标题蛋白酶抑制剂14-SEP-04 1W7Z自由（未复合）铕弹性体的晶体结构标题2胰蛋白酶抑制剂（EETI-II）压缩机模具ID：1；化合物2分子：胰蛋白酶抑制剂II；压缩机3链条：A、B、C、D、E、F、G、H；合成4同义词：EETI-II；压缩机5工程：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC：ECBALLIUM ELATERIUM；资料来源3 ORGANISM_COMMON：爆竹；来源4 ORGANISM_TAXID:3679；来源5表达_系统：大肠杆菌；来源6 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:562；来源7 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN:W3110；来源8 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID：PLZPWB-ETI-IIKEYWDS SQUASH种子抑制剂、胱氨酸结、ECBALLIUM ELATERIUM、胰蛋白酶、，KEYWDS 2蛋白酶抑制剂EXPDTA X射线衍射作者R.KRAETZNER、J.E.DEBRECZENI、T.PAPE、H.KOLMAR、T.R.SCHNEIDER、I.USON，作者2 G.M.SCHELDRICK修订版3 13-DEC-23 1W7Z 1链路修订版2 2009年2月24日1W7Z 1版本修订版1 01-NOV-05 1W7Z 0JRNL授权人R.KRAETZNER、J.E.DEBRECZENI、T.PAPE、T.R.SCHNEIDER、A.WENTZEL，JRNL AUTH 2 H.KOLMAR，G.M.SCHELDRICK，I.USON公司弹性胰蛋白酶抑制剂Ⅱ的JRNL标题结构JRNL TITL 2（EETI-II）：刚性分子脚手架JRNL参考ACTA晶体。，第节。2005年版61 1255JRNL参考ISSN 0907-4449JRNL PMID 16131759JRNL内政部10.1107/S0907444905021207备注2备注2决议。1.67角度。备注3备注3精炼。备注3计划：REFMAC 5.2.0005备注3作者：穆舒多夫、斯库巴克、勒贝德夫、潘努、斯坦纳，备注3:NICHOLLS、WINN、LONG、VAGIN备注3备注3精炼目标：最大可能性备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：1.67备注3分辨率范围低（安）：55.13备注3数据截止（SIGMA（F））：空备注3范围完整性（%）：96.9备注3反射次数：33780备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3交叉验证方法：通关备注3自由R值测试集选择：随机备注3 R值（工作+测试集）：0.197备注3 R值（工作集）：0.194备注3自由R值：0.235备注3自由R值测试集大小（%）：5.000备注3自由R值测试集计数：1779备注3在最高分辨率的箱子中备注3。备注3使用的箱子总数：20备注3箱子分辨率范围高（A）：1.67备注3箱子分辨率范围低（A）：1.72备注3箱子中的反射（工作装置）：1769备注3箱子完整性（工作+测试）（%）：空备注3 BIN R值（工作集）：0.2310备注3无箱R值设置计数：95备注3无箱R值：0.2620备注3备注3炼油中使用的非氢原子数量。备注3个蛋白质原子：1666备注3核酸原子：0备注3异质原子：12备注3溶剂原子数：130备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3（A**2）：空备注3平均B值（总体，A**2）：28.69备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：-1.21000备注3 B22（A**2）：-0.13000备注3 B33（A**2）：1.64000备注3 B12（A**2）:0.00000备注3 B13（A**2）：0.31000备注3 B23（A**2）：0.00000备注3备注3估计总体坐标误差。备注3基于R值（A）的ESU：0.112备注3基于自由R值的ESU（A）:0.095备注3基于最大可能性（A）的ESU：0.067备注3基于最大似然的B值ESU（A**2）：4.394备注3备注3相关系数。备注3相关系数FO-FC:0.950备注3相关系数FO-FC自由：0.929备注3备注3 RMS与理想值的偏差计算RMS权重备注3精炼原子的键长（A）：1802；0.020 ; 0.022备注3粘结长度其他（A）：1632；0.006 ; 0.020备注3精炼原子的键角（度）：2434；1.814 ; 2.002备注3粘合角其他（度）：3838；1.035 ; 3备注3扭转角，周期1（度）：240；6.256 ; 5备注3扭转角，周期2（度）：62；30.652 ;22.581备注3扭转角，周期3（度）：281；15.380 ;15备注3扭转角，周期4（度）：19；16.179 ;15备注3手心约束（A**3）：263；0.138 ; 0.200备注3精炼原子总平面图（A）：1984；0.007 ; 0.020备注3总平面其他（A）：331；0.001 ; 0.020备注3精炼原子非键合接触（A）：387；0.247 ; 0.200备注3非粘结触点其他（A）：1635；0.214 ; 0.200备注3非键合扭转精制原子（A）：864；0.176 ; 0.200备注3非粘结扭转其他（A）：1163；0.130 ; 0.200备注3氢键（X…Y）精炼原子（A）:91；0.172 ; 0.200备注3氢键（X…Y）其他（A）：空；无效的；无效的备注3潜在金属离子精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3潜在金属离子其他（A）：空；无效的；无效的备注3对称VDW精炼原子（A）：35；0.343 ; 0.200备注3对称VDW其他（A）:55；0.286 ; 0.200备注3对称氢键精炼原子（A）：11；0.529 ; 0.200备注3对称氢键其他（A）：空；无效的；无效的备注3对称金属离子精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3对称金属离子其他（A）：空；无效的；无效的备注3备注3各向异性热因子限制。计算RMS重量备注3主链键精炼原子（A**2）：1232；1.865 ; 1.500备注3主链键其他原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3主链角精炼原子（A**2）：1951；2.954 ; 2备注3主链角其他原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3侧链键精细原子（A**2）:570；3.636 ; 3备注3侧链键其他原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3精炼原子侧链角（A**2）：480；5.513 ; 4.500备注3其他原子的侧链角（A**2）：空；无效的；无效的备注3长程B精炼原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3远程B其他原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3备注3各向异性热因子约束。计算RMS重量备注3刚性约束（A**2）：无效；无效的；无效的备注3球性；自由原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3球性；结合原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3备注3 NCS约束统计备注3不同NCS组的数量：空备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数：空备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法：带面罩的BABINET模型备注3遮罩计算参数备注3 VDW探头半径：1.20备注3离子探针半径：0.80备注3收缩半径：0.80备注3备注3其他炼油备注：骑行中添加了氢气记下3个位置。备注4备注4 1W7Z符合格式V.3.30，2011年7月13日备注100备注100本条目已由PDBE于2004年9月14日处理。备注100存款ID为D_129021043。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：2003年5月16日备注200温度（开尔文）：100.0备注200 PH:4.60备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步器（是/否）：是备注200辐射源：BESSY备注200梁线：14.2备注200 X射线发生器型号：空备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：0.900备注200单色仪：空备注200光学：镜子备注200备注200探测器类型：图像板备注200探测器制造商：MAR扫描仪345 MM板备注200强度集成软件：DENZOremark200数据缩放软件：saabs备注200备注200独特反射次数：35516备注200分辨率范围高（A）：1.680备注200分辨率范围低（A）：55.130备注200拒绝标准（SIGMA（I））：3.000备注200总体评论200。备注200范围完整性（%）：96.0备注200数据冗余：4.400备注200 R合并（I）:0.07000备注200 R SYM（I）：空备注200对于数据集：14.0000备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）：1.68备注200最高分辨率外壳，范围低（A）：1.80备注200壳体完整性（%）：99.0在外壳中备注200数据冗余：3.75备注200 R合并外壳（I）：0.43000壳体注释200 R SYM（I）：空备注200对于壳体：3.000备注200备注200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换备注200使用的软件：PHASER备注200启动型号：PDB ENTRY 1H9H备注200备注200备注：空备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS（%）：48.00备注280马修斯系数，VM（角**3/DA）：2.58备注280备注280结晶条件：2M NA-甲酸盐0.1 M NA-乙酸盐PH4.6，备注280 PH 4.60备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子：C 1 2 1备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X、Y、-Z备注290 3555 X+1/2，Y+1/2，Z备注290 4555-X+1/2，Y+1/2，-Z备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290平方米1 3 1.000000 0.000000 0.000000 35.58000备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 41.17000备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 4-1.00000000.000000 0.000000 35.58000备注290 SMTRY2 4 0.000000 1.000000 0.000000 41.17000备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注：空备注300备注300生物分子：1、2、3备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋表面积。备注300备注：蛋白质的四级结构是备注300相信是六边形。链A到F形成备注300六边形，鉴于链G和H未遵守任何备注300非结晶对称性。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义上的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：HEXAMERIC备注350软件确定的四元结构：六边形备注350使用的软件：PQS备注350将以下内容应用于链条：A、B、C、D、E、F备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：2备注350作者确定的生物单位：单体备注350软件确定的四元结构：单数备注350使用的软件：PQS备注350将以下内容应用于链条：G备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：3备注350作者确定的生物单位：单体备注350软件确定的四元结构：单数备注350使用的软件：PQS备注350将以下内容应用于链条：H备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失的残留物备注465以下残留物不在备注465实验。（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注465标识符；SSSEQ=序列号；I=插入代码。）备注465备注465 M RES C SSSEQI备注465 ALA E 31备注465 ALA G 31备注465 ALA H 31备注470备注470缺少原子备注470以下残留物缺少原子（M=型号；备注470 RES=剩余名称；C=链标识符；SSEQ=序列号；备注470 I=插入代码）：备注470 M RES CSSEQI ATOMS备注470 LYS C 10 CD CE NZ备注470 ASN C 24 CG OD1 ND2备注470 LYS E 10 CD CE NZ备注470 ARG G 4 CG CD NE CZ NH1 NH2备注470 ARG H 4 CG CD NE CZ NH1 NH2备注470 PRO H 30 C O备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：同一非对称单元中的紧密接触备注500备注500以下原子紧密接触。备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES S C SSEQUI距离备注500 OE1 GLN B 11 O HOH B 2010 1.15备注500 CD GLN B 11 O HOH B 2010 1.78备注500 O GLY E 1 O HOH E 2001 1.94备注500 NE2 GLN B 11 O HOH B 2010 2.09备注500 N GLY G 1 O HOH G 2001 2.10备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：同等保函长度备注500备注500以下残留物的立体化学参数备注500的值与预期值相差更多备注500大于6*RMSD（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注500标识符；SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，2（A3,1X，A1，I4，A1,1X，A4,3X），1X，F6.3）备注500备注500预期值蛋白质：ENGH和HUBER，1999备注500预期值核酸：CLOWNEY等人，1996年备注500备注500米RES CSSEQI ATM1 RES CSEQI ATM2偏差备注500 CYS B 2 CB CYS B2 SG-0.111备注500 CYS E 2 CB CYS E 2 SG-0.158备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500副标题：共价键角度备注500备注500以下残留物的立体化学参数备注500的值与预期值相差更多备注500大于6*RMSD（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注500标识符；SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,3（1X，A4,2X），12X，F5.1）备注500备注500预期值蛋白质：ENGH和HUBER，1999备注500预期值核酸：CLOWNEY等人，1996年备注500备注500米RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3备注500 GLN B 11 CB-CA-C ANGL。偏差=13.3度备注500 GLN B 11 CB-CA-C ANGL。偏差=-12.3度备注500 ARG C 4 NE-CZ-NH1 ANGL。偏差=4.1度备注500 ARG D 4 NE-CZ-NH2 ANGL。偏差=-3.6度备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500主题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I＝插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重温。结构4，1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 ARG D 4 38.33-99.63备注500备注500备注：空备注525备注525溶剂备注525备注525溶剂分子具有链标识符备注525表示聚合物链，其中聚合物链最多备注525密切相关。备注列出了所有溶剂请记住525个分子，它们与备注525最近的聚合物链（M=型号；备注525 RES=剩余名称；C=链标识符；SSEQ=序列备注525编号；I=插入代码）：备注525备注525 M RES CSSEGI备注525 G2002距离=6.31安备注620备注620金属协调备注620（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注620 SSEQ=序列号；I=插入代码）：备注620备注：M RES CSSEGI金属620协调角备注620 NA A1032 NA备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 SER A 13 O备注620 2 CYS A 15 O 118.4备注620 3 SER B 13 O 123.0 101.7备注620 4 CYS B 15 O 88.5 109.1 115.8备注620 N 1 2 3备注620备注：M RES CSSEGI金属620协调角备注620 NA C1032 NA备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 SER C 13 O备注620 2 CYS C 15 O 120.1备注620 3 SER D 13 O 122.2 84.7备注620 4第15页第104.3页第109.1页第115.7页备注620 N 1 2 3备注620备注：M RES CSSEGI金属620协调角备注620 NA E1031 NA备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 SER E 13 O备注620 2 CYS E 15 O 116.5备注620 3 SER F 13 O 120.3 85.6备注620 4 CYS F 15 O 105.8 110.7 117.0备注620 N 1 2 3备注800备注800站点备注800站点标识符：AC1备注800证据_代码：软件备注800场地_描述：残留物粘结场地NA A1032备注800备注800站点标识符：AC2备注800证据_代码：软件备注800场地_描述：残留物NA C1032的结合场地备注800备注800站点标识符：AC3备注800证据_代码：软件备注800场地_描述：残留物粘结场地NA E1031备注800备注800站点标识符：AC4备注800证据_代码：软件备注800场地_描述：剩余FMT B1032的结合场地备注800备注800站点标识符：AC5备注800证据_代码：软件备注800场地_描述：剩余FMT D1032的结合场地备注800备注800站点标识符：AC6备注800证据_代码：软件备注800场地_说明：剩余FMT F1032的结合场地备注900备注900个相关条目备注900相关ID:1H9H相关DB:PDB备注900 EETI-II与猪胰蛋白酶复合物备注900相关ID:1H9I相关DB:PDBEETI-II突变体与猪胰蛋白酶的remark900复合物备注900相关ID:2C4B相关DB:PDBREMARK 900抑制剂胱氨酸结蛋白MCOEETI催化融合备注900未激活BARNASE突变株H102A备注900相关ID:2ETI相关DB:PDB备注900胰蛋白酶抑制剂II（EETI II）备注900相关ID:2LET相关DB:PDB用ILE 5替换为LEU（I5L）（NMR，备注900 20结构）DBREF 1W7Z A 1 31 UNP P12071 ITR2_ECBEL 1 31DBREF 1W7Z B 1 31 UNP P12071 ITR2_ECBEL 1 31DBREF 1W7Z C 1 31 UNP P12071 ITR2_ECBEL 1 31DBREF 1W7Z D 1 31 UNP P12071 ITR2_ECBEL 1 31DBREF 1W7Z E 1 31 UNP P12071 ITR2_ECBEL 1 31DBREF 1W7Z F 1 31 UNP P12071 ITR2_ECBEL 1 31DBREF 1W7Z G 1 31 UNP P12071 ITR2_ECBEL 1 31DBREF 1W7Z H 1 31 UNP P12071 ITR2_ECBEL 1 31序列1 A 31 GLY CYS PRO ARG ILE LEU ILE ARG CYS LYS GLN ASP SER序列2 A 31 ASP CYS LEU ALA GLY CYS VAL CYS GLY PRO ASN GLY PHE序列3 A 31 CYS GLY SER PRO ALA序列1 B 31 GLY CYS PRO ARG ILE LEU ILE ARG CYS LYS GLN ASP SERSEQRES 2 B 31天冬氨酸半胱氨酸亮氨酸天冬氨酸半胱氨酸天冬氨酸半胱氨酸天冬氨酸甘氨酸脯氨酸天冬氨酸甘氨酸苯丙氨酸序列3 B 31 CYS GLY SER PRO ALA序列1 C 31 GLY CYS PRO ARG ILE LEU ILE ARG CYS LYS GLN ASP SER序列2 C 31 ASP CYS LEU ALA GLY CYS VAL CYS GLY PRO ASN GLY PHE序列3 C 31 CYS GLY SER PRO ALA序列1 D 31 GLY CYS PRO ARG ILE LEU ILE ARG CYS LYS GLN ASP SER序列2 D 31 ASP CYS LEU ALA GLY CYS VAL CYS GLY PRO ASN GLY PHE序列3 D 31 CYS GLY SER PRO ALA序列1 E 31 GLY CYS PRO ARG ILE LEU ILE ARG CYS LYS GLN ASP SER序列2 E 31 ASP CYS LEU ALA GLY CYS VAL CYS GLY PRO ASN GLY PHE序列3 E 31 CYS GLY SER PRO ALA序列1 F 31 GLY CYS PRO ARG ILE LEU ILE ARG CYS LYS GLN ASP SER序列2 F 31 ASP CYS LEU ALA GLY CYS VAL CYS GLY PRO ASN GLY PHE序列3 F 31 CYS GLY SER PRO ALASEQRES 1 G 31甘氨酸半胱氨酸蛋白酶原-精氨酸亮氨酸-精氨酸半胱氨酸蛋白酶赖氨酸甘氨酸天冬氨酸丝氨酸序列2 G 31 ASP CYS LEU ALA 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