“msa”包提供了一个统一的R/Bioconductor接口，用于多序列比对算法ClustalW、ClustalOmega、，和肌肉。这三种算法都集成在软件包中，因此，它们不依赖于任何外部软件工具和适用于所有主要平台。多重序列对齐算法由以下函数补充使用LaTeX预打印多序列比对TeXshade包。

虽然包由Ulrich Bodenhofer维护，但包本身主要由Enrico Bonatesta和Christoph Kainrath实施（前克里斯托夫·霍雷杰斯·坎拉特）。

可以从以下位置安装软件包生物导体。因此，安装包的最简单方法是输入

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“msa”）

进入R会话。如果出于何种原因，您希望手动安装软件包，请按照用户手册.

如果您遇到任何问题，或者如果您有任何其他用户可能感兴趣的问题，请在向软件包开发人员/维护人员编写私人消息之前，在此存储库中创建一个问题，并考虑在生物导体支架或上的堆栈溢出。有关包装的其他事宜，请联系包装作者。

如果您将此软件包用于稍后发布的研究，请引用如下：

• U.Bodenhofer、E.Bonatesta、C.Horejs-Kainrath和S.Hochreiter（2015）。msa：用于多序列比对的R包。生物信息学 31(24):3997-3999. 内政部：10.1093/生物信息学/btv494.

此外，我们坚持认为，无论您何时使用/引用该软件包，您都会引用介绍了您使用的算法/方法/软件包的原始文件：

俱乐部W：

• J.D.Thompson、D.G.Higgins和T.J.Gibson（1994年）。集群W：通过序列加权、特定位置间隙惩罚和权重矩阵选择提高渐进式多序列比对的敏感性。核酸研究。 22(22):4673 4680. 内政部：10.1093/nar/22.22.4673.

ClustalOmega公司：

• F.Sievers、A.Wilm、D.Dineen、T.J.Gibson、K.Karplus、W.Li、R.Lopez、H.McWilliam、M.Remmert、J.Söding、J.D.Thompson和D.G.Higgins（2011年）。使用Clustal Omega快速、可扩展地生成高质量蛋白质多序列比对。摩尔系统。生物。 7：539.内政部：10.1038/msb2011.75.

肌肉：

• R.C.Edgar（2004）。MUSCLE：一种减少时间和空间复杂度的多序列比对方法。BMC生物信息学 5(5):113. 内政部：10.1186/1471-2105-5-113.
• R.C.Edgar（2004）。肌肉：高精度和高通量的多序列比对。核酸研究。 32(5):1792 1797. 内政部：10.1093/nar/gkh340.

TeXshade公司：

• E.Beitz（2000年）。TeXshade：使用LaTeX2e对多序列比对进行着色和标记。生物信息学 16(2):135-139. 内政部：10.1093/生物信息学/16.2.135.