GROMACS 2022.6版本 ·4d72d1bc（公元前72年）

更新回归测试MD5校验和。设置DOI字符串。设置发布日期。更新CITATION.cff

不要添加__pycache__目录来释放tarball ·c815efc9

修复#4820

CI:禁用AMD GPU上的OpenCL测试 ·995d6c9c

在“main”（GROMACS 2024）中应用了更好的修复，但对于“stable”分支，我们暂时禁用该作业。参考#4745

GPU PME管道：等待电网归零 ·164e43b8号

结束时电网清除之间缺少同步然后在下一步上撒粒。修复#4734

修复流水线PME排列中的索引 ·0a3073d5

第二个网格偏移不正确，可能导致不正确使用流水线时的结果。还修复了当前未使用的非重新蚀刻中的双偏移错误代码路径。修复#4732

为2022.6点发布准备分支 ·d0bf2c16

设置新版本。删除DOI字符串。添加发行说明存根。

GROMACS 2022.5发布 ·f4e9bf68型

更新回归测试MD5校验和。设置DOI字符串。设置发布日期。更新CITATION.cff（这次版本和Zenodo链接已经正确；只需要修改发布日期）。

禁用扩展集成的遗留模拟器检查点 ·咖啡e78

这有时会有bug，所以我们禁用它。参考#4629

手册中正确的AWH初始更新大小 ·a5236d24号

手册中AWH初始更新大小的公式时间因素颠倒了。请注意，所描述的文本参数的影响是正确的。

禁用旧代码路径的扩展集成精确继续测试 ·217英尺47

掩盖在中发现的问题#4711

注意拉变换坐标中的弧度单位 ·电子126ffa6

修复模块化模拟器扩展集成检查点 ·eb8163b1号

这解决了两个问题：1.检查点仅略微了解模块化模拟器，因此试图检查全局中扩展的集合历史结构状态，即使使用了模块化模拟器。由于模块化模拟器不使用全局tstate对象，即扩展的集合历史结构未初始化，这可能导致未定义的行为（和最有可能为分段断层）。2.如果lambda空间中的MC步骤在检查点上成功执行步骤，此移动将丢失（因为它只应用于下一步）。这需要对FreeEnergyPerturbationData:：Element处理检查点及其构建过程。为了确保问题得到解决，实施了一项新的测试检查检查点之间的模拟是否相同。注意问题2。也存在于遗留代码路径中。此承诺仅修复模块化模拟器代码路径，这是默认代码扩展集成模拟的路径。参考#4629

将版本-2021合并到版本-2022 ·c8db5a63型

冲突：-cmake/gmx版本信息.cmake

GROMACS 2021.7版本 ·37a43240号

更新regulationtests MD5校验和。设置DOI字符串。设置发布日期。

添加CITATION.cff文件 ·7561e1b9号

根据标准将CITATION文件添加到存储库：https://citation-file-format.github.io引用

添加与Gapsys软核不同的缺失外国能量 ·493bb6直流

修复#4705

避免不正确的FEP排除 ·aafe6400型

缺少对排除的FEP对距离的距离检查意味着可以使用额外的、无效的周期性图像距离用于排除计算。只有在受到干扰时才会发生这种情况分子接近周期边界，系统很小这样，NBNxM网格沿维度为一个单元宽。修复#4665

改进muParser检测并将内部版本提升到v2.3.4 ·854835c4号

更新内部muParser版本，其中包含由使用muParser的CMake配置来检测外部muParser。更新外部muParser所需的版本与内部版本匹配。裁判#4614

将版本-2021合并到版本-2022 ·电子3097146

没有实质性的合并，只是解决了相同修复程序的两个版本#4668:55231153和54桶油当量6英尺。冲突：cmake/gmx版本信息.cmakedocs/CMakeLists.txt文件src/gromacs/mdlib/force.cpp

在GPU上添加缺少的Ewald收费条款和PME ·54桶油当量6英尺

使用GPU上的PME和带有净电荷的系统，净电荷能量捐款缺失。这是一个55231153（MR（MR））!3350).修复#4668

为2021.7点发布准备分支 ·第2天86fb23

根据需要更新发行说明和cmake版本信息。

在GPU上添加缺少的Ewald收费条款和PME ·55231153

使用GPU上的PME和带有净电荷的系统，净电荷能量捐款缺失。修复#4668

将变形问题添加到已知问题 ·e2586c66型

参考#4607

为2022.5点发布准备分支 ·6ea083ca

设置新版本。删除DOI字符串。添加发行说明存根。

GROMACS 2022.4版本 ·4传真28e87

更新回归测试MD5校验和。设置DOI字符串。设置发布日期。

还原“GROMACS 2022.4版本” ·a35b891a型

这将恢复提交b41ab664号。

文档：添加2021.6发行说明 ·739109分贝

它们在那里，但不是建造的。

GROMACS 2022.4版本 ·b41ab664号

更新回归测试MD5校验和。设置DOI字符串。设置发布日期。

OpenCL:将AMD RDNA设备标记为不兼容 ·23732964

我们知道它们不会与当前的内核一起工作，并且用户抱怨错误。因此，让我们清楚地看到，这些设备不支持。参考#4521

CI：在“gcc with OpenCL”作业中将macOS固定为11 ·约89370b

“macos-latest”映像已升级到macos 12，它具有GCC的已知链接器错误。参考#4646

正确的发行说明#4636 ·25767e7e

问题#4636与pull pbc-ref-prev-step-com选项无关，而是拉出平均值。参考#4636

修复检查点拉入状态标志 ·2bfba23e型

使用mdp选项时，断言将使检查点写入失败拉动pbc-ref-prev-step-com，因为未设置标志。还将受影响的dvec的写入更改为使用向量函数。这可以更改，因为此组件永远无法写入。修复#4636

Ubuntu 22.04中不支持的GCC/NVCC的更好警告 ·a7e76732型

我们对此有一个“已知问题”，但因为这是默认组合在Ubuntu 22.04中，我们最好在警告中更加明确。参考#4574个,#4641

修复大型xdr不透明数据块的块偏移 ·3a2b5a63

用于tpr IO的大型不透明xdr数据块以块的形式存储，但所有块的偏移量错误地为零。参考#4628

防止无效使用-gputasks ·4d03729b号

以前，单列运行将允许-nb-gpu-pme-gpu-gputasks01，报告使用它，并在实现中静默使用GPU 0。修复#4602

放宽任意的测试公差。 ·0立方英尺623

这与针对#3836修复#4290

添加了对Ada Lovelace和Hopper的codegen支持 ·c30b446d号

CUDA 11.8中现在有Ada（89）和Hopper（90）支持，因此补丁为cmake配置添加了这样的支持。另外，86支持以前只对GCC<8有效（错误？）-现在对所有人都有效合同一般条件>=8。

修复移动后发出的叮当声、整洁的错误警告 ·8a5 ea9

使用moltype已移动到的向量的最后一个元素，而不是moltype本身。

校正1-4扰动电荷检查，无DD ·2b26a43c号

该漏洞导致1-4年的外国能源贡献缺失只扰动电荷而不扰动原子类型的相互作用，不使用域分解时。后者实际上意味着跑步使用单个GPU。修复#4616

SYCL：修复样条曲线计算中的无害索引错误 ·49e科目0

为什么没有抓到？因为它不会改变结果。我将使用下面的CUDA符号。请注意，线程索引是反向的，`threadIdx.x`是`itemIdx.get_local_id（ZZ）`等。在2022版中，只使用了“order²”内核，`blockDim`={4,4，_atomsPerBlock_}。正确的索引：`threadIdx.y`*`blockDim.x`+`threadIdx.x`=[0；4）*4+[0；5）=[0，16），其中“[a；b）”表示该范围内的任何整数，两个范围相互独立。索引不正确：`threadIdx.y`*`grodDim.x`+`threadIdx.x`=[0；4）*_N_+[0；5），其中，N_是填充的原子数除以_atomsPerBlock_。原子数填充为64，_atomsPerBlock_为8或16，因此_N_>1。稍后，我们只在`threadLocalIdXY%DIM<3`和`threadLocalIdXY/DIM<1`时执行任何操作，所以我们只关心`threadIdx.y==0`的情况，所以公式中的错误不会影响任何东西。对于“order”内核，`blockDim.y==1`，所以`threadIdx.y`始终为0，所以同样没有关系。然而，在代码中使用不正确的索引是不好的，所以我宁愿在“release-2022”中更改它。