#程序集统计报告#程序集名称：UMICH_Zoey_3.1#生物体名称：犬狼疮（犬）#种下名称：breed=大丹犬#隔离：Zoey#性别：女性#出租车：9615#生物样品：SAMN04851098#生物项目：PRJNA318403#提交人：密歇根大学#日期：2019-05-30#装配类型：单倍体（二倍体的主要假单倍体）#释放类型：主要#装配水平：染色体#基因组表示：完整#WGS项目：REHQ01#装配方法：FALCON v.1.7.7#预期最终版本：是#参考导向装配：GCA_ 000002285.2#基因组覆盖率：50.0x#测序技术：PacBio RSII#GenBank组件加入：GCA_005444595.1#RefSeq组件加入：GCF_005444595.1#RefSeq程序集和GenBank程序集相同：否#报告RefSeq程序集。#连锁组合：GCA_005446665.1（二倍体交替假单倍体）###组件单元：##GenBank单元访问参考序列单元访问程序集-单元名称##GCA_005444745.1 GCF_005444445.1主要组件##GCA_005444775.1非核##统计数据类型#统计描述#组件计数唯一组件的数量#contig-L50长度大于或等于N50长度的contig数量#contig-N50组件中总底座的50%位于该长度或更大的contig中的contig长度#连续计数连续次数#完整组装中染色体和质粒的分子数#区域计数全组装中定义的基因组区域数#脚手架-L50长度大于或等于N50的脚手架数量#脚手架-N50组装中50%的总底座位于该长度或更大的脚手架中的脚手架长度#脚手架-N75总装配底座75%在该长度或更长的连续面上的脚手架长度#脚手架-N90脚手架长度，在该长度或更长的长度上，90%的总底座位于该长度#脚手架-脚手架数量#spanned-gaps跨距间距的数量。跨距间隙是指脚手架内的间隙#顶级计数染色体或质粒、未定位/未定位支架、alt-loci支架和补丁支架的数量#total-gap-length间隙总长度#总长度总序列长度，包括基底和间隙#未附加长度总长度（不包括间隙）#未扫描间隙未扫描间隙的数量。未清理的间隙是指脚手架之间的间隙##序列类型描述#所有统计数据涵盖了单元组装和指定分子中的所有序列。#分子统计涵盖了特定的分子。将给出分子名称和分子类型/loc。#非定标统计涵盖了分配给分子但没有位置的序列。将给出分子名称和分子类型/loc。#未定位统计涵盖未分配给组装中任何分子的序列。##单位名称分子名称分子类型/loc序列类型统计值总长2343202000所有所有所有跨距间隙999所有所有所有所有未规划间隙0所有所有所有所有区域-计数0所有所有所有脚手架-数量793所有所有所有脚手架-N50 64204256所有所有脚手架-L50 14所有所有脚手架-N75 50995378所有所有所有脚手架-N90 39041421所有所有所有所有连续1792所有都是contig-N50 4722218所有所有所有重叠-L50 140全部全部全部全部总长度6087510所有所有所有所有分子39全部全部全部顶级793所有所有所有组件-编号793一次装配全部总长2343202000一次装配全部未添加长度2337114490主组件所有所有脚手架数量793主要装配所有所有脚手架-N50 64204256主要组件所有跨距间隙999一次装配所有未装配间隙0初级组件所有组装分子总长度2326329672初级组件所有组装分子未添加长度2320292858初级组装所有组装分子脚手架39一次组装所有组装分子脚手架-N50 64204256初级组装所有组装分子跨距间隙995初级组装所有组装分子非屏蔽间隙0一次装配所有未校准脚手架总长度0主组件所有未定标脚手架无上限长度0主要装配所有未固定脚手架-脚手架-数量0一次组装所有未固定脚手架-N50 0一次装配所有未校准脚手架跨距间隙0一次装配所有未固定脚手架未固定间隙0主要组件na na未放置脚手架总长度16872328主要组件na na未放置脚手架未添加长度16821632主要组件na na未放置脚手架-数量754初级装配na na未放置脚手架-N50 37188主要组件na na未放置脚手架跨距间隙4主要组件na na未放置脚手架未固定间隙0初级装配体1染色体全长122894117初级装配体1染色体全未附加长度122657462初级装配1染色体全支架计数1初级装配1染色体全支架-N50 122894117初级装配1染色体全跨越间隙48初级装配1染色体所有未扫描间隙0初级组装1染色体组装分子总长度122894117Primary Assembly 1染色体组装分子未附加长度122657462初级组装1染色体组装分子支架1初级组装1染色体组装分子支架-N50 122894117初级装配1染色体装配分子跨越间隙48初级装配1染色体装配分子非条带间隙0初级装配1染色体未定域支架总长度0初级装配体1染色体未定位支架未附加长度0初级装配1染色体未定位支架支架-数量0初级组装1染色体未定位支架-N50 0初级组装1染色体未定位支架跨越间隙0初级装配体1染色体非定域支架非定域间隙0初级装配2染色体总长度82903020初级装配2染色体全未附加长度82674692初级装配2染色体全支架计数1初级装配2染色体全支架-N50 82903020初级装配2染色体全跨隙35初级装配2染色体所有未扫描间隙0初级组装2染色体组装分子总长度82903020初级装配2染色体组装分子未附加长度82674692初级组装2染色体组装分子支架1初级组装2染色体组装分子支架-N50 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39389883初级组装31染色体组装分子跨越间隙11初级组装31染色体组装分子非条带间隙0初级组装31染色体未定域支架总长度0初级装配31染色体未定位支架未附加长度0初级装配31染色体未定位支架支架-数量0初级组装31染色体未定位支架-N50 0初级装配31染色体未定域支架跨越间隙0初级装配31染色体非定域支架非定域间隙0初级装配32号染色体总长度39041421初级组装32染色体全部无盖长度38997598初级装配32染色体全支架计数1初级组装32号染色体全支架-N50 39041421初级装配32染色体全部跨越间隙15初级装配32染色体所有未扫描间隙0初级组装32染色体组装分子总长度39041421Primary Assembly 32染色体组装分子未附加长度38997598初级组装32染色体组装分子支架-计数1初级组装32染色体组装分子支架-N50 39041421初级组装32染色体组装分子跨越间隙15Primary Assembly 32染色体组装分子非条带间隙0初级组装32染色体未定域支架总长度0初级组装32染色体未定域支架未附加长度0初级组装32染色体未校准支架支架-数量0初级组装32号染色体未定位支架-N50 0初级组装32染色体未定域支架跨越间隙0初级装配32染色体未定域支架未扫描间隙0初级装配33染色体全长31430699初级装配33染色体全部未附加长度31399161初级装配33染色体全支架计数1初级组装33染色体所有支架-N50 31430699初级装配33染色体全部跨越间隙11初级装配33染色体所有未扫描间隙0初级组装33染色体组装分子总长度31430699初级组装33染色体组装分子未附加长度31399161初级组装33染色体组装分子支架-计数1初级组装33染色体组装分子支架-N50 31430699初级组装33染色体组装分子跨越间隙11Primary Assembly 33染色体组装分子非条带间隙0初级组装33染色体未定域支架总长度0初级装配33染色体未定位支架未附加长度0初级装配33染色体未定位支架支架-数量0初级组装33染色体未定位支架-N50 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38染色体组装分子非条带间隙0初级组装38染色体未定域支架总长度0初级装配38染色体未定位支架未附加长度0初级装配38染色体未定位支架支架-数量0初级组装38染色体未定位支架-N50 0初级组装38染色体未定域支架跨越间隙0初级装配38染色体非定域支架非定域间隙0初级装配X染色体全长122739558初级装配X染色体全部未附加长度121644708初级装配X染色体所有支架-计数1初级装配X染色体全支架-N50 122739558初级装配X染色体全部跨越间隙103初级装配X染色体所有未扫描间隙0Primary Assembly X染色体组装分子总长度122739558Primary Assembly X染色体组装分子未附加长度121644708初级组装X染色体组装分子支架-计数1初级组装X染色体组装分子支架-N50 122739558Primary Assembly X染色体组装分子跨越间隙103Primary Assembly X染色体组装分子非条带间隙0初级装配X染色体未定域支架总长度0Primary Assembly X染色体未定位支架未附加长度0初级装配X染色体未校准支架-数量0初级组装X染色体未定位支架-N50 0初级组装X染色体未定位支架跨越间隙0Primary Assembly X Chromosome unlocalized-scaffold unspanned-gaps初级组装X染色体未定域支架未扫描间隙0