如果当事人被羁押或者采取了其他强制措施的，则存疑不起诉可以申请国家赔偿。因为存疑不起诉说明检察院是在案件事实不清，证据不足的情况下在才决定不起诉的，这样被采取强制措施的嫌疑人就是无罪的，无罪被采取了强制措施的，当然可以申请国家赔偿。
【法律依据】
《 国家赔偿法》第十七条，行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
一、违反刑事诉讼法的规定对公民采取拘留措施的，或者依照刑事诉讼法规定的条件和程序对公民采取拘留措施，但是拘留时间超过刑事诉讼法规定的时限，其后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
二、对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
三、依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的；
四、刑讯逼供或者以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的；
五、违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。
