系统PipeShiny（SPS）一种基于闪亮的R/生物导体封装，扩展了广泛使用的系统管道R工作流具有数据可视化和通用图形用户界面的环境。SPS可以作为一个通用框架，在数据分析和可视化方面构建自定义web应用程序。此外，SPS提供了许多开发人员工具，这些工具作为单独的包裹.

您需要取消静音才能听到声音。

SPS提供了多种选项来更改其工作方式。以下是一些示例。

对于登录所需的演示，应用程序帐户名为“用户”密码“用户”.

对于管理员登录，请输入帐户名“管理员”，密码“管理员”.

请不要在尝试管理功能时删除或更改密码。尽管shinyapps.io公司将每隔一段时间重置应用程序，这将影响其他人同时观看演示的用户。

有一个Rstudio云项目实例你也可以玩。你需要创建一个免费的新帐户。两个生物导体未安装相关模块-工作流和RNAseq。它们需要超过1GB安装和运行的RAM超出了免费帐户的限制。

使用系统管道接收器以获取说明。

要查看SPS的所有详细信息，请阅读上的用户手册我们的网站.

如果(!requireNamespace（必需命名空间）("生物技术经理",安静地=真的))安装程序包("生物技术经理")生物技术经理::安装("系统PipeShiny",依赖关系=真的)

这将安装全部的所需的程序包，包括建议的程序包是核心模块所必需的。注意，如果你正在Linux上安装，其中只有源安装可用。Windows和Mac二进制安装将快得多。

要安装软件包，请使用生物管理器：：安装命令：

如果(!requireNamespace（必需命名空间）("生物技术经理",安静地=真的))安装程序包("生物技术经理")生物技术经理::安装("系统PipeShiny")

根据最小安装量，所有3个核心模块不安装。你仍然可以启动应用程序，当您启动应用程序并点击这些模块时，它将告诉您启用这些模块、要安装哪些软件包以及需要运行的命令。只需按照说明操作即可。根据需要进行安装。

要立即获取最新更新，可以直接从github具体如下：

如果(!requireNamespace（必需命名空间）("遥控器",安静地=真的))安装程序包("遥控器")遥控器::安装("systemPipeR/systemPipeShiny系统管道闪亮",依赖关系=真的)

同样，遥控器：：安装（“systemPipeR/systemPipeShiny”）为了最低限度的发展版本。

如果您在Linux上，您可能还需要以下系统依赖项安装SPS之前.不同的分布可能有不同的命令，但以下命令是Ubuntu的示例：

sudo apt-get安装-y libicu-devsudo apt-get安装-y pandocsudo apt-get安装-y zlib1g-devsudo apt-get安装-y libcurl4-openssl-devsudo apt-get安装-y libssl-devsudo apt-get安装-y make

这是一个基本示例，演示了如何使用系统管道闪亮包裹：

##导入库图书馆(系统PipeShiny)##创建项目目录spsInit（）

默认情况下，项目文件夹被创建并命名为SPS系统_+日期.此项目文件夹提供启动应用程序所需的所有文件。如果您正在使用Rstudio，全球的。R（右）文件将自动打开，这是您可能需要进行自定义更改的唯一文件（如果有）。

如果您在全球的。R（右）文件或在控制台中运行following以启动应用程序。

##启动界面
闪亮的::运行应用程序（）

更改一些选项在中列出全球的。R（右）将更改应用程序的行为方式，例如要加载的模块，标题、徽标、是否应用用户身份验证等。。。

包裹	描述	文件	功能参考	演示
系统PipeShiny	SPS主包	网站	链接	演示
spsComps公司	SPS UI和服务器组件	网站	链接	演示
抽屉	SPS交互式图像编辑工具	网站	链接	演示
spsUtil公司	SPS实用程序功能	网站	链接	不适用

请使用https://github.com/systemPipeR/systemPipeShiny/issues报告错误，问题或用于建议要实现的新特性。

我们很乐意听取所有用户和开发人员的意见。如果您需要，请提交拉取请求有新的想法或改进。