头部蛋白质结合08-SEP-20 7K2C标题人类KEAP1与NRF2肽结合的KELCH域，腺苷酸压缩机模具ID：1；化合物2分子：类KELCH ECH相关蛋白1；COMPND 3链：A，B；化合物4异名：NRF2、INRF2、KELCH样蛋白19的细胞溶质抑制剂；压缩机5工程：是；压缩机6 MOL_ID:2；化合物7分子：NRF2肽，ADEETGEAA；COMPND 8链：P；压缩机9工程：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS；来源3有机物常见：人类；来源4 ORGANISM_TAXID:9606；来源5基因：KEAP1，INRF2，KIAA0132，KLHL19；来源6表达_系统：大肠杆菌；来源7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:562；来源8 MOL_ID:2；来源9合成：是的；来源10有机科学：合成结构；来源11 ORGANISM_TAXID:32630KEYWDS肽抑制剂，抑制剂复合物，环模拟，蛋白质结合EXPDTA X射线衍射作者S.N.MUELLERS，K.N.ALLEN修订版2 23年10月18日7K2C 1备注修订版1 07-APR-21 7K2C 0JRNL授权P.C.ORTET，S.N.MUELLERS，L.A.VIARENGO-BAKER，K.STREU，JRNL授权2 B.R.SZYMCZYNA，A.B.BEELER，K.N.ALLEN，A.WHITTYJRNL TITL对A中KEAP1的NRF2约束亲缘关系的重新评估JRNL TITL 2环庚肽，由核磁共振、X射线晶体学指导，JRNL TITL 3和机器学习。JRNL参考J.AM.CHEM。SOC.V.143 3779 2021年JRNL参考ESSN 1520-5126日本国家药品监督管理局PMID 33683866JRNL DOI 10.1021/JACS.0C09799备注2备注2决议。2.11闸门。备注3备注3精炼。备注3计划：PHENIX 1.17.1_3660备注3作者：保罗·亚当斯（PAUL ADAMS）、帕夫尔·阿福宁（PAVEL AFONINE）、陈文森特（VINCENT CHEN）、伊恩（IAN）备注3:DAVIS、KRESHNA GOPAL、RALF GROSSE-KUNSTLEVE、，备注3:LI-WEI HUNG、ROBERT IMMORMINO、TOM IOERGER、，备注3:AIRLIE MCCOY、ERIK MCKEE、NIGEL MORIARTY、，备注3:REETAL PAI、RANDY READ、JANE RICHARDSON、，备注3：大卫·理查德森、托德·罗莫、吉姆·萨切蒂尼、，备注3:NICHOLAS SAUTER、JACOB SMITH、LAURENT备注3:STORONI、TOM TERWILLIGER、PETER ZWART备注3备注3精炼目标：GEOSTD+单体库+CDL V1.2备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：2.11备注3分辨率范围低（安）：29.38备注3分钟（FOBS/SIGMA_FOBS）：1.360备注3范围（%）的完整性：98.0备注3反射次数：43025备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3 R值（工作+测试集）：0.238备注3 R值（工作集）：0.237备注3自由R值：0.271备注3自由R值测试集大小（%）：4.640备注3自由R值测试集计数：1996备注3备注3：符合炼油厂使用的数据（在箱子中）。备注3箱子分辨率范围复杂。NWORK NFREE RWORK RFREE公司备注3 1 29.3800-5.0700 0.99 3071 153 0.2152 0.2484备注3 2 5.0700-4.0300 0.99 2982 141 0.1743 0.1776备注3 3 4.0300-3.5200 0.99 2987 148 0.2102 0.2687备注3 4 3.5200-3.2000 0.99 2967 142 0.2369 0.2827备注3 5 3.2000-2.9700 0.99 2968 149 0.2565 0.2904备注3 6 2.9700-2.7900 0.99 2967 143 0.2610 0.2823备注3 7 2.7900-2.6500 0.99 2953 146 0.2647 0.3268备注3 8 2.6500-2.5400 0.99 2928 136 0.2820 0.3286备注3 9 2.5400-2.4400 0.99 2947 150 0.2899 0.3313备注3 10 2.4400-2.3600 0.98 2934 136 0.2907 0.3393备注3 11 2.3600-2.2800 0.98 2902 151 0.2855 0.2926备注3 12 2.2800-2.2200 0.98 2916 141 0.3049 0.3403备注3 13 2.2200-2.1600 0.97 2884 137 0.3001 0.3021备注3 14 2.1600-2.1100 0.87 2623 123 0.3090 0.3374备注3备注3本体溶剂建模。备注3使用的方法：扁平散装溶剂模型备注3溶剂半径：1.11备注3收缩半径：0.90备注3 K_SOL:NULL备注3 B_SOL：空备注3备注3错误估计。备注3坐标误差（基于最大似然法）：0.300备注3相位误差（基于最大似然度）：30.992备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3:36.26备注3平均B值（总体，A**2）：48.24备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：空备注3 B22（A**2）：空备注3 B33（A**2）：空备注3 B12（A**2）：空备注3 B13（A**2）：空备注3 B23（A**2）：空备注3备注3双胞胎信息。备注3分数：空备注3运算符：空备注3记下与理想值的3个偏差。备注3 RMSD计数备注3保函：0.010 4494备注3角度：1.072 6129备注3手性：0.071 661备注3平面度：0.009 810备注3 DIHEDRAL:20.096 1567备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数：空备注3备注3 NCS细节备注3 NCS组数：空备注3备注3其他精炼备注：空备注4备注4 7K2C符合格式V.3.30，2011年7月13日备注100备注100本条目已由RCSB于20年9月9日处理。备注100存款ID为D_1000250613。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：2019年6月17日备注200温度（开尔文）：100备注200 PH:NULL备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步加速器（Y/N）：Y备注200辐射源：NSLS-II备注200梁线：17-ID-1备注200 X射线发生器型号：空备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：0.9201备注200单色仪：空备注200光学器件：空备注200备注200探测器类型：像素备注200探测器制造商：DECTRIS EIGER X 9M备注200强度集成软件：HKL-2000备注200数据缩放软件：HKL-2000备注200备注200独特反射次数：43039备注200分辨率范围高（A）：2.110备注200分辨率范围低（A）：29.380备注200拒绝标准（SIGMA（I））：空备注200总体评论200。备注200范围完整性（%）：98.4备注200数据冗余：1.900备注200合并（I）:0.04525备注200 R SYM（I）：空备注200对于数据集：11.0000备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）：2.11备注200最高分辨率外壳，范围低（A）：2.19备注200壳体完整性（%）：94.1在外壳中备注200数据冗余：1.80备注200 R壳体合并（I）：0.36480壳体注释200 R SYM（I）：空备注200壳体：1.740备注200备注200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换使用的REMARK 200软件：phenx备注200启动型号：5WFL备注200备注200备注：空备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS（%）：58.70备注280马修斯系数，VM（角度**3/DA）：2.98备注280备注280结晶条件：1.2-1.5 M硫酸铵，0.5-0.7%备注280 PEG-MME-550，0.1 M BIS-TRIS PH=6.0-6.5，蒸汽扩散，备注280吊坠，温度295K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子：C 1 2 1备注290注释290对称性备注290 NNNMMM运算符备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X、Y、-Z备注290 3555 X+1/2，Y+1/2，Z备注290 4555-X+1/2，Y+1/2，-Z备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290平方米2 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 3 1.0000000.000000 0.000000 81.31100备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.0000000.000000 34.43750备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 4-1.00000000.000000 0.000000 81.31100备注290 SMTRY2 4 0.000000 1.0000000.000000 34.43750备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注：空备注300备注300生物分子：1、2备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义上的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：DIMERIC备注350软件确定的四元结构：DIMERIC备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：1530安**2备注350复合体的表面积：11660埃**2备注350无溶剂能量变化：-12.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：A、P备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：2备注350作者确定的生物单位：单体备注350软件确定的四元结构：单数备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：0安**2备注复合体的350表面积：11920安**2备注350无溶剂能量变化：0.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：B备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物不在备注465实验。（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注465标识符；SSSEQ=序列号；I=插入代码。）备注465备注465 M RES C SSSEQI备注465 GLY A 325备注465 ARG A 326备注465 MET A 610备注465 GLU A 611备注465 PRO A 612备注465 SER A 613备注465 ARG A 614备注470备注470缺少原子备注470以下残留物缺少原子（M=型号；备注470 RES=剩余名称；C=链标识符；SSEQ=序列号；备注470 I=插入代码）：备注470 M RES CSSEQI ATOMS备注470 LEU A 327 CG CD1 CD2备注470 TYR A 329 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ OH备注470 ASN A 346 CG OD1 ND2备注470 SER A 348 OG备注470 ASP A 349 CG OD1 OD2备注470 LEU A 353 CG CD1 CD2备注470符合399 CG SD CE备注470 GLN A 402 CG CD OE1 NE2备注470 ILE A 421 CG1 CG2 CD1备注470 ARG A 442 CG CD NE CZ NH1 NH2备注470 GLU A 444 CG CD OE1 OE2备注470 GLU A 446 CG CD OE1 OE2备注470 ARG A 447 CG CD NE CZ NH1 NH2备注470 HIS A 516 CG ND1 CD2 CE1 NE2备注470加仑A 563加仑CD OE1 NE2备注470 VAL A 594 CG1 CG2注释470 THR A 595 OG1 CG2备注470 ARG B 336 CG CD NE CZ NH1 NH2备注470 ASP B 385 CG OD1 OD2备注470 ARG B 614 CG CD NE CZ NH1 NH2备注500注释500几何与立体化学备注500子主题：密切联系备注500记下500与晶体学有关的下列原子备注500对称性紧密接触。位于0.15以内的原子请注意，假设对称相关原子在A上500安备注500特殊位置，因此列在备注375中备注500而不是备注500。具有非空白替代项的原子备注：计算中不包括500个位置指示器。备注500备注500距离截止：对于不含氢原子的触点，请备注500 2.2安备注500涉及氢原子的接触为1.6埃备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SEXQI SSYMOP距离备注500 OD2 ASP A 385 NH2 ARG B 415 1556 2.18备注500备注500备注：空备注500注释500几何与立体化学备注500子主题：等效结合角备注500备注500以下残留物的立体化学参数备注500的值与预期值相差更多备注500大于6*RMSD（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注500标识符；SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,3（1X，A4,2X），12X，F5.1）备注500备注500预期值蛋白质：ENGH和HUBER，1999备注500预期值核酸：CLOWNEY等人，1996年备注500备注500米RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3备注500 ALA P 77 C-N-CA ANGL。偏差=-20.7度备注500备注500备注：空备注500注释500几何与立体化学备注500主题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重温。结构4，1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 ARG A 336-31.79 72.88备注500 ASN A 387 65.47-157.18备注500 GLU A 446-60.95-161.92备注500 VAL A 453-161.41-111.34备注500 HIS A 516-119.87 59.29备注500 PHE B 335 96.85-162.81备注500 ARG B 336-34.24 74.60备注500 THR B 481-48.54-136.49备注500 VAL B 547-167.00-119.32备注500 HIS B 575-41.13-130.14备注500备注500备注：空DBREF 7K2C A 325 614 UNP Q14145 KEAP1_HUMAN 325 616号文件DBREF 7K2C B 325 614 UNP Q14145 KEAP1_HUMAN 325 616号文件DBREF 7K2C P 76 86 PDB 7K2C 7K2C76 86数据库SEQADV 7K2C ALA A 540 UNP Q14145 GLU 540冲突SEQADV 7K2C ALA A 542 UNP Q14145 GLU 542冲突SEQADV 7K2C SER A 613 UNP Q14145 CYS 613冲突SEQADV 7K2C ALA B 540 UNP Q14145 GLU 540冲突SEQADV 7K2C ALA B 542 UNP Q14145 GLU 542冲突SEQADV 7K2C SER B 613 UNP Q14145 CYS 613冲突序列1 A 290 GLY ARG LEU ILE TYR THR ALA GLY GLY TYR PHE ARG GLN序列2 A 290 SER LEU SER TYR LEU GLU ALA TYR ASN PRO SER ASP GLY序列3 A 290 THR TRP LEU ARG LEU ALA ASP LEU GLN VAL PRO ARG SER序列4 A 290 GLY LEU ALA GLY CYS VAL GLY LEU LEU TYR ALA序列5 A 290 VAL GLY GLY ARG ASN ASN SER PRO ASP GLY ASN THR ASP序列6 A 290 SER SER ALA LEU ASP CYS轮胎ASN PRO MET THR ASN GLN序列7 A 290 TRP SER PRO CYS ALA PRO MET SER VAL PRO ARG ASN ARG序列8 A 290 ILE GLY VAL GLY VAL ILE ASP GLY HIS ILE TYR ALA VAL序列9是一个290 GLY的序列，他的GLY CYS是他的ASN序列序列10 A 290 ARG TYR GLU PRO GLU ARG ASP GLU TRP HIS LEU VAL ALA序列11 A 290 PRO MET LEU THR ARG ARG ILE GLY VAL GLY VAL ALA VAL序列12 A 290 LEU ASN ARG LEU TYR ALA VAL GLY GLY PHE ASP GLY序列13 A 290 THR ASN ARG LEU ASN SER ALA GLU CYS TYR PRO GLU序列14 A 290 ARG ASN GLU TRP ARG MET ILE THR ALA MET ASN THRILE序列15 A 290 ARG SER GLY ALA GLY VAL CYS VAL LEU HIS ASN CYS ILE序列16 A 290轮胎ALA ALA GLY GLY轮胎ASP GLY GLN ASP GLN LEU ASN序列17 A 290 SER VAL GLU ARG TYR ASP VAL ALA THR ALA THR TRP THR序列18 A 290 PHE VAL ALA PRO MET LYS HIS ARG ARG SER ALA LEU GLY序列19：一个290 ILE THR VAL HIS GLN GLY ARG ILE TYR VAL LEU GLY GLY序列20A 290轮胎ASP GLY HIS THR PHE LEU ASP SER VAL GLU CYS轮胎序列21 A 290 ASP PRO ASP THR ASP TRP SER GLU VAL THR ARG MET序列22 A 290 THR SER GLY ARG SER GLY-VAL GLY VAL ALA VAL THR MET序列23 A 290 GLU PRO SER ARG序列1 B 290 GLY ARG LEU ILE TYR THR ALA GLY GLY TYR PHE ARG GLNSEQRES 2 B 290 SER-LEU-SER-TYR-LEU-GLU-ALA-TYR-ASN-PRO-SER-ASP-GLY序列序列3 B 290 THR TRP LEU ARG LEU ALA ASP LEU GLN VAL PRO ARG SER序列4 B 290 GLY LEU ALA GLY CYS VAL GLY LEO TYR ALA序列5 B 290 VAL GLY GLY ARG ASN ASN SER PRO ASP GLY ASN THR ASP序列6 B 290 SER SER ALA LEU ASP CYS轮胎ASN PRO MET THR ASN GLN序列7 B 290 TRP SER PRO CYS ALA PRO MET SER VAL PRO ARG ASN ARG序列8 B 290 ILE GLY VAL GLY VAL ILE ASP GLY HIS ILE TYR ALA VAL序列9 B 290 GLY GLY SER HIS GLY CYS ILE HIS ASN SER VAL GLU序列10 B 290 ARG TYR GLU PRO GLU ARG ASP GLU TRP HIS LEU VAL ALA序列11 B 290 PRO MET LEU THR ARG ARG ILE GLY VAL GLY VAL ALA VAL序列12 B 290 LEU ASN ARG LEU LEU TYR ALA VAL GLY GLY PHE ASP GLY序列13 B 290 THR ASN ARG LEU ASN SER ALA GLU CYS TYR PRO GLU序列14 B 290 ARG ASN GLU TRP ARG MET ILE THR ALA MET ASN THRILE序列15 B 290 ARG SER GLY ALA GLY VAL CYS VAL LEU HIS ASN CYS ILE序列16 B 290轮胎ALA ALA GLY GLY轮胎ASP GLY GLN ASP GLN LEU ASN序列17 B 290 SER VAL GLU ARG TYR ASP VAL ALA THR ALA THR TRP THR序列18 B 290 PHE VAL ALA PRO MET LYS HIS ARG ARG SER ALA LEU GLY序列19 B 290 ILE THR VAL HIS GLN GLY ARG ILE TYR VAL LEU GLY序列20 B 290轮胎ASP GLY HIS THR PHE LEU ASP SER VAL GLU CYS轮胎序列21 B 290 ASP PRO ASP THR ASP TRP SER GLU VAL THR ARG MET序列22 B 290 THR SER GLY ARG SER GLY-VAL GLY VAL ALA VAL THR MET序列23 B 290 GLU PRO SER ARGSEQRES 1 P 11 ACE ALA ASP GLU GLU THR GLY GLU ALA NH2序列HET计轴评估器P 76 3HET NH2 P 86 1HET SO4 A 701 5型HETNAM ACE ACETYL集团HETNAM NH2 AMINO集团HETNAM SO4硫酸根离子表3 ACE C2 H4 O配方3 NH2 H2 N配方4 SO4 O4 S 2-配方5 HOH*111（H2 O）表1 AA1 2 ILE A 328 ALA A 331 0表2 AA1 2 GLY A 605 VAL A 608-1 O GLY A 60 5 N ALA 331表1 AA2 2 GLU A 343 TYR A 345 0表2 AA2 2 TRP A 352 ARG A 354-1 O LEU A 353 N ALA 344表1 AA3 4 ALA A 366 VAL A 370 0表2 AA3 4 LEU A 373 VAL A 377-1 O TYR A 375 N CYS A 368表3 AA3 4 LEU A 393 ASN A 397-1 O TYR A 396 N LEU A 374表4 AA3 4 GLN A 402 CYS A 406-1 O CYS A406 N LEU A 393表1 AA4 2 ARG A 380 SER A 383 0表2 AA4 2 GLY A 386 ASP A 389-1 O THR A 388 N ASN A 381表1 AA5 4 GLY A 417 VAL A 418 0表2 AA5 4 ILE A 425 VAL A 428-1 O VAL A 428 N GLY A 417表3 AA5 4 VAL A 440 TYR A 443-1 O TYR A443 N ILE A 425表4 AA5 4 HIS A 451 LEU A 452-1 O HIS A 45 1 N ARG A 442表1 AA6 2 SER A 431 HIS A 432 0表2 AA6 2 ILE A 435 HIS A 436-1 O ILE A 43 5 N HIS A 43 2表1 AA7 4 GLY A 464 LEU A 468 0表2 AA7 4 LEU A 471 VAL A 475-1 O VAL A 47 5 N GLY A 464表3 AA7 4 ALA 487 TYR A 491-1 O TYR B 490 N LEU A 472表4 AA7 4 GLU A 496 MET A 499-1 O ARG A 498 N CYS A 489表1 AA8 4 GLY A 511 LEU A 515 0表2 AA8 4 CYS A 518 ALA A 522-1 O TYR A 520 N CYS A513第3页第4页第534页第538-1页第537页第519页表4 AA8 4 THR A 543 PHE A 546-1 O THR A 54 5 N ARG A 536表1 AA9 4 GLY A 558 VAL A 561 0表2 AA9 4 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