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生物学
国际标准编号:2059-7983

2014年5月发行

突出显示的插图

封面插图:病原菌核黄素合成酶的活性位点流产布鲁氏菌,与产物类似物5-硝基-6-二氨基-2,4(1H,3H)-嘧啶二酮的两个分子以反平行方式结合(第1419页). 有趣的是,这种酶的活性位点是由两个具有伪C2对称性的底物结合位点形成的,它们位于两个相邻链之间的界面上。

研究论文


《水晶学报》。(2014).D类70,1177-1189
https://doi.org/10.107/S1399004713034603
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提出了一种利用声滴喷射技术筛选片段库的方法,该方法直接在每个组分只有2.5 nl的微孔上共结晶蛋白质和化学品。该方法用于鉴定以前未报告的与溶菌酶、嗜热菌蛋白酶和胰蛋白酶结合的片段。

《水晶学报》。(2014).D类70,1190-1201
https://doi.org/10.107/S1399004714001400
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主要菌毛SpaD的两种晶体结构C.白喉已在1.87和2.5°分辨率下测定。发现N末端结构域包含一个在重组蛋白中随时间缓慢形成的异肽键。鉴于其结构背景,这提供了对内部异肽键形成和菌毛组装之间关系的见解。

《水晶学报》。(2014).D类70,1202-1211
https://doi.org/10.107/S1399004714002004
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改进的积分方法提高了电子密度图的质量,并减少了连续飞秒晶体学所需的衍射图案数量。

《水晶学报》。(2014).D类70,1212-1223
https://doi.org/10.107/S1399004714002016

《水晶学报》。(2014).D类70,1224-1232
https://doi.org/10.107/S1399004714002223
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展示了一种通过精确控制加热来提高蛋白质晶体的结晶顺序(更高的X射线衍射分辨率和降低的镶嵌性)的新方法和相关仪器。晶体变换由视频系统进行光学控制。

《水晶学报》。(2014).D类70,1233-1247
https://doi.org/10.107/S1399004714002260

《水晶学报》。(2014).D类70,1248-1256
https://doi.org/10.107/S1399004714005379

《水晶学报》。(2014).D类70,1257-1270
https://doi.org/10.107/S1399004714002351
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报道了首次在舒尼替尼与一系列蛋白激酶复合物的背景下对舒尼替尼苹果酸盐晶体结构和电荷密度分布进行综合分析。非球面原子数据库方法、Hirshfeld表面分析和分子中原子的量子理论被用作研究抑制剂与蛋白质之间相互作用的基础。

《水晶学报》。(2014).D类70,1271-1280
https://doi.org/10.107/S1399004714002363
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确定了一种具有窄底物特异性的中链脱氢酶还原酶型葡萄糖脱氢酶的结构,并将该酶的独特结构特征与具有宽底物特异性的葡萄糖脱氢酶进行了比较。

《水晶学报》。(2014).D类70,1281-1288
https://doi.org/10.107/S1399004714004118

《水晶学报》。(2014).D类70,1289-1296
https://doi.org/10.107/S1399004714004039
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高分辨率X射线晶体学已与共振拉曼光谱有效结合,以“指纹”并验证不同氧化还原和配体状态的结构产碱木糖氧化酶类细胞色素c(c)′.

《水晶学报》。(2014).D类70,1297-1310
https://doi.org/10.107/S1399004714002570
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的结构大肠杆菌与其他Nudix水解酶(如MutT、Ap)的结构相比,YmfB本身与三种硫酸盐和两种锰离子形成络合物4Aase和DR1025提供了对YmfB独特水解机制的深入了解。

《水晶学报》。(2014).D类70,1311-1320
https://doi.org/10.107/S1399004714002910
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由泛素激活酶Uba1和两个不同结合的泛素分子组成的三元复合物的结构已通过X射线晶体学确定。首次从结构上观察到泛素酰腺苷酸的形成,以及与Uba1活性位点半胱氨酸共价连接的第二个泛素的附着。建模研究为泛素结合酶的招募提供了见解。

《水晶学报》。(2014).D类70,1321-1335
https://doi.org/10.107/S1399004714002739
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粘多糖病IIIA是一种致命的神经退行性疾病,通常在儿童期出现,由溶酶体酶磺胺酶基因突变引起。介绍了这种酶的第一个结构,它为深入了解致病突变的分子基础提供了依据,并提出了酶的机制。

《水晶学报》。(2014).D类70,1336-1345
https://doi.org/10.107/S1399004714002685
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连接子区域的单一突变使完整的P22尾峰可结晶,从而可以高分辨率分析完整尾峰的晶体结构。突变蛋白仍然有功能,但必须进行变形才能符合已发表的低温电子显微镜图谱,并且结构表明高度保守的连接子在分子内信号传递中起着重要作用。

《水晶学报》。(2014).D类70,1346-1356
https://doi.org/10.1107/S139004714003277
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基于柔性扭转角的NCS约束已在菲尼克斯定义,允许在所有分辨率下改进模型优化。NCS相关氨基酸侧链之间的旋转体校正和旋转体一致性检查进一步提高了最终模型的质量。

《水晶学报》。(2014).D类70,1357-1365
https://doi.org/10.107/S1399004714002971
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唾液酸酶的晶体结构产气荚膜杆菌是一种引起各种胃肠道疾病的病原菌,与一种有效的天然多酚香叶酰化黄酮类抑制剂复配。复合物结构和比较动力学研究表明,类黄酮骨架的香叶基和C3′羟基有助于抑制细菌唾液酸酶并生成稳定的酶抑制剂复合物。

《水晶学报》。(2014).D类70,1366-1374
https://doi.org/10.1107/S139004714002788
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CAZy糖苷水解酶家族52酶的第一结构G.热葡萄糖苷酶β-木糖苷酶与其他家族的结构相似,其序列同源性小于13%。底物结合复合物证实了活性位点残基,并符合保留机制。

《水晶学报》。(2014).D类70,1375-1390
https://doi.org/10.107/S1399004714003228
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KaiC的晶体结构伸长热粘球菌可以深入了解CI和CII ATP酶的不同解剖结构。

《水晶学报》。(2014).D类70,1391-1400
https://doi.org/10.107/S1399004714003150
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CagL介导病原体的接触幽门螺杆菌与宿主细胞整合素结合。CagL的结构域交换结构显示RGD基序作为嵌入螺旋中的铰链区,并揭示了功能重要的C末端的结构。

《水晶学报》。(2014).D类70,1401-1410
https://doi.org/10.107/S1399004714004209
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本研究中呈现的七个晶体结构代表了第一个多反应络合物(GlcNAc/GalNAc、GlcNAc-1P/GalNAc-1P、ATP/ADP和Mg2+)乳汁中NahK的含量-N个-生物糖(LNB)/半乳糖-N个-生物(GNB)途径,为底物识别提供分子基础,并在分子水平上了解催化机制。

《水晶学报》。(2014).D类70,1411-1418
https://doi.org/10.107/S1399004714004878
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据报道,一种3类非共生植物血红蛋白的第一晶体结构分辨率为1.77º。该结构揭示了一种新的N-末端螺旋延伸,广泛参与二聚体界面。

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本研究报道了病原菌三聚核黄素合成酶的晶体结构B.流产作为载脂蛋白和与几个感兴趣的配体的复合物。研究表明,配体结合驱动三聚体独特活性位点的组装,而对该酶的详细动力学研究补充了这些发现,在该研究中观察到底物和产物的显著抑制作用。

《水晶学报》。(2014).D类70,1435-1441
https://doi.org/10.107/S1399004714004714
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根据直接从冷冻活昆虫细胞收集的数据,确定了一种先前未解决的塞浦路斯病毒多面体的晶体结构。

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非核糖体肽的合成通常引入D类-将氨基酸配置为最终产品。非核糖体肽合成酶差向异构化结构域的第一个晶体结构揭示了一种双叶结构,并暗示了该酶的一般酸碱机制L(左)D类氨基酰底物的异构化。

《水晶学报》。(2014).D类70,1453-1464
https://doi.org/10.107/S139900471400474X

《水晶学报》。(2014).D类70,1465-1475
https://doi.org/10.107/S139900471400501X

《水晶学报》。(2014).D类70,1476-1483
https://doi.org/10.1107/S139004714005227

《水晶学报》。(2014).D类70,1484-1490
https://doi.org/10.107/S1399004714005422
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提出了一种适合于配体浸泡的人乳酸脱氢酶A apo型的晶体结构和一种NADH二元复合结构。

短通信


《水晶学报》。(2014).D类70,1491-1497
https://doi.org/10.107/S1399004714005318
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这里,新的证据表明,在非晶体学对称平均过程中,通过对电子密度模型施加适当的约束,包含弱强度、高分辨率的X射线衍射数据有助于提高实验相的质量。

补遗和勘误表


《水晶学报》。(2014).D类70,1498
https://doi.org/10.107/S1399004714007391
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