在不违反法律的情况下是合法的。
首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾；
其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
如果用人单位有关员工迟到扣工资的规定符合这三个条件的情况下制定是不违法的。
1、 一是要经职工讨论。
2、 二是公示或者告知职工。
3、 三是不得违反法律法规的规定。
法律依据
《 中华人民共和国劳动法》第四条 用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
