Vedran Miletić博士，首席研究员

有人说：“想法是有机的实体。”。他们出生的事实赋予了他们形式，而这种形式就是行动。思想诞生最多的人，成就最多。因此，一个被锁在办公桌上的天才，要么死，要么疯，就像一个体格强健的人，在久坐和习惯简单的同时，死于中风一样。

激情只不过是最初发展中的想法；它们是心灵年轻的一种属性，而那些认为自己一生都会被它们激动的人是愚蠢的。许多宁静的河流都是从嘈杂的瀑布开始的，没有一条小溪会在通往大海的路上跳跃或起泡。然而，这种宁静往往是巨大的，尽管是潜在的力量的象征。感情和思想的丰富和深刻不允许疯狂的爆发。

--我们时代的英雄通过米哈伊尔·尤雷维奇·勒蒙托夫

Vedran博士米列蒂奇是Exascale研究基础设施应用和服务小组（GASERI）计算机科学助理教授信息与数字技术学院,里耶卡大学。更多信息可在他的简历.

研究

当前研究

我的研究工作重点是异构、并行和分布式计算在高性能计算机在云中计算化学应用。目前，我正在与马蒂娜·阿森布雷内尔·卡蒂奇研究满足高通量虚拟筛选活动的可扩展性和可靠性要求的分布式化合物数据库体系结构。

过去的研究

我是一名博士后研究员弗劳克·格拉特的分子生物力学（MBM）组在海德堡理论研究所（HITS）。我正在研究模拟断裂和形成的有效方法蛋白质中的二硫键以及参与自由的和开源我们使用的软件。我们的发展可以在GitHub上找到.

我还是一名博士后研究员，在教授的指导下马里奥·拉多万在里耶卡大学信息学系.我与助理教授合作Zhi eljko Svedruć的生物分子结构与功能（BioSF）组在生物技术部.我在学习生物分子的分子模型。我专注于研究蛋白质-配体相互作用具有分子的动力学和微推弹性带方法使用量子化学和QM/MM方法。

我在教授的指导下完成了博士研究布兰科·米卡奇（重试）于萨格勒布大学电气工程与计算学院（FER）电信部.我的博士研究工作重点是评估光通信网络可靠性和可用性使用蒙特卡罗方法和优化路由和波长分配。此外，我专注于并行执行网络仿真软件。

开发

我正在领导Rx码头，叉子r锁定蛋白质-配体对接软件开发于RxTx研究（与帕特里克·尼科利奇). （请随意联系我如果你想以任何方式为项目做出贡献。）

我正在发育扩展和修改属于GROMACS公司分子动力学模拟器有许多不同的方向，但都是用上行记住。除此之外，我正在努力分段拉动和条件停止（请随意联系我有任何问题或想法。）

我是国家标准-3网络模拟器。特别是，我是光通信网络模型打电话光子波分复用网络模拟器（PWNS）(源代码可按要求提供; 有关功能的详细描述，请参见我的博士论文).

在其他项目中，我为有限责任公司和梅萨（属于Radeon开源Linux驱动程序开发努力），CP2K系统,LaTeX Beamer类，和其他（我的贡献的详细摘要可以在OpenHub公司). 在为开源项目贡献代码之前，我是一名测试人员和web标准倡导者Mozilla公司以及测试仪和支持kX项目，替代驱动程序Sound Blaster现场直播！和奥迪开发卡片以扩大动车组10kXDSP。

我关注诸如NEPI/NEF/NETNS,IMUNES公司/堆芯,OpenFlow,国家数据编号,幼兽,现代GPU,NVBIO公司、和乌根.

教学

在信息与数字技术学院（原信息学系）我教以下课程(教材是GitHub上提供在下面CC-BY-SA 4.0许可证):

我教过动态Web应用程序2（助教：米兰·彼得罗维奇)直到2021年，计算机网络1和计算机网络2直到2020年，从教授那里继承了这些课程马里奥·拉多万（重试）。我助教了异构系统上的并行编程(从2012年开始开发。至2016年。与……合作NVIDIA公司在下面GPU教育中心（前CUDA教学中心）项目)以及分布式系统到2021年，操作系统2到2020年，操作系统1至2012年，教育系统设计至2011年，所有课程均由教授指导博日达尔·科瓦奇奇.

在工程学院我助教了计算机网络2013年和2014年本科水平课程，由教授指导姆拉登·托米奇。在生物技术部我助教了信息学2009年，并于2019年、2020年和2021年教授。

积极主义

我是委员会成员里耶卡大学的超级计算资源它指导着高级计算和建模中心（CNRM）并支持的用户Bura超级计算机.

作为本地Linux用户组（LUG）的协调员哈克·里耶卡，我经常提倡使用和开发自由开源软件（FOSS）。特别是，我们正在组织文件自由日我们定期推广办公套件，一个开源办公套房，以及开放文档格式，一种用于办公文档的开放标准格式。

最后，我支持个人自由，因为个人自由经常受到普遍监视和不受约束的独裁政府的威胁。我赞赏并支持电子前沿基金会在这个地区。

项目

展示项目

分子动力学模拟中DPU减力计算的卸载，资金来源NVIDIA公司，时间框架2022–2024
EuroCC–EuroHPC框架内的国家能力中心，资金来源地平线20202020年至2022年

过去的项目

YUFE虚拟校园代码优化在线课程的开发，由里耶卡大学，时间框架2020-2022
RxDock的现代化、模块化和主动维护，这是一个用于将配体对接到蛋白质和核酸的快速、多功能和开源程序，资金来源RxTx研究，2019-2022年
超级计算机上的生物化学：新软件的开发、药物设计和疾病发展的分子水平分析（参考号uniri-prirod-18-132），由里耶卡大学，2019-2021年
国际教育项目Veleri-OI物联网学校的发展，资金来源欧洲社会基金，2018年-2021年
机械（生物）化学由各种来源提供资金，包括德国研究基金会,克劳斯·奇拉基金会,海德堡理论研究所、和海德堡大学，时间段2014-2018
人类DNA甲基转移酶Dnmt1抑制剂的开发和商业化，目的是重新编程人类细胞基因组的功能组织（参考号13.11.1.2.04），资金来源里耶卡大学，时间段2014-2018
计算机辅助学习推荐系统（ELARS）（参考号13.13.1.3.05），由里耶卡大学2014年至2018年；延续计算机支持教育（参考号036-0361983-2019），由MZOS公司，时间范围2007-2013
基于RFID（物联网）的动物个体行为智能识别技术及其在可追溯性中的应用（REMALLOY），资金来源MZOS公司，时间段2014-2016
成立里耶卡大学GPU教育中心（前CUDA教学中心），资金来源NVIDIA公司，时间段2012-2016
开发光子（原原型）WDM网络模拟器（PWNS），无外部资金，时间范围2012-2014
计算机网络2课程电子学习材料的开发，资金来源里耶卡大学，时间框架2012
构建欧洲未来的光纤网络：电子光子/ONe网络，资金来源FP7系列，时间框架2008–2011
基于对话的远程学习系统支持电子商务（参考号009-0362027-1331），由MZOS公司，时间框架2007–2013

出版物和演示

书籍和论文

博士论文：存在相关故障时优化光通信网络可用性的方法。辩护地点：电信部,电气工程与计算学院萨格勒布大学，2015年6月8日。
硕士论文：巴拿赫代数。辩护地点：数学系2009年3月17日，里耶卡大学艺术与科学学院。

书籍章节

尼科利奇，P。，米列蒂奇，V。，Odorćić，i.&Svedrućiá。M。哺乳动物DNA甲基转移酶DNMT1第一个基于DNA-非依赖机制抑制剂的硅优化。 表观信息学113–153 (2016).doi:10.1016/B978-0-12-802808-7.00005-8

期刊上的研究论文

SaftićMartinovć，L.，Birkić，N。，Miletić，V。Antolović，R.，Štanfel，D.&Wittine，K。6-氨基和N-甲基-6-氨基-L-天门冬氨酸的抗氧化活性、水介质稳定性和分子对接/动力学研究。 国际分子科学杂志。 24(2), 1410 (2023).doi:10.3390/ijms24021410(WoS-SCIE，第1季度（2021年），JIF:6.208（2021）)
斯韦德鲁日奇。M、 Vrbnjak，K.和Martinović，M&米列蒂奇，V。 阿尔茨海默病药物开发中γ-分泌酶活性同时激活和抑制的结构分析。 药剂学 13(4), 514 (2021).doi:10.3390/药剂学13040514(WoS-SCIE，Q1，JIF:6.525;次引用：3）
埃雷拉·罗德里格斯，A。，米列蒂奇，V。阿蓬特·桑塔马利亚，C.&Gräter，F。均匀流动中分子的分子动力学模拟。 生物物理学。J。 116(6), 621–632 (2019).doi:10.1016/j.bpj.2018.12.025(WoS-SCIE，Q1，JIF:3.854;次引用: 7)
Franz，F.、Aponte-Santamaria，C.、Daday，C.、。，米列蒂奇，V。&格拉特，F。生物膜在机械压痕下的稳定性。 《物理学杂志》。化学。B 122(28), 7073–7079 (2018).doi:10.1021/acs.jpcb.8b01861(WoS-SCIE，Q2，JIF:2.923;次引用：3）
米列蒂奇，V。、Odorćić，i.、Nikolić，P.和Svedrućiá。M。在硅片设计中，第一个基于DNA非依赖机制的哺乳动物DNA甲基转移酶抑制剂Dnmt1。 PLOS ONE系列 12（4），e0174410（2017）。doi:10.1371/journal.pone.0174410(WoS-SCIE，第一季度，JIF:2.766;次引用: 14)

会议记录中的研究论文

Miletić，V。Nikolić，P.&Kinkela，D。基于结构的分子对接在SARS-CoV-2主要蛋白酶新抑制剂鉴定中的应用。在里面2021年第44届信息、通信和电子技术国际公约, 435–440 (2021).doi:10.23919/MIPRO52101.2021.9596660
米列蒂奇，V。，Ašenbrener Katić，M.和Svedružić，日。用于SARS-CoV-2药物设计的高通量虚拟筛选Web服务开发。在里面2020年第43届信息、通信和电子技术国际公约, 371–376 (2020).doi:10.23919/MIPRO48935.2020.9245082
米列蒂奇，V。，Šubić，T.和Mikac，B。使用NVIDIA CUDA异构并行编程平台优化最大共享风险链路组不相交路径算法。在里面2014年第十届国际电信研讨会（BIHTEL）会议记录（编辑Mrdović，S.；波斯尼亚和黑塞哥维那萨拉热窝萨拉热窝大学），1-6（IEEE，2014）。doi:10.1109/BIHTEL.2014.6987645
米列蒂奇，V。Holenko Dlab，M.&Hoić-Boć，N。使用NVIDIA CUDA异构并行编程平台优化ELARS算法。在里面2014年ICT创新，智能系统和计算进展（编辑：Bogdanova，A.M.和Gjorgjevikj，D.；斯科普里大学，柏林，海德堡）311,135–144（Springer International Publishing，2015）。文件编号：10.1007/978-3-319-09879-1_14
米列蒂奇，V。马尼亚德基斯（D.Maniadakis）、米卡克（B.Mikac）和瓦鲁塔斯（D.Varoutas）。在共享风险链路组故障下，底层网络拓扑对光通信网络可用性的影响。在里面2014年第十届可靠通信网络设计国际会议论文集（编辑Van Daele，P.；比利时根特大学），1-8（IEEE，2014）。doi:10.1109/DRCN.2014.6816135
米列蒂奇，V。米卡奇（Mikac，B.&Díanko，M.）。使用蒙特卡罗模拟评估共享风险链路组的物理长度对光网络可用性的影响。在里面2013年第18届欧洲网络与光通信会议（NOC）和第8届光纤布线与基础设施会议（OC&I）会议记录（编辑Leitgeb，E.；奥地利格拉茨技术大学），249-256（IEEE，2013）。doi:10.1109/NOC-OCI.2013.6582897
Džanko，M.，米卡奇，B。，米列蒂奇，V。、Gonzalez，N.A.、Zervas，G.S.和Simeonidou，D。ROADM体系结构的分析和仿真可用性模型。在里面第十二届国际电信会议记录（编辑：Pripuíić，K.&Banek，M.；克罗地亚萨格勒布大学），39–45（IEEE，2013）。
米列蒂奇，V。，Mikac，B.和Džanko，M。光网络组件建模：一种基于网络模拟器的方法。在里面2012年第九届国际电信研讨会（BIHTEL）会议记录（编辑Mrdović，S.；波斯尼亚和黑塞哥维那萨拉热窝萨拉热窝大学），1-6（IEEE，2012）。doi:10.1109/BIHTEL.2012.6412064
Dáanko，M.，Mikac，B&Miletić，V。 用于光交叉连接的全光交换结构的可用性。在里面2012年第35届国际MIPRO公约会议记录（编辑：Golubić，S.；MIPRO，Opatija，克罗地亚），613-617（IEEE，2012）。

会议记录摘要

Koren，R.、Martinović，M.、Nikolić，P.、Odorć，i.、Ostojić、L.、Visentin，D.、Vrbnjak，K.、。，米列蒂奇，V。&斯韦德鲁日奇。M.超级计算机作为21世纪的显微镜：基质通道、表观遗传调控和阿尔茨海默病的分子基础。在里面27HSKIKI文摘集克罗地亚萨格勒布(克罗地亚化学学会, 2021).
米列蒂奇，V。Páll，S.&Gräter，F。用于高性能计算的LLVM AMDGPU：我们是否具有竞争力？在里面2017年欧洲LLVM开发商会议，德国萨尔布吕肯（2017）。谈话录音
米列蒂奇，V。Páll，S.&Gräter，F。朝向完全开源的GPU加速分子动力学模拟。在里面2016年欧洲LLVM开发商会议西班牙巴塞罗那（2016）。谈话录音
Nikolić，P。，米列蒂奇，V。&斯韦德鲁日奇。M.DNA甲基转移酶Dnmt1：底物选择性的调节。在里面2014年第六届OEGMBT年会摘要书（eds.Khassidov，A.，Glaser，W.&Klimek，C.；奥地利分子生命科学协会；生物技术；ServicebetriebØH-Uni-Graz GmbH，奥地利维也纳），129（2014）。

专业论文和会议演示

Škarica，M.和Ašenbrener Katić，M&米列蒂奇，V。 Primjena kviza u nastavi材料。在里面2021年第44届信息、通信和电子技术国际公约, 996–1000 (2021).
雅库波维奇A.、乔安德利奇S.、Šumanm、S、Ašenbrener Katić。M.、Jakšić，D.、NačinovićPrskalo，L.、Slavuj，V.、。，米列蒂奇，V。Kaluáa，M.，Davidović，V.，Širola，D.，Rafajac，O.，Pobar，M.&Malnar，D.Ogledni primjer web aplikacije Veleri-OI Meteo System razvijene za potrebe obrazovnog programa Veleri-OI物联网学校。在里面2021年Razvoj poslovnih i informatičkih sustava病例米斯拉夫·波洛尼约（Mislav Polonijo）编辑，61-73。克罗地亚萨格勒布(案例, 2021).
米列蒂奇，V。Kovać，B.&Lenković，K.PG-Strom：primjena tehnologije paralelnog programmiranja NVIDIA CUDA na sustav za upravljanje bazom podataka PostgreSQL。在里面Razvoj poslovnih i informatićkih sustava病例25米斯拉夫·波洛尼约（Mislav Polonijo）编辑，53–59岁。克罗地亚萨格勒布(案例, 2013).

科普论文和会议报告

米列蒂奇，V。 Slobodni softver otvorenog koda–nositelj inovativnosti公司。在里面斯维奥奇利什尼列出了大学 70由托米斯拉夫·奇米奇-马洛维奇编辑，第24页。克罗地亚斯普利特（斯普利特大学，2015）。
米列蒂奇，V。开源raunana kemija，Primatijada 2015年
米列蒂奇，V。 Ratovi web preglednika。在里面斯维奥奇利什尼列出了大学 65，由TomislavČižmić-Marović编辑，18-19岁。克罗地亚斯普利特（斯普利特大学，2015）。
米列蒂奇，V。Kako su“newzbiljne”računale igre razvile vrlo ozbiljnu tehnologiju korištenu u istraćivanjima u raćunlanoj kemiji，biologiji i fizici。在里面Primatijada 2014年克罗地亚波尔奇（SZ PMF，2014）。
米列蒂奇，V。Možemo li predvijeti（i spriječiti）prekid rada telecomunikacijske mreže？，Dan Novih Tehnologija（DaNTe）2013年由Petar Biljanović编辑，第1页。克罗地亚里耶卡（MIPRO/IEEE，2013）。

录制专业和流行演讲

研究论文确认中的提及

Turalija，M.、Petrović，M.&Kovać，B。带数据处理单元的Exascale超级计算机上的通用长时间分子动力学模拟。2022年第45届信息、通信和电子技术国际公约（MIPRO），300-306（2022年）。doi:10.23919/MIPRO55190.2022.9803537
Rennekamp，B.、Kutzki，F.、Obarska Kosinska，A.、Zapp，C.和Gräter，F。蛋白质键剪断的混合动力学蒙特卡罗/分子动力学模拟。 化学杂志。理论计算。 16(1), 553-563 (2020).doi:10.1021/acs.jctc.9b00786(WoS-SCIE，第2季度，JIF:6.006;次引用: 6)

开源软件贡献

软件项目按字母顺序列出。所选捐款按时间倒序列出。

Vedran Miletić博士，首席研究员

研究

当前研究

过去的研究

开发

教学

积极主义

项目

展示项目

过去的项目

出版物和演示

书籍和论文

书籍章节

期刊上的研究论文

会议记录中的研究论文

会议记录摘要

专业论文和会议演示

科普论文和会议报告

录制专业和流行演讲

研究论文确认中的提及

开源软件贡献

Apache服务器

CP2K系统

德罗贡

{fmt}

自由BSD

GROMACS公司

看板

Linux操作系统

有限责任公司

梅萨

国家标准-3

菲律宾比索

福吉

PyMdown扩展

Python标记

RadeonTop公司

RD工具包

Rx码头

系统

Trantor公司