晶体结构放线杆菌肌酸酰胺水解酶已通过分子置换解决。氨基酸序列是根据晶体结构推导出来的。晶体属于空间群我222，带单位-细胞参数一= 111.26 (3),b= 113.62 (4),c（c）=191.65（2）Ω，并且在不对称单元中包含两个分子。该结构被改进为R（右）系数为18.8%，分辨率为2.7º。晶体结构包含402个残基和118个水分子的二聚体。蛋白质结构是双叶的，由一个小的N末端结构域和一个大的C末端结构域组成。C末端结构域有一个点状褶皱，类似于恶臭假单胞菌肌酸酶、脯氨酸氨肽酶和蛋氨酸氨肽酶类。与复合晶体结构的比较恶臭杆菌肌酸酶显示放线杆菌肌酸酶可能与恶臭杆菌肌酸酶。
