HOMCOS：复杂三维结构的搜索和建模
HOMCOS公司(最高占有分子科学建模一氧化碳复杂度S公司structure）是基于PDB中的模板复杂3D结构，使用3D分子相似性对复杂3D结构进行建模的服务器。对于给定的氨基酸序列或化学结构，服务器提供PDB中的接触分子列表，根据模板PDB结构预测复杂的3D结构。爆炸用于氨基酸序列搜索，KCOMBU公司用于化学结构搜索。
| 服务 |
查询 |
描述 |
| 搜索接触分子 |
 查询蛋白质的接触分子搜索 |
顺序 |
搜索具有与给定查询序列相似蛋白质的接触分子 |
 查询化合物的接触蛋白搜索
| 化合物 |
用与给定查询化合物相似的化合物搜索接触蛋白 |
| 复杂三维结构建模 |
 人蛋白多聚体 |
顺序 |
使用同源建模技术为一个给定序列建立同源多聚体的3D结构模型。 |
 杂蛋白多聚体 |
两个序列 |
使用同源建模技术为两个给定序列建立异构体的3D结构模型。 |
 蛋白质复合物 |
序列和化合物 |
使用同源建模技术为一个给定序列和一个给定化学结构的蛋白质复合物的3D结构建模。 |
[下载HOMCOS数据]:发布PDB公司:20240605,发布UniProt公司:2024_03
发布KEGG公司:2022-03-07
[KEGG_COMPOUND和DRUG的三维文件]
爆炸用于氨基酸序列搜索，KCOMBU公司用于化学结构搜索。HOMCOS由以下公司开发和维护日本蛋白质数据库，IPR，大阪大学。现在项目支持它“药物发现、信息学和结构生命科学平台”日本MEXT。
此服务器基于HOMCOS服务器由NAIST开发。
HOMCOS服务器的部分服务可以通过以下方式访问VaProS服务器HOMCOS在VaProS服务器中称为“3D交互”。
工具书类
- 川端康成（2016）HOMCOS：搜索和建模复杂3D结构的更新服务器。J.结构。功能。基因组学.17,83-99.[公共医学] [出版商]
- Fukuhara N.，Kawabata T.（2008）HOMCOS：通过复杂结构的同源建模预测相互作用蛋白对和相互作用位点的服务器。核酸研究。,36，W185-W189。[公共医学]
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