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治理

加拿大冠状病毒基因组网络(CanCOGeN)是一个由加拿大联邦、省和地区公共卫生当局及其医疗合作伙伴、学术界、工业界、医院、研究机构和大型测序中心组成的由Genome-Canada牵头的联合体。

该网络已召开会议,对加拿大SARS-CoV-2基因组和宿主基因组进行大规模基因组测序和分析,以了解、跟踪和应对全国和国际上的新型冠状病毒疫情。

Genome Canada感谢加拿大政府的支持,加拿大政府的资金支持我们的使命,是我们所有研究项目的主要投资,并为2020年4月4000万美元专门针对CanCOGeN。

下表概述了CanCOGeN目前的稳健治理结构。单击委员会了解更多信息并查看其成员。

显示CanCOGeN治理的图表

加拿大基因组和六个区域中心

Genome Canada对CanCOGeN的管理负有最终责任,确保该倡议实现其目标和里程碑。使用六个区域基因组中心,Genome Canada确保CanCOGeN遵守与联邦政府签订的协议条款,并提供信息和数据,以便对进度进行持续评估,包括绩效指标数据,以及财务报告,这些将构成向CanCOGeN垫款的基础。Catalina Lopez-Correa,医学博士,博士.,Genome Canada首席科学官,领导CanCOGeN计划。

指导委员会

CanCOGeN指导委员会负责CanCOGeN的全面管理,协调病毒(VirusSeq)和宿主(HostSeq)项目内部和之间的活动,以及该项目与其他外部举措之间的协调。

  • Lorne Hepworth,加拿大作物生命公司前总裁兼首席执行官(主席)
  • Kenneth Baillie,爱丁堡大学顾问兼高级临床研究员
  • Bettina Hamelin,安大略基因组公司总裁兼首席执行官
  • Rob Annan,加拿大基因组公司总裁兼首席执行官
  • Ewan Harrison,剑桥大学医学系,剑桥传染病
  • Duncan MacCannell,CDC SPHERES,疾病控制与预防中心高级分子检测办公室首席科学官
  • Chris McMaster,CIHR遗传学研究所科学主任
  • Allison McGeer,多伦多大学西奈山医院传染病顾问
  • Eric Meslin,加拿大学术委员会主席兼首席执行官
  • Howard Njoo,PHAC副首席卫生官,渥太华大学流行病学和公共卫生学院副教员
  • Joris Veltman,纽卡斯尔大学生物科学研究所院长

协调委员会

CanCOGeN协调委员会跨两个实施委员会进行工作,以协调基因组学和元数据的管理和共享。该委员会还将与其他国家和国际数据工作对接。

协调委员会的成员是灵活的,随时可能发生变化。

  • Catalina Lopez Correa,加拿大基因组首席科学官(主席)
  • Naveed Aziz,CGEn首席行政官、首席科学官
  • 菲奥娜·布林克曼,分子生物学和生物化学特聘教授;西蒙弗雷泽大学计算机科学学院和健康科学学院副教授
  • 肖威廉,西蒙弗雷泽大学健康科学与分子生物学及生物化学学院副教授
  • Yann Joly,基因组学与政策中心研究主任;麦吉尔大学人类遗传学和生物伦理学系副教授
  • 史蒂文·琼斯,不列颠哥伦比亚省癌症局迈克尔·史密斯基因组科学中心教授、副主任兼生物信息学主管;不列颠哥伦比亚大学医学遗传学教授;西蒙弗雷泽大学分子生物学和生物化学教授
  • Sandrine Moreira,魁北克国家公共研究所基因组学和生物信息学主管
  • Samira Mubareka,Sunnybrook健康科学中心和研究所传染病医生和病毒学家
  • Natalie Prystajecky,BCCDC公共卫生实验室环境微生物学项目,不列颠哥伦比亚大学病理学和实验医学系教授
  • Terrance Snutch,不列颠哥伦比亚大学迈克尔·史密斯实验室教授
  • Lisa Strug,病童遗传学和基因组生物学项目高级科学家;应用基因组学中心副主任;多伦多大学达拉拉纳公共卫生学院生物统计学副教授
  • Gary Van Domselaar,加拿大公共卫生署国家微生物实验室生物信息学主任
  • 马安·扎瓦蒂,麦吉尔大学基因组学与政策中心助理教授兼执行主任

CanCOGeN VirusSeq执行委员会

CanCOGeN VirusSeq实施委员会为VirusSeq项目提供关键管理,确保在全国范围内高效、有效、合乎道德和公平地实施每个项目,并通过其主席向指导委员会报告。

  • Terrance Snutch,不列颠哥伦比亚大学迈克尔·史密斯实验室教授(主席)
  • 菲奥娜·布林克曼,分子生物学和生物化学特聘教授;西蒙弗雷泽大学计算机科学学院和健康科学学院副教授
  • 马塞琳·科特,渥太华大学生物化学、微生物学和免疫学系副教授
  • 肖威廉,西蒙弗雷泽大学健康科学与分子生物学及生物化学学院副教授
  • Yann Joly,基因组学与政策中心研究主任;麦吉尔大学人类遗传学和生物伦理学系副教授
  • Sharmistha Mishra,圣米歇尔医院李嘉诚知识研究所和传染病科临床科学家
  • Sandrine Moreira,魁北克国家公共研究所基因组学和生物信息学主管
  • Samira Mubareka,Sunnybrook健康科学中心和研究所传染病医生和病毒学家
  • Jared Simpson,安大略省癌症研究所首席研究员,多伦多大学计算机科学系助理教授
  • Megan Smallwood,Genome Canada项目经理
  • Gary Van Domselaar,加拿大公共卫生署国家微生物实验室生物信息学主任

CanCOGeN HostSeq实施委员会

CanCOGeN HostSeq实施委员会为HostSeq项目提供关键管理,确保在全国范围内高效、有效、合乎道德和公平地实施每个项目,并通过其主席向指导委员会报告。

  • 中广核集团首席行政官兼首席科学官纳维德·阿齐兹(主席)
  • Steven Jones,生物信息学主管,不列颠哥伦比亚省癌症机构(数据存储与共享小组委员会主席)
  • Bartha Knoppers,麦吉尔大学医学院基因组学与政策中心主任
  • Mark Lathrop,麦吉尔大学医学基因组学加拿大研究主席
  • Stephen Scherer,多伦多大学儿童医院应用基因组学中心和McLaughlin中心主任
  • Lisa Strug,遗传与基因组生物学高级科学家,加拿大疾病儿童医院基因组数据科学研究主席(一级)(遗传流行病学小组委员会主席)
  • Stuart Turvey,不列颠哥伦比亚省儿童医院研究所儿科精确健康加拿大研究主席(研究招募小组主席)

VirusSeq工作组

能力建设工作组

CanCOGeN-VirusSeq的一项规定成果是建立国家能力,以应对预期的新冠肺炎第二波和未来的大流行。这方面最重要的要求涉及13个省和地区的加拿大公共卫生实验室。人们还认识到,某些医院测序点需要进行少量能力建设,以应对预期的第二波新冠肺炎疫情。

  • Gary Van Domselaar,加拿大公共卫生署国家微生物实验室生物信息学主任(主席)
  • 马修·克罗森
  • 娜塔莉·诺克斯
  • 塞琳·纳登
  • 詹妮弗·坦纳

数据分析工作组

本项目中生成的基因组序列数据和相关元数据将用于国家以及省和地区卫生管辖区内的新冠肺炎基因组监测和应对。这些活动包括用于质量评估/控制的序列分析、跟踪国际和省际传播、谱系分配、集群检测以及监测可能影响疾病严重性或传播性的变异体。为了支持这些活动,高质量基因组序列数据和相关元数据的存储、管理、分析和共享将由加拿大国家微生物实验室-公共卫生局与省级公共卫生实验室和医疗保健合作伙伴协调。

  • Gary Van Domselaar(主席)
  • 菲奥娜·布林克曼(Co-Chair)
  • 佐哈伊布·安瓦尔
  • 罗伯特·贝科
  • 马蒂厄·布尔吉
  • 纪尧姆·布尔克
  • 艾哈迈德·德雷亚
  • 段军
  • 马克·费姆
  • 丹·福尼卡
  • 埃里克·福尼尔
  • 艾琳·吉尔
  • 保罗戈登
  • 艾玛·格里菲斯
  • 何塞·赫克托·加尔韦斯·洛佩斯
  • Darian Hole公司
  • 威尔·萧
  • 杰弗里·乔伊
  • 基米亚·卡梅利安
  • 娜塔莉·诺克斯
  • 菲利普·马邦
  • 芬莱·马奎尔
  • 汤姆·马修斯
  • 安德鲁·麦克阿瑟
  • 萨米尔·麦凯
  • 桑德琳·莫雷拉
  • 艺术池
  • 阿莫斯·拉斐尼亚
  • 克莱尔·塞文休森
  • 杰瑞德·辛普森
  • 詹妮弗·坦纳
  • 劳伦·廷代尔
  • 约翰·泰森
  • 杰夫·温莎
  • 诺兰·伍兹

道德和治理工作组

CanCOGeN-VirusSeq致力于快速、透明和公平的数据共享实践,符合加拿大隐私和道德规范和标准。我们设想数据共享的3个目标:1)公开共享数据,以增强全球疫情应对能力;2) 在加拿大公共卫生系统内共享数据,以实现国家监测;和3)与授权研究人员共享数据,以促进科学和医学研究发展。将仔细构建每个目标下共享数据的治理模型,以平衡隐私保护和科学进步。

  • Yann Joly(主席)
  • 菲奥娜·布林克曼
  • 艾琳·吉尔
  • 威尔·萧
  • 刘汉石(Hanshi Liu)
  • 沙米斯塔·米什拉
  • 桑德琳·莫雷拉
  • 加里·范·多姆塞拉尔

元数据工作组

为了最大限度地发挥测序数据的影响和效用,必须将其与流行病学、临床、实验室和其他背景数据(“元数据”)相结合。为了更好地使加拿大的多司法管辖区公共卫生系统与国家和全球努力保持一致,即以适用于新冠肺炎疫情调查和应对活动的一致可用格式纳入元数据,VirusSeq还将发挥元数据规范和管理的关键作用,还与HostSeq协调活动。

  • William Xiao(主席)
  • 戴维·亚历山大
  • 佐哈伊布·安瓦尔
  • 纳撒利·巴斯蒂恩
  • 蒂穆·布斯
  • 纪尧姆·伯克
  • 菲奥娜·布林克曼
  • 休斯·查里斯特
  • 卡罗琳·科利恩
  • 马修·克罗森
  • 纪尧姆·德诺耶斯
  • 雷让·迪翁
  • 达米恩·杜利
  • 安娜·达根
  • Leah Dupasquier(利亚·杜帕斯基尔)
  • Kerry Dust公司
  • 纳胡埃尔·菲蒂帕尔迪
  • 埃利尼·加拉尼斯
  • 艾玛·加洛克
  • Greg德语
  • 艾琳·吉尔
  • 古林德·戈帕尔
  • 汤姆·格雷芬汉
  • 莫拉格·格雷厄姆
  • 艾玛·格里菲斯
  • 琳达·黄
  • 纳维德·贾尤亚
  • 杰弗里·乔伊
  • 基米亚·卡梅利安
  • 列夫·卡尼
  • 娜塔莉·诺克斯
  • 西奥多·库沙克
  • 杰森·勒布朗
  • 阎丽
  • 安娜·马杰
  • 阿德尔·马利克
  • 迪昂·马西诺
  • 瑞安·麦克唐纳
  • 总监莫德伟
  • 塞琳·纳登
  • 萨米尔·帕特尔
  • 娜塔莉·普莱斯塔杰基
  • 阿诺沙·塞哈尔
  • 克莱尔·塞文休森
  • 加勒特·索伦森
  • 劳拉·史蒂文
  • 洛里·斯特拉德威克
  • 玛莎·泰勒
  • 谢恩·蒂森
  • 加里·范·多姆塞拉尔
  • 阿德里安·泽特纳

研究合作工作组

为了利用这一快速发展的研究领域中的尖端工具和分析发展,与更广泛的研究团体接触至关重要。对不同研究人员的外联将努力实现跨国包容,反映国家和/或地方项目,并吸引不同部门(学术、工业研究等)以及国际合作伙伴。设想在测序方法、数据分析、建模、生物信息学、数据协调、数据共享、伦理等领域进行研究合作,这些领域与VirusSeq目标直接相关并具有协同作用。

  • 菲奥娜·布林克曼(主席)
  • 佐哈伊布·安瓦尔
  • 马塞琳·科特
  • 马克·菲姆
  • 劳拉·吉尔伯特
  • 艾琳·吉尔
  • 保罗戈登
  • 亚恩·乔利
  • 桑德琳·莫雷拉
  • 萨米拉·穆巴雷卡
  • 娜塔莉·普莱斯塔杰基
  • 詹妮弗·坦纳
  • 加里·范·多姆塞拉尔
  • Phot Zahariadis公司

排序工作组

CanCOGeN VirusSeq的一个主要目标是采用全病毒基因组测序,通过提供有关严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型病毒传播和进化的信息,为公共卫生决策提供信息。为了简化数据生成、分析和共享,VirusSeq致力于湿式实验室和协议优化以及方法开发。这些协议和方法将帮助我们实现对多达10万个病毒基因组进行测序的目标。

  • Ioannis Ragoussis(主席)
  • Terrance Snutch(共毛)
  • 帕特里克·阿夫塔纳斯
  • 马修·克罗森
  • 胡曼·德拉赫沙尼
  • 纳胡埃尔·菲蒂帕尔迪
  • 莫拉格·格雷厄姆
  • 安德鲁·麦克阿瑟
  • 桑德琳·莫雷拉
  • 萨米拉·穆巴雷卡
  • 娜塔莉·普莱斯塔杰基
  • 伊奥尼斯·拉古西斯
  • 杰瑞德·辛普森
  • 迈克尔·苏雷特
  • 约翰·泰森

主机序列子委员会

研究招募分委员会

研究招募小组委员会将确保进入HostSeq倡议的样本来自加拿大各地从事一系列新冠肺炎相关研究的研究人员/临床医生的广泛网络。正在作出一切努力,确保代表人数不足和少数群体的代表性,包括但不限于土著和边远人口。

  • 斯图亚特·特维,不列颠哥伦比亚省儿童医院研究所(主席)
  • Laura Arbour,不列颠哥伦比亚大学
  • 中广核集团纳维德·阿齐兹
  • 卡尔加里大学Francois Bernier
  • 凯瑟琳·比格斯,不列颠哥伦比亚大学
  • 彼得·坎努(Peter Kannu),阿尔伯塔大学
  • 大卫·凯尔文,达尔豪西大学
  • Brent Richard,麦吉尔大学

数据存储与共享小组委员会

数据存储和共享小组委员会正在制定一项综合计划,通过加拿大各地的研究人员可以访问的CGEn数据库,并与国际上其他相关数据集链接,存储和共享HostSeq序列数据以及相关表型数据。该小组委员会的任务是帮助创建一个基础设施,使大量基因组测序和相关元数据的存储、共享和管理更加容易。

  • 史蒂文·琼斯,迈克尔·史密斯基因组科学中心,不列颠哥伦比亚省癌症局;不列颠哥伦比亚大学;西蒙·弗雷泽大学(主席)
  • Inanc Birol,不列颠哥伦比亚大学
  • 纪尧姆·布尔克,麦吉尔大学
  • Lisa Strug,病童医院
  • 乔·惠特尼,病童医院

数据遗传流行病学分委员会

遗传流行病学小组委员会将指导数据更新,以了解有关疾病的新信息和新的混淆因素,并帮助我们建立数据联系。该小组的成员在帮助定义HostSeq案例报告表方面发挥了重要作用。

  • Lisa Strug,生病的孩子;多伦多大学(主席)
  • 安大略省加拿大统计科学研究所Jennifer Brooks
  • Shelley Bull,加拿大统计科学研究所,安大略省
  • 西蒙弗雷泽大学Lloyd Elliott
  • France Gagnon,Dalla Lana公共卫生学院
  • 麦吉尔大学Celia Greenwood
  • Rayjean Hung,Lunenfeld-Tanenbaum研究所
  • 滑铁卢大学杰里·劳利斯
  • 安德鲁·帕特森,病童医院
  • Lei Sun,多伦多大学

CanCOGeN的资金由加拿大政府的加拿大创新、科学和经济发展部(ISED)提供。 

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