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结构
生物学
第66卷
|
第5部分
编号:2059-7983
2010年5月号
封面插图:
使用快速平移函数将对称性不足的模型定位到正确的单元(p。
503
).
大约2%的PDB条目与更高的对称性非常接近。
研究论文
《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
503-513
https://doi.org/10.107/S090744910001502
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结构沉积前未指定旋转对称性的检测和校正
B.K.Poon先生
,
R.W.格罗斯·昆斯特里夫
,
P.H.Zwart先生
和
N.K.绍特
如果X射线结构模型的非晶体学对称算符接近精确的晶体学关系,则可以使用该框架将其重新分配到更高对称性的空间群。
蛋白质数据库中大约2%的结构可以通过这种方式重新分类。
阅读文章
《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
514-521
https://doi.org/10.107/S090744910002763
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用负染电子显微镜重建相控大分子晶体数据
S.特拉帕尼
,
G.肖恩
,
J.纳瓦扎
和
C.阿贝格尔
两种中等大小蛋白质(Ⅱ型脱氢酶,~190kDa)的晶体结构已通过负染EM获得的低分辨率重建得到解决,该技术比冷冻EM具有更广泛的适用性。
PDB参考
:
白色念珠菌
Ⅱ型脱氢酶,3kip
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《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
522-528
https://doi.org/10.107/S090744910002908
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的结构
热自养甲烷热菌
外体核糖核酸酶PH环
C.L.Ng公司
,
D.G.沃特曼
,
A.A.安特森
和
奥尔蒂斯·隆巴迪亚
核糖核酸酶PH环的晶体结构
热自养M
分辨率为2.65º。
PDB参考
:
外体核糖核酸酶PH环,2wnr
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《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
529-538
https://doi.org/10.107/S090744910004580
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1.58Å分辨率下的脱氢过氧化物酶B的结构和AB二聚体的结构表征
角闪石
V.de Serrano公司
,
J.德安东尼
,
S.Franzen公司
和
R.A.吉拉迪
圆腹多毛类动物脱醛过氧化物酶(DHP)同工酶B的晶体结构
A.欧纳塔
它同时具有血红蛋白和过氧化物酶功能,已在1.58º分辨率下测定。
PDB参考
:
脱脂过氧化物酶B,3ixf
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《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
539-548
https://doi.org/10.107/S090744910005354
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微晶尿酸氧化酶的多态性
黄曲霉
I.碰撞
,
Y.Watier公司
,
M.Giffard先生
,
S.达戈戈
,
R.卡恩
,
F.博内特
,
J.P.赖特
,
A.N.惠誉
和
I.玛吉奥拉基
尿酸氧化酶是一种重要的药物蛋白,其丰富的相图与多态性增强有关。
阅读文章
《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
549-557
https://doi.org/10.107/S090744910004877
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分枝杆菌支链转氨酶的结构分析:对抑制剂设计的启示
A.卡斯特尔
,
C.米勒
和
T.Unge公司
分枝杆菌支链氨基酸转移酶的结构和抑制研究对药物设计具有指导意义。
PDB参考
:
结核分枝杆菌
分支链转氨酶,载脂蛋白型,3dtf
;
与共结晶
O(运行)
-苄基羟胺,3jz6
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《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
558-567
https://doi.org/10.107/S090744910005494
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氢原子位置的明确测定:中子和高分辨率X射线晶体学结果的比较
A.S.加德伯格
,
A.R.德尔卡斯蒂略
,
K·L·维斯
,
F.梅勒尔
,
M.P.布莱克利
和
D.A.A.迈尔斯
中子密度图和X射线密度图中D原子显著性的对比分析表明,1.65°分辨率的中子衍射分析在确定D原子位置方面比1.1°分辨率的X射线衍射分析强大八倍。
PDB参考
:
rubredoxin,3kyu公司
;
3千伏
;
3千瓦
;
3千美元
;
3公里
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《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
568-576
https://doi.org/10.107/S090744910005512
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声学基质微进给:以最小的化学偏差改善蛋白质晶体生长
A.G.维拉塞诺
,
A.黄
,
A.邵
,
A.加格
,
A.库格尔斯塔特
和
S.F.哈里斯
声波液体处理用于以一位数纳升的体积输送晶体种子,以在稀疏矩阵筛中诱导结晶,同时最小化种子悬浮液中缓冲成分的化学偏差。
阅读文章
《水晶学报》。
(2010).
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66
,
577-583
https://doi.org/10.107/S090744910005639
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PKC-Ⅰ激酶结构域ATP-结合型和载脂蛋白型的结构揭示了C末端尾部533-551残基的明确结构及其在ATP结合中的作用
T.高村
,
K.Kamata公司
,
K.Fukasawa先生
,
H.奥萨瓦
,
H.小松
,
吉井裕美(T.Yoshizumi)
,
一、高桥
,
H.科塔尼
和
岩川Y.Iwasawa
PKC-Ⅰ激酶结构域的apo和ATP-结合形式均已确定。
残基533–551的结构和C末端尾部转向基序周围的残基是新定义的,有助于揭示它们在ATP结合中的作用。
PDB参考
:
PKC-Ⅰ,ATP复合物,3a8w
;
apo形式,3a8x
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《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
584-592
https://doi.org/10.107/S090744910006062
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的结构
D类
-酪氨酸-tRNA
提尔
使用家用铜的脱酰酶
K(K)
α和中等质量碘-SAD数据:结构多态性和HEPES结合酶状态
M.约卡维
,
S.Khan(可汗)
,
T.K.巴特
和
A.夏尔马
使用碘-SAD构造溶液。
PDB参考
:
D类
-酪氨酸-tRNA
提尔
脱乙酰酶,3lmt
;
300万
;
3百万伏
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《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
593-603
https://doi.org/10.107/S090744910006360
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高等植物羟基(苯基)丙酮酸还原酶的结构和底物对接
蓝梅油菜
本斯。
V.贾尼亚克
,
M.彼得森
,
M.Zentgraf先生
,
G.克莱布
和
A.海涅
NADPH依赖的羟基(苯基)丙酮酸还原酶的apo和holo形式的晶体结构
锦紫苏
已报告。
PDB参考
:
羟基(苯基)丙酮酸还原酶,apo型,3ba1
;
全息,3baz
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《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
604-615
https://doi.org/10.107/S09074491000644X
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应用蛋白质工程提高结晶性和改善晶体性能
Z.S.德雷温达
本文概述了旨在增强结晶性的蛋白质工程方法,并讨论了其成功应用的一些示例。
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《水晶学报》。
(2010).
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66
,
616-627
https://doi.org/10.107/S090744910006554
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碳酸酐酶Ⅱ的原子分辨研究
C.A.贝恩克
,
一、Le Trong
,
J.W.戈登
,
E.A.Merritt公司
,
D.C.柜员
,
J.巴约拉斯
和
R.E.斯坦坎普
人碳酸酐酶II的结构已用磺胺类抑制剂以0.9º的分辨率进行了解析。
蛋白质表面存在结构变化和柔韧性,这与从精制中获得的各向异性ADP一致。
与其他13种原子分辨率碳酸酐酶结构的比较表明,即使在这些高度有序的同晶晶体中也存在表面变化。
PDB参考
:
碳酸酐酶II,3k34
;
1个凸耳
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《水晶学报》。
(2010).
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66
,
628-634
https://doi.org/10.107/S090744910006797
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人碳酸酐酶Ⅱ单斜多态性的结构
一
轴
A.H.罗宾斯
,
J.F.多姆西奇
,
M.Agbandje-McKenna先生
和
R.麦肯纳
人碳酸酐酶II的晶体结构
一
从通常观察到的单斜晶胞的轴已经确定并细化到1.4º分辨率。
组成不对称单元的两个分子通过½的非晶体学平移相互关联
一
,但其中一个分子有两个交替方向,旋转约2°。
PDB参考
:
人碳酸酐酶II,3ks1
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短通信
《水晶学报》。
(2010).
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66
,
635-639
https://doi.org/10.107/S090744910006682
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多晶型的分析
枯草芽孢杆菌
BacB表明金属离子作为结晶成核剂的作用
M.拉贾维尔
和
B.戈帕尔
枯草芽孢杆菌
BacB以三种晶体形式结晶。
基于金属离子结合在蛋白质表面上,介导晶格接触,这些晶体形式之间的堆积差异可以合理化。
PDB参考
:
BacB,三斜型,3h9a
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书评
《水晶学报》。
(2010).
D类
66
,
640-641
https://doi.org/10.107/S090744910010073
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