国际结晶学表
第G卷：晶体学数据的定义和交换

第一版网络版（2006）国际标准图书编号：978-1-4020-3138-0  doi:10.1107/97809553602060000107  

S.R.Hall和B.McMahon编辑

目录

• 前言（第十一页）|html格式|pdf格式|
  S.R.霍尔和B.麦克马洪

• 历史简介
  • 1.1. 结晶信息文件的成因（第2-10页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    S.R.霍尔和B.麦克马洪
    • 1.1.1. 序言（第2页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.2. 过去的数据交换方法（第2-3页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.3. 卡片图像格式（第3页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.4. 标准晶体文件结构（SCFS）（第3页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.5. 网络对结晶学的影响（第4-5页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.6. 结晶信息工作组（WPCI）（第5页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.7. 结晶信息文件（第6-7页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.8. 多元化：分子信息文件和字典定义语言（第7页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.9. 大分子晶体学信息文件（第7-8页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.10. 结晶二进制文件（第8页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.11. 其他扩展字典（第8-9页）|html格式|pdf格式|
    • 1.1.12. 更广泛的背景：CIF和XML（第9页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|

• 概念和规范
  • 2.1. STAR文件规范（第13-19页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    S.R.霍尔和N.斯巴达克尼
    • 2.1.1. 导言（第13页）|html格式|pdf格式|
    • 2.1.2. 通用数据语言概念（第13-14页）|html格式|pdf格式|
    • 2.1.3. STAR文件的语法（第14-16页）|html格式|pdf格式|
    • 附录2.1.1。Backus–STAR语法和语法的Naur形式（第16-19页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 2.2. 结晶信息文件（CIF）规范（第20-36页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    S.R.霍尔,J.D.韦斯特布鲁克,N.斯巴达克尼,I.D.布朗,H.J.伯恩斯坦和B.麦克马洪
    • 2.2.1. 导言（第20页）|html格式|pdf格式|
      S.R.霍尔和J.D.韦斯特布鲁克
    • 2.2.2. 术语（第20-21页）|html格式|pdf格式|
      S.R.霍尔和J.D.韦斯特布鲁克
    • 2.2.3. CIF的语法（第21-22页）|html格式|pdf格式|
      S.R.霍尔和J.D.韦斯特布鲁克
    • 2.2.4. 便携性和档案问题（第22-23页）|html格式|pdf格式|
      S.R.霍尔和J.D.韦斯特布鲁克
    • 2.2.5. 常见语义特征（第23-24页）|html格式|pdf格式|
      S.R.霍尔和J.D.韦斯特布鲁克
    • 2.2.6. CIF元数据和字典合规性（第25页）|html格式|pdf格式|
      S.R.霍尔和J.D.韦斯特布鲁克
    • 2.2.7. 结晶信息文件的形式规范。1.1版规范（第25-36页）|html格式|pdf格式|
      S.R.霍尔,N.斯巴达克尼,I.D.布朗,H.J.伯恩斯坦,J.D.韦斯特布鲁克和B.麦克马洪
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 2.3. 晶体二进制文件规范（CBF/imgCIF）（第37-43页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    H.J.伯恩斯坦和A.P.哈默斯利
    • 2.3.1. 导言（第37页）|html格式|pdf格式|
    • 2.3.2. CBF和imgCIF（第37-39页）|html格式|pdf格式|
    • 2.3.3. 格式概述（第39-41页）|html格式|pdf格式|
    • 2.3.4. 一个复杂的例子（第42页）|html格式|pdf格式|
    • 2.3.5. imgCIF编码（第42-43页）|html格式|pdf格式|
    • 附录2.3.1。弃用的CBF公约（第43页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 2.4. 分子信息文件（MIF）规范（第44-52页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    F.H.艾伦,J.M.巴纳德,A.P.F.库克和S.R.霍尔
    • 2.4.1. 导言（第44页）|html格式|pdf格式|
    • 2.4.2. 历史背景（第44-45页）|html格式|pdf格式|
    • 2.4.3. MIF目标（第45页）|html格式|pdf格式|
    • 2.4.4. MIF概念和语法（第45-47页）|html格式|pdf格式|
    • 2.4.5. 原子、键和分子表征（第47-48页）|html格式|pdf格式|
    • 2.4.6. 担保约定（第48页）|html格式|pdf格式|
    • 2.4.7. 结构模板（第48页）|html格式|pdf格式|
    • 2.4.8. 立体生成中心的立体化学和几何（第48-50页）|html格式|pdf格式|
    • 2.4.9. MIF查询应用程序（第50-51页）|html格式|pdf格式|
    • 2.4.10. 结论（第51页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 2.5. 核心CIF字典定义语言（DDL1）规范（第53-60页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    S.R.霍尔和A.P.F.库克
    • 2.5.1. 导言（第53页）|html格式|pdf格式|
    • 2.5.2. CIF词典的组织（第53-54页）|html格式|pdf格式|
    • 2.5.3. 定义属性（第54页）|html格式|pdf格式|
    • 2.5.4. DDL版本（第54-55页）|html格式|pdf格式|
    • 2.5.5. DDL1定义的结构（第55-57页）|html格式|pdf格式|
    • 2.5.6. DDL1属性描述（第57-60页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 2.6. 关系字典定义语言（DDL2）规范（第61-70页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    J.D.威斯布鲁克,H.M.伯曼和S.R.霍尔
    • 2.6.1. 导言（第61页）|html格式|pdf格式|
    • 2.6.2. DDL2演示（第61页）|html格式|pdf格式|
    • 2.6.3. DDL2要素概述（第62页）|html格式|pdf格式|
    • 2.6.4. DDL2组织（第63页）|html格式|pdf格式|
    • 2.6.5. DDL2字典应用（第63-66页）|html格式|pdf格式|
    • 2.6.6. 详细的DDL2规范（第65-70页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|

• CIF数据定义和分类
  • 3.1. 定义CIF数据项时的一般注意事项（第73-91页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    B.麦克马洪
    • 3.1.1. 导言（第73-74页）|html格式|pdf格式|
    • 3.1.2. 非正式定义程序（第74页）|html格式|pdf格式|
    • 3.1.3. 正式定义过程（第74-75页）|html格式|pdf格式|
    • 3.1.4. 数据模型的选择（第75-76页）|html格式|pdf格式|
    • 3.1.5. 构建DDL1词典（第76-79页）|html格式|pdf格式|
    • 3.1.6. 构建DDL2词典（第79-83页）|html格式|pdf格式|
    • 3.1.7. 撰写新的数据定义（第83-85页）|html格式|pdf格式|
    • 3.1.8. 多部词典的管理（第85-88页）|html格式|pdf格式|
    • 3.1.9. 复合词典（第88-89页）|html格式|pdf格式|
    • 3.1.10. 公共CIF词典（第89-91页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 3.2. 核心数据的分类和使用（第92-116页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    S.R.霍尔,P.M.D.菲茨杰拉德和B.麦克马洪
    • 3.2.1. 导言（第92页）|html格式|pdf格式|
    • 3.2.2. 实验测量（第92-98页）|html格式|pdf格式|
    • 3.2.3. 分析（第98-102页）|html格式|pdf格式|
    • 3.2.4. 原子性、化学和结构（第102-112页）|html格式|pdf格式|
    • 3.2.5. 出版物（第112-114页）|html格式|pdf格式|
    • 3.2.6. 文件元数据（第114-116页）|html格式|pdf格式|
    • 附录3.2.1。CIF核心词典的类别结构（第116页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 3.3. 粉末衍射数据的分类和使用（第117-130页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    B.H.托比
    • 3.3.1. 导言（第117页）|html格式|pdf格式|
    • 3.3.2. 词典设计注意事项（第117页）|html格式|pdf格式|
    • 3.3.3. pdCIF字典部分（第117-118页）|html格式|pdf格式|
    • 3.3.4. 实验测量（第118-121页）|html格式|pdf格式|
    • 3.3.5. 分析（第121-123页）|html格式|pdf格式|
    • 3.3.6. 原子性、化学和结构（第123页）|html格式|pdf格式|
    • 3.3.7. 文件元数据（第123-126页）|html格式|pdf格式|
    • 3.3.8. 用于存储未处理测量值的pdCIF（第126-128页）|html格式|pdf格式|
    • 3.3.9. 将pdCIF用于Rietveld精炼结果（第128-129页）|html格式|pdf格式|
    • 3.3.10. 其他pdCIF应用（第129-130页）|html格式|pdf格式|
    • 附录3.3.1。粉末CIF词典的类别结构（第130页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 3.4. 调制结构和复合结构数据的分类和使用（第131-140页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    G.马达里亚加
    • 3.4.1. 导言（第131页）|html格式|pdf格式|
    • 3.4.2. 词典设计注意事项（第131-132页）|html格式|pdf格式|
    • 3.4.3. 词典的编排（第132-137页）|html格式|pdf格式|
    • 3.4.4. msCIF字典的使用（第137-139页）|html格式|pdf格式|
    • 附录3.4.1。msCIF字典的类别结构（第139页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 3.5. 电子密度数据的分类和使用（第141-143页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    P.R.马林森和I.D.布朗
    • 3.5.1. 导言（第141页）|html格式|pdf格式|
    • 3.5.2. 词典设计注意事项（第141页）|html格式|pdf格式|
    • 3.5.3. 数据定义分类（第141-143页）|html格式|pdf格式|
    • 3.5.4. 词典和支持软件的开发（第143页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 3.6. 大分子数据的分类和使用（第144-198页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    P.M.D.菲茨杰拉德,J.D.韦斯特布鲁克,P.E.伯恩,B.麦克马洪,K.D.Watenpaugh公司和H.M.伯曼
    • 3.6.1. 导言（第144页）|html格式|pdf格式|
    • 3.6.2. 词典设计的考虑因素（第144-145页）|html格式|pdf格式|
    • 3.6.3. mmCIF数据模型概述（第145-147页）|html格式|pdf格式|
    • 3.6.4. 大分子CIF词典的内容（第147-148页）|html格式|pdf格式|
    • 3.6.5. 实验测量（第148-152页）|html格式|pdf格式|
    • 3.6.6. 分析（第152-164页）|html格式|pdf格式|
    • 3.6.7. 原子性、化学和结构（第164-190页）|html格式|pdf格式|
    • 3.6.8. 出版（第190-194页）|html格式|pdf格式|
    • 3.6.9. 文件元数据（第194-195页）|html格式|pdf格式|
    • 附录3.6.1。mmCIF字典的类别结构（第195页）|html格式|pdf格式|
    • 附录3.6.2。蛋白质数据库交换数据字典（第195-197页）|html格式|pdf格式|
      J.D.韦斯特布鲁克,K·亨里克,E.L.乌尔里奇和H.M.伯曼
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 3.7. 图像数据的分类和使用（第199-205页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    H.J.伯恩斯坦
    • 3.7.1. 导言（第199页）|html格式|pdf格式|
    • 3.7.2. 二进制图像数据（第199-201页）|html格式|pdf格式|
    • 3.7.3. 轴线（第201-202页）|html格式|pdf格式|
    • 3.7.4. 衍射实验（第202-205页）|html格式|pdf格式|
    • 附录3.7.1。CBF/imgCIF字典的类别结构（第205页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 3.8. 对称数据的分类和使用（第206-208页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    I.D.布朗
    • 3.8.1. 导言（第206页）|html格式|pdf格式|
    • 3.8.2. 词典设计注意事项（第206-207页）|html格式|pdf格式|
    • 3.8.3. 词典的编排（第207-208页）|html格式|pdf格式|
    • 3.8.4. 未来发展（第208页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|

• 数据字典
  • 4.1. 核心词典（coreCIF）（第210-257页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    S.R.霍尔,F.H.艾伦和I.D.布朗
  • 4.2. 粉末字典（pdCIF）（第258-269页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    B.H.托比
  • 4.3. 调制和复合结构词典（msCIF）（第270-289页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    G.马达里亚加
  • 4.4. 电子密度字典（rhoCIF）（第290-294页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    P.R.马林森
  • 4.5. 高分子词典（mmCIF）（第295-443页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    P.M.D.菲茨杰拉德,J.D.韦斯特布鲁克,P.E.伯恩,B.麦克马洪,K.D.Watenpaugh公司和H.M.伯曼
  • 4.6. 图像字典（imgCIF）（第444-458页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    A.P.哈默斯利,H.J.伯恩斯坦和J.D.韦斯特布鲁克
  • 4.7. 对称字典（symCIF）（第459-466页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    I.D.布朗
  • 4.8. 分子信息文件字典（MIF）（第467-470页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    F.H.艾伦,J.M.巴纳德,A.P.F.库克和S.R.霍尔
  • 4.9. DDL1字典（第471-472页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    S.R.霍尔
  • 4.10. DDL2字典（第473-478页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    J.D.韦斯特布鲁克和S.R.霍尔

• 应用
  • 5.1. CIF应用程序编程的一般考虑（第481-487页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    H.J.伯恩斯坦
    • 5.1.1. 导言（第481页）|html格式|pdf格式|
    • 5.1.2. 背景（第481-483页）|html格式|pdf格式|
    • 5.1.3. 设计CIF软件应用程序的策略（第483-486页）|html格式|pdf格式|
    • 5.1.4. 结论（第486页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 5.2. STAR文件实用程序（第488-498页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    N.斯巴达克尼,S.R.霍尔和B.麦克马洪
    • 5.2.1. 导言（第488页）|html格式|pdf格式|
    • 5.2.2. 数据实例和上下文（第488-491页）|html格式|pdf格式|
    • 5.2.3.星形底座（_B）：STAR文件的通用数据提取器（第491-494页）|html格式|pdf格式|
    • 5.2.4. 使用编辑STAR文件Star.vim公司（第494页）|html格式|pdf格式|
    • 5.2.5. 基于浏览器的查看星形标记（第494-495页）|html格式|pdf格式|
    • 5.2.6. 面向对象的STAR编程（第495-497页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 5.3. CIF的语法实用程序（第499-525页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    B.麦克马洪
    • 5.3.1. 导言（第499页）|html格式|pdf格式|
    • 5.3.2. 语法检查器（第499-501页）|html格式|pdf格式|
    • 5.3.3. 具有图形用户界面的编辑（第501-507页）|html格式|pdf格式|
    • 5.3.4. 数据名称验证（第507-509页）|html格式|pdf格式|
    • 5.3.5. 文件转换软件（第509-515页）|html格式|pdf格式|
    • 5.3.6. 脚本语言库（第515-517页）|html格式|pdf格式|
    • 5.3.7. 快速开发工具（第517-522页）|html格式|pdf格式|
    • 5.3.8. mmCIF工具（第522-525页）|html格式|pdf格式|
    • 5.3.9. 结束语（第525页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 5.4.CIFtbx公司：用于操作CIF的Fortran工具（第526-538页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    H.J.伯恩斯坦和S.R.霍尔
    • 5.4.1. 导言（第526页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.2. 图书馆概述（第526页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.3. 初始化命令（第526-527页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.4. 读取命令（第527页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.5. 写入命令（第527-528页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.6. 变量（第528-529页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.7. 姓名别名（第529-530页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.8. 工具的实施（第530页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.9. 如何读取CIF数据（第530页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.10. 如何填写到岸价（第530-531页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.11. 错误消息词汇表（第531-535页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.12. 内部结构和编程风格（第535-538页）|html格式|pdf格式|
    • 5.4.13. 分配（第538页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 5.5. 使用mmCIF体系结构进行PDB数据管理（第539-543页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    J.D.韦斯特布鲁克,H.杨,Z.Feng先生和H.M.伯曼
    • 5.5.1. 导言（第539页）|html格式|pdf格式|
    • 5.5.2. 代表大分子结构数据（第539-541页）|html格式|pdf格式|
    • 5.5.3. 综合数据处理系统：概述（第541-543页）|html格式|pdf格式|
    • 5.5.4. 访问（第543页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 5.6.CBFlib公司：用于操作图像数据的ANSI C库（第544-556页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    P.J.埃利斯和H.J.伯恩斯坦
    • 5.6.1. 导言（第544-545页）|html格式|pdf格式|
    • 5.6.2.CBFlib公司功能描述（第545-552页）|html格式|pdf格式|
    • 5.6.3. 压缩方案（第552页）|html格式|pdf格式|
    • 5.6.4. 样本模板（第552-554页）|html格式|pdf格式|
    • 5.6.5. 示例程序（第555-556页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|
  • 5.7. 利用CIF发布小分子晶体结构（第557-569页）|html格式|pdf格式|章节内容|
    P.R.斯特里克兰,M.A.霍兰德和B.麦克马洪
    • 5.7.1. 导言（第557页）|html格式|pdf格式|
    • 5.7.2. 案例研究：小单元晶体结构的全自动报告（第557-562页）|html格式|pdf格式|
    • 5.7.3. CIF和其他期刊（第562-564页）|html格式|pdf格式|
    • 附录5.7.1。的请求列表结晶学报C辑（第564-566页）|html格式|pdf格式|
    • 附录5.7.2。数据验证使用支票付款条件（第566-568页）|html格式|pdf格式|
    • 工具书类|html格式|pdf格式|