Duality between the local score of one sequence and constrained Hidden Markov Model

Sabine Mercier; Grégory Nuel

doi:10.1007/s11009-021-09856-8

第三条Dans Une Revue 应用概率的方法与计算 Anneée:2021年

一个序列的局部得分与约束隐马尔可夫模型的对偶性

(1),(2)

1
2

萨宾·梅西耶

功能：奥特尔
人员ID:749357
伊达尔：军刀商人
ORCID代码：0000-0002-1820-6889
ID参考号：153274417

图卢兹数学研究所UMR5219

格里戈里·纽尔

功能：奥特尔
人员ID:969781
伊达尔：格雷戈里·纽尔
ORCID代码：0000-0001-9910-2354
ID参考号：117402117

概率、统计与模型实验室

Résumé

我们对检测多状态序列中非典型片段的理论和实践方法感兴趣。在本文中，我们证明了通过底层约束隐马尔可夫模型（HMM）的分割方法等价于使用最大得分子序列（也称为局部得分），而后者使用适当的重缩放得分函数。这种等价性允许HMM或局部分数的结果相互转换。我们提出了对标准前向后退算法的一种改进，该算法可以在线性时间内精确估计后验概率。此外，它还可以提供段长度和起始/结束指数的后验概率。我们解释了这种等价性如何允许人们管理模糊或不确定的序列字母，并构造相关的评分函数。我们通过考虑TM-趋势评分函数来说明我们的方法。

Mots clés公司

生物序列分析向前/向后当地得分最大得分子序列隐马尔可夫模型后向分布

与葡萄园

概率[math.PR]

菲奇尔校长

HMMS核心本地_VProba_012010年12月01日_prenoms_sansCouleur_essaibib_depotHAL.pdf（1.01个月）

原籍	菲奇尔斯（Fichiers）出品的par l’（les）auteur（s）

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https://hal.science/hal-02179477

Soumis le:lundi 3 juin 2024-14:20:03

德尼埃修改le:mardi 25 juin 2024-16:39:46

日期和版本

哈尔-02179477，版本1 (10-07-2019)

哈尔-02179477，版本2 (22-04-2020)

哈尔-02179477，版本3 (03-06-2024)

身份证明人

HAL Id： hal-02179477，版本3
内政部： 2007年10月11日/11009-021-09856-8

Citer公司

萨宾·梅西耶（Sabine Mercier），格里戈里·努埃尔（Grégory Nuel）。一个序列的局部得分与约束隐马尔可夫模型之间的对偶性。应用概率的方法与计算，2021年，《应用概率的方法与计算》，24（3），第1411-1438页。⟨10.1007/111009-021-9856-8⟩.⟨哈尔-02179477v3⟩

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