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基于从VCF、MAF和其他文件导入的突变生成蛋白质变体序列,以生成用于蛋白质基因组学研究的蛋白质变体数据库

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ErasmusMC-CCBC/ProteoDisco公司

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ProteoDisco公司

许可证 GitHub问题 服务器

介绍

ProteoDisco是一个R包,用于促进蛋白质组学研究。

它具有根据用户提交的基因组变体、剪接连接、融合基因和手动转录序列创建定制(变体)蛋白质数据库的功能。灵活的工作流程可用于各种研究和实验设置。

引用

范德格尔(van de Geer)、韦斯利(Wesley S.)和范里特(van Riet)、约伯(Job)和范德维尔肯(van de-Werken)、哈曼(Harmen J.G.)。ProteoDisco:一种灵活的R方法,用于生成定制的蛋白质数据库,以扩展蛋白质基因组研究中新蛋白质和变异蛋白质的搜索空间.生物信息学 202238(5), 1437–1439.

安装

最新的开发版本可以直接从GitHub安装:

#如果尚未安装,则需要/安装devtools包。
如果(!要求("开发工具"))安装.包("开发工具",回购 = "http://cran.r-project.org")#从GitHub安装ProteoDisco。
开发工具::安装github(回购 = "伊拉斯谟MC CCBC/ProteoDisco公司")图书馆(ProteoDisco公司)

或来自BioConductor:

如果(!requireNamespace(必需命名空间)("生物技术经理",安静地 = 真的))安装.包("生物技术经理")生物技术经理::安装("ProteoDisco公司")

用法

有关如何使用此软件包的说明和教程,请查看小插曲。

浏览幻影("ProteoDisco公司")

关于

基于从VCF、MAF和其他文件导入的突变生成蛋白质变体序列,以生成用于蛋白质基因组学研究的蛋白质变体数据库

资源

星星

观察者

叉子

发布

未发布任何版本

包装

未发布包