1、赔偿义务机关不同。刑事赔偿的赔偿义务机关是行使侦查、检察、审判职权的各级公安机关、国家安全机关、人民检察院、人民法院、军队保卫部门，以及看守所、监狱管理机关及其工作人员而行政赔偿的赔偿义务机关是各级行政机关及其工作人员。
2、赔偿的范围不同。刑事赔偿范围是基于行使刑事诉讼法规定的职权而产生的对公民、法人和其他组织的人身、财产损害赔偿，如错误的刑事拘留、错捕、错判、刑讯逼供或者在刑事程序中违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施而行政赔偿的范围则是基于各类具体行政行为而产生的人身、财产损害赔偿责任。
3、赔偿程序不同。刑事赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求，逾期不予赔偿或赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可自期间届满之日起三十日内向其上一级机关申请复议行政赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求，也可以在申请行政赔偿复议和提起行政诉讼时一并提出，但不得经赔偿义务机关处理而直接提起诉讼。
《中华人民共和国国家赔偿法》第七条
行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关。两个以上行政机关共同行使行政职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，共同行使行政职权的行政机关为共同赔偿义务机关。法律、法规授权的组织在行使授予的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，被授权的组织为赔偿义务机关。
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