Tractability and Approximability of Maximal Strip Recovery

比较基因组学中的一项基本任务通常是将两个或多个基因组分解为同步区，即具有相似内容的染色体片段。在本文中，我们研究了最大条带恢复问题（MSR）[Zheng等人07]，其目的是在可能存在噪声和模糊的情况下，将一组基因组最优分解为合成元块。针对MSR问题及其变体，我们提出了一组新的或改进的FPT和近似算法。我们的主要结果包括用于变量-gap-MSR-d的第一个FPT算法，用于CMSR-d和-gap-CMSR-d的FPT算法在时间O（2:360kpoly（nd））中运行，其中k是被认为是错误的标记或基因的数量，以及用于CMSR-d和-gap-CMSAR-d的（d+1:5）近似算法。

与葡萄园

复杂度[cs.CC] données算法与结构[cs.DS] 生物信息[q-Bio.QM] 生物信息，生物系统[q-Bio.QM]

菲奇尔校长

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起源：菲奇尔斯制片人par l’（les）auteur（s）

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Laurent Bulteau、Guillaume Fertin、Minghui Jiang、Irena Rusu。最大板条回收率的可牵引性和近似性。第22届组合模式匹配年会（CPM 2011）2011年，意大利巴勒莫。第336-349页。⟨hal-00606167⟩

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