶的失水率(Juers&Matthews,2004). 这种方法具有很高的重复性(σ体积= 248 Å三使用基于EG的冷冻溶液,针对七个160–190µm的索姆丁晶体的样品尺寸;补充表S1)和我们测量的一些较大的单位细胞体积(501 665三),这与安装过程中损失很少的水的概念一致。(这可以与标准柱塞冷却的类似样品进行比较:σ体积= 363 Å三对于140–190µm的七个索姆丁晶体的样品尺寸;补充表S1.)
3.2.2. 深冷变化:高湿度下的深冷
另一种方法是调整环境空气的湿度。我们通过用冷冻溶液平衡晶体来测试这种方法(3.5分钟内5分钟M(M)TMAO),然后在将其放入液氮之前将其移入一个冷藏室。我们的冷藏室没有湿度控制,但通常湿度较高相对湿度(90–95%). 冷藏室安装也可实现高重复性(σ体积= 295 Å三对于八个150–170µm的thaumatin晶体的样品尺寸;补充表S1)。安装在冷藏室的另一个好处是降低了水的蒸汽压,从而降低了水从晶体中蒸发的动力学。
3.2.3. 湿流小瓶安装
为了提高直接安装的再现性,开发了湿流小瓶安装,它有三个基本组成部分:在可调湿流下进行晶体操作,将晶体转移到含有晶体浸泡溶液的小瓶,以及将晶体从小瓶直接转移到低温流。在微调该技术的某些方面时,我们安装了九组5-9个索玛丁晶体,每组的实验条件略有不同(补充表S1)。这些集合的单位细胞变异范围从σ体积=114至757奥三,平均(〈σ体积〉)第页,共324页三或单位体积的0.06%(约为直接安装变化的两倍)。
一旦开发完成,小瓶安装程序便用于图4所示的较大尺寸范围的索姆丁晶体(80–230µm)和表1。与直接安装或插入冷却晶体相比,小瓶安装晶体的单位间距变化较小,并且显示出测试晶体的最低镶嵌性。
数据集 | σ体积(Å三) | σ(一+b条)/2(Å) | σc(c)(Å) | 第卷(奥兰多)三) | 〈(一+b条)/2〉 (Å) | 〈c(c)〉 (Å) | 晶体尺寸(µm) | N个 | 〈e(电子)〉 (°) | 〈|一−b条|〉 (Å) | 小瓶 | 337 | 0.021 | 0.057 | 501910 | 57.81 | 150.14 | 80–230 | 13 | 0.48 | 0.020 | 跳水 | 604 | 0.033 | 0.072 | 501427 | 57.84 | 149.91 | 80–260 | 13 | 0.55 | 0.029 | 直接(1.2米) | 1241 | 0.050 | 0.135 | 499913 | 57.75 | 149.88 | 90–250 | 21 | 0.51 | 0.024 | 直接(3.0 m) | 1709 | 0.065 | 0.202 | 498247 | 57.69 | 149.73 | 80–250 | 20 | 0.56 | 0.042 | 佐丹奴等。,群集1 | 783 | 0.041 | 0.069 | 504273 | 57.94 | 150.24 | ∼10–15 | 7 | — | — | 佐丹奴等。,群集2 | 1284 | 0.055 | 0.109 | 502554 | 57.85 | 150.17 | ∼10–15 | 4 | — | — | 佐丹奴等。,所有数据 | 1195 | 0.058 | 0.081 | 503705 | 57.91 | 150.22 | ∼10–15 | 13 | — | — | | |
相比之下,在直接安装中单位-细胞体积变化最大的系统(补充表S1)的嗜热菌蛋白酶晶体也安装在小瓶上。随着浸泡时间的延长(1小时),两组晶体产生了单位-细胞变化σ体积=680和890º三(0.07%和0.09%),比直接安装的变化小2-3倍(补充表S1)。
4.讨论
4.3. 改善多个低温冷却晶体之间的同构
4.3.1. 标准低温贴装通用指南
可以考虑一些简单的指南来提高标准低温贴装的可重复性,其总体目标是确保离开晶胞每个样品都是一致的。传输时间、晶体尺寸和回路中晶体的方向应一致。相对于晶体的线圈尺寸应留有一些外部溶液,并应避免大量的芯吸、吸墨剂和其他程序。[如果不考虑重复性,则通过增加信号到噪声和降低所需的冷冻保护剂浓度(Kitago等。, 2005)]. 应注意限制晶体通过干燥冷冻流的路径长度(即垂直于冷冻流的速度移动晶体)。理想情况下,安装所在房间的物理环境应控制在恒定湿度下。上述考虑应有助于任何特定的研究人员使用标准低温贴装技术实现特定晶体单元-细胞参数的更高重复性。
然而,冷冻安装过程的许多方面很难控制,并且会影响脱水量。因此,可以预期不同尺寸的晶体,具有不同的冷冻溶液(具有不同的湿度),由不同的人(具有不同循环力学)在不同的日子(具有不同环境湿度),以不同的循环,在不同的方向安装将倾向于具有不同的单元间参数,并且差异可能太大,无法成功合并数据。如果两个实验室的相对湿度不同,那么在一个实验室有效的技术可能在另一个实验室无效。限制或控制脱水的方法将有助于开发一种稳健的晶体安装程序,该程序对上述实验条件的变化不敏感,并实现单元-细胞参数的更高再现性。
4.3.2. 限制脱水的改良低温贴装技术
柱塞冷却增强功能。限制水分损失的最简单方法是减少向制冷剂的转移时间,如柱塞冷却,这减少了单位体积对晶体尺寸的依赖性(图4). 然而,插入式冷却晶体仍需短时间(~0.25 m和~0.5 s)暴露于环境空气中,并表现出可测量的单位间变化(表1). 这里探讨的柱塞冷却的增强功能是直接油传输和高湿度下的柱塞冷却。这两种方法显示了索姆丁晶体中单位-细胞参数的高度可重复性,并且应比标准深冷(§3.2.1).
湿流小瓶安装。上述两种方法都需要浸入液态制冷剂中,并且涉及晶体可能不兼容的介质(油)或温度(4°C)。因此,我们寻求一种更通用的方法来限制低温安装过程中的水分损失,该方法在室温下适用,无需使用油。湿流小瓶安装允许在原则上以任意距离和时间将晶体输送至冷冻流,同时保持晶体与其生长或浸泡溶液的平衡,从而限制冷冻转移过程中的水分损失,并减少基于脱水的变化。
小瓶安装方法将thaumatin单位-细胞体积对晶体尺寸的强正依赖性转变为弱负依赖性,并可以减少单位-细胞变化(图4). 对于大尺寸范围的晶体,小瓶安装的thaumatin晶体显示出比插入冷却或直接安装的晶体更大的晶胞参数再现性(表1). 尽管同构涉及的不仅仅是单位-细胞参数(晶胞同样重要的是),值得注意的是,作为一个组,小瓶安装的晶体与佐丹奴成功合并数据的任何一个组相比,单位-细胞参数标准偏差更低等。(2012)SAD阶段化(表1).
此外,与直接安装或柱塞冷却晶体相比,小瓶安装晶体的镶嵌性平均较低(10–15%),且两种晶体之间的差异最小一和b条单元-细胞边缘。因此,小瓶上的晶体看起来更加有序。一种可能的解释是,暴露在环境空气中时,通过直接安装和插入冷却启动扩散过程可能会在晶体内产生浓度梯度,导致冷却不均匀。
报告的仪器单位体积不确定度CrysAlis公司赞成因为测试的索姆丁晶体通常约为50℃三或0.01%,约为小瓶安装晶体典型变化的7倍。因此,有可能进一步提高可测量的再现性。小瓶安装基线变化的来源可能是冷却前存在的固有室温变化,或冷却过程本身的变化;例如,晶体相对于低温流的方向。用微RT管测量的室温单位细胞体积显示出σ体积= 689 Å三(补充表S1),因此我们不能排除冷却前的固有室温变化。使用小瓶安装或增强柱塞冷却的进一步实验可能有助于澄清这些问题。
4.4。小瓶安装涉及的参数
虽然采用湿流安装小瓶可以提高冷冻冷却的再现性,但它也引入了设计和实施冷冻冷却方案时需要考虑的新变量。
4.4.1条。湿度和湿流流速
可以调节湿流的特性。这里使用的湿度设置基于拉乌尔定律,并通过在充满冷冻溶液的离心管上使用湿度探针进行确认。根据经验选择流速,以形成包括小瓶和结晶滴在内的潮湿外壳。原则上可以使用其他湿度和流速。
4.4.2. 小瓶中溶液的成分
在大多数情况下,我们使用与冷冻浸泡溶液相同的小瓶溶液。然而,情况并非如此,使用不同的浸泡和小瓶溶液为低温冷却提供了一些新的可能性。
4.4.3. 小瓶中晶体的平衡时间
最初,我们选择了2分钟的平衡时间,因为扩散方程的数值解预测小瓶内的线性水汽梯度应在几秒钟内消散。然而,我们发现单位细胞体积的变化发生在超过2分钟的时间尺度上。大于~150µm的晶体显示为~500℃三更大的单位-细胞体积与隔夜平衡,而相反的影响发生在较小的晶体。(其他实验表明三大晶体的增加发生在<60分钟内。)因此,小瓶的负晶体尺寸依赖性与过夜平衡有关,如图4所示在2分钟的平衡中更强。延长时间依赖性的来源尚不清楚,但已经指出,湿度依赖性的晶体填充变化可能会缓慢发生(桑切兹·威瑟比等。, 2009). 实际上,对于我们的许多实验,我们采用了一种标准做法,即在晚上设置小瓶支架,在一夜之间平衡,然后在早上收集衍射数据。我们测试的最长平衡时间是几天,晶体衍射与较短的平衡时间相似。不影响衍射的最大平衡时间可能与生长液滴中晶体的限制时间类似,主要取决于小瓶和瓶盖之间的密封。
4.4.4。针-瓶组件的温度
因为湿度对温度非常敏感(https://www.tis-gdv.de/tis_e/misc/klima.htm)针-瓶组件的温度会对单位-细胞体积产生重大影响。当我们试图分离两个不同的实验者在单位细胞体积(高达0.4%)上的系统差异时,我们发现了这一点。单位细胞体积差异可追溯至手指温度的10°C差异。我们假设温热的手指会增加水晶盖的温度,增加小瓶中气体的温度,减少相对湿度在小瓶中,使更多的水从小瓶中的晶体和溶液中蒸发,产生更小的单位细胞体积。冰冷的手指有相反的效果。因此,我们使用木制手柄和经过凹槽改造的木镊子来接受冷冻瓶,以限制晶体盖或冷冻瓶的加热或冷却。
4.4.5. 在低温流中的转移时间
将小瓶转移到低温流中可以冷却系统,促进水在晶体上的冷凝,这会增加晶胞体积,并可能导致结冰。对于这里测试的索姆丁晶体,冷冻瓶的热质量似乎为安装提供了充足的时间(2–3秒)。我们对浸泡在液体塑料中或包裹在橡胶或玻璃纤维绝缘材料中的小瓶进行了一些测试(使用位于冷冻回路中晶体位置的热电偶),这将可用于安装的时间增加了两到五倍。对于比索姆丁晶体对湿度更敏感的晶体来说,这可能是必要的。
4.5. 小瓶安装和潮湿流动的额外好处
湿流安装小瓶代表了一种实现低温保护晶体的新方法,具有以下额外的技术优势。使用索姆丁晶体给出了具体示例。
5.总结
低温冷却的再现性是高分子晶体学的一个重要方面。这里的结果表明,晶体安装期间的脱水可能是单元-细胞变化的一个重要来源。在晶体操作期间实施潮湿环境,结合减少脱水的安装程序,可以提高低温安装的再现性,并为高分子晶体学中的晶体操作和低温保护提供一些新方法。
致谢
这项工作得到了美国国立卫生研究院(GM090248)的部分资助。我们要感谢Rose Cotter种植了嗜热菌溶血素晶体,以及Kurt Hoffman和匿名评论员提出的有益建议。竞争性财务利益:惠特曼学院、CF和DHJ向美国专利局提交了一份临时专利申请,其中包括此处所述工作的各个方面。
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| 生物 结晶学 |
国际标准编号:1399-0047
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