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生物
结晶学
第57卷
|
第12部分
国际标准编号:1399-0047
2001年12月发行
封面插图:
结合态CPK表示的溶菌酶分子表面
N个
-乙酰氨基葡萄糖。
蛋白质表面根据静电势着色,其中蓝色为正,红色为负(
第1837页
).
研究论文
《水晶学报》。
(2001).
D类
57
,
1755-1762
doi:10.1107/S090744490013737
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基于结构基序模式识别的最大似然密度修正
T.C.特威利格
一种基于相似域的密度修改方法被扩展到包括结构基序的模式识别。
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《水晶学报》。
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57
,
1763-1775
doi:10.1107/S090744490103749
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Map-likelihood分阶段
特威利格
描述了一个map-likelihood函数,它可以在非常低的模型偏差下产生相位概率。
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1776年-1785年
doi:10.1107/S0907444901014081
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merohedral双胞胎的多重同晶置换:去乙酰氧头孢菌素C合成酶的结构测定
A.C.Terwisscha van Scheltinga公司
,
K.Valegárd公司
,
S.Ramaswamy公司
,
J.哈伊杜
和
I.安德森
DAOCS的结构由汞孪晶晶体的同晶置换决定。
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57
,
1786-1792
doi:10.1107/S090744490104482
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果胶裂解酶属于多糖裂解酶家族3的第一结构
秋田先生
,
A.铃木
,
T.小林
,
S.伊藤
和
T.亚马内
低分子量果胶裂解酶的结构以1.5º的分辨率测定。
该结构为β-螺旋结构域基序。
PDB参考
:
果胶裂解酶
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1793-1798
doi:10.1107/S0907444901014524
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分子缔合对催化功能的调节:磷脂酶A的结构
2
从
罗氏大蠊(Daboia russelli pulchella)
(DPLA
2
)分辨率为1.9º
V.钱德拉
,
P.Kaur先生
,
J.贾斯蒂
,
Ch.Betzel餐厅
和
T.P.辛格
磷脂酶A的高分辨率X射线分析
2
从
普尔切拉赤藓
清楚地显示出结构中两个晶体学上独立的分子之间的差异。
该结构呈现了一种独特的情况,在这种情况下,分子缔合导致一个分子中的活性位点被阻断,而另一个分子的活性位点保持开放几何结构。
PDB参考
:
磷酸脂肪酶A
2
,1平方英尺2
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57
,
1799-1812
doi:10.1107/S0907444901014949
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球形植物病毒:溶液中的相互作用、相图和溴花叶病毒的结晶
M.卡塞林
,
J.佩雷斯
,
A.塔迪厄
,
P.瓦切特
,
J.威茨
和
H.德拉克罗瓦
用小角度X射线散射表征了溴马赛克病毒在溶液中相互作用的变化和微晶的立即形成。
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,
1813-1819
doi:10.1107/S0907444901015153
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11家族endo-β-1,4-木聚糖酶Xyl1的结晶分析
链霉菌
特殊S38
J.沃特斯
,
杰瑞斯(J.Georis)
,
D.工程师
,
J.范登豪特
,
J.杜萨特
,
J.M.弗雷尔
,
E.Depiereux公司
和
P.查利尔
家族11内切-β-1,4-木聚糖酶降解植物半纤维素的主要成分木聚糖。
一个家族11内切木聚糖酶的结构
链霉菌
报告了2.0º下的sp.S38。
PDB参考
:
二甲苯1,1六
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1820-1828年
doi:10.1107/S0907444901015414
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条件优化:蛋白质结构精细化的一种新形式
S.H.W.Scheres公司
和
P.格罗斯
安
N个
-粒子方法将松散原子细化与几何约束的广泛应用相结合,允许从随机原子分布开始优化简单的多胺测试结构。
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,
1829-1835
doi:10.1107/S0907444901015475
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人过氧化物酶原5的孪晶单斜晶型,不对称单元中有八个分子
J.-P.德克尔克
和
C.埃夫拉德
人过氧化物酶原5的单斜晶型经脱锌后用SIR法测定。
不对称单元中存在八个分子,可以分析迁移率。
PDB参考
:
过氧化物酶原5,1h4o
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1836-1842
doi:10.1107/S090744490105748
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的绑定
N个
-乙酰氨基葡萄糖合成鸡蛋溶菌酶的粉末衍射研究
R.B.冯·德雷勒
的绑定
N个
-用高分辨率X射线粉末衍射法研究了乙酰氨基葡萄糖对鸡蛋溶菌酶的作用。
PDB参考
:
溶菌酶,缓冲液pH 5.0,1ja2
;
NAG–溶菌酶,缓冲液pH 5.0,1ja4
;
溶菌酶,缓冲液pH 6.0,1ja6
;
NAG–溶菌酶,缓冲液pH 6.0,1ja7
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1843-1849
doi:10.1107/S090744490106511
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钙的结构
2+
-载人颗粒钙蛋白
J.贾
,
N.博雷加德
,
K.洛利克
和
M.赛格勒
全长颗粒钙素(一种胞质钙)的结构
2+
-结合蛋白,已被确定为apo形式,并且在二聚体中有一个EF手基序被Ca占据
2+
离子。
PDB参考
:
des(1-52)颗粒钙,1k95
;
钙
2+
-结合des(1-52)颗粒钙,1k94
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1850-1856
doi:10.1107/S090744490106493
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灰雁氧合血红蛋白的结构:四种突变与棒头鹅血红蛋白的比较
Y.-H.梁
,
X.-Z.刘
,
S.-H.刘
和
G.Y.Lu(陆国英)
灰雁氧合血红蛋白的结构与高原相关的棒头鹅相比,显示出四级结构差异。
这两个物种之间的四种不同残基可能是它们的氧亲和力和四元结构差异的原因。
PDB参考
:
灰雁氧合血红蛋白,一汽
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,
1857-1862
doi:10.1107/S090744490106535
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从异常数据中求解氯和硫蛋白质亚结构的矩阵方法
R.A.G.de Graaff先生
,
M.希尔奇
,
J.L.范德普拉斯
和
J.P.亚伯拉罕斯
提出了使用Karle–Hauptman矩阵作为相位确定代数过程的基础。
该方法允许根据从内部测量获得的异常信号来测定溶菌酶的硫/氯亚结构。
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1863-1869
doi:10.1107/S090744490101825X
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分辨率为1.75Å的重组主要尿蛋白的X射线结构。
X射线和NMR衍生结构的比较研究
P.R.库泽
,
弗兰佐尼乳杆菌
,
E.法拉利
,
A.斯皮斯尼
和
一、波利卡波夫
重组主要尿蛋白的结构已在1.75º分辨率下测定。
将晶体结构与NMR衍生结构进行了比较。
PDB参考
:
小鼠主要尿蛋白
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(2001).
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57
,
1870-1871
doi:10.1107/S0907444901014032
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莽草酸激酶的结晶及初步X射线衍射分析
结核分枝杆菌
与MgADP复合
顾耀东
,
雷谢特尼科娃
,
Y.Li(李彦宏)
,
H.闫
,
S.V.辛格
和
十、吉
莽草酸激酶来自
结核分枝杆菌
已经过表达和纯化到同质性。
与MgADP络合物中的酶晶体衍射到2.2º分辨率。
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,
1872-1876
doi:10.1107/S0907444901014536
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不同糖类抗原复合物中两个同源抗原结合片段的结晶和初步X射线衍射分析
H.P.Nguyen先生
,
N.O.L.Seto公司
,
L.布莱德
,
P.Kosma公司
,
H.布莱德
和
S.V.埃文斯
在存在和不存在不同碳水化合物半抗原的情况下,两种同源单克隆抗体的抗原结合片段的结晶为确定碳水化合物特异性的序列结构基础提供了机会。
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,
1877-1880
doi:10.1107/S0907444901014500
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细胞溶质铜、锌超氧化物歧化酶的表达及X射线衍射初步研究
曼氏血吸虫
R.M.F.卡多佐
,
C.H.T.P.达席尔瓦
,
A.P.U.de Araújo公司
,
田中T
,
田中先生
和
R.C.加拉特
细胞溶胶铜、锌超氧化物歧化酶
曼索尼
已在正交和单斜空间群中结晶,数据已分别收集到2.2和1.55℃。
分子置换解决方案表明,晶格的轻微畸变将一种形式与另一种形式联系起来。
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57
,
1881-1884
doi:10.1107/S0907444901014937
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水肿因子外毒素腺苷酸环化酶结构域的结晶和初步X射线研究
炭疽杆菌
在其激活剂钙调蛋白存在下
C.L.滚筒
,
Y.Shen先生
,
P.A.赖斯
,
A.博姆
和
W.-J.唐
由人类钙调素和水肿因子腺苷酸环化酶结构域组成的复合物在空间群中结晶,水肿因子是炭疽杆菌分泌的致病因子
我
222,
对
三
1
21和
对
2
1
2
1
2
1
初始相由硒代亚砜MAD直接法获得,并通过与两种重金属衍生物结合进行改进。
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57
,
1885-1886
doi:10.1107/S0907444901015141
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链霉亲和素W120K突变体的结晶及初步X射线分析
Y.帕齐
,
O.H.莱廷
,
B.拉沃伊
,
M.S.库洛马
,
M.Wilchek先生
,
E.A.拜耳
和
O.利夫纳
报道了链亲和素关键色氨酸突变(Savm-W120K)的结晶和数据收集,该突变导致对生物素的亲和力降低,并导致四聚体离解为稳定的二聚体。
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57
,
1887-1889
doi:10.107/S0907444901015189
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葡萄糖脱氢酶的结晶和初步X射线分析
地中海卤虫
J.费雷尔
,
M.费希尔
,
J.伯克
,
S.E.Sedelnikova公司
,
P.J.贝克
,
D.J.吉尔穆尔
,
M.J.博内特
,
C.皮雷
,
J.埃斯克拉佩兹
和
D.W.赖斯
嗜盐古菌的重组葡萄糖脱氢酶
H.地中海
经过折叠、纯化和结晶。
获得了两种晶体形式,其中一种衍射分辨率大于2.0º。
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,
1890-1892
doi:10.1107/S090744490015360
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维生素B人转钴胺的结晶和初步X射线衍射分析
12
-运输蛋白质
G.加劳
,
S.N.费多索夫
,
T.E.彼得森
,
热血链球菌
和
L.兰达乔
转钴胺是一种钴胺结合蛋白,存在于哺乳动物血浆中,促进细胞吸收维生素B
12
获得了人转钴胺的晶体,并收集了3.2°分辨率的衍射数据。
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,
1893-1894
doi:10.1107/S090744490101517
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双链DNA结合蛋白Sso10b的初步晶体学研究
硫矿硫化叶菌
B.N.沃德沃思
,
R·J·M·罗素
,
M.F.白色
和
G.L.泰勒
高温古菌中丰富的非特异性双链DNA结合蛋白Sso10b的晶体
索尔法塔利沙门菌
并报告了初步的X射线数据。
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,
1895-1896
doi:10.1107/S0907444901015657
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NifL蛋白PAS结构域的结晶和初步晶体学数据
棕色固氮菌
M.赫夫提
,
J.亨德尔
,
C.恩罗斯
,
J.韦尔沃特
和
P.A.塔克
NifL蛋白的PAS结构域
葡萄球菌
已结晶,并使用同步辐射收集到3.0º的X射线衍射数据。
天然晶体属于空间群
R(右)
32,带单元间参数
一
= 65.0,
c(c)
= 157.3 Å.
阅读文章
《水晶学报》。
(2001).
D类
57
,
1897-1899
doi:10.1107/S0907444901015815
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线虫神经性血红蛋白的结晶及初步X射线分析
乳脑菌
A.佩斯
,
M.Nardini先生
,
S.Dewilde公司
,
P.阿森齐
,
A.F.索具
,
山内K
,
E.基恩斯
,
L.莫恩斯
和
博洛涅西
一种由109个残基组成的血红蛋白相关蛋白(
即
比传统脊椎动物血红蛋白短30%)已经从死后蠕虫的神经组织中分离出来。
重组蛋白的晶体允许血红素铁原子在反常差Patterson图中定位。
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(2001年)。
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57
,
1900-1902
doi:10.1107/S0907444901015852
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周质硝酸还原酶(NapA–NapB复合物)的结晶和初步X射线分析
球形红杆菌
f.特殊。
脱氮剂
D.吡咯醇
,
J.-M.阿德里亚诺
,
J.-C.Fontecilla-Camps公司
和
萨巴蒂先生
异动力周质硝酸还原酶
球形R
已被克隆、纯化和结晶。
X射线衍射数据已收集到3.1º的分辨率。
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,
1903-1905
doi:10.1107/S090744490016018
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两种肝脏碱性脂肪酸结合蛋白的结晶和初步X射线研究
S.M.Di Pietro先生
,
M.珀杜卡
,
J.A.Santomé
和
H.L.摩纳哥
两种不同的肝脏碱性脂肪酸结合蛋白以适合X射线衍射研究的形式结晶。
晶体衍射到2.0和2.5º的分辨率。
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,
1906-1907
doi:10.1107/S090744490016286
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一种乙酰木聚糖酯酶的纯化、结晶和初步X射线分析
短小芽孢杆菌
S.贝尼尼
,
G.德格拉西
,
I.克拉斯坦诺娃
,
D.兰巴
和
V.文丘里管
乙酰木聚糖酯酶晶体
B.浮石
已通过吊放方法获得。
晶体衍射分辨率为2.0º,属于空间群
R(右)
32
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更正
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1908-1911
doi:10.1107/S090744490016249
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IL-10与可溶性IL-10R1复合物的纯化、结晶和初步X射线衍射
K.约瑟夫森
,
D.T.麦克弗森
和
M.R.Walter先生
获得了白细胞介素-10与其高亲和力受体的细胞外细胞因子结合域复合物的晶体。
利用同步辐射收集了设定为2.9º的完整低温本征数据。
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57
,
1912-1914
doi:10.1107/S090744490106274
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D类β-内酰胺酶OXA-1的结晶和初步X射线研究
T.太阳
,
M.努卡加
,
K.Mayama公司
,
G.V.Crichlow公司
,
A.P.库津
和
J.R.诺克斯
来自
大肠杆菌
在pH 7.5英寸的条件下从聚乙二醇中结晶
对
1.晶体衍射到1.5°分辨率,包含两个由伪双螺旋轴相关的单体。
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(2001).
D类
57
,
1915-1918
doi:10.1107/S090744490016298
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麦芽糖O-乙酰转移酶的结晶及初步X射线分析
L.Lo Leggio先生
,
F.达尔·德根
,
P.鲍尔森
,
索伦森
,
K.哈洛
,
P.哈里斯
和
S.Larsen公司
麦芽糖O-乙酰转移酶已结晶为四种晶体形式,包括适用于结构测定的三甲基乙酸铅共晶。
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《水晶学报》。
(2001).
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57
,
1919-1921
doi:10.1107/S090744490106523
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衍射超过1.1°的重组方柏林晶体的制备及X射线晶体学分析
E.S.维索茨基
,
Z.-J.刘
,
J.罗斯
,
B.C.王
和
J.李
描述了结晶条件,以允许从
O.最长
形成具有优异衍射性能的较大的淡黄色单晶。
已经收集了1.1º的数据集,正在进行分析。
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《水晶学报》。
(2001).
D类
57
,
1922-1924
doi:10.1107/S090744490106675
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结晶和初步X射线分析
无芒柠檬酸杆菌
甲基天冬氨酸解氨酶
C.W.利维
,
P.A.巴克利
,
P.J.贝克
,
S.Sedelnikova公司
,
F.罗杰斯
,
李永福
,
Y.加藤
,
Y.Asano(亚萨诺)
和
D.W.赖斯
纯化和结晶
无芒梭菌
(2
S公司
,3
S公司
)-报道了3-甲基天冬氨酸解氨酶。
从两种不同的晶体形式中分别收集到2.1Å和1.5Å的衍射数据。
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《水晶学报》。
(2001).
D类
57
,
1925-1927
doi:10.1010/S0907444901017140
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多功能PutA黄素蛋白脯氨酸去氢酶结构域的结晶和初步晶体学分析
大肠杆菌
南纳达拉亚
,
Y.-H.李
,
D.F.贝克尔
和
J.J.坦纳
已获得与1320个残基的多功能黄素蛋白的前669个残基对应的肽晶体,并收集到2.15º分辨率的X射线数据。
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《水晶学报》。
(2001).
D类
57
,
1928-1930
doi:10.1107/S09074449001722X
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70kDa热休克同源蛋白10kDa C末端亚结构域的结晶和初步X射线衍射分析
C.-C.周
,
C.王
,
孙耀杰(Y.-J.Sun)
,
H.-L.Shr公司
和
C.-D.萧
大鼠70kDa热休克同源蛋白的C末端亚结构域已被克隆并表达于
大肠杆菌
进行了初步的晶体学研究。
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(2001).
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57
,
1931-1932
doi:10.1107/S090744490017280
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抗菌肽LCI的结晶和初步晶体学研究
大肠杆菌
朱振平(J.-P.Zhu)
,
B.-Z.陈
,
W.-B.龚
,
Y.-H.梁
,
H.-C.王
,
Q.徐
,
Z.-L.Chen先生
和
G.Y.Lu先生
LCI,一种新型抗菌多肽,由
枯草芽孢杆菌
应变,表示为
大肠杆菌
DH5α与重组质粒pBVAB16,并使用PEG 4000作为沉淀剂结晶。
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(2001).
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57
,
1933-1935年
doi:10.1107/S090744490107322
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克隆、表达、纯化和初步X射线晶体学研究
大肠杆菌
Hsp100 ClpB N端结构域
J.李
和
B.沙
的N端域
大肠杆菌
Hsp100 ClpB已结晶。
晶体将X射线衍射到1.95º。
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《水晶学报》。
(2001).
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,
1936-1937
doi:10.1107/S0907444901017334
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人丙氨酸:乙醛酸转氨酶及其多态性变体的结晶和初步晶体学分析
十、张
,
S.M.罗
,
L.H.珀尔
和
C.J.丹普尔
对人类中间代谢酶丙氨酸:乙醛酸转氨酶最常见的多态性变体进行了结晶和初步晶体学分析,其缺乏可导致常染色体隐性遗传病原发性高草酸尿1型。
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(2001).
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57
,
1938-1944
doi:10.1107/S0907444901040X
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结晶
苏云金杆菌
Cry1Ac毒素及其与受体配体的复合物
N个
-乙酰基-
D类
-半乳糖胺
D.J.德比郡
,
D.J.埃尔拉
和
J.李
使用二胺缓冲液1,3-二氨基丙烷可以克服膜毒素的聚集。
在结晶前存在甘油的情况下进行的竞争性结合分析表明,甘油对蛋白质和碳水化合物之间复合物形成的抑制作用不明显。
阅读文章
短通信
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(2001).
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57
,
1945-1949
doi:10.1107/S090744490104512
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酰基高丝氨酸内酯合成酶EsaI的结晶和铼MAD定相
W.T.沃森
,
F.V.墨菲四世
,
T.A.古尔德
,
P.贾贝克
,
D.L.Val公司
,
小J·E·克罗南
,
S.Beck von Bodman先生
和
M.E.A.丘吉尔
酰基高丝氨酸内酯合成酶EsaI已在空间群中结晶
对
4
三
,带有单位-细胞参数
一
=
b条
= 66.40,
c(c)
=47.33Å。
使用新型MAD原子铼提供相位的多波长反常衍射;
在2.5℃时,在模型中确定了过铼酸结合位点。
PDB参考
:
酰基高丝氨酸内酯合酶EsaI-大黄酸复合物,1k4j
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(2001).
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57
,
1950-1954
doi:10.1107/S090744490101575X
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的结构
流感嗜血杆菌
HslV蛋白1.9°分辨率,显示催化位点附近的阳离子结合位点
M.C.Sousa先生
和
D.B.麦凯
反常散射测量显示K
+
离子结合在活性部位附近
流感嗜血杆菌
HslV蛋白酶。
PDB参考
:
HslV(钠
+
),1g3k
;
HslV(K
+
),1jjw
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