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古宇宙/植物

叶肉的

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目的叶肉的该软件包允许用户将生物体的轮廓添加到在R基和ggplot2。为此,它使用了通过PhyloPic网站.

叶肉的最初由开发和维护斯科特·张伯伦从1.0.0版开始,该包现在由开发和维护威廉·吉尔蒂刘易斯·A·琼斯来自Palaeoverse团队.

安装

的稳定版本叶肉的可以使用以下工具从CRAN安装:

安装程序包("叶肉的")

的开发版本叶肉的可以使用以下工具通过GitHub安装:

安装程序包("遥控器")遥控器::安装github("古宇宙/植物")

它是如何工作的?

获取图像uuid

#负载rphylopic图书馆(叶肉的)#获取一个物种的单个图像uuid
乌伊德 <-获取用户ID(名称 = "灰狼",n个 = 1)#获取uuid的图像
国际货币基金组织 <-获取植物(乌伊德 = 乌伊德)#但每个物种可以有多个轮廓。。。
乌伊德 <-获取uuid(名称 = "灰狼",n个 = 5)

选择图像

#我该怎么挑选?!
#如果看不到图像本身就很难,让我们使用:
国际货币基金组织 <-选择_植物(名称 = "灰狼",n个 = 5)

打印图像

基准R

#好了,现在我们得到了想要的图像。。。让我们把它加到一个情节中!绘图(x个 = 1, = 1,类型 = "n个")添加基本类(国际货币基金组织 = 国际货币基金组织,x个 = 1.25, = 1.25,高度 = 0.25)#但我们不能直接使用uuid添加图像吗?当然!
乌伊德 <-获取uuid(名称 = "灰狼",n个 = 1)添加基本类(乌伊德 = 乌伊德,x个 = 1, = 1,高度 = 0.25)#只使用链接到名称的第一个图像怎么样?一定地!添加_专题_基础(名称 = "灰狼",x个 = 0.75, = 0.75,高度 = 0.25)#黑色有点无聊吗?好 啊。。。添加基本类(名称 = "灰狼",x个 = 0.75, = 1.25,高度 = 0.25,颜色 = "橙色")

ggplot2

#所有这些功能都可用于ggplot2。。。
#但我们使用add_phylopic和geom_phylobic!图书馆(ggplot2)#获取图像
乌伊德 <-获取uuid(名称 = "鸢尾花",n个 = 1)国际货币基金组织 <-获取植物(乌伊德 = 乌伊德)#在情节背后放置剪影ggplot图(虹膜)+添加植物(_P)(x个 = 6.1, = 3.2,国际货币基金组织 = 国际货币基金组织,阿尔法 = 0.2)+地理点(aes(x个 = 萼片。长度, = 萼片。宽度))#将轮廓绘制为点!ggplot图(虹膜)+地貌(aes(x个 = 萼片。长度, = 萼片。宽度),国际货币基金组织 = 国际货币基金组织,颜色 = "紫色",高度 = 0.25)

获取属性

#PhyloPic有很多贡献者,我们应该承认
#他们的工作。您可以使用get_attribution获取有关图像的数据

#获取有效的uuid
乌伊德 <-获取uuid(名称 = "蜂猴属")#获取uuid的属性数据获取属性(_A)(乌伊德 = 乌伊德)

保存图像

#如何保存图像?
#获取图像
国际货币基金组织 <-选择_植物(名称 = "灰飞虱",n个 = 1)#保存图像保存原文件(国际货币基金组织 = 国际货币基金组织)

如何贡献?

如果您有兴趣为叶肉的R包,您可以按照以下步骤操作指导方针.

行为准则

与任何社区项目、社会或会议一样,我们认为建立一些行为期望很重要。请阅读我们的行为准则如果你遇到任何问题,请伸出援手。每个人都有权在无骚扰的环境中生活和工作。

归因

如果您使用叶肉的在您的作品中,请确认图片的贡献者,确认PhyloPic的创作者(迈克尔·基西),并引用以下内容叶肉的:

Gearty,W.和Jones,L.A.2023年。rphylopic:用于获取、转换和可视化PhyloPic轮廓的R包。生态学与进化方法,14(11),2700-2708。doi:10.1111/2041-210X.14221。

作弊单

Miranta Kouvari的六角徽标和备忘单