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结构
生物学
第70卷
|
第4部分
国际标准编号:2059-7983
2014年4月发布
封面插图:
电子冷冻显微镜重建质体定位谷氨酰胺合成酶GSII-2a
截形苜蓿
和细胞质GSII-1a晶体结构的拟合
截形分枝杆菌
每个单体的颜色不同(
第981页
).
研究论文
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
912-921
https://doi.org/10.107/S1399004713033749
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致龋材料MdaB的结构和生化特性
变形链球菌
揭示NADPH特异性醌氧化还原酶
Z.Wang(王)
,
李立群(L.Li)
,
Y.-H.Dong先生
和
X.-D.苏
假定基因
西姆
0.1420来自
变形链球菌
被证明编码具有NADPH特异性醌氧化还原酶活性的MdaB蛋白。
Smu.1420与NADP的晶体结构
+
甲萘醌揭示了底物选择和催化机制,并为未来针对
变形链球菌
.
PDB参考
:
SmMdaB–NADP公司
+
,3 lcm
;
SmMdaB–甲萘醌,4f8y
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
922-931
https://doi.org/10.107/S1399004713033762
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IPM异构酶和高顺乌头酸酶大亚基的结构表征及比较
詹氏甲烷球菌
E.H.李
,
K·李
和
黄光裕
IPM异构酶和高乌头酶属于乌头酶家族,由大小亚基组成。
这两种酶的大亚基在铁硫簇结合前采用不同的活性位点状态。
PDB参考
:
ox-MJ0499,4kp1
;
红色-MJ0499,4nqy
;
MJ1003,4平方公里
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《水晶学报》。
(2014).
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70
,
932年至942年
https://doi.org/10.107/S1399004713033841
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昆虫Ⅰ类几丁质酶的结构特征——蜕皮所必需的酶
L.Chen先生
,
T.刘
,
Y.Zhou先生
,
Q.陈
,
十、沈
和
Q.杨
揭示了昆虫几丁质酶的第一个晶体结构,它是蜕皮所必需的。
PDB参考
:
的
ChtI-CAD,3w4r
;
与(GlcNAc)的络合物
2/3
,3个月1
;
E148A突变,与(GlcNAc)复合
2
,第三世界
;
E148Q突变体,3wkz
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《水晶学报》。
(2014).
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70
,
943-957
https://doi.org/10.107/S139900471303397X
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CcbJ甲基转移酶的结构和可能机制
盲肠链霉菌
J.鲍尔
,
G.Ondrovičová
,
L.Najmanová
,
V.佩瓦拉
,
Z.卡梅尼克
,
J.科什坦
,
J.贾纳塔
和
E.库特约娃
CcbJ甲基转移酶的2.7位分辨率晶体结构
盲肠链球菌
作为林可酰胺类抗生素天青素生物合成途径的一部分,其与
S公司
-腺苷-
L(左)
-同型半胱氨酸2.9Å。
基于这些结构的突变和对接研究被用来提出其活性的合理机制。
PDB参考
:
CcbJ、SeMet、4hgy
;
本地,4hgz
;
SAH复合体,4hh4
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(2014).
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70
,
958-967
https://doi.org/10.107/S1399004713034160
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同时使用溶液核磁共振和X射线数据
REFMAC公司
5用于结构差异的联合细化/检测
里纳尔德利
,
E.拉维拉
,
V.卡尔德隆
,
G.帕里吉
,
G.N.穆尔舒多夫
和
C.卢奇纳
顺磁核磁共振数据(伪接触位移和自定向剩余偶极耦合)和反磁性剩余偶极耦合器现在可以在程序中使用
REFMAC公司
CCP4中的5作为结构约束以及X射线晶体学数据。
这些核磁共振约束可以揭示分子的固态和溶液构象之间的差异,如果没有它们,则可以与X射线晶体学数据一起用于结构精细化。
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
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70
,
968-980
https://doi.org/10.107/S1399004713034391
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脯氨酸利用途径的表征
结核分枝杆菌
通过结构和功能研究
T.Lagautriere公司
,
G.巴西里
,
N.G.帕特森
,
M.伯尼
,
G.M.库克
和
E.N.贝克
Δ的结构
1
-吡咯烷-5-羧酸脱氢酶(PruA),参与
结核分枝杆菌
,已在apo和NAD中确定
+
-绑定表单。
抑制剂开发的机会已经确定,脯氨酸利用途径已经通过核磁共振的新用途进行了表征。
PDB参考
:
PruA(长电池),4ids
;
PruA(短电池),4idm
;
PruA(长细胞),4ihi
;
PruA(短电池),4jdc
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《水晶学报》。
(2014).
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70
,
981-993年
https://doi.org/10.107/S1399004713034718
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细胞溶质和质体定位谷氨酰胺合成酶的结构
截形苜蓿
揭示一个通用的动态体系结构
E.托雷拉
,
A.R.西布拉
,
H.万豪酒店
,
周先生
,
Ó.
卢卡
,
C.V.罗宾逊
,
H.G.卡瓦略
,
C.费尔南德斯·托内罗
和
P.J.B.佩雷拉
双子叶植物细胞质和质体定位谷氨酰胺合成酶的实验模型揭示了一个保守的真核型十聚体结构,在
截形分枝杆菌
解释其独特抗除草剂性的同工酶。
PDB参考
:
谷氨酰胺合成酶,4is4
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《水晶学报》。
(2014).
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70
,
994-1004
https://doi.org/10.107/S1399004713034925
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NAD依赖的3-脱氢-2-脱氧的第一晶体结构-
D类
-葡萄糖酸脱氢酶
嗜热菌
HB8型
K·J·帕姆帕
,
N.K.Lokanath公司
,
N.Kunishima公司
和
R.V.拉伊
3-脱氢-3-脱氧的晶体结构-
D类
-葡萄糖酸5-脱氢酶
嗜热杆菌
HB8以载脂蛋白的形式,以及与辅因子和柠檬酸盐的配合物,通过X射线衍射法进行了测定。
柠檬酸分子和辅因子已在两个相邻亚单位界面之间形成的缝隙的深处被鉴定。
这些结构为3-脱氢-3-脱氧的底物识别和催化机制提供了见解-
D类
-葡萄糖酸5-脱氢酶。
PDB参考
:
DDGDH,原生形式I,4jp2
;
原生形态II,2ekq
;
辅因子复合物,2ekp
;
柠檬酸盐络合物,4jp3
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
1005-1014
https://doi.org/10.1107/S139004714000078
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野生型人脑脑红蛋白的晶体结构揭示了调节氧亲和力的二硫键的灵活性
B.G.吉马朗斯
,
D.哈姆丹
,
C.勒乔夫
,
M.C.马登
和
B.戈林利·潘尼奥
野生型人类脑红蛋白的晶体结构揭示了含有内部二硫键的CD环的两种不同构象。
二硫键形成后氧亲和力增加,可能是由于CD环的灵活性和内腔的重塑。
PDB参考
:
脑红蛋白,4mpm
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
2015年10月10日
https://doi.org/10.107/S1399004714000091
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stefin B晶体中的部分旋转晶格序-无序
M.伦科
,
A.塔勒·维奇奇
,
米赫利奇
,
E·erovnik(埃罗夫尼克)
和
D.土耳其语
晶格紊乱是一种可能阻碍大分子晶体结构测定的现象。
以stefin B的晶体结构为例,描述了旋转有序-无序的识别和结构测定。
PDB参考
:
斯特芬B,4n6v
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
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70
,
1026-1036
https://doi.org/10.107/S1399004714000121
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氧化还原敏感性的结构基础
结核分枝杆菌
SigK–RskAσ–反σ复合物
J.舒克拉
,
R.古普塔
,
K.G.Thakur公司
,
R.Gokhale公司
和
B.戈帕尔
σ的−35启动子结合域中的二硫键
K(K)
调节其与抗σ因子RskA的相互作用。
PDB参考
:
SigK–RskA复合体,4nqw
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
1037-1049
https://doi.org/10.107/S139900471400087X
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异亮氨酸精制中的异常
K.R.M.伯恩森
和
G.弗里德
异亮氨酸在X射线蛋白质结构中的侧链扭转角是分辨率、二级结构和精细化软件的函数。
细化细化软件中使用的标准扭转角可以改进蛋白质结构的细化。
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
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70
,
1050-1060
https://doi.org/10.107/S1399004714000972
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导入蛋白β选择性导入C2H2锌指蛋白蜗牛核的结构基础
S.Choi先生
,
E.山下
,
安原奈子
,
J.宋
,
S.-Y.儿子
,
Y.H.Won先生
,
H.R.Hong先生
,
Y.S.Shin先生
,
T.Sekimoto公司
,
I.Y.公园
,
Y.Yoneda公司
和
S.J.李
报道了核转运体importinβ与锌指型转录调节剂Snail1复合物的X射线结构。
PDB参考
:
蜗牛1–importinβ复合物,3w5k
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
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70
,
1061-1073
https://doi.org/10.107/S1399004714000996
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南极细菌超活性结冰蛋白的结构表征和抗冻性能
冷黄杆菌
第1阶段
H.做
,
S.-J.金
,
H.J.金
和
J.H.李
测定了FfIBP的高分辨率晶体结构,该结构在封盖头环区域显示出分子内二硫键和T-a/G-
X(X)
-T/N结冰主题。
刚性封头环区域和结冰部位较大的表面积对FfIBP的防冻活性很重要。
PDB参考
:
FfIBP,4nu2
;
mFfIBP,4个
;
毫升eIBP,4个小时
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
1074-1085
https://doi.org/10.107/S1399004714000911
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沿着反应途径的结构快照
鼠疫耶尔森菌
RipA,一种推测的丁酰辅酶a转移酶
R.托雷斯
,
B.兰
,
Y.拉蒂夫
,
N.警报器
和
C.W.Goulding公司
晶体结构
鼠疫耶氏菌
测定RipA突变体以了解CoA转移酶反应途径。
PDB参考
:
鼠疫耶氏菌
RipA,E61V突变体,4n8h
;
M31G突变体,4n8i
;
F60M突变体,4n8j
;
E249A突变体,4n8k
;
E249D突变体,4n8l
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
1086-1093
https://doi.org/10.107/S1399004714001084
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晶体特征(
R(右)
)-选择性胺转氨酶
烟曲霉
M.汤姆森
,
L.斯卡登
,
G.J.棕榈
,
M.Höhne先生
,
U.T.Bornscheuer公司
和
W.Hinrichs公司
X射线晶体结构(
R(右)
)-选择性胺转氨酶
烟曲霉
分辨率为1.27º
通过
S-SAD阶段化分辨率为1.84º。
PDB参考
:
(
R(右)
)-选择性胺转氨酶,4chi
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《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
1094-1103
https://doi.org/10.107/S1399004714001242
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抗VI型分泌系统自我保护的分子机制
霍乱弧菌
X.杨
,
徐先生
,
Y.王
,
P.夏
,
S.Wang(王)
,
B.叶
,
L.汤
,
T·江
和
Z.风扇
确定了VgrG3CCD-TsiV3配合物的第一晶体结构。
详细的生物化学、生物物理和功能研究勾画了自我保护的结构基础
霍乱弧菌
.
PDB参考
:
VgrG3C型
光盘
–4noo的TsiV3综合体
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《水晶学报》。
(2014).
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70
,
1104-1114
https://doi.org/10.107/S1399004714001308
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大分子晶体结构中元素离子的自动识别
N.回声
,
N.Morshed公司
,
P.V.Afonine公司
,
A.J.McCoy公司
,
M.D.米勒
,
R.J.里德
,
J.S.理查森
,
特威利格
和
P.D.亚当斯
中的溶剂拾取过程
菲尼克斯定义
已扩展并与
相位器
反常子结构完成和配位几何分析,以识别和放置元素离子。
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
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70
,
1115-1123
https://doi.org/10.107/S1399004714001497
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工业生产暂停分析
透镜状芽孢杆菌
粉末衍射法测定枯草杆菌素晶体:一种强有力的质量控制工具
C.G.弗兰卡
,
O.V.莫罗兹
,
J.P.图尔肯堡
,
S.I.Aspmo公司
,
M.蒂马克
,
E.P.弗里斯
,
K.斯塔尔
,
J.E.尼尔森
,
K·S·威尔逊
和
P.哈里斯
粉末衍射和大分子晶体学的结合证明了至少存在三种不同的晶体形式
迟缓芽孢杆菌
枯草杆菌素在大规模工业生产中的悬浮液。
粉末衍射的应用是酶生产质量控制的有力工具。
PDB参考
:
透镜状芽孢杆菌
枯草杆菌蛋白酶,4cfy
;
4立方英尺/小时
;
4立方厘米
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《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
1124-1135
https://doi.org/10.107/S1399004714001606
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肠球菌属
共轭质粒pIP501具有新的折叠
N.戈斯韦纳-莫尔
,
C.费彻
,
K.阿伦兹
,
R.伯纳·格伦伯格
,
D.拉弗德·戈梅兹
,
J.休布纳
,
E.格罗曼
和
W.凯勒
报道了来自革兰氏阳性结合质粒pIP501的IV型分泌系统蛋白TraK的3位分辨结构。
PDB参考
:
TraK,4hic
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(2014).
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70
,
1136-1146
https://doi.org/10.107/S1399004714001928
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鸡蛋白溶菌酶的活性部位:柔韧性和化学键
J.持有
和
S.van Smaalen公司
利用数据库中可传递的多极参数,基于多极模型分析了溶菌酶活性部位的化学键。
大型
B类
低温下的因子反映了冻结无序,但因此阻碍了多极参数的有意义的自由细化。
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(2014).
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70
,
1147-1154
https://doi.org/10.107/S1399004714001916
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的结构
嗜肺军团菌
NTPDase1与多金属氧酸盐络合物
M.Zebisch先生
,
M.克劳斯
,
P.Schäfer先生
和
N.Sträter公司
晶体结构
嗜肺军团菌
NTPDase1与三个多金属氧酸簇合物显示出不同的抑制机制。
PDB参考
:
NTPDase1,与多金属氧化合物的配合物,4brh
;
4亿
;
4亿英镑
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《水晶学报》。
(2014).
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70
,
1155-1165年
https://doi.org/10.107/S1399004714001904
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活性部位的3′-叠氮胸苷
大肠杆菌
胸苷磷酸化酶:基于X射线研究的结合特性
V.蒂莫菲耶夫
,
Y.Abramchik先生
,
N.朱赫利斯托娃
,
T.穆拉维耶娃
,
一、法提耶夫
,
R.埃西波夫
和
I.库拉诺娃
X射线晶体学表明,3′-叠氮胸苷是一种可逆的
大肠杆菌
胸苷磷酸化酶以不同于已知嘧啶核苷磷酸化酶复合物中胸苷底物和核苷类似物的方向结合在酶的活性位点。
讨论了3′-叠氮基团作为配体重取向触发器的可能作用。
PDB参考
:
胸苷磷酸化酶,与AZT复合,4lhm
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(2014).
D类
70
,
1166-1172
https://doi.org/10.107/S1399004713034275
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苏氨酸57是翻译后激活
大肠杆菌
天冬氨酸α-脱羧酶
M.E.韦伯
,
B.A.约克
,
T.克肖
,
S.洛夫洛克
,
C.M.C.罗布利
,
M.L.基尔肯尼
,
A.G.史密斯
,
T.L.布伦德尔
,
A.R.皮尔逊
和
C.阿贝尔
苏氨酸57被确定为翻译后激活
大肠杆菌
天冬氨酸脱羧酶。
报道了定点突变体T57V的晶体结构。
PDB参考
:
天冬氨酸脱羧酶,T57V突变体,4azd
阅读文章
补遗和勘误表
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
1173
https://doi.org/10.107/S1399004714006130
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DNA中真实的孢子光产物损伤的结构为识别提供了基础。
勘误表
I.辛格
,
Y.Jian先生
,
李立群(L.Li)
和
乔治亚迪斯先生
通过以下方式对文章进行更正
辛格
等。
[(2014)。
《水晶学报》。
D类
70
, 752–759]
.
阅读文章
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
1174
https://doi.org/10.107/S1399004714006154
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充足的
:用快速计算的聚类截断方法求解小蛋白质的晶体结构
从头算
模型。
勘误表
J.毕比
,
R.M.基根
,
O.玛雅人
,
M.D.Winn博士
和
D.J.里格登
以下人员对文章进行了一些更正
比比
等。
(2012).
《水晶学报》。
D类
68
,1622–1631年
.
阅读文章
书评
《水晶学报》。
(2014).
D类
70
,
1175-1176
https://doi.org/10.107/S1399004714005719
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