在访问流之前检查流是否有效 ·第二天40eec7

指向DeviceStream对象的指针在无效时被取消引用，例如。除非存在多个域，否则非本地流无效。修复#5087

用周期性分子测定键合距离 ·0adf39ca公司

现在DD设置代码计算最大交互距离对于键相互作用和排斥，当周期性分子使用。这样可以避免有关多个指定的键合相互作用。修复#5086

GMX HBOND：非常小的修复 ·c7cf7c6a

修复了有时导致轨迹分析模块过早终止的愚蠢错误。我真丢脸！关闭#5059关闭#4985

修复了数学渲染 ·f8a8c584

当我在那里的时候，为了便于阅读，我也进行了小改写。

更改Gitlab CI以使用新的GPU配置Gitlab-runners ·81b46c78号

这将更改我们的gitlab配置以使用新的设置每种类型（和数量）的GPU都有单独的gitlab-runner使我们能够使用默认跑步者，而不是攻击自己的跑步者。它还可以引入了变量，可以跳过所有GPU运行一个小的改变，如果我们简单地想依赖默认共享gitlab未来的跑步者（就像过去两周一样）。对于一致性，所有继承的规则都已更改为引用。不幸的是，这对发布分支来说是一个较大的更改，但它仅限于Gitlab runner CI基础设施和更改因此，本身不会影响任何代码。

tune_pme：修复MPI/GPU检测 ·1820ba9a

添加缺少的空白以匹配格式更改之前在gmx_print_version_info（）中使用犯罪咖啡565fe

修复tpr文件中没有速度时的convert-tpr segfault ·30951633

以前，“convert-tpr”隐式地预期速度会出现在tpr文件中，当情况并非如此时，会导致分段故障（例如，用于最小化能量的tpr文件）现在：-通过索引正确处理子系统选择，即使tpr不包含速度-优雅地拒绝生成此类tpr的速度（调查期间发现的另一个未报告的问题）修复#5080

为2024.3点发布做准备 ·25电子323c9

设置新版本。删除DOI字符串。添加发行说明存根。

2024.2版 ·第5185页

设置DOI字符串、设置发布日期、更新CITATION.cff、设置MD5总和。

恢复“GROMACS 2024.2版本” ·cf9a19d9

这将还原合并请求!4300，缺少正确的MD5sum。

GROMACS 2024.2版本 ·3f8552电子束

设置DOI字符串、设置发布日期、更新CITATION.cff。

还原添加到作者列表 ·f03ad731

应该在main中完成

在重新分配缓冲区之前添加缺少的同步 ·c15立方厘米

在NS步骤中，在未确保上一步骤的强制清除操作已完成。这导致了启用AdaptiveCpp任务图兑现时崩溃。我们在此处添加缺少的同步，以确保没有在尝试执行任何本地操作之前，本地流中的挂起操作缓冲区重新分配。修复#5078.

在GROMACS中添加DSSP实现的主要引文 ·f560679天

签字人：阿列克谢·什维佐夫<alexyum@gmail.com>

将2023版合并到2024版 ·0af1a9cd

这是一个空的提交，只是为了保持分支历史记录的一致性。实际合并在中2c94e868电话.

2023年并入2024年 ·2c94e868电话

冲突：-引文.cff-CMakeLists.txt文件-cmake/gmx版本信息.cmake-src/gromacs/mdrun/md.cpp-src/gromacs/mdrun/rerun.cpp不要压扁！标记@伯克赫斯因为冲突是在他的变化之间。

为2023.6点发布准备分行 ·e4f4e15f

设置新版本。删除DOI字符串。添加发行说明存根。

GROMACS 2023.5版本 ·c3d027b7号机组

设置DOI字符串，设置发布日期，更新CITATION.cff。

gmx msd：如果-trestart不能被-dt整除，则抛出错误，并对dt>trestart进行移动检查 ·73亿83352

``gmx msd```的结果不正确，其中```-dt``不是```-trestart``和```-dt>-trestart ``的因子。修复#5051.

更正手册中有用框类型中的错误 ·7da9c8b2

文档：修复2024年发行说明中的拼写错误 ·777103天

文档：修复2023年发行说明中的拼写错误 ·467个EAbf1

澄清NVSHMEM警告消息 ·6d0543a1号机组

明确指出，即使在以下情况下，NVSHMEM仍可通过cuFFTMp单独使用未激活直接使用NVSHMEM。

SYCL文档：添加关于HW队列和AdaptiveCpp的已知问题 ·c1f942eb

参考#4965年

修复Colvars输出文件的备份 ·725c5f34页

使Colvars输出文件的备份约定与其他GROMACS输出文件一致（即多个备份）。目前，只有一个备份文件带有`.old`或`。正在生成附加的BAK`后缀，这是从NAMD继承的约定。请参见#5071修改后的接口代码将`_prev`附加到Colvars状态文件的名称后（因为通常与检查点同时写入），否则使用`make_backup（）`。这个变化可能会在“main”的顶部出现。Colvars库还引入了补丁版本号，以区别于最初与GROMACS 2024.0捆绑的版本。Colvars补丁号当前设置为2，因为此处的目标是GROMACS 2024.2。补丁版本不需要勾选到“main”上，因为它最终会在Colvars新增功能时重置。

修复cuFFTMp编译 ·2322c222个

修复#4976年

使用mdrun禁用更新组-重新运行 ·d0bb3b3f

使用更新组需要更正原子的PBC在每个轨迹帧的更新组中。修复#5067

当CTest并发运行测试用例时防止文件系统争用 ·4a81e7直流

修复#4654修复#4975

允许在编译器可执行文件的路径名中使用“dpcpp” ·电话：053f7923

我们只打算禁止/path/to/dpcpp，但无意中我们也禁止，例如/opt/dpcpp/path/to/icpx。参考#4716

在某些命令中修复工具名称（例如，g_energy to gmx energy） ·922页31f7

修复#5074

文档的次要格式修复 ·日期8450

修复文档中的一些打字错误 ·a75cd6cb

-更正手册和Doxygen中一些无害的拼写错误。-更新一些过时的Doxygen参数名称。

文件：修复PME卸载限制的描述 ·46c2e401码

GROMACS使用oneAPI支持FFT卸载，默认情况下会尝试找到合适的库（MKL或VkFFT），如果它无法使用。还修复了DPC++CMake示例中的错误。

添加GMX_USE_NVTX和好友的文档 ·82bb9的5页

文档`GMX_USE_ITT`、`GMX_ USE_NVTX`和`GMX__ USE_ROCTX`。参考#4446

CTest：设置每个单元测试使用的线程数 ·a00ad04f

还要确保回归测试不与任何东西并行运行否则，因为他们可能会使用很多核心，而这不是直接的受约束的。使用并行CTest时需要进行适当的资源使用控制。参考#4654

附加到CMAKE_INSTALL_RPATH而不是覆盖它 ·144262e3个

这允许使用特定于用户的CMAKE_INSTALL_RPATH。参考#5064

修复MTS约束dH/dlambda贡献 ·第2页89cf8

使用MTS，对dH/dlambda的慢速力贡献为乘以MTS系数。修复#5060

再次禁用带有MTS的SD ·数据9a5f30

格罗姆普支票丢了，这里重新加上了。将mdrun GMX_ASSERT更改为GMX_RELEASE_ASSERT。为grompp添加测试。参考#3775修复#5053

修复使用splitres/spliat时`gmx make_ndx`中的无效内存访问 ·559年2月1日

当向indexGroups添加新元素时，它可以重新分配，移动`（*indexGroups）[sel_nr].name`，从而使其无效`nameToSplit`指针。可能在应用程序崩溃或输出数据混乱时出现（例如，输出组名称的前缀为空）。关闭#5050

提前警告坏编译器 ·10acf005型

在此更改之前，用户可能会遇到诸如找不到在遇到错误和警告之前支持std:：filesystem他们的编译器根本无法工作。之后他们得到首先是最重要的信息。修复#5056