房基地纠纷的解决方式有：
1、 能先由当事人双方进行对争议纠纷的协商；
2、 协商不成的，能请法定机构对双方发生的争议在事实上作出判断，在权利和义务上作出裁决；
3、 仲裁未果的，可以通过司法诉讼，由法院进行审理判决。
根据我国相关法律的规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理 决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
法律依据
《 中华人民共和国土地管理法》第十六条 下级土地利用总体规划应当依据上一级土地利用总体规划编制。 地方各级人民政府编制的土地利用总体规划中的建设用地总量不得超过上一级土地利用总体规划确定的控制指标，耕地保有量不得低于上一级土地利用总体规划确定的控制指标。 省、自治区、直辖市人民政府编制的土地利用总体规划，应当确保本行政区域内耕地总量不减少。
