LIPIcs,第105卷

第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)



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CPM 2018,2018年7月2-4日,中国青岛

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冈萨洛·纳瓦罗
大卫·桑科夫
滨海朱

出版物详细信息

  • 发布时间:2018-05-18
  • 出版商:Schloss Dagstuhl–Leibniz Zentrum für Informatik
  • ISBN:978-3-95977-074-3
  • DBLP:数据库/conf/cpm/cpm2018

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完整卷
LIPIcs,第105卷,CPM’18,完整卷

作者:冈萨洛·纳瓦罗(Gonzalo Navarro)、大卫·桑科夫(David Sankoff)和朱斌海(Binhai Zhu)


摘要
LIPIcs,第105卷,CPM’18,完整卷

引用为

第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)。莱布尼茨国际信息学会议录(LIPIcs),第105卷,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{navarro_et_al:LIPIcs.CPM.2018,title={{LIPIcs,第105卷,CPM'18,完整卷}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018},URN={URN:nbn:de:0030-drops-89341},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018},annote={关键词:计算数学,离散数学,信息理论,信息系统,信息检索,计算理论}}
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前部物质
封面、目录、前言、会议组织

作者:冈萨洛·纳瓦罗(Gonzalo Navarro)、大卫·桑科夫(David Sankoff)和朱斌海(Binhai Zhu)


摘要
封面、目录、前言、会议组织

引用为

第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第0:i-0:xvi页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息技术学院(2018)


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@会议记录{navarro_et_al:LIPIcs.CPM.2018.0,author={Navarro、Gonzalo和Sankoff、David和Zhu,滨海},title={前面的问题,目录,序言,会议组织}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页面={0:i--0:xvi},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.0},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86849},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.0},注释={关键词:前言、目录、前言、会议组织}}
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最大公共子序列算法

作者:酒井义夫


摘要
如果向子序列中插入任何字符都无法再生成两个字符串的公共子序列,则两个字符串共同的子序列是最大的。本文提出了一种(子)线性时间、线性空间算法来寻找两个字符串的最大公共子序列,并提出了一种线性时间算法来确定两个字符串的公共子序列是否最大。

引用为

酒井义夫。最大公共子序列算法。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第1:1-1:10页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{酒井:LIPIcs.CPM.2018.1,作者={Sakai,Yoshifumi},title={{最大公共子序列算法}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={1:1--1:10},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.1},URN={URN:nbn:de:00030-drops-87079},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.1},annote={关键词:算法,字符串比较,最长公共子序列,受约束的最长公共子序列}}
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顺序保留模式匹配不确定字符串

作者:Rui Henriques、Alexandre P.Francisco、Luís M.s.Russo和Hideo Bannai


摘要
给定一个不确定的字符串模式p和一个不定的字符串文本t,带有字符不确定性的顺序保护模式匹配(muOPPM)的问题是找到t的所有子串,这些子串满足p定义的一个可能的顺序。当文本和模式是确定的字符串时,我们面临着一个研究得很好的精确顺序保护模式匹配(OPPM)问题,该问题在时间序列分析中具有多种应用。尽管具有相关性,但精确OPPM问题存在两个主要缺陷:1)无法处理文本中的不确定性,从而妨碍了对噪声时间序列的分析;以及2)无法处理模式中的不确定性,从而在所有模式位置之间强制执行订单的严格满足。在本文中,我们提供了第一个多项式算法来解决muOPPM问题:1)在模式或文本上观察到不确定性;2)模式和文本都存在不确定性,由字符对之间的不确定性给出。首先,给定两个长度相同的字符串m,每个字符串位置有O(r)个不确定字符,我们证明了当一个字符串不确定时,muOPPM问题可以在O(mr-lg-r)时间内解决,当两个字符串都不确定且r=2时,r可以在N^+和O(m^2)时间内解决。其次,给定一个长度为n的不确定文本串,我们证明了muOPPM可以在多项式时间和线性空间中有效地求解。

引用为

Rui Henriques、Alexandre P.Francisco、Luís M.s.Russo和Hideo Bannai。Order-Preservating模式匹配不确定字符串。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第2:1-2:15页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{henriques_et_al:LIPIcs.CPM.2018.2,author={Henriques,Rui和Francisco,Alexandre P.和Russo,Lu的M.s.和Bannai,Hideo,title={{Order-Preservating模式匹配不确定字符串}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={2:1--2:15},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.2},URN={URN:nbn:de:0030-drops-87087},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.2},annote={关键词:顺序保护模式匹配,不确定字符串分析,泛型模式匹配,可满足性}}
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关于Burrows-Wheeler变换中的未检测冗余

作者:乌韦·拜尔


摘要
Burrows-Wheeler-Transform(BWT)是一种可逆的文本置换,已知该文本具有高度可压缩性,但对序列分析也很有用,这使得BWT对于无损数据压缩非常有吸引力。在本文中,我们提出了一种新的技术来利用BWT的组合特性减小其大小,同时保持其可逆性。该技术可以应用于任何基于BWT的压缩机,并且,如实验所示,能够将编码大小平均减少8-16%,在最佳情况下最多减少33-57%(取决于所使用的BWT压缩机),使基于BXT的压缩机具有竞争力,甚至优于当今最好的无损压缩机。

引用为

乌韦·拜尔。关于Burrows-Wheeler变换中的未检测冗余。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。《莱布尼茨国际信息学论文集》,第105卷,第3:1-3:15页,Schloss Dagstuhl–Leibniz Zentrum für Informatik(2018)


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@《国际诉讼汇编》{baier:LIPIcs.CPM.2018.3,作者={Baier,Uwe},title={{关于Burrows-Wheeler变换中未检测到的冗余}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={3:1--3:15},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.3},URN={URN:nbn:de:0030-drops-87049},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.3},annote={关键词:无损数据压缩,BWT,隧道}}
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失配误差下的准周期性

作者:Amihood Amir、Avivit Levy和Ely Porat


摘要
追踪规律在各种科学领域的数据分析中发挥着关键作用,包括编码和自动机理论、形式语言理论、组合学、分子生物学等。科学过程的一部分是理解和解释这些规律。描述字符串T的正则性的一个常见概念是覆盖或准周期,即字符串C,其中T的每个字母都位于C的某个出现位置内。在许多应用中,由于存在错误,仅找到精确的重复是不够的。在本文中,我们开始研究失配误差下的准周期持久性,我们的目标是刻画给定的准周期字符串即使在引入了替换错误后仍保持准周期的情况。我们的研究结果证明了准周期持久性的必要条件以及一个定理。作为一个应用,我们能够弥合[Amir 2017a,Amir 2017 b]研究的近似覆盖问题(ACP)松弛的复杂性方面的差距,并解决一个悬而未决的问题。

引用为

Amihood Amir、Avivit Levy和Ely Porat。失配误差下的准周期性。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第4:1-4:15页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{amir_et_al:LIPIcs.CPM.2018.4,作者={Amir,Amihood and Levy,Avivit and Porat,Ely},title={不匹配错误下的准周期性}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={4:1--4:15},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.4},URN={URN:nbn:de:0030-drops-87054},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.4},annote={关键词:周期性,准周期性,覆盖,近似覆盖}}
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最大双保留字符串映射及其加权变量的快速匹配逼近

作者:布莱恩·布鲁巴赫


摘要
我们提出了一种新的近似最大双保留字符串映射问题(MPSM)的方法,该方法基于将约束条件转换为易于处理的匹配问题。在Chen、Chen、Samatova、Peng、Wang和Tang[Chen等人,2014年]中引入了MPSM,作为对研究充分的最小公共字符串划分问题(MCSP)的补充。之前的工作还考虑了k-MPSM和k-MCSP变体,其中每个字母在每个字符串中最多出现k次。[Chen等人,2014]的作者显示了k>=3的k^2近似值和k=2的2-近似值。Boria、Kurpisz、Leppänen和Mastrolilli【Boria等人,2014年】给出了独立于k的4近似值,表明即使是2-MPSM也是APX-Hard。Dudek、Gawrychowski和Ostropolski-Nalewaja[Dudek等人,2017]通过一系列改进,得出了长度为n的字符串在n^{O(1/epsilon)}时间内任何epsilon>0的(2+ε)-近似值的当前最佳界,以及在O(n^2)时间内运行的2.67近似值。这里,我们表明,对于恒定大小的字母,在O(n)时间内可以令人惊讶地达到2.67近似值,对于大小为alpha的字母,可以在O(n+alpha^7)时间内达到。最近,Mehrabi[Mehrabi,2017]引入了更通用的加权变量,最大权重双保留字符串映射(MWPSM),并提供了一个6近似值。我们的方法给出了这个问题在O(n^3)时间内的2.67近似值。该方法还可以使用Duan和Pettie的近似加权匹配算法,找到O(n^2 epsilon^{-1}lg{epsilon ^{-1{})时间中任意epsilon>0的MWPSM的8/(3(1-ε)-近似值[Duan和Pettie,2014]。最后,我们介绍了MPSM的第一个流算法。我们证明,仅使用O(alpha^2lg{n})空间,一次通过就足以找到最优解大小的4近似值。

引用为

布莱恩·布鲁巴赫。最大双保留字符串映射及其加权变量的快速匹配逼近。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第5:1-5:14页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{brubach:LIPIcs.CPM.2018.5,author={Brubach,Brian},title={{最大双保留字符串映射及其加权变量的快速匹配近似}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={5:1--5:14},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.5},URN={URN:nbn:de:0030-drops-87066},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.5},annote={关键词:近似算法,最大双保留字符串映射,最小公共字符串划分,字符串比较,流算法,比较基因组学}}
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最近约束循环词

作者:纪尧姆·布林(Guillaume Blin)、亚历山大·布隆丁(Alexandre Blondin Masse)、玛丽·加斯帕罗(Marie Gasparoux)、西尔维·哈梅尔(Sylvie Hamel)和埃莉斯·范多姆(Ellise Vandomme)


摘要
在本文中,我们研究了在近距离放射治疗中使用防护罩的设备开发过程中出现的循环词。该设备具有必须考虑的物理约束。从算法的角度来看,问题可以表述为:给定一个循环单词,找到一个长度相同的受限循环单词,使得这两个单词之间的曼哈顿距离最小。我们证明了我们可以使用动态规划在伪多项式时间(实际上是多项式时间)内解决这个问题。

引用为

纪尧姆·布林(Guillaume Blin)、亚历山大·布隆丁(Alexandre Blondin Massé)、玛丽·加斯帕罗(Marie Gasparoux)、西尔维·哈梅尔(Sylvie Hamel)和埃莉斯·范多姆(Ellise Vandomme)。最近的受限循环词。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第6:1-6:14页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{blin_et_al:LIPIcs.CPM.2018.6,author={Blin、Guillaume和Blondin Mass、Alexandre和Gasparoux、Marie和Hamel、Sylvie和Vandomme{E} 莱塞},title={{最近受约束的循环词}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={6:1--6:14},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.6},URN={URN:nbn:de:0030-drops-87035},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.6},annote={关键词:环形约束排列,曼哈顿距离,近距离放射治疗的应用}}
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基于RLBWT的在线LZ77统计分析与匹配

作者:Hideo Bannai、Travis Gagie和Tomohiro I


摘要
Lempel-Ziv 1977(LZ77)解析、匹配统计和Burrows-Wheeler变换(BWT)都是字符串学的基本要素。在最近的一系列论文中,Policriti和Prezza(DCC 2016和Algorithmica,CPM 2017)展示了如何使用文本T的反向T^R的增广运行长度压缩BWT(RLBWT)离线计算T在O(n log R)时间和O(R)空间中的LZ77解析,其中n是T的长度,R是T^R BWT中的运行次数。在本文中,我们首先扩展了一种众所周知的技术,用于在文本前面添加字符时更新未分段的RLBWT,以与Policriti和Prezza的增广RLBXT一起使用。这立即意味着我们可以在线构建T的LZ77解析,同时仍然使用O(n log r)时间和O(r)空间;它似乎也可能是独立的利益。我们的实验使用了Ohno、Takabatake、I和Sakamoto(IWOCA 2017)更新实现的扩展,表明我们的方法对重复字符串既节省时间又节省空间。然后,我们展示了如何进一步增加RLBWT——尽管再次使其静态,并将其空间增加一个与字母表大小成比例的因子——这样,稍后,给定另一个字符串S和O(log log n)——对T的时间随机访问,我们可以计算S相对于T在O(|S|log logn)时间中的匹配统计信息。

引用为

Hideo Bannai、Travis Gagie和Tomohiro I.在线LZ77解析和匹配统计与RLBWT。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第7:1-7:12页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@InProceedings{bannai_et_al:LIPIcs.CPM.2018.7,author={Bannai、Hideo和Gagie、Travis和I、Tomohiro},title={{联机LZ77使用RLBWTs}}解析和匹配统计信息,booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={7:1--7:12},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.7},URN={URN:nbn:de:0030-drops-87025},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.7},annote={关键词:Lempel-Ziv 1977,匹配统计,Run-Length压缩Burrows-Wheeler变换}}
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非重叠索引-忽略缓存

作者:Sahar Hooshmand、Paniz Abedin、M.Oguzhan Külekci和Sharma V.Thankachan


摘要
非重叠索引问题的定义如下:将长度为n的给定文本T[1,n]预处理为一个数据结构,以便无论何时模式P[1,P]作为输入,我们都可以有效地报告T中出现的最大非重叠P集。最著名的解决方案是Cohen和Porat提出的[ISAAC,2009]。它们的索引大小是O(n)个字,查询时间是最优的O(p+nocc),其中nocc是输出大小。我们在缓存模型中研究了这个问题,并提出了一种新的大小为O(n log n)的数据结构。它可以在最优O(p/(B)+log_Bn+nocc/B)I/O中回答查询,其中B是块大小。

引用为

Sahar Hooshmand、Paniz Abedin、M.Oguzhan Külekci和Sharma V.Thankachan。非重叠索引-遗忘缓存。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第8:1-8:9页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{hooshmand_et_al:LIPIcs.CPM.2018.8,author={Hooshmand、Sahar和Abedin、Paniz和K\“{u} 列克奇语、M.Oguzhan和Thankachan、Sharma V.},title={{非重叠索引-遗忘缓存}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={8:1--8:9},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.8},URN={URN:nbn:de:0030-drops-87009},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.8},annote={关键词:后缀树,忽略缓存,数据结构,字符串算法}}
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更快的在线弹性退化字符串匹配

作者:青山浩太郎、中岛由通、丰弘一世、英内加顺辅、班奈秀雄和武田正彦


摘要
Elastic-Degenerate String[Iliopoulus等人,LATA 2017年]是一组字符串序列,最近被提出作为模拟一组类似序列的方法。我们给出了在O(nmsqrt{mlogm}+N)时间和O(m)工作空间中运行的弹性退化字符串匹配(EDSM)问题的在线算法,其中N是文本的弹性退化段数,N是文本中所有字符串的总长度,m是模式的长度。这改进了Grossi等人[CPM 2017]在O(nm^2+N)时间内运行的先前算法。

引用为

青山浩太郎、中岛由通、丰弘一世、英内加顺辅、班奈秀雄和武田正彦。更快的在线弹性退化字符串匹配。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第9:1-9:10页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{aoyama_et_al:LIPIcs.CPM.2018.9,author={青山、高太郎和中岛、余藤和我、友弘和内纳加、顺介和班奈、秀都和武田、Masayuki},title={{更快的在线弹性退化字符串匹配}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={9:1--9:10},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.9},URN={URN:nbn:de:0030-drops-87016},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.9},annote={关键词:弹性退化模式匹配,布尔卷积}}
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计算平面图质心和标准形的简单线性时间算法及其应用

作者:秋叶达也(Tatsuya Akutsu)、科林·德拉·希格拉(Colin de la Higuera)和田村武彦(Takeyuki Tamura)


摘要
我们提出了一个简单的线性时间算法来计算平面图的拓扑质心和标准形。虽然目标仅限于平面图,但在确定平面图的标准形和同构方面,它比Hopcroft和Wong的线性时间算法要简单得多。利用外平面图的修改形心,针对输入几何图具有外平面结构的特殊情况,提出了几何形式的最大公共连通边子图(MCCES)问题的线性时间算法,MCCES可以通过从每个输入图中删除最多固定数量的边来获得,并且最大度和最大面度都是由常量限定的。

引用为

秋叶达也(Tatsuya Akutsu)、科林·德拉·希格拉(Colin de la Higuera)和田村武彦(Takeyuki Tamura)。计算平面图质心和标准形的简单线性时间算法及其应用。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第10:1-10:12页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息技术学院(2018)


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@会议记录{akutsu_et_al:LIPIcs.CPM.2018.10,作者={Akutsu、Tatsuya和de la Higuera、Colin和Tamura、Takeyuki},title={{计算平面图质心和标准形的简单线性时间算法及其应用}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={10:1--10:12},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.10},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86992},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.10},annote={关键词:平面图,图同构,最大公共子图}}
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局部最大公因子作为高效动态字符串算法的工具

作者:Amihood Amir和Itai Boneh


摘要
最近人们对动态字符串算法感兴趣,即输入动态变化的字符串问题。其中一个问题是最长公因数(LCF)问题。众所周知,长度为n的两个字符串S和D在固定常数大小的字母表Sigma上的LCF可以在n中按时间线性计算。最近,引入了一个新的挑战——在动态环境中找到两个字符串的LCF。问题是全动态单边LCF(FDOS-LCF)问题。在FDOS-LCF问题中,我们得到了形式为<i,alpha>的q个连续查询,其中每个这样的查询意味着:“用alpha替换D[i],在Sigma中替换alpha,并输出S和(更新后的)D的LCF。目标是最初预处理S和D,以便我们不需要O(n)时间来计算每个这样查询的LCF。最先进的算法是在时间O(n log ^4 n)中预处理两个字符串S和D。随后,该算法在时间O(log ^3 n)中回答了形式的单个查询:给定D上的位置i和字母alpha,返回S和D'的LCF,其中D'是用alpha替换D[i]后由D生成的字符串。该算法不能扩展到多个查询。在本文中,我们提出了一种工具——局部最大公因子(LMCF)——它被证明在解决FDOS-LCF问题的一些限制版本时非常有用。我们解决的版本是Decremental FDOS-LCS问题,其中每个更改<i,alpha>的形式都是<i,omega>,omega!以及周期FDOS-LCS问题,其中S是周期长度为p的周期字符串。对于减量问题,我们提供了一种线性时间预处理和每次查询O(log log n)时间的算法。对于周期问题,我们的预处理时间是线性的,查询时间是O(p log log n)。

引用为

Amihood Amir和Itai Boneh。局部最大公因子作为高效动态字符串算法的工具。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第11:1-11:13页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学院(2018)


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@会议记录{amir_et_al:LIPIcs.CPM.2018.11,author={Amir,Amihood和Boneh,Itai},title={作为有效动态字符串算法的工具的局部最大公因子}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={11:1--11:13},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.11},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86983},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.11},annote={关键词:动态算法,周期,最长公因数,优先级队列数据结构,后缀树,平衡搜索树,范围最大查询}}
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编辑后最长的子串回文

作者:Mitsuru Funakoshi、Yuto Nakashima、Shunsuke Inenaga、Hideo Bannai和Masayuki Takeda


摘要
众所周知,长度为n的给定字符串T的最长子串回文(LSPal)的长度可以用Manacher算法在O(n)时间内计算[J.ACM’75]。在本文中,我们考虑了在编辑字符串后查找LSPal的问题。我们提出了一种使用O(n)时间和空间进行预处理的算法,并在单字符替换、插入或删除后回答了LSPal在O(log(min{sigma,log n}))时间内的长度,其中sigma表示T中出现的不同字符数时间和空间进行预处理,并在T中的现有子串被任意长度l的字符串替换后,回答O(l+log n)时间中LSPal的长度。

引用为

Mitsuru Funakoshi、Yuto Nakashima、Shunsuke Inenaga、Hideo Bannai和Masayuki Takeda。编辑后最长的子字符串回文。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第12:1-12:14页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{funakoshi_et_al:LIPIcs.CPM.2018.12,作者={Funakoshi、Mitsuru和Nakashima、Yuto和Inenaga、Shunsuke和Bannai、Hideo和Takeda、Masayuki},title={{编辑后最长的子串回文}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={12:1--12:14},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.12},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86977},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.12},annote={关键词:最大回文,编辑操作,周期,后缀树}}
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简约的四位俄罗斯人编辑距离计算和一对多带状校准加速

作者:布莱恩·布鲁巴赫和杰·古尔耶


摘要
由于Masek和Paterson[Masek and Paterson,1980],经典的四人俄罗斯人计算编辑距离(也称为Levenshtein距离)的加速过程涉及将动态编程表划分为k个平方块,并为块大小k生成O(psi^{2k}k^2|Sigma|^{2k})时间和O(psi ^{2k}k|Sigma |^{2 k})空间中的查找表,其中psi取决于成本函数(单位成本psi=3),|Sigma|是字母表的大小。我们证明了O(psi^{2k}k^2)和O(ps2^{2k}k)因子可以改进为O(k^2lg{k})时间和O(k~2)空间。因此,与Masek和Paterson相比,我们提高了这方面的时间和空间复杂性[Masek and Paterson,1980],并消除了对psi的依赖性。我们进一步证明,对于某些问题,O(|Sigma|^{2k})因子也可以减小。利用这一技术,我们给出了一种解决一对多带状对准基本问题的新算法。特别是,可以在O(nm+md^2lg{d}+nd^3)时间内将一个长度为m的字符串与其他长度为m且最大距离为d的字符串进行比较。当d相当小时,这接近或满足了O(nm+n d^2)的当前最佳理论结果,该结果是通过使用运行在O(m+d^2。它还改进了标准实用方法,该方法需要O(n m d)时间来迭代运行O(md)时间成对带状对齐算法。关于成对比较,我们扩展了Masek和Paterson的经典结果[Masek和Paterson,1980],该结果在O(m^2/log{m})时间内计算两个字符串之间的编辑距离,以消除对psi的依赖,即使编辑具有惩罚矩阵的任意成本。Crochemore,Landau和Ziv Ukelson[Crochemore,2003]实现了类似的结果,也允许不受限制的得分矩阵,但块大小可变。在“四俄罗斯加速”的实际应用中,空间效率很重要,使用较小的块大小k(特别是k<| Sigma |),Kim、Na、Park和Sim[Kim等人,2016年]展示了如何消除单位成本版本对字母大小的依赖,生成O(3^{2k}(2k)!k^2)时间和O(3^{2k}(2k)!k) 空间。将他们的工作与我们的结果结合起来,可以提高O((2k)!k^2 lg{k})时间和O((2k)!k^2)空间。

引用为

布莱恩·布鲁巴赫(Brian Brubach)和杰·古尔耶(Jay Ghurye)。简洁的四名俄罗斯人加快了编辑距离计算和一对多带状路线。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第13:1-13:12页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{brubach_et_al:LIPIcs.CPM.2018.13,author={Brubach,Brian和Ghurye,Jay},title={{编辑距离计算和一对多带状路线的简洁四人加速}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={13:1--13:12},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.13},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86965},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.13},annote={关键词:编辑距离,带状比对,一对多比对,基因组学,四俄罗斯人的方法}}
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置换可以按最佳短期掉期进行排序吗?

作者:舒张、朱大明、蒋海涛、马晶晶、郭炯、冯浩迪


摘要
短交换交换两个元素,最多在它们之间捕获一个元素。通过短交换对置换进行排序要求找到最短的短交换序列,以将置换转换为另一个置换。一次短期掉期最多可以消除三次反转。一个置换是否可以通过短线掉期进行排序,这一问题仍然悬而未决,每种掉期都可以消除三个反转。本文提出了一个多项式时间算法来解决这个问题,它可以决定一个置换是否可以通过短交换进行排序,每个短交换可以在O(n)时间内消除3个倒置,如果可以,那么在O(n^2)时间内通过这种短交换对置换进行排序,其中n是置换中的元素数。短交换可能导致两个元素向量的总长度最多减少4。我们进一步提出了一种识别置换的算法,该置换可以通过短交换进行排序,每个短交换都可以导致元素向量长度和在O(n)时间内减少4,如果是这样,则在O(n^2)时间内通过这种短交换对置换进行排序。这改进了Heath和Vergara提出的O(n^2)算法,该算法用于确定置换是否是所谓的幸运置换。

引用为

张曙、朱大明、蒋海涛、马晶晶、郭炯和冯浩迪。置换可以按最佳短期掉期进行排序吗?。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第14:1-14:12页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{zhang_et_al:LIPIcs.CPM.2018.14,author={张、舒、朱、大明、江、海涛、马、晶晶、郭、炯、冯、浩迪},title={{置换可以按最佳短互换排序吗?}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={14:1--14:12},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.14},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86957},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.14},annote={关键词:算法,复杂性,短交换,置换,反转}}
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计算最长公共平方子序列

作者:井上孝文、伊内纳加顺辅、海基·海罗、班奈和武田正彦


摘要
正方形是YY形式的非空字符串。最长公共平方子序列(LCSqS)问题是计算两个给定字符串a和B中作为子序列出现的最长平方。我们证明,该问题可以在O(n^6)时间或O(|M|n^4)时间内用O(n*4)空间很容易解决,其中n是字符串的长度,M是a和B之间的匹配点集。然后,我们证明了这个问题也可以在O(sigma|M|^3+n)时间和O(|M||^2+n)空间中解决,或者在O(|M |^3log^2nloglogn+n)时间中解决,其中sigma是A和B中出现的不同字符数。我们还研究了两个或多个字符串的LCSqS问题的下界。

引用为

井上孝文、伊内纳加顺辅、海基·海罗、本奈和武田正彦。计算最长公共平方子序列。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第15:1-15:13页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息技术学院(2018)


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@会议记录{inoue_et_al:LIPIcs.CPM.2018.15,author={Inoue、Takafumi和Inenaga、Shunsuke和Hyyr“{o}、Heikki和Bannai、Hideo和Takeda、Masayuki},title={{计算最长公共平方子序列}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={15:1--15:13},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.15},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86946},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.15},annote={关键词:正方形、子序列、匹配矩形、动态编程}}
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放慢顶层树以实现更好的最坏情况压缩

作者:巴特洛米耶·杜德克(Bartlomiej Dudek)和帕维尔·加鲁里科斯基(Pawel Gawrychowski)


摘要
我们考虑了Bille等人[ICALP 2013]引入的顶树压缩方案,并在n个节点上构造了一个无限树族,这些节点用大小sigma字母表标记,其中顶DAG的大小为Theta(n/log_sigma n log_sigma n)。我们的构造与先前已知的上界相匹配,并且显示了该方案的一个弱点,因为信息理论的下界是Omega(n/log_sigma n})。这解决了Lohrey等人[arXiv 2017]提出的一个公开问题,他们设计了一个更复杂的版本来实现下限。我们表明,对原始方案进行非常小的修改也可以保证这一点:非正式地说,只需确保树的不同部分不会被压缩得太快。可以说,我们的版本更加统一,尤其是压缩过程忽略了sigma的值。

引用为

巴特洛米耶·杜德克(Bartlomiej Dudek)和帕维尔·加鲁里科斯基(Pawel Gawrychowski)。放慢顶层树的速度以实现更好的最坏情况压缩。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第16:1-16:8页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@诉讼程序{dudek_et_al:LIPIcs.CPM.2018.16,作者={Dudek,Bartlomiej和Gawrychowski,Pawel},title={{放慢顶层树以获得更好的最坏情况压缩}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={16:1--16:8},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.16},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86920},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.16},annote={关键词:顶级树,压缩,树语法}}
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关于最大彩色树状图问题和颜色层次图结构

作者:纪尧姆·费尔丁(Guillaume Fertin)、朱利安·弗拉丁(Julien Fradin)和克里斯蒂安·科穆塞维奇(Christian Komusewicz)


摘要
设G=(V,A)是一个根在某个顶点r上的顶点色弧加权有向无环图(DAG)。G的颜色层次图H(G)定义如下:H(G。我们研究了最大彩色树状图(MCA)问题,该问题以DAG G为输入,使得H(G)也是DAG,目的是在G中找到一个根在r中的最大重量树状图,其中没有颜色出现多次。MCA问题通过质谱实验模拟未知代谢物的从头推断。虽然这个问题是十年前提出的(以不同的名称),但直到最近才指出,问题定义中缺少一个重要的附加属性:从本质上讲,H(G)必须是DAG。在本文中,我们进一步研究了这种新光源下的MCA,并为该问题提供了新的算法结果,重点研究了H(G)不同结构参数的固定参数可跟踪性(FPT)问题。特别地,我们开发了一种求解MCA的O^*(3^{{x_H}})时间算法,其中{x_{H}是H(G)中不连续至少两个顶点的数目,从而改进了Böcker等人[Proc.ECCB'08]的O^(3^{|C|})-时间算法。我们还证明了MCA对于H(G)的底层无向图的树宽tH是W[2]-硬的,并进一步证明了它对于tH+l_{C}是FPT,其中l_{C:=|V|-|C|。

引用为

纪尧姆·费尔丁(Guillaume Fertin)、朱利安·弗拉丁(Julien Fradin)和克里斯蒂安·科穆塞维奇(Christian Komusewicz)。关于最大彩色树丛问题和颜色层次图结构。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第17:1-17:15页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@在诉讼中{fertin_et_al:LIPIcs.CPM.2018.17,author={Fertin、Guillaume和Fradin、Julien和Komusewicz、Christian},title={{关于最大彩色乔木问题和颜色层次图结构}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={17:1--17:15},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.17},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86939},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.17},annote={关键词:子图问题,计算复杂性,算法,固定参数可处理性,核化}}
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树表示中的二重性

作者:Rayan Chikhi和Alexander Schönhuth


摘要
给出树T^*的一个特征,使得BP(T^*)=ova{DFUDS(T)},DFUDS的反转。一个直接的结果是树T^的严格特征化,使得BP(T^)=DFUDS(T)。总之,BP和DFUDS是在一个包容的框架内统一的,这可能意味着未来对BP和/或DFUDS中的查询进行简化。这里显示的直接好处是,在最近关于最小范围查询问题的工作中发现了迄今为止尚未发现的共性,并为最小长度间隔查询问题提供了改进。

引用为

Rayan Chikhi和Alexander Schönhuth。树表示中的二重性。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第18:1-18:12页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{chikhi_et_al:LIPIcs.CPM.2018.18,author={Chikhi、Rayan和Sch\“{o} nhuth公司,亚历山大},title={{树表示中的二重性}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={18:1--18:12},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.18},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86901},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.18},annote={关键词:数据结构,简洁树表示,平衡圆括号表示,同构}}
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编辑后最长的Lyndon子串

作者:Urabe Yuki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Hideo Bannai和Masayuki Takeda


摘要
字符串T的最长Lyndon子串是T的最长子串,T是Lyndon单词。LLS(T)表示字符串T的最长Lyndon子串的长度。在本文中,我们考虑计算LLS(T'),其中T'是由T组成的编辑字符串。经过O(n)时间和空间预处理后,我们的算法以O(logn)时间返回任何单个字符编辑的LLS(T')。我们还考虑了块编辑问题的一个版本,即T的一个子串被一个给定的长度l的字符串替换。经过O(n)时间和空间预处理后,对于任何块编辑,我们的算法都以O(l log sigma+log n)时间返回LLS(T’),其中sigma是T中不同字符的数量。我们可以修改我们的算法,以便为这两个问题输出T’的所有最长Lyndon子串。

引用为

Urabe Yuki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Hideo Bannai和Masayuki Takeda。编辑后最长的Lyndon子串。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。《莱布尼茨国际信息学论文集》,第105卷,第19:1-19:10页,Schloss Dagstuhl–Leibniz Zentrum für Informatik(2018)


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@会议记录{urabe_et_al:LIPIcs.CPM.2018.19,author={Urabe、Yuki和Nakashima、Yuto和Inenaga、Shunsuke和Bannai、Hideo和Takeda、Masayuki},title={{编辑后最长的Lyndon子串}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={19:1--19:10},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.19},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86913},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.19},annote={关键词:林登词,林登因子分解,林登树,编辑操作}}
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重温最重的祖先问题

作者:帕尼兹·阿贝丁(Paniz Abedin)、萨哈尔·胡什曼(Sahar Hooshmand)、阿纳布·甘古利(Arnab Ganguly)和夏尔马·V·唐卡尚(Sharma V.Thankachan)


摘要
我们重新讨论了最重的诱导祖先问题,该问题在字符串匹配中有几个有趣的应用。设T_1和T_2是两个加权树,其中任一树中节点u的权重W(u)大于u的父节点的权重。此外,这两棵树的叶子都被标记,T_2中的叶子标记是T_1中的叶子的排列。如果子树中至少有一个公共叶标签,则会导出T_1中的节点x和T_2中的节点y。最重的诱导祖先查询HIA(u1,u2)是:给定T_1中的节点u1和T_2中的节点u2,输出具有最高组合权重W(u^*_1)+W(u^*_2)的诱导节点对(u1^*,u2^*),使得u1^*是u1的祖先,u^*_2是u2的祖先。设n为两个树中节点的总数,ε>0为任意小的常数。Gagie等人【CCCG’13】介绍了这个问题,并提出了三种解决方案,其中包括以下时空权衡:-查询时间为O(log n log n)的O(n log ^2n)字数据结构-查询时间为O(log^2 n)的O(n log n)字数据结构-查询时间为O(log^{3+epsilon}n)的O(n)字数据结构。在本文中,我们重新讨论了这个问题,并提出了新的数据结构,改进了边界。我们的结果如下。-查询时间为O(log n log n)的O(n log n)字数据结构-查询时间为O(log ^2 n/log log n)的O(n)字数据结构。作为推论,我们还改进了Gagie等人[CCCCG’13]的LZ压缩索引,以回答最长公共子串(LCS)查询。此外,我们还表明,一个大小为n的编辑问题后的LCS[Amir等人,SPIRE’17]也可以简化为两棵共n个节点的树上最重的诱导祖先问题。与当前的O(n log ^3 n)空间和O(log ^ 3 n)查询时间的解决方案相比,这产生了直接的改进。

引用为

Paniz Abedin、Sahar Hooshmand、Arnab Ganguly和Sharma V.Thankachan。重温最重的祖先问题。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第20:1-20:13页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@诉讼中{abedin_et_al:LIPIcs.CPM.2018.20,author={Abedin、Paniz和Hooshmand、Sahar和Ganguly、Arnab和Thankachan、Sharma V.},title={{重温最重祖先问题}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={20:1--20:13},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.20},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86898},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.20},annote={关键词:数据结构,字符串算法,正交范围查询}}
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具有多重性的超弦

作者:Bastien Cazaux和Eric Rivals


摘要
一组单词P={s_1,…,s_P}的超串是一个字符串,其中包含P的每个单词作为子字符串。已知P,即众所周知的最短线性超串问题(SLS),要求P的最短超串。在SLS的一个变体中,称为Multi-SLS,每个单词s_i都有一个整数m(i),即其重数,它对其出现次数设置了限制,目标是找到一个包含至少m(i)个s_i出现次数的最短超弦。Multi-SLS推广了SLS,显然也很难求解,但它只在特殊情况下进行了研究(单词长度为2或单词数量固定)。在一般情况下,Multi-SLS的近似性仍然是开放的。在这里,我们研究了Multi-SLS的逼近性和伴随问题Multi-SCCS的逼近性,该问题要求用最短循环覆盖代替最短超弦,我们研究了一种贪婪算法的近似,该算法用于最大化超弦或循环覆盖提供的压缩:对于Multi-SLS,近似比为1/2,对于Multi-SCCS,近似比是1。然后,我们展示了一种线性时间近似算法Concat-Greedy,并表明它在超弦长度方面达到了4的比率。这表明,对于这两种度量,Multi-SLS都属于APX问题。

引用为

Bastien Cazaux和Eric Rivals。具有多重性的超弦。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第21:1-21:16页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{cazaux_et_al:LIPIcs.CPM.2018.21,author={Cazaux、Bastien和Rivals、Eric},title={{多重超弦}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={21:1--21:16},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.21},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86881},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.21},annote={关键词:贪婪算法,近似,重叠,循环覆盖,APX,子集系统}}
文件
子路径内核的线性时间算法

作者:Kilho Shin和太极石川


摘要
子路径核是一种有用的正定核,它以任意根树作为输入,无论它们是有序的还是无序的。我们首先通过密集的实验表明,子路径核与SVM结合可以表现出优异的分类性能。其次,我们发展了不可约树的理论,然后将其作为一个严格的数学基础,为子树核重构一个自下而上的线性时间算法,这是对文献中著名算法的修正。第三,我们给出了一种新的自顶向下算法,用它可以实现一种计算子路径核的线性时间并行计算算法。

引用为

Kilho Shin和太极石川。子路径内核的线性时间算法。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第22:1-22:13页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{shin_et_al:LIPIcs.CPM.2018.22,author={Shin、Kilho和Ishikawa、Taichi},title={{子路径内核的线性时间算法}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={22:1--22:13},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.22},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86877},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.22},annote={关键词:树,内核,后缀树}}
文件
具有k个失配的长LCF的线性时间算法

作者:Panagiotis Charalampopoulos、Maxime Crochemore、Costas S.Iliopoulos、Tomasz Kociumaka、Solon P.Pissis、Jakub Radoszewski、Wojciech Rytter和Tomasz Walen


摘要
在具有k个不匹配项的最长公共因子(LCF_k)问题中,我们得到了两个总长度为n的字符串X和Y,并要求我们找到一对最大长度因子,其中一个是X,另一个是Y,这样它们的汉明距离最多为k常数k的时间和O(n)空间。我们考虑LCF_k(l)问题,其中我们假设所求因子的长度至少为l。我们使用差分覆盖将l=Omega(log^{2k+2}n)的LCF_k(l)难题简化为涉及m=O(n/log^{k+1}n)同步因子的任务。后者可以在O(mlog^{k+1}m)时间内求解,这导致了LCF_k(l)与l=Omega(log^{2k+2}n)的线性时间算法。一般来说,我们对任意l的LCF_k(l)问题的解需要O(n+nlog^{k+1}n/sqrt{l})时间。

引用为

Panagiotis Charalampopoulos、Maxime Crochemore、Costas S.Iliopoulos、Tomasz Kociumaka、Solon P.Pissis、Jakub Radoszewski、Wojciech Rytter和Tomasz Walen。具有k个失配的长LCF的线性时间算法。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第23:1-23:16页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{charalampopoulos_et_al:LIPIcs.CPM.2018.23,author={Charalampopoulos、Panagiotis和Crochemore、Maxime和Iliopoulos、Costas S.和Kociumaka、Tomasz和Pissis、Solon P.和Radoszewski、Jakub和Rytter、Wojciech和Walen、Tomasz},title={{具有k个不匹配项的长LCF的线性时间算法}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={23:1--23:16},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/documents/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.23},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86869},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.23},annote={关键词:最长公因子,最长公子串,汉明距离,重量级分解,差分覆盖}}
文件
语法压缩文本的Lyndon因子分解

作者:Isamu Furuya、Yuto Nakashima、Tomohiro I、Shunsuke Inenaga、Hideo Bannai和Masayuki Takeda


摘要
我们重新讨论了计算长度为N的字符串w的Lyndon因式分解的问题,该字符串w是一个大小为N的直线程序(SLP)。对于这个问题,我们给出了一个新的算法,它运行在O(P(N,N)+Q(N,N)N log log N)时间和O(N log N+S,SLP上最长公共扩展(LCE)的数据结构的查询时间。我们的算法改进了I等人(TCS’17)提出的算法,并且当w高度可压缩时,比Duval(J.Algorithms’83)的O(N)时间解更有效。

引用为

Isamu Furuya、Yuto Nakashima、Tomohiro I、Shunsuke Inenaga、Hideo Bannai和Masayuki Takeda。重新审视语法压缩文本的林登因子分解。在第29届组合模式匹配年度研讨会(CPM 2018)上。莱布尼茨国际信息学论文集(LIPIcs),第105卷,第24:1-24:10页,达格斯图尔-莱布尼兹-泽特鲁姆信息学研究所(2018)


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@会议记录{furuya_et_al:LIPIcs.CPM.2018.24,作者={Furuya、Isamu和Nakashima、Yuto和I、Tomohiro和Inenaga、Shunsuke和Bannai、Hideo和Takeda、Masayuki},title={{语法压缩文本的Lyndon因式分解重温}},booktitle={第29届组合模式匹配年会(CPM 2018)},页数={24:1--24:10},series={Leibniz国际信息学论文集(LIPIcs)},国际标准图书编号={978-3-95977-074-3},ISSN={1868-8969},年份={2018年},体积={105},editor={纳瓦罗、冈萨罗和桑科夫、大卫和朱、滨海},publisher={Schloss Dagstuhl--Leibniz Zentrum f{\“u}r Informatik},地址={Dagstuhl,德国},URL={https://drops.dagstuhl.de/entities/document/10.4230/LIPIcs.CPM.2018.24},URN={URN:nbn:de:0030-drops-86855},doi={10.4230/LIPIcs.CPM.2018.24},annote={关键词:Lyndon词,Lyndon因子分解,直线程序}}

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