（IUCr）《结晶学报》第D卷第69卷第11部分，2013年11月

《水晶学报》。(2013).D类69,2165-2166
doi:10.1107/S0907444913027352

分子替换物

C.巴拉德,P.罗维斯和H.沃尔登

2013年1月在英国诺丁汉大学东米德兰会议中心举行的CCP4研究周末会议记录简介。

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分子替换：技巧和治疗

C.阿贝格尔

为了取得成功，分子替换依赖于模型和晶体学数据的质量。本文讨论了一些可以应用于模型或晶体以提高MR成功率的技巧。

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通过分子替换解决核酸结构：来自第二组内含子研究的例子

马西娅先生,E.汉弗莱斯·纳拉亚南,K·S·基廷,S.Somarowthu公司,K.Rajashankar和A.M.派尔

通过分子替换实现核酸结构阶段化的策略，使用实验和从头开始的对设计的模型进行了讨论。

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估计今天解决的新蛋白质结构中有5%代表了一个新的Pfam家族

J.米斯特里,E.克劳普曼,B.名册和M.蓬塔

本研究使用Pfam数据库显示，PDB中沉积的蛋白质结构的序列冗余正在增加。讨论了这一趋势背后的可能原因。

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应用充足的分子替换核磁共振结构的聚类截断方法

J.毕比,R.M.基根,O.玛雅人,M.D.Winn博士和D.J.里格登

分子替换核磁共振结构的处理充足的效果很好。

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预付款罗塞塔复杂分子再置换问题的结构预测

F.迪迈奥

建模进展使用罗塞塔讨论了结构预测以帮助解决困难的分子置换问题。

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改进的分子替换坐标误差估计

R.D.Oeffner先生,G.邦科奇,A.J.McCoy公司和R.J.里德

已经开发了一个用于估计两个蛋白质之间坐标的有效根平方偏差的函数，该函数取决于蛋白质的序列身份和大小，并优化用于相位器.顶峰平移函数Z轴-发现8分以上是分子置换何时成功的可靠指标。

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SCEDS：用于分子替换的蛋白质片段相位器

A.J.McCoy公司,R.A.尼科尔斯和T.R.施耐德

适用于分子替换的蛋白质片段可以通过正常模式扰动、分析原始差异距离矩阵生成与正常模式扰动结构和SCEDS，这是一个衡量碎片球形度、连续性、均匀性和密度的分数。

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分子替换法测定RNA复合物中11亚单位外显子的结构

D.L.马基诺和E.康迪

介绍了与RNA结合的完整真核生物外显子复合体结构测定的晶体学步骤。对该11-蛋白亚基复合物进行了阶段化通过分子替换。

PDB参考:11亚单位外体与RNA复合物，4ifd

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建立后发复合体的伪原子模型

K.Kulkarni,Z.Zhang先生,L.Chang先生,J.杨,P.C.A.da Fonseca公司和D.巴福德

本文描述了一个分子替换的例子，其中原子模型用于解释使用单粒子电子显微镜数据确定的电子密度图。

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分子替换后的模型变形和序列分配

T.C.特威利格,R.J.里德,P.D.亚当斯,A.T.Brunger公司,P.V.Afonine公司和L.-W.洪

描述了一个模型构建过程，该过程将变形模型与密度图相匹配，修剪变形模型并将模型与序列对齐。

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用扩展分子置换解决方案SHELXE公司

A.荆棘和G.M.谢尔德里克

在有利的条件下，密度调整和多胺追踪SHELXE公司可用于改进和验证分子替换的潜在解决方案。

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从低到高：使用低分辨率模型对X射线数据进行相位调整

D.I.斯图亚特和N.G.A.Abrescia公司

本文介绍了一个不寻常的例子，说明病毒结构测定如何推动分子替换方法的极限。

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当时和现在的分子替换

G.Scapin公司

简要概述了近几年来分子置换方法和模型的发展，并举例说明。

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相位器。M页：自动分子替换

G.邦科奇,N.回声,A.J.McCoy公司,R.D.Oeffner先生,P.D.亚当斯和R.J.里德

分子置换管道的功能相位器。M页面介绍并举例说明。

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分子替换在G蛋白偶联受体中的应用

A.C.克鲁斯,A.芒利克,B.K.科比尔卡和W.I.Weis公司

讨论了分子替换在求解G蛋白偶联受体结构中的应用，并详细描述了具体的例子。

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发行内容

2013年11月发布

分子替换物

会议记录CCP4型Pietro Roversi、Helen Walden和Charles Ballard编辑的研究周末

介绍

分子替换物

研究论文

分子替换：技巧和治疗

通过分子替换解决核酸结构：来自第二组内含子研究的例子

估计今天解决的新蛋白质结构中有5%代表了一个新的Pfam家族

应用充足的分子替换核磁共振结构的聚类截断方法

预付款罗塞塔复杂分子再置换问题的结构预测

改进的分子替换坐标误差估计

SCEDS：用于分子替换的蛋白质片段相位器

分子替换法测定RNA复合物中11亚单位外显子的结构

建立后发复合体的伪原子模型

分子替换后的模型变形和序列分配

用扩展分子置换解决方案SHELXE公司

从低到高：使用低分辨率模型对X射线数据进行相位调整

当时和现在的分子替换

相位器。M页：自动分子替换

分子替换在G蛋白偶联受体中的应用

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