头部蛋白质结合08-SEP-20 7K28标题人类KEAP1与NRF2肽ADEETGEFL结合的KELCH域压缩机模具ID：1；化合物2分子：类KELCH ECH相关蛋白1；压缩机3链条：A、B；化合物4异名：NRF2、INRF2、KELCH样蛋白19的细胞溶质抑制剂；压缩机5工程：是；压缩机6 MOL_ID:2；化合物7分子：NRF2肽，ADEETGEFL；压缩机8链条：P；压缩机9工程：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS；来源3有机物常见：人类；来源4 ORGANISM_TAXID:9606；来源5基因：KEAP1，INRF2，KIAA0132，KLHL19；来源6表达_系统：大肠杆菌；来源7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:562；来源8 MOL_ID:2；来源9合成：是；来源10有机科学：合成结构；来源11 ORGANISM_TAXID:32630KEYWDS肽抑制剂，抑制剂复合物，环模拟，蛋白质结合EXPDTA X射线衍射作者S.N.MUELLERS，K.N.ALLEN修订版2 23年10月18日7K28 1备注修订版1 07-APR-21 7K28 0JRNL授权P.C.ORTET，S.N.MUELLERS，L.A.VIARENGO-BAKER，K.STREU，JRNL授权2 B.R.SZYMCZYNA，A.B.BEELER，K.N.ALLEN，A.WHITTYJRNL TITL对A中KEAP1的NRF2约束亲缘关系的重新评估JRNL TITL 2环庚肽，由核磁共振、X射线晶体学指导，JRNL TITL 3和机器学习。JRNL参考J.AM-CHEM。SOC.V.143 3779 2021年JRNL参考ESSN 1520-5126JRNL PMID 33683866号JRNL DOI 10.1021/JACS.0C09799备注2备注2决议。2.15闸门。备注3备注3精炼。备注3计划：PHENIX 1.17.1_3660备注3作者：保罗·亚当斯（PAUL ADAMS）、帕夫尔·阿福宁（PAVEL AFONINE）、陈文森特（VINCENT CHEN）、伊恩（IAN）备注3:DAVIS、KRESHNA GOPAL、RALF GROSSE-KUNSTLEVE、，备注3:LI-WEI HUNG、ROBERT IMMORMINO、TOM IOERGER、，备注3:AIRLIE MCCOY、ERIK MCKEE、NIGEL MORIARTY、，备注3:REETAL PAI、RANDY READ、JANE RICHARDSON、，备注3：大卫·理查德森、托德·罗莫、吉姆·萨切蒂尼、，备注3:NICHOLAS SAUTER、JACOB SMITH、LAURENT备注3:STORONI、TOM TERWILLIGER、PETER ZWART备注3备注3细化目标：ML备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：2.15备注3分辨率范围低（安）：29.46备注3分钟（FOBS/SIGMA_FOBS）：1.380备注3范围完整性（%）：99.4备注3反射次数：40839备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3 R值（工作+测试集）：0.240备注3 R值（工作集）：0.239备注3自由R值：0.258备注3自由R值测试集大小（%）：4.910备注3 FREE R值测试集计数：2007备注3备注3：符合炼油厂使用的数据（在箱子中）。备注3箱子分辨率范围复杂。无功无功备注3 1 29.4600-5.1700 1.00 2870 147 0.2274 0.2411备注3 2 5.1700-4.1000 1.00 2825 148 0.1675 0.1846备注3 3 4.1000-3.5900 1.00 2802 146 0.2036 0.2362备注3 4 3.5900-3.2600 1.00 2773 144 0.2418 0.2394备注3 5 3.2600-3.0300 1.00 2818 145 0.2606 0.2903备注3 6 3.0300-2.8500 1.00 2752 149 0.2624 0.2791备注3 7 2.8500-2.7100 1.00 2821 141 0.2701 0.2839备注3 8 2.7100-2.5900 1.00 2747 137 0.2939 0.3425备注3 9 2.5900-2.4900 1.00 2817 149 0.2956 0.3205备注3 10 2.4900-2.4000 1.00 2757 139 0.2991 0.3527备注3 11 2.4000-2.3300 1.00 2777 145 0.2832 0.2839备注3 12 2.3300-2.2600 1.00 2753 140 0.2972 0.3453备注3 13 2.2600-2.2000 1.00 2764 149 0.2831 0.3232备注3 14 2.2000-2.1500 0.93 2556 128 0.3053 0.3206备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法：扁平散装溶剂模型备注3溶剂半径：1.11备注3收缩半径：0.90备注3 K_SOL：空备注3 B_SOL：空备注3备注3错误估计。备注3坐标误差（基于最大似然）：0.340备注3相位误差（基于最大似然度）：28.520备注3备注3 B值。威尔逊地块备注3:45.56备注3平均B值（总体，A**2）：45.56备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：空备注3 B22（A**2）：空备注3 B33（A**2）：空备注3 B12（A**2）：空备注3 B13（A**2）：空备注3 B23（A**2）：空备注3备注3结对信息。备注3分数：空备注3运算符：空备注3记下与理想值的3个偏差。备注3 RMSD计数备注3债券：NULL NULL备注3角度：NULL NULL备注3手性：NULL NULL备注3平面度：NULL NULL备注3 DIHEDRAL:NULL NULL备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数：空备注3备注3 NCS细节备注3 NCS组数：空备注3备注3其他精炼备注：空备注4备注4 7K28符合格式V.3.30，2011年7月13日备注100备注100本条目已由RCSB于20年9月9日处理。备注100存款ID为D_1000250595。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：2019年11月22日备注200温度（开尔文）：100备注200 PH:NULL备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步器（是/否）：是备注200辐射源：NSLS-II备注200梁线：17-ID-1备注200 X射线发生器型号：空备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：0.9201备注200单色仪：空备注200光学器件：空备注200备注200探测器类型：像素备注200探测器制造商：DECTRIS EIGER X 9M备注200强度集成软件：HKL-2000备注200数据缩放软件：HKL-2000备注200备注200独特反射次数：40840备注200分辨率范围高（A）：2.150备注200分辨率范围低（A）：29.460备注200拒绝标准（SIGMA（I））：空备注200总体评论200。备注200范围（%）的完整性：99.7备注200数据冗余：2.000备注200合并（I）:0.03949备注200 R SYM（I）：空备注200数据集：11.3500备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）：2.15备注200最高分辨率外壳，范围低（A）：2.23备注200壳体完整性（%）：98.1在外壳中备注200数据冗余：2.00备注200 R壳体合并（I）：0.29630外壳（I）的备注200 R符号：空备注200壳体：2.020备注200备注200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换备注200使用的软件：PHENIX备注200启动型号：5WFL备注200备注200备注：空备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS（%）：58.24备注280马修斯系数，VM（角度**3/DA）：2.95备注280备注280结晶条件：1.2-1.5 M硫酸铵，0.5-0.7%备注280 PEG-MME-550，0.1 M BIS-TRIS PH=6.0-6.5，蒸汽扩散，备注280吊坠，温度295K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子：C 1 2 1备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X、Y、-Z备注290 3555 X+1/2，Y+1/2，Z备注290 4555-X+1/2，Y+1/2，-Z备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 3 1.0000000.000000 0.000000 81.00400备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 34.30750备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 4-1.00000000.000000 0.000000 81.00400备注290 SMTRY2 4 0.000000 1.0000000.000000 34.30750备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290REMARK 290备注：空备注300备注300生物分子：1、2备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义上的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：单体备注350软件确定的四元结构：单数备注350使用的软件：PISA备注350总埋表面积：0埃**2备注复合体的350表面积：11700安**2备注350无溶剂能量变化：0.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：A备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：2备注350作者确定的生物单位：DIMERIC备注350软件确定的四元结构：DIMERIC备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：960安**2备注复合体的350表面积：11870安**2备注350无溶剂能量变化：1.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：B、P备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物不在备注465实验。（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注465标识符；SSSEQ=序列号；I=插入代码。）备注465备注465 M RES C SSSEQI备注465 GLY A 325备注465 MET A 610备注465 GLU A 611备注465 PRO A 612备注465 SER A 613备注465 ARG A 614备注465 GLY B 325备注465 MET B 610备注465 GLU B 611备注465专业版612备注465 SER B 613备注465 ARG B 614备注465 ACE P 75备注465 NH2 P 85备注470备注470缺少原子备注470以下残基具有缺失的原子（M＝型号；备注470 RES=剩余名称；C=链标识符；SSEQ=序列号；备注470 I=插入代码）：备注470 M RES CSSEQI ATOMS备注470 ARG A 336 CG CD NE CZ NH1 NH2备注470 ASP A 385 CG OD1 OD2备注470 HIS B 516 CG ND1 CD2 CE1 NE2备注500评论500几何学和立体化学备注500副标题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重温。结构4，1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 LEU A 355-166.10-109.28备注500 ASN A 387 73.16-156.93备注500 HIS A 516-117.97 55.34备注500 GLN A 528-43.80-130.55备注500他的A 575-40.27-138.22备注500 PHE B 335 72.94-150.95备注500 LEU B 355-166.63-109.08备注500 ASN B 387 71.44-158.29备注500 HIS B 516-119.56 57.09备注500 GLN B 528-40.26-132.39备注500 VAL B 547-155.90-102.67备注500 HIS B 575-37.71-140.20备注500备注500备注：空DBREF 7K28 A 325 614 UNP Q14145 KEAP1_HUMAN 325 616号文件DBREF 7K28 B 325 614 UNP Q14145 KEAP1_HUMAN 325 616号文件数据库参考号7K28 P 75 85 PDB 7K28 7K28 75 85SEQADV 7K28 ALA A 540 UNP Q14145 GLU 540冲突SEQADV 7K28 ALA A 542 UNP Q14145 GLU 542冲突SEQADV 7K28 SER A 613 UNP Q14145 CYS 613冲突SEQADV 7K28 ALA B 540 UNP Q14145 GLU 540冲突SEQADV 7K28 ALA B 542 UNP Q14145 GLU 542冲突SEQADV 7K28 serb 613 UNP Q14145 CYS 613冲突序列1 A 290 GLY ARG LEU ILE TYR THR ALA GLY GLY TYR PHE ARG GLN序列2 A 290 SER LEU SER TYR LEU GLU ALA TYR ASN PRO SER ASP GLY序列3 A 290 THR TRP LEU ARG LEU ALA ASP LEU GLN VAL PRO ARG SER序列4 A 290 GLY LEU ALA GLY CYS VAL GLY LEO TYR ALA序列5 A 290 VAL GLY GLY ARG ASN ASN SER PRO ASP GLY ASN THR ASP序列6 A 290 SER SER ALA LEU ASP CYS轮胎ASN PRO MET THR ASN GLN序列7 A 290 TRP SER PRO CYS ALA PRO MET SER VAL PRO ARG ASN ARG序列8 A 290 ILE GLY VAL GLY VAL ILE ASP GLY HIS ILE TYR ALA VAL序列9一个290 GLY GLY SER HIS GLY CYS ILE HIS ASN SER VAL GLU序列10 A 290 ARG TYR GLU PRO GLU ARG ASP GLU TRP HIS LEU VAL ALA序列11 A 290 PRO MET LEU THR ARG ARG ILE GLY VAL GLY VAL ALA VAL序列12 A 290 LEU ASN ARG LEU TYR ALA VAL GLY GLY PHE ASP GLY序列13 A 290 THR ASN ARG LEU ASN SER ALA GLU CYS TYR PRO GLU序列14 A 290 ARG ASN GLU TRP ARG MET ILE THR ALA MET ASN THRILE序列15 A 290 ARG SER GLY ALA GLY VAL CYS VAL LEU HIS ASN CYS ILE序列16 A 290轮胎ALA ALA GLY GLY轮胎ASP GLY GLN ASP GLN LEU ASN序列17 A 290 SER VAL GLU ARG TYR ASP VAL ALA THR ALA THR TRP THR序列18 A 290 PHE VAL ALA PRO MET LYS HIS ARG ARG SER ALA LEU GLY序列19：一个290 ILE THR VAL HIS GLN GLY ARG ILE TYR VAL LEU GLY GLYSEQRES 20 A 290 TYR ASP GLY他的THR PHE LEU ASP SER VAL GLU CYS TYR序列21 A 290 ASP PRO ASP THR ASP TRP SER GLU VAL THR ARG MET序列22 A 290 THR SER GLY ARG SER GLY-VAL GLY VAL ALA VAL THR MET序列23 A 290 GLU PRO SER ARG序列1 B 290 GLY ARG LEU ILE TYR THR ALA GLY GLY TYR PHE ARG GLN序列2 B 290 SER LEU SER TYR LEU GLU ALA TYR ASN PRO SER ASP GLY序列3 B 290 THR TRP LEU ARG LEU ALA ASP LEU GLN VAL PRO ARG SER序列4 B 290 GLY LEU ALA GLY CYS VAL GLY LEU LEU TYR ALA序列5 B 290 VAL GLY GLY ARG ASN ASN SER PRO ASP GLY ASN THR ASP序列6 B 290 SER SER ALA LEU ASP CYS轮胎ASN PRO MET THR ASN GLN序列7 B 290 TRP SER PRO CYS ALA PRO MET SER VAL PRO ARG ASN ARG序列8 B 290 ILE GLY VAL GLY VAL ILE ASP GLY HIS ILE TYR ALA VAL序列9 B 290 GLY GLY SER HIS GLY CYS ILE HIS ASN SER VAL GLU序列10 B 290 ARG TYR GLU PRO GLU ARG ASP GLU TRP HIS LEU VAL ALA序列11 B 290 PRO MET LEU THR ARG ARG ILE GLY VAL GLY VAL ALA VAL序列12 B 290 LEU ASN ARG LEU LEU TYR ALA VAL GLY GLY PHE ASP GLY序列13 B 290 THR ASN ARG LEU ASN SER ALA GLU CYS TYR PRO GLU序列14 B 290 ARG ASN GLU TRP ARG MET ILE THR ALA MET ASN THRILE序列15 B 290 ARG SER-GLY ALA GLY VAL CYS VAL LEU HIS ASN CYS ILE序列16 B 290轮胎ALA ALA GLY GLY轮胎ASP GLY GLN ASP GLN LEU ASN序列17 B 290 SER VAL GLU ARG TYR ASP VAL ALA THR ALA THR TRP THR序列18 B 290 PHE VAL ALA PRO MET LYS HIS ARG ARG SER ALA LEU GLY序列19 B 290 ILE THR VAL HIS GLN GLY ARG ILE TYR VAL LEU GLY GLY序列20 B 290轮胎ASP GLY HIS THR PHE LEU ASP SER VAL GLU CYS轮胎序列21 B 290 ASP PRO ASP THR ASP TRP SER GLU VAL THR ARG MET序列22 B 290 THR SER GLY ARG SER GLY-VAL GLY VAL ALA VAL THR MET序列23 B 290 GLU PRO SER ARG序列1 P 11 ACE ALA ASP GLU GLU THR GLY GLU PHE LEU NH2表1 AA1 4 TRP A 352 ARG A 354 0表2 AA1 4 LEU A 342 TYR A 345-1 N ALA 344 O LEU A 353表3 AA1 4 LEU A 327 ALA A 331-1 N THR A 330 O GLU A 343表4 AA1 4 GLY A 605 THR A 609-1 O THR A 699 N LEU A 327表1 AA2 4 ALA A 366 VAL A 370 0表2 AA2 4 LEU A 373 VAL A 377-1 O TYR A 375 N CYS A 368表3 AA2 4 LEU A 393 TYR A 396-1 O TYR A396 N LEU A 374表4 AA2 4 TRP A 403 PRO A 405-1 O SER A 404 N CYS A 395表1 AA3 2 ARG A 380 SER A 383 0表2 AA3 2 GLY A 386 ASP A 389-1 O THR A 388 N ASN A 381表1 AA4 GLY A 417 ILE A 421 0表2 AA4 4 HIS A 424 VAL A 428-1 O VAL A 128 N GLY A 417表3 AA4 4 VAL A 440 GLU A 444-1 O GLU A 44 1 N ALA 427表4 AA4 4 GLU A 449 VAL A 453-1 O HIS A 451 N ARG A 442表1 AA5 2 SER A 431 HIS A 432 0表2 AA5 2 ILE A 435 HIS A 436-1 O ILE A 43 5 N HIS A 43 2表1 AA6 4 GLY A 464 LEU A 468 0表2 AA6 4 LEU A 471 PHE A 478-1 O TYR A 473 N ALA A 466表3 AA6 4 ARG A 483 TYR A 491-1 O TYR B 490 N LEU A 472表4 AA6 4 GLU A 496 MET A 499-1 O ARG A 498 N CYS A 489表1 AA7 4 GLY A 511 LEU A 515 0表2 AA7 4 CYS A 518 ALA A 522-1 O TYR A 520 N CYS A513表3 AA7 4 VAL A 534 ASP A 538-1 O GLU A 535 N ALA 521表4 AA7 4穿过A 543 VAL A 547-1 O穿过A 545 N ARG A 536表1 AA8 4 GLY A 558 HIS A 562 0表2 AA8 4 ARG A 565 LEU A 569-1 O LEU A 559 N GLY A 558表3 AA8 4 SER A 580 ASP A 585-1 O GLU A 582 N VAL A 568表4 AA8 4 THR A 590 ARG A 596-1 O SER A 592 N CYS A 583表1 AA9 4 THR B 351 ARG B 354 0表2 AA9 4 LEU B 342 ASN B 346-1 N ALA B 344 O LEU B 353第3页AA9 4 LEU B 327 ALA B 331-1 N ILE B 328 O TYR B 345表4 AA9 4 GLY B 605 THR B 609-1 O GLY B 60 5 N ALA B 331表1 AB1 4 ALA B 366 VAL B 370 0表2 AB1 4 LEU B 373 VAL B 377-1 O TYR B 375 N CYS B 368表3 AB1 4 LEU B 393 TYR B 396-1 O TYR B396 N LEU B 374表4 AB1 4 TRP B 403 PRO B 405-1 O SER B 404 N CYS B 395表1 AB2 2 ARG B 380 SER B 383 0表2 AB2 2 GLY B 386 ASP B 389-1 O GLY B 3806 N SER B 383表1 AB3 4 GLY B 417 ILE B 421 0表2 AB3 4 HIS B 424 VAL B 428-1 O TYR B 426 N GLY B 419表3 AB3 4 VAL B 440 GLU B 444-1 O GLU B 44 1 N ALA B 427表4 AB3 4 GLU B 449 VAL B 453-1 O HIS B 451 N ARG B 442表1 AB4 2 SER B 431 HIS B 432 0表2 AB4 2 ILE B 435 HIS B 436-1 O ILE B 43 5 N HIS B 43表1 AB5 4 GLY B 464 LEU B 468 0表2 AB5 4 LEU B 471 PHE B 478-1 O TYR B 473 N ALA B 466表3 AB5 4 ARG B 483轮胎B 491-1 O轮胎B 490 N LEU B 472表4 AB5 4 GLU B 496 MET B 499-1 O GLU B 466 N TYR B 491表1 AB6 4 GLY B 511 LEU B 515 0表2 AB6 4 CYS B 518 ALA B 522-1 O ALA B 52 2 N 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