发动机 达格斯图尔宫（Schloss Dagstuhl）——莱布尼兹·泽特鲁姆（Leibniz-Zentrum für Informatik） 莱布尼茨国际信息学会议录 1868-8969 2020-08-25 11:1 11:17 10.4230/LIPIcs公司。西非.2020.11 文章 尤恩·杜弗雷纳 1 https://orcid.org/0000-0002-0930-8920 孙，陈 2 皮埃尔·马里洪 三 https://orcid.org/0000-0002-6694-6873 多米尼克·拉维尼耶 4 https://orcid.org/0000-0003-2557-680X 塞德里克·乔夫 5 6 https://orcid.org/0000-0001-9837-1878 Rayan Chikhi 1 https://orcid.org/0000-0003-1099-8735 法国巴黎巴斯德研究所C3BI USR 3756 CNRS计算生物学系 美国宾夕法尼亚州立大学计算机科学与工程系 德国萨尔布吕肯萨尔州信息学院萨尔州大学生物信息中心 IRISA、Inria、法国雷恩大学 加拿大伯纳比西蒙·弗雷泽大学数学系 法国波尔多大学LaBRI 考虑实线上的一组间隔，间隔图将这些间隔记录为节点，其交点记录为边。在区间图中识别（即合并）成对的节点会生成多区间图。在不知道底层间隔的情况下，只给出了多间隔图的节点和边，我们对以下问题感兴趣。可以确定每个节点对应的间隔数吗？可以计算出反映原始间隔顺序的多间隔图节点的遍历吗？这些问题与链接读取DNA测序密切相关，其中条形码被分配给长分子，其交集图形成区间图。每个条形码可能对应于多个分子，这会使下游分析复杂化，并对应于相应区间图的节点标识。通过实现条形码到分子的概念性分离，并通过分子顺序提供准确组装基因组的骨架，解决上述图形理论问题将有助于分析链接读码测序数据。在这里，我们提出了一个框架，该框架以任意相交图（例如条形码的重叠图）为输入，并构造原始区间排序的启发式近似。 https://drops.dagstuhl.de/storage/00lipics/lipics-vol172-wabi2020/lipics.WABI.2020.11/lipics.WABI.2020.11.pdf DNA测序 图形算法 链接的读取 区间图 派系