波普尔是一个R包，用于分析具有以下混合模式的人群有性繁殖和克隆繁殖。它是围绕阿德杰内特的gennd和genlight对象，并提供以下实现：

• 一个层次结构中任意多个层次上种群的克隆审查
• 多位点基因型的简便计数和多层次群体的亚群体
• 定义多位点基因型
• 基因型多样性、均匀度、丰富度和稀疏度指数的计算
• 基于bootstrap支持的遗传距离树形图绘制
• 遗传距离最小生成网络的绘制
• 关联指数的计算()或()
• 在安装了R（≥2.15.1）的任何服务器上进行批处理
• 计算微型卫星（SSR）标记的Bruvo距离（以C表示速度）
• 从导入数据并导出到通用航空公司

• 基因组SNP数据的处理
• 自定义多点基因型定义
• 利用遗传距离瓦解多点谱系
• 计算网状最小跨度网络
• 跨snp计算滑动窗口中的关联索引
• MLG多样性统计的自举
• 最小跨越网络的交互式探索
• 还有更多！

有关详细信息，请参阅NEWS文件或在R控制台中键入：

新闻(版本 >= "2.0.0",包裹 = "爆裂声")

如果您使用爆裂声总之，请指定版本并引用：

Kamvar ZN，Tabima JF，新泽西州Grünwald。（2014）Poppr:基因的R包克隆、部分克隆和/或有性繁殖种群的分析繁殖。同行J 2:e281https://doi.org/10.7717/peerj.281

如果您使用爆裂声在演示文稿中，请将其作为爆裂声R包装，指定版本，并使用我们的徽标：（巴布亚新几内亚）|（svg）.

此外，如果您使用以下任何功能：

• 具有网状结构的最小跨越网络
• 将多位点基因型分解为多位点谱系mlg.过滤器（）
• 自定义多点基因型定义mlg.自定义（）
• 基因组数据与赢.ia（）或samp.ia（）
• 用genind、genlight或genpop对象引导任何遗传距离aboot（）

还请引用：

Kamvar ZN、Brooks JC和Grünwald NJ（2015）用于分析以克隆性为重点的全基因组群体遗传数据。前面。基因。6:208. 数字对象标识：10.3389/fgene.2015.00208年

您可以通过键入以下内容在R中获取引文信息：

引用(包裹 = "爆裂声")

mac和windows的二进制版本适用于R≥2.15.1在这里.

要安装，请确保R的版本至少为2.15.1（作者建议≥3.0），然后在控制台中键入：

安装程序包("爆裂声")

如果您想要绝对最新版本的爆裂声，请参见有关安装的信息以下未发布的版本。

偶尔会向{poppr}添加新功能，但这可能需要时间去CRAN。如果你知道你想要最新版本的{poppr}将包含错误修复和将在未来版本中包含的新功能），然后您可以使用自定义R-Universe存储库，该存储库每小时更新一次：https://zkamvar.r-universe.dev/builds网站

要从R-Universe安装poppr，可以使用以下代码：

宇宙 <-c（c）("https://zkamvar.r-universe.dev网址","https://cloud.r-project.org")安装程序包("爆裂声",回购 = 宇宙)

universe存储库还包含最新版本的{adegenet}和{hierfstat}，通常与{poppr}结合使用众所周知，CRAN已经过时了。

｛poppr｝的所有开发版本都将在GitHub上，但需要编译。

要从github安装此软件包，请确保您具备以下条件：

• X代码（OSX）或R工具（Windows）
• {远程}（要安装，请使用：install.packages（“远程”）)

对于Linux用户，确保函数getOption（“解压缩”）收益“解压缩”或“内部”。如果没有，则运行选项（unzip=“internal”）.

一旦安装了{remotes}和C编译器，就可以使用安装_工具（）函数从github安装当前版本。

测试中的所有新功能都将在不同的分支上发布。这些功能将处于不同的开发阶段，可能是，也可能不是记录在案。小心安装。以下命令将在上安装功能这个分支叫“devel”。请注意，这些分支可能已过时来自主分支。注意：如果未安装LaTeX，则应设置build_vignette=假.

遥控器::安装github(回购 = "格伦瓦尔德拉布/poppr@devel公司",构建渐晕图 = 真的)图书馆("爆裂声")

要访问帮助文件的描述性索引，请执行以下操作：爆裂声，在控制台中键入：

包裹?爆裂声

为popper写了几个小插曲：

对任何版本的poppr有任何疑问/意见/建议的用户（稳定或发展）应将他们的意见提交给Poppr谷歌组

2014年春季，Niklaus J.Grünwald博士、Sydney E.Everhart博士和Zhian N。Kamvar为R的种群遗传分析编写了一个引物，位于https://grunwaldlab.github.io/Polpulation_Genetics_in_R.

请注意，此项目发布时带有参与者代码行为.签署人参加这个项目你同意遵守它条款。如果您希望将代码贡献给爆裂声，请分叉存储库并使用添加的功能创建拉请求。