古巴迪是一个R包，用于模拟物种多样性，化石记录和系统发育树。而关于物种的文献出生-死亡模拟器非常广泛，包括一些重要的软件，如古树和猿，我们的结论是很有趣在可能的多样化情景方面需要填补的空白。与现场的大多数模拟器不同，我们追求灵活性过度关注，为用户实施大量方案在一个通用的允许直接扩展可用场景的框架。这样，古巴迪可以用作其他模拟器，或者在仅在此实现的场景的情况下，可以允许用于对新场景进行健壮且简单的模拟。

您可以从安装已发布版本的古巴迪CRAN（起重机）具有：

安装程序包("古巴迪")

以及来自的开发版本github具有：

图书馆(开发工具)开发工具::安装github("brpetrucci/古巴迪")

我们运行一个简单的出生-死亡模拟，如下所示

设置种子(1)编号0 <- 1 #物种初始数量
λ <- 0.1 #物种形成率
亩 <- 0.05 #消光率
t最大 <- 30 #最大模拟时间

#运行模拟
模拟 <-bd.sim（bd-sim）(编号0,λ,亩,t最大)

然后我们可以生成化石记录，并将结果可视化

设置种子(1)ρ <- 1 #采样率
箱子 <-序列(t最大,0,-1)#模拟地质层段的东西

#获取化石出现时间的数据帧
化石 <-样品.叶片(模拟 = 模拟,ρ = ρ,t最大 = t最大,箱子 = 箱子)#可视化模拟与化石赋存图纸.sim(模拟,化石)

并生成系统发育

物理（phy） <-make.phylo品牌(模拟)#用模拟组制作系统发育树
猿::phylo绘图(物理（phy）,root.edge（根.边缘） = 真的)#用树干绘制（需要APE）
猿::axisPhylo（）#添加轴

bd.sim（bd-sim）是出生-死亡模拟功能，允许多个参数来构建大量可能的场景。一个可以提供恒定或随时间变化的物种形成速率λ和消光率亩。除基本费率外，我们还考虑了形状的参数如果有人选择解释λ和亩作为年龄相关多元化的威布尔分布。我们采取这种新颖的步长还可以实现随时间变化的规模和形状。一个人可以还提供环境价值参数使利率依赖于时间序列，例如温度。这些都可以根据用户的意愿进行组合，创造了无数可能的场景。

样品.叶片生成化石记录，返回有组织的数据具有发生时间或发生时间范围的帧，前提是用户提供相应的区间向量。它允许采样率ρ可以像λ和亩上面，使用异常形状参数，因为在给定未使用威布尔分布建模年龄相关文献中的化石采样。相反，我们允许用户提供他们希望用作与年龄相关的采样的函数，广告娱乐,例如在中使用的PERT分布PyRate公司.

make.phylo品牌关闭包中最重要的三个功能，获取古巴迪模拟并返回门（phylo）对象APE包（见上文）。

图纸.sim允许轻松可视化出生-死亡模拟物体，绘制物种的持续时间和亲缘关系，除了考虑化石出现的增加。

除了主要的模拟和可视化功能外，古巴迪还为用户提供了一些有趣的统计工具，例如再膨胀var，对再膨胀以R为基数的函数允许时变指数速率和形状参数，in它概括了哪种情况rweibull公司功能。

考虑到以下功能的可能性古巴迪使用环境相关费率，我们已包含在包裹数据中包含环境数据的帧，即温度(临时雇员)和二氧化碳(二氧化碳). 根据RPANDA（RPANDA：Morlon H.等人（2016）《RPANDA：宏观进化的R包》系统发育树分析。生态学与进化方法7：589-597). 要查看有关数据来源的更多信息，请参阅?数据，其中数据是数据帧的名称。

古巴迪被布鲁诺·多·罗萨里奥·佩特鲁奇和蒂亚戈理想化博西西奥·昆塔尔。出生-死亡、统计和部分抽样函数由布鲁诺编写。系统发育和大多数采样函数由Matheus Januário编写。