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罗宾西/潘加尔

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潘加尔是世界数据中心PANGAEA的数据检索接口(https://www.pangaea.de/). PANGAEA档案发表了以下主题下的地球与环境科学数据:农业、大气、生物分类、生物圈、化学、冰冻圈、生态学、渔业、地球物理学、人类尺度、湖泊与河流、陆地表面、岩石圈、海洋和古生物学。

该包提供了与PANGAEA数据库交互的工具,包括搜索数据、按数据集ID提取数据集以及使用PANGAEA-OAI-PMH服务的功能。

信息

程序包API

  • pg_数据
  • pg_list_metadata_formats页
  • pg_标识
  • pg列表记录
  • pg列表集
  • pg列表标识符
  • pg_搜索
  • pg_获取记录
  • pg_缓存
  • pg搜索
  • pg_缓存列表
  • pg缓存清除

安装

稳定版本

安装.包("潘加尔")

开发人员版本

遥控器::安装github('罗宾西/潘加尔')
图书馆('潘加尔')

搜索数据

这是页面上GUI搜索界面的精简包装https://www.pangaea.de/你在那里能做的一切都可以在这里做。

pg_搜索(查询 = '',口技 =c(c)(-124.2,41.8,-116.8,46.1),计数 = )#>#A台:3×6
#>score doi size size_measure引文供应…¹
#><dbl><chr><dbl><chr><chr
#>1 13.3 10.1594/PANGAEA.812094 2数据集Simonyan,AV;Dultz…Simony…
#>2 12.8 10.1594/PANGAEA.774629数据集科雷洛娃,EM;萨林……克利洛夫…
#>3 9.05 10.1594/PANGAEA.406110 598个数据点WOCE表面速度…<NA>
#>#…带缩写变量名¹supplement_to

获取数据

物件 <-pg_数据(国防部 = '10.1594/巴拿马807580')物件[[1]]#><泛大陆数据>10.1594/Pangaea.807580
#>父doi:10.1594/PANGAEA.807580
#>网址:https://doi.org/10.1594/PANGAEA.807580
#>引文:Schiebel,Ralf;Joanna J Waniek;博克,马提亚斯;赫姆莱本,克里斯托夫(2001):气象巡航M36/6期间的物理海洋学。泛亚航空,https://doi.org/10.1594/PANGAEA.807580,补充:Schiebel,R等人(2001):叶绿素再分配和营养物质夹带刺激的浮游有孔虫生产。深海研究第一部分:海洋学研究论文,48(3),721-740,https://doi.org/10.1016/S0967-0637(00)00065-0
#>路径:/Users/sckott/Library/Caches/R/pangaear/10_1594_PANGAEA_807580.txt
#>数据:
#>#A桥:32179×13
#>事件日期/…¹Latit…²Longi…³Eleva…⑷深度…¨压力…⁶温度…⁷Sal Tpot…⁸
#><chr><chr><dbl><dbl><int><dbl><int
#>1 M36/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 0 0 15.7 35.7 15.7
#>2 M36/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 0.99 1 15.7 35.7 15.7
#>3 M36/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 1.98 2 15.7 35.7 15.7
#>4 M36/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 2.97 3 15.7 35.7 15.7
#>5 M36/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 3.96 4 15.7 35.7 15.7
#>6立方米6/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 4.96 5 15.7 35.7 15.7
#>7 M36/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 5.95 6 15.7 35.7 15.7
#>8立方米6/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 6.94 7 15.7 35.7 15.7
#>9 M36/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 7.93 8 15.7 35.7 15.7
#>10 M36/6-…1996-1…49.0-16.5-4802 8.92 9 15.7 35.7 15.7
#>#…还有32169行,还有3个变量:`Sigma-theta[kg/m**3]`<dbl>,
#>#`Sigma in situal[kg/m**3]`<dbl>,`Cond[mS/cm]`<dbl>,缩写
#>#variable names¹`Date/Time`,²Latitude,³Longitude,`高程[m]`,
#>#¨`水深[m]`,⁶`按[dbar]`,\8311`温度[°C]`,\ 8312`温度[℃]`

搜索数据,然后将DOI传递给数据函数。

物件 <-pg_搜索(查询 = '',口技 =c(c)(-124.2,41.8,-116.8,46.1),计数 = )pg_数据(物件$国防部[])[1:]#> [[1]]
#><泛大陆数据>10.1594/Pangaea.406110
#>父doi:10.1594/PANGAEA.406110
#>网址:https://doi.org/10.1594/PANGAEA.406110
#>引文:WOCE表面速度程序,SVP(2006):来自表面漂流器SVP_9616641的水温和流速。泛亚航空,https://doi.org/10.1594/PANGAEA.406110
#>路径:/Users/sckott/Library/Caches/R/pangaear/10_1594_PANGAEA_406110.txt
#>数据:
#>#A桥:101×10
#>日期/…¹车床…²Longi…³深度…⑷温度…¨Cur v.…⁶Cur v…⁷车床…⁸Longi…⁹代码
#><chr><dbl><dbl
#>  1 1996-1…    41.6   -125.       0 12.7北美0 0 1
#>  2 1996-1…    41.6   -125.       0    12.5   11.3     0.44  0.0001  0.0001     1
#>  3 1996-1…    41.6   -124.       0    12.4    2.91   13.4   0.0002  0.0002     1
#>  4 1996-1…    41.7   -124.       0    12.3    3.64   17.2   0.0005  0.0004     1
#>  5 1996-1…    41.7   -124.       0    11.9   23.4    11.8   0.0001  0.0001     1
#>  6 1996-1…    41.7   -124.       0    11.4   21.4    15.4   0.0002  0.0002     1
#>  7 1996-1…    41.8   -124.       0    11.1    0.21   24.7   0.0005  0.0004     1
#>  8 1996-1…    41.8   -124.       0    11.2   -0.86   20.5   0.0002  0.0002     1
#>  9 1996-1…    41.8   -124.       0    11.1    1.51    9.12  0.0001  0.0001     1
#> 10 1996-1…    41.9   -124.       0    11.0   -5.58   -1.96  0.0001  0.0001     1
#>#…还有91行,变量名缩写为¹`日期/时间`,²纬度,
#>#³经度,`水深[m]`,`温度[°C]`,⁶`曲率U[cm/s]`,
#>#⁷`曲线V[厘米/秒]`,⁸`纬度e`,②`经度e`
#>
#> [[2]]
#>空
#>
#> [[3]]
#>空

OAI-PMH元数据

#识别服务pg_identify()#列出元数据格式pg_list_metadata_formats()#列出标识符pg列表标识符( =系统。日期()- 2,直到 =系统。日期()#列表集合pg_list_sets()#列出记录pg列表记录( =系统。日期()- 1,直到 =系统。日期()#获取记录pg_获取记录(标识符 = "oai:pangaea.de:doi:10.1594/pangaea.788382")

贡献者(逆字母顺序)

  • 瑙帕卡·齐默尔曼
  • 卡拉·吴
  • 加文·辛普森
  • 安德鲁·麦克唐纳
  • 斯科特·张伯伦

  • 拜托报告任何问题或错误.
  • 许可证:麻省理工学院
  • 获取的引文信息潘加尔在R操作中引文(package='pangaear')
  • 请注意,此软件包随贡献者行为准则。通过参与此项目,您同意遵守其条款。