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MSKCC-Epi-Bio/tidycmprsk公司

tidycomprsk公司

R-CMD检查 Codecov测试覆盖率 CRAN状态

这个tidycomprsk公司软件包提供了一个直观的工作界面与相互竞争的风险端点。该包将cmprsk公司包,并导出单变量累积发生率的函数估计值cumin()和竞争风险回归crr().

该套餐还包括扫帚式整理工具:整理(),增强(),瞥一眼().

安装

您可以使用以下代码安装{tidycmpsk}。

安装.包("tidycomprsk公司")

使用以下命令安装开发版本的{tidycmpsk}:

#install.packages(“devtools”)
开发工具::安装github("MSKCC-Epi-Bio/tidycmprsk公司")

竞争风险回归

使用示例数据,试验.

图书馆(tidycomprsk公司)crr修改 <-crr(测量(tt死亡,死亡c r)~ 年龄 + 信托收据,试验)#>11例因缺失值而遗漏
crr修改
#>
#>——crr()───────────────────────────────────────────────────────────────────────
#>•呼叫Surv(ttdeath,death_cr)~年龄+trt
#>•兴趣失败类型“癌症死亡”
#>
#>可变系数SE HR 95%CI p值
#>年龄0.006 0.010 1.01 0.99,1.03 0.56
#>trt药物B 0.417 0.279 1.52 0.88,2.62 0.13

这个tidycomprsk公司与其他软件包配合良好,例如全球技术法规摘要.

tbl(待定) <- 
  crr修改%>%全球技术法规摘要::tbl回归(指数化 = 真的) %>%全球技术法规摘要::add_global_p()%>%添加(_n)(位置 = "水平")

全球技术法规摘要::内联文本(tbl(待定),变量 = 年龄)#>[1]“1.01(95%置信区间0.99,1.03;p=0.6)”

累计发病率

cuminc(苏尔夫(tt死亡,死亡cr)~ 1,试验)#>
#>——cuminc()────────────────────────────────────────────────────────────────────
#>•失败类型“癌症死亡”
#>时间n.风险估计标准误差95%置信区间
#>5.00 199 0.000 0.000不适用,不适用
#> 10.0   189      0.030      0.012       0.012, 0.061
#> 15.0   158      0.120      0.023       0.079, 0.169
#> 20.0   116      0.215      0.029       0.161, 0.274
#>•故障类型“死亡-其他原因”
#>时间n.风险估计标准误差95%置信区间
#> 5.00   199      0.005      0.005       0.000, 0.026
#> 10.0   189      0.025      0.011       0.009, 0.054
#> 15.0   158      0.090      0.020       0.055, 0.135
#> 20.0   116      0.205      0.029       0.152, 0.264

使用{ggsurvfit}包绘制风险。

图书馆(ggsurvfit公司)#>加载所需包:ggplot2cuminc(苏尔夫(tt死亡,死亡c r)~ 信托收据,试验) %>%ggcuminc()+添加确认间隔()+add_risktable()+缩放ggsurvfit(x _刻度 = 列表(打破 =序列号(0,24,通过 = 6)))#>绘制结果“癌症死亡”。

摘要表

tbl(待定) <-cuminc(苏尔夫(tt死亡,死亡cr)~ 信托收据,试验) %>%tbl_cuminc公司( =c(c)(12,24),标签_标题 = "**月份{time}**") %>%add_p()%>%添加_()

贡献

请注意,{tidycmpsk}项目是用一个参与者代码行为.通过参与这个项目,你同意遵守它的条款。谢谢向所有贡献者致敬!
@阿卜杜阿齐兹,@ABohynDOE公司,@ddsjoberg公司,@都柏林QAQ,@埃里克沃纳,@费德里奇,@味精模型,@哈德利,@卡里萨怀特,@拉梅内塞23,@m-freitag公司,@mjtjmjtj公司,@净空,@尼克鲁10,@蕨菜素,@拉马什卡328,@SoumyaRo公司,@t-葡萄酒、和@腾飞记忆

限制

这个tidycomprsk公司包实现了大多数可用功能在里面cmprsk公司。但是,中提供的时间交互功能cmprsk::crr()在中不可用tidycomprsk公司.