1.简介
结晶的无序溶剂可能会给完成其他常规工作带来耗时的问题晶体结构决心。溶剂通常填充填料空隙晶体结构与宿主结构没有明显的相互作用,因此一旦从母液中除去晶体,就容易发生无序甚至快速损失。不幸的是,晶体中存在的无序溶剂的性质也并不总是为人所知。它可以是合成感兴趣化合物过程中使用的溶剂和结晶时使用的溶剂的混合物。尤其是当一批产品中只含有少量优质晶体时,这种晶体只会因含有合适的杂质而生长。然后,问题是如何将它们对计算出的结构因子的散射贡献建模为最小二乘法的一部分精炼结构的。虽然通常不是特别关注结构,但它们对感兴趣结构部分的质量的影响可能非常显著,特别是当根据原子坐标和导出的几何参数值的标准不确定性(s.u.)进行量化时,几何参数值本身和置信因子R(右)[F类2 > 2σ(F类2)],水风险(F类2)和S公司.
程序,如SHELXL公司(谢尔德里克,2008年
, 2015
),晶体(贝特里奇等。, 2003
),JANA公司(彼得切克等。, 2014
)和油x2(多洛曼诺夫等。, 2009
)提供详细的约束和约束工具来处理最小二乘法精炼溶剂结构的原子无序模型。当溶剂的性质明确且设计的无序模型有意义时,它们的使用通常是首选程序。完整的模型应该产生一个基本上没有特征的差异电子密度图。
不幸的是,在许多情况下,引入无序模型可能是困难的、复杂的、不令人满意的,并且在某些情况下是不可行的。例如,位于或关于高对称位点的不对称分子、无限通道中的溶剂分子和未知成分的溶剂混合物。由于一组原子的旋转,无限通道和圆环中的连续电子密度不能令人满意地近似为高斯形原子密度的总和。在这种情况下,可以尝试一种混合方法,其中总电子密度被分割成一个可以像往常一样建模和细化的部分,电子密度的一部分对应于无序溶剂,该无序溶剂被反向变换为溶剂对计算出的结构因子的贡献。
最初,高得令人不满意R(右)[F类 > 5σ(F类)]对于晶体结构药物化合物萨拉佐比林®(van der Sluis&Spek,1990年一
). 对轮廓差电子密度图的仔细检查表明,这是由于在充满未知溶剂的无限通道中无计数的连续密度所致。这促使我们在25年前根据韦曼(Wehman)在一篇论文中的脚注中收集到的一个想法,研究了反向流转换方法等。(1988
). 这方面的原型验证实现,包括特别的程序,作为旁路程序(范德斯卢伊斯和斯佩克,1990年b条
),基于表LX76(谢尔德里克,2008年
)最小二乘法精炼当时我们可以使用的程序。上述结构的应用是最终的精炼收敛于健康R(右)[F类 > 5σ(F类)]值为0.045。随后,反傅立叶变换过程的一个更明确和可分发的版本被实现为程序中的SQUEEZE工具铂(斯佩克,2009年
),现在可与广泛使用的SHELXL97型(谢尔德里克,2008年
)精炼程序,而且在晶体套餐(Betteridge等。, 2003
).
本文描述了当前的SQUEEZE实现,该实现基于2014版SHELXL公司(谢尔德里克,2015年
). 的当前版本铂挤压并SHELXL公司现在避免从观察到的强度中临时减去溶剂贡献,这对于使用早期版本的SHELX公司(L(左)). 虽然对最终结果不重要,因为原始观测反射数据可以与计算的结构因子(包括溶剂对计算结构因子的贡献)和相关的R(右)[F类2 > 2σ(F类2)],水风险(F类2)和S公司一些人认为,即使对观测到的反射数据进行临时修改,也会被视为科学异端。通过实现铂中的SQUEEZE工具晶体套餐(Betteridge等。, 2003
),这确实考虑到了对结构因子的贡献的外部供应,可以表明这两条路径给出了相同的结果。最近,SQUEEZE概念在有机发光二极管2包装(多洛曼诺夫等。, 2009
)已可用。现在,SQUEEZE概念的所有当前实现都将溶剂贡献添加到F类计算,同时在最小二乘精化中保留原始实验输入数据。
SQUEEZE工具只是铂程序(Spek,2003
, 2009
). 其他工具包括支票CIF用于结构验证,TwinRotMat用于自动检测孪生,ADDSYM用于检测漏检和伪对称,用于的BIJVOET绝对结构测定(Hooft等。, 2008
, 2010
)、各种各样的几何计算(键、角、扭角、最小二乘平面、环折叠和氢键等)和分子图形工具(ORTEP公司,活塞等高线图)。
2.SQUEEZE工具
2.1. 理论背景
SQUEEZE的基本思想如图1中的Argand图所示
在这种方法中,总电子密度的傅里叶变换为计算出的结构因子F类小时c(c)近似为两个独立傅里叶变换的总和,其中一个用于结构的建模主要部分,F类小时米,用m表示,溶剂区上有一个,F类小时秒,以s表示
哪里五是总单位体积,五米结构建模主要部分的体积,以及五秒溶剂区的体积。
模拟的主要结构电子密度,ρ米(第页),以通常的方式近似为N个单个原子电子密度分布
用傅里叶变换
其中(f)j个假设值包括温度系数。
同样,ρ秒(第页)可以转化为网格点上电子密度的总和k个(带网格点体积五克)在溶剂可及的区域S公司并傅里叶变换为溶剂对F类小时
因此,计算出结构系数 F类小时c(c)=F类小时米+F类小时秒,如图1的Argand图所示
.
SQUEEZE算法用于估计振幅|F类小时秒|和相位
属于F类小时秒从差分电子密度图
哪里|F类小时o个|是观察到的结构系数和k个是需要输入的因子|F类小时o个|关于|F类小时c(c)|.F类0秒是的溶剂部分F类000(即单位电池中溶剂电子的数量),根据方程式(6)计算
如下所示。
此计算必须迭代,因为最初
,计算的总相位结构因子用于对观测值进行相位调整结构系数 |F类小时o个|,必须等同于
,计算的阶段结构系数模型的。通过这种方法,可以获得相位改进的差分电子密度图(参见§4.2
).
溶剂区的电子数计算如下
其中总和在所有网格点上k个(带网格点体积五克)在溶剂可及区域S公司.
标准最小二乘法精炼使用的当前版本SHELXL公司将打开|F类小时c(c)|2反对|F类小时o个|2.主体m的参数被细化,溶剂的贡献保持不变。
1997年及更早版本的SHELXL公司所需的观测反射数据,从中减去溶剂贡献。这可以在图1中看到
通过替换F类小时o个对于F类小时c(c)和
对于F类小时米。然后将新的“观察到的”数据
.在细化,应执行反向操作以获得正确的列表|F类小时o个|2反对|F类小时c(c)|2.
2.2. 这个铂挤压程序与SHELXL公司精炼
假设结构模型的非变性溶剂部分是完整的,包括附加的H原子,并且在存在宿主结构无序的情况下进行建模。要挤压的溶剂可及区域应留空。SQUEEZE程序可用作输入名称到岸价和名称.fcf文件数据文件或名称.ins文件和名称.hkl(香港)数据文件,其中名称是数据集的选定名称[这些是通常的文件,分别由SHELXL公司项目(Sheldrick,2015年
)]. 前一对文件通过以下方式增加了反射数据更精细合并的好处SHELXL公司。在以下章节中描述的程序中,铂挤压并SHELXL公司使用终端窗口命令运行。或者,省略-q个上的标志铂命令行将允许访问图形选项菜单,从中可以使用SQUEEZE和其他相关工具,如HYBRID(参见§3.3
)可以调用。SQUEEZE计算的详细信息可以在列表文件中找到(名称_平方英寸). 所选细节也显示在终端显示器和图形窗口中。
2.2.1.铂SQUEEZE执行基于到岸价和.fcf文件数据
第1步.改进无溶剂模型以收敛(即排除任何需要建模的溶剂铂SQUEEZE)使用最新SHELXL公司版本,从文件开始名称.ins文件和名称.hkl(香港)。包含ACTA指令以隐式创建SHELXL公司LIST 4类型结构系数文件(名称.fcf文件). 计算的结果将是文件名称到岸价和名称.fcf文件.请勿移除嵌入的名称.res文件和名称.hkl(香港)文件来自名称到岸价文件,因为它们在步骤2中用于准备重命名的输入文件SHELXL公司.平均观测到的反射强度名称.fcf文件文件将仅在步骤2中使用。
第2步.运行铂根据名称到岸价和名称.fcf文件使用终端命令在步骤1中生成的文件铂-q名称到岸价。结果将是文件名称_平方英寸,名称_平方hkl和名称_平方英尺. The名称_平方工厂文件包括溶剂对计算出的结构因子的贡献(即 一个解决和B类解决对于每个反射香港特别行政区). SQUEEZE计算的详细信息嵌入成本加保险费、运费格式。有关溶剂的任何其他信息都可以插入此处。这应该在决赛之前完成精炼循环,否则SHELX公司上的校验和.工厂文件内容将被破坏。中的信息名称.工厂文件由支票CIF内的验证软件铂或在https://checkcif.iucr.org. The名称_平方hkl文件是CIF嵌入的副本名称.hkl(香港)文件。这同样适用于名称_平方英寸文件,除了插入ABIN指令(没有参数值)以指示SHELXL公司阅读.工厂文件和的更新L.S.公司。附加参数估计数量的说明,如§4.3所述
.列表文件名称_平方英里应检查SQUEEZE计算的详细信息。
步骤3.继续决赛SHELXL公司结构精炼在文件面前名称_平方英寸,名称_平方公里和名称_平方英尺使用终端命令从步骤2开始架子x名称_平方.
第4步。检查列表文件并验证(即运行铂-u名称_sq.cif). 验证报告将在文件中姓名_sq.chk和姓名_平方公里.
2.2.2.铂SQUEEZE执行基于.ins文件和.hkl(香港)数据
使用名称.ins文件加名称.hkl(香港)直接创建文件,而不需要中间步骤名称到岸价和名称.fcf文件可以是运行SQUEEZE的便捷快捷方式,而无需显式引用SHELXL公司 精细化。的内容SHELXL公司风格名称.ins文件文件用于计算主机的结构系数。将生成与上一节所述过程相同的输出文件。主要但稍有不同的是,为了计算溶剂对计算出的结构因子的贡献,合并冗余数据的方式。在以下情况下不应使用此方法孪生(见§3.1
). 此外名称_平方英寸和名称_平方米hkl从观察到的反射数据中减去溶剂贡献的文件是为了向后兼容而生成的。
2.3。SQUEEZE示例
本文讨论了SQUEEZE应用来自已发布结构的数据的两个示例。
2.3.2. 示例2
这个晶体结构离子配位络合物[Mn(C15H(H)11N个三)2](否三)2·H(H)2O(罗姆佩尔等。, 2004
)发表时没有NO的紊乱模型三−阴离子。作者报道了硝酸根阴离子附近的一些残余电子密度。差异电子密度图确实证实了疑似的硝酸盐紊乱。选择这份结构报告是为了观察挤压是否能解决这种疾病。这也被认为是一个很好的测试,看看是否可以通过“溶剂”可访问区域中的电子计数来恢复必然完全占据的硝酸盐位点的预期电子数。
该结构以正方结构发表空间组 我41/一,使用R(右)[F类2 > 2σ(F类2)] = 0.050,水风险(F类2) = 0.153,S公司=1.033,平均值σ(C-C)=0.004º和ρ最大=1.14埃−3第二个权重参数值为14.4,通常表示一些未解决的模型或数据问题。事实上,值得注意的是,许多位移椭球体指向“首选”方向。有八个低阶缺失反射。
SQUEEZE计算,将硝酸根阴离子从结构模型中移除,然后SHELXL公司 细化,汇聚于R(右)[F类2 > 2σ(F类2)] = 0.039,水风险(F类2) = 0.112,S公司=1.029,平均值σ(C-C)=0.003º和ρ最大=0.69埃−3.从NO中恢复的电子数三−每43°的空穴有30个电子三,略微低估了NO的预期32个电子三−如§§3.2所述,估计值用于八个缺失反射的差异映射系数
和4.2
第二个优化权重参数值降至6.87,但“首选”位移椭球方向保持不变。后者并不严重,但可能指向另一个未解决的数据问题,与已解决的硝酸盐紊乱无关。
3.额外的新挤压功能
3.1、。挤压和缠绕
当前SHELXL公司释放(SHELXL2014/7页)允许输出详细信息F类o个2/F类c(c)2/σ(F类o个2)反射文件(即a LIST 8类型.fcf文件文件)。这使得在脱纬成功的情况下,挤压孪晶结构成为可能。同样,详细数据仅用于生成.工厂文件。最小平方精炼与往常一样,将基于.res文件和.hkl数据嵌入到岸价§2.2所述程序的必要变更
是最小的。应在名称.ins文件文件。BASF/TWIN和BASF/HKLF 5孪晶细化均以这种方式进行。SQUEEZE过程的其他步骤保持不变。例如,当双畴比率的精确值发生显著变化时,可能需要重复挤压程序(参见§3.3
).
3.2. 缺少反射和异常值
SQUEEZE程序的先前实现,针对精炼使用SHELX97公司,假设已提供基本完整的数据集。当通过积分差分图溶剂区域中发现的电子密度获得的报告电子数用于估计所涉及的溶剂分子数量时,这一点尤为重要。虽然溶剂对结构因子的贡献计算仍然可靠,但缺少强烈的低阶反射会使电子数的估计值不可靠。与过去使用串行探测器收集的数据相比,使用当今的二维探测器系统,有时更难测量完整的数据集,尤其是涉及低角度反射的数据集。这主要与束端配置引起的限制有关。作为数据收集协议的一部分,适当的数据收集策略应包括额外的扫描,可能需要更长的晶体到探测器的距离。作为替代方案,漏反射问题的计算解决方案在§4.2中进行了讨论
.
强度异常值,例如二次消光,提出了与上面讨论的问题类似的问题。从名称.fcf文件文件,并将其自动替换为估计值,作为差异电子密度图计算的一部分(§4.2
)可能是最好的选择。当然,那些受到消光影响的反射应该保持在名称.hkl(香港)文件和消光校正应在最小二乘优化中尝试。
3.3. 挤压程序的回收
中描述的步骤旁路纸(范德斯鲁伊斯和斯佩克,1990b条
)涉及两个嵌套的优化循环。该文件中描述的内部循环与上述SQUEEZE程序一致。然后,外部优化循环重复内部SQUEEZE循环,并假设主机结构的位置和位移参数略有变化。实际上,这个外循环精炼效果很小,因此在定义明确的SQUEEZE应用程序中不需要。然而,考虑到计算资源的充足可用性,特别是对于定义不太明确的环境下的应用程序,实现了一个选项,以自动执行此外部优化周期。现在,它可以作为铂-qn名称到岸价终端窗口命令,其中n个是外循环数。或者,可以使用图形菜单中的HYBRID选项代替SQUEEZE图形菜单选项。在脱杂困难的情况下,以及溶剂对计算出的结构因子的散射贡献相对较大的情况下(参见§3.3.1中的示例),可能需要嵌套的两个循环优化选项
).
4.计算细节
所有SQUEEZE计算均基于F类光突发事件和F类计算值和在三斜晶系中完成。非基本Bravais晶格不会转换为基本晶格。提供的反射数据被扩展为Friedel平均反射的半个球体。F类光突发事件测量强度为负的反射值已设置为零。
4.1. 溶剂可及区域
结构中的溶剂可及区域(SAR)定义在约0.2º的网格上。假设晶格溶剂与主体只有范德瓦尔斯接触晶体结构。还假设主要接触涉及范德华半径为1.2Å的H原子。然后可以定义溶剂区域(图6
)当半径为1.2°的球体在主体表面上滚动时,封闭的体积。因此,结构中的空隙体积应至少为4π(1.2)三/3 = 7.2 Å三相关。在这个过程中,范德瓦尔斯曲面之间无法容纳这样一个球体的尖角形空间不包括在溶剂可及体积中。当溶剂可及体积为零时,这些空间可以构成30%的单位-细胞体积。搜索是从整体上完成的单位单元格。对所有空隙进行单独检测,并报告其位置、体积和形状。该算法总体上运行良好,尽管强氢键水分子位点可能无法被检测到。然而,这不是问题,因为作为结构解决方案的一部分,它们很容易被检测到。可以使用SOLV PLOT图形菜单选项显示空心曲面。
如上所述,空穴图必须映射到第二个网格上,网格大小约为0.3º,用作反向傅里叶变换计算中电子密度的掩模。该计算是使用基于2的快速傅里叶变换算法完成的。网格点的数量,2N个,在三个地图方向中的每一个方向上,选择的值为N个这样2N个 > 2米+1,其中米是小时最大,k个最大或我最大.
4.2. 相位改进差电子密度图和F类000
为了获得溶剂对计算出的结构因子和空隙中电子数的有意义的贡献值,需要循环使用差异电子密度图计算(F类000)(参见§2.1
). 这尤其适用于非中心对称结构。电子密度峰值仅出现在第一个差异图的一半高度(Lipson&Cochran,1966)
). 第一个差分图用F类000设置为零。随后,SAR之外的所有网格点密度在反向傅里叶变换之前都设置为零。重复此过程直到收敛。的价值F类000每次重置为当前SAR中的电子数。当两者都满足时,即认为达到收敛F类000和R(右)价值变得稳定。
下一次差分映射计算中使用的缺失傅里叶系数是通过前一次差分映射优化循环的反向傅里叶变换获得的值。这种方法似乎工作得相当好。在SQUEEZE计算中故意忽略了具有强差异映射贡献的测量反射的示例,对其进行了测试。这一方法之所以有效,一定是因为在反傅里叶变换之前,溶剂可及体积外的差分电子密度图中的所有密度都被设置为零。
4.3。其他“优化”参数的数量
除其他因素外,最小二乘法确定的参数的标准不确定性取决于精炼参数的数量。当SQUEEZE用作结构的一部分时细化,问题是溶剂贡献需要计算多少额外参数。精化模型参数的数量小于精化无序模型时的数量,因此数据与参数的比率更大。当空隙失去其内容且结构幸存下来时,这些数字可能是正确的。不太明显的是,SQUEEZE的应用涉及到多少额外的参数。可以在上提供估计值作为NEXTRA参数值SHELXL公司 L.S.公司。指令记录。默认情况下,铂SQUEEZE将使用表达式NEXTRA=估计这个数字(英语)/(Zm公司),其中E类是在单位电池, Z是非对称单元的数量,n个是CH通常优化的参数数量2碎片(即9) 和米是CH中的电子数2碎片(即8). 这个公式有一个令人满意的性质,即当结构的溶剂可及区域中没有残余密度时,它就消失了。
一位裁判提出了一个有趣的想法来推导溶剂的s.uF类计算(或一个计算和B类计算)值作为NEXTRA值问题的更好替代方案。这些值可以从差分图“质量”或其贡献的傅里叶系数中得出。由此获得的溶剂贡献s.u.可以包含在以最小二乘法分配给观测反射数据的权重中精细化。实现这一想法需要扩展.工厂文件,因为它需要包括美国的,而不仅仅是溶剂一个计算和B类计算条目。另一种选择是对σ(F类2)观测数据的值,反映了溶剂对s.u.的贡献。
5.实际问题
5.1. 挤压与约束/约束溶剂无序模型
在可能的情况下,通常首选无序溶剂的原子模型的开发,特别是当无序可以用约束和约束工具(如SHELXL公司。这样晶体结构是完全特征化的。例如,在转化中心上无序的甲苯等溶剂。像四氢呋喃分子在三倍轴附近无序的情况更难令人满意地建模(Knoter等。, 1989
). 即使在多个紊乱成分(PARTsSHELXL公司语言),人们仍然可以在不同的电子密度图中得到显著的未解释剩余密度。有时,结构空隙中存在的溶剂混合物的性质尚不清楚。金属-有机框架(MOF)的结构就是臭名昭著的例子。
在设计一个不令人满意的参数化无序溶剂模型上投入的时间并不总是值得付出努力。这尤其适用于例程(服务)的上下文结构测定旨在表征晶体中主要成分的化学性质。嵌入溶剂分子的详细结构通常是已知的。这种结构肯定无法从无序模型中更准确地确定,并且很少与晶体结构中感兴趣的主要成分相关。
SQUEEZE方法可以有效地替代具有问题但无关的溶剂无序的常规结构测定。这同样适用于通常极为无序的阴离子,如PF6−。其主要目的可以是降低R(右)价值作为证据,证明未加说明的溶剂是高R(右)因素。主要关注的是不要将其应用过度扩展到数据集较差或有限的情况。SQUEEZE程序需要足够的反射数据与最小二乘参数之比,以避免过度拟合。应在最终结构报告中详细记录所遵循的程序,并与成本加保险费、运费档案文件。这将涉及报告每个单位电池,它们的体积、形状、每个空穴的电子数以及可能对应的溶剂含量的一些估计。SHELXL公司自动保留原始反射数据(除非作者故意删除)。反射数据的保存和存档是一种良好的科学实践。这样,就不会损失任何东西。当宿主结构和/或无序溶剂的细节因原始作者以外的原因而变得有趣时,仍然可以使用存档数据进行后续计算。这尤其适用于晶体或实验数据难以再次获得的情况。CCDC现在接受并存档带有嵌入式反射数据的CIF,这些数据可以免费下载。
5.2. 要求和限制
SQUEEZE是为“小分子结构”设计的,当基于具有足够分辨率的完整可靠数据集时最有效。强烈建议使用低温数据,以获得更好的分辨率,并避免数据采集过程中溶剂的损失。应注意反射强度中的系统误差。这尤其适用于被光束光阑(部分)遮挡或受以下因素影响的低角度反射二次灭绝。这些反射可能会严重影响无序溶剂区电子密度的电子计数值,但不会影响挤压程序的结果。主体结构应该完全建模,包括H原子和任何没有未解析残余电子密度的无序,因为它会影响溶剂区域的差分图。SQUEEZE不能正确处理同时影响宿主和溶剂区域的耦合紊乱情况(即当平均结构中的空间部分被主体和溶剂占据时)。溶剂区存在明显的反常散射体不能用于确定绝对结构如果使用了SQUEEZE,则必须使用Friedel平均数据进行SQUEEZ计算,该平均数据已针对反常色散来自宿主结构的贡献。其中一个原因是,计算差分电子密度图需要一组完整的弗里德尔对,而最小二乘法并不严格需要这一要求精细化。后续SHELXL公司 细化,当然,包括反常散射宿主结构的贡献。将相同的Friedel平均溶剂贡献添加到Bijvoet-pair相关反射中。这将对Flack参数比原子溶剂模型精细化时的值。此外,如果SQUEEZE去除未检测到的反离子,则不应存在可能影响有关化学结论的未决电荷平衡问题,例如结构主体部分中金属的价态。使用SQUEEZE作为MOF浸泡方法的一部分(Inokuma等。, 2013
)如果关注点是客人区域而不是东道主区域,则可能非常具有挑战性,不建议这样做,在尝试时应格外小心。
5.3. 结构验证
支票CIF当检测到有关在到岸价。不幸的是,目前成本加保险费、运费数据定义_化学公式和_化学配方成分,以及相关数量,如线性吸收系数(μ值)和分子量,在报告挤压溶剂的详细信息时不够充分。支票CIF将报告部分公式、总和公式、,M(M)第页,D类x,μ和F类000仅基于模型参数。目前应手动比较报告值和计算值的一致性。IUCr期刊建议作者尽可能多地将挤压溶剂及其估计数量的可用信息包括在_化学式_总和,_化学配方成分和导出量数据条目。有关程序使用的详细信息也应包括在_柏拉图_挤压_尾巴或_exptl特殊详细信息的部分成本加保险费、运费在手稿的实验部分。
6.结论
最小二乘结构中处理无序溶剂的SQUEEZE方法精炼给出了充分可靠的实验数据,工作良好。结构的主要部分的几何形状通常至少与用参数化溶剂无序模型实现的几何形状一样可靠和准确。需要注意的是,§2.3中给出的示例
满足上述标准。原件旁路方法(van der Sluis&Spek,1990b条
)在开发过程中考虑到了较小的溶剂-宿主比。事实上,一旦工具可用,它们也将在不太理想或意外的条件下使用。SQUEEZE目前也适用于结构具有较大空隙但只有有限数量的反射数据可用的情况,这可能是一个问题。幸运的是,SQUEEZE过程非常健壮,因为它通常收敛到更低的R(右)值并改进主体结构的几何图形。
利用合成法向分辨率“观测”数据进行了几次测试计算,以研究SQUEEZE技术的可能局限性。一项测试涉及两个独立有机分子的结构,其中一个分子被挤压出来。它使另一个分子的结构得到了合理的改进,尽管比原来高了几个百分点R(右)值大于理论值的0%。旨在调查数据分辨率影响的测试显示,分辨率缓慢增加R(右)数据分辨率递减的因子。计划进行更多的测试,包括溶剂对模型结构因子贡献的杠杆效应。
虽然精炼原子紊乱模型可能是首选的程序,遵循这两种途径并比较结果可能是有用的。用SQUEEZE获得的相位改进的差分电子密度图也可以为精炼改进的溶剂无序模型。
结构中空隙中的涂抹残余电子密度并不总是由峰值搜索程序检测到,峰值搜索程序假设三维高斯形密度峰值拟合。例如结构测定(−)-克班宁(Duangthongyou)等。, 2011
)其中,作者确实报告了“空的”大空洞(最大剩余电子密度=0.55 e Au−3)仔细观察,发现这是充满溶剂的无限通道。使用腔工具(Mugnoli,1992
),在中实施铂/深成岩体.图7
显示了(−)-克勒班宁结构中的无限通道,描述为与主体最小接触半径为1.2º的球体链。图8
在差密度图中描绘了连续电子密度的轮廓部分。The volume of the channel within the bounds of the单位电池总计131Ω三。此通道中的电子数为33个电子。
应该注意的是,SQUEEZE型算法可以很容易地作为最小二乘法的一部分包括在内精炼程序。开发商选择的路线SHELXL公司更具灵活性.工厂文件输入工具,用于外部提供对计算出的结构因子的贡献。这使得解决无序溶剂问题和其他应用的替代方法易于接口和测试。或者,SHELXL公司 精炼也可以从内部调用铂挤压。这实际上是作为中的混合工具实现的铂.
对2014年发布的CSD的检查表明,已有超过13600份结构出版物报道了早期版本SQUEEZE的使用。这当然是低估了;并非所有使用SQUEEZE的案例都被CCDC工作人员发现。这可能部分是由于作者没有在到岸价,尽管在铂SQUEEZE程序输出列表。当前SHELXL公司版本(SHELXL2014/7页)现在默认情况下将自动执行此操作。这样精炼用于未来替代计算的程序和未合并数据被存档。
7.项目可用性
SQUEEZE在铂程序(Spek,2003
, 2009
),其中还包括支票CIF用作IUCr一部分的工具支票CIF设施(https://checkcif.iucr.org). 本机Fortran源代码可用于UNIX平台(Linux、Mac OS X),它依赖于X-Windows系统库上的图形。源代码副本、使用免费GNU gfortran编译器的简单编译说明以及其他信息可从以下网址获得:https://www.platonsoft.nl.A型铂Microsoft Windows平台的可执行文件可从网址:https://www.chem.gla.ac.uk/~路易/软件/柏拉图.铂在主菜单顶部显示其版本日期。当电脑连接到互联网并且安装了“curl”实用程序时,也会显示上述下载服务器上程序的当前版本。单击当前版本信息即可下载程序的UNIX源代码。
铂是一个研究项目。根据我们自己和用户的研究,它会定期更新新功能。就遇到的问题交流意见和询问对其发展非常有帮助。欢迎根据所使用的程序版本,最好是相关数据,提出新的想法和错误报告。
| 无CH2氯2 | 无序模型 | 挤压 | R(右)[F类2> 2σ(F类2)] | 0.0954 | 0.0442 | 0.0327 | 水风险(F类2) | 0.3111 | 0.1315 | 0.0921 | S公司 | 3.691 | 1.050 | 1.060 | ρ最大,艾−3 | 12.15 | 2.02 | 1.07 | ρ最小值,艾−3 | −0.77 | −1.46 | −0.43 | 粘合精度† | 0.0137 | 0.0058 | 0.0042 | 占用率,x | 0 | 0.69 | 0.88 | 电子计数 | 0 | 29 | 37 | | †键精度是C-C键标准不确定度(s.u.)的平均值。 |
致谢
作者感谢George M.Sheldrick教授出色地实现了接受外部决定对结构系数计算的贡献的可能性SHELXL公司感谢安东尼·林登教授仔细阅读手稿并提出宝贵建议。感谢匿名裁判的宝贵想法和评论。的Microsoft Windows实现铂得益于苏格兰格拉斯哥Louis Farrugia博士的长期努力。我们也非常感谢许多用户提供的非常有用的数据和评论。
工具书类
Allen,F.H.(2002)。《水晶学报》。B类58,380–388科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
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