两种RC1339/APRc结构的晶体结构柯诺里立克次体由105-231或110-231残基和His标记组成，已确定为三种不同的晶体形式。正如预测的那样，APRc单体的折叠类似于逆转录病毒胃蛋白酶样天冬氨酸蛋白酶（逆转录胃蛋白酶）的强制性同二聚体的一半，但APRc二聚体四级结构不同于典型逆转录胃酶的四级结构。观察到的二聚体很可能是表达和/或结晶条件的伪影，因为它不能支持先前报道的这种细菌天冬氨酸蛋白酶的酶活性。然而，每个单体核心的折叠与各种逆转录病毒的逆转录酶折叠以及胃蛋白酶样真核酶的单一结构域密切相关，可能代表单体和二聚体天冬氨酸蛋白酶的假定共同祖先。
