分裂酵母菌顶端生长调节引起细胞周期中细胞内密度的变化

  1. 帕斯卡·德·奥德马特
  2. 蒂姆·P·米提宁
  3. 乔·勒米埃
  4. Joon Ho Kang公司
  5. 埃姆拉·博斯坦
  6. 斯科特·马纳利斯
  7. 凯文·凯西·黄  是通讯作者
  8. 弗雷德·张  是通讯作者
  1. 美国旧金山加利福尼亚大学细胞和组织生物学系
  2. 美国斯坦福大学生物工程系
  3. 美国麻省理工学院科赫综合癌症研究所
  4. 英国大学学院分子细胞生物学MRC实验室
  5. 美国麻省理工学院物理系
  6. 大韩民国韩国科学技术研究所脑科学研究所
  7. 荷兰阿姆斯特丹大学信息学研究所
  8. 美国麻省理工学院生物工程系
  9. 美国麻省理工学院机械工程系
  10. 美国斯坦福大学医学院微生物学和免疫学系
  11. 美国Chan Zuckerberg Biohub

摘要

细胞内密度影响细胞质的物理性质,并可全面影响细胞过程,但密度调节仍不清楚。在这里,使用一种新的定量相位成像方法,我们确定裂变酵母中的干物质密度保持在一个狭窄的分布,并表现出稳态行为。然而,密度在细胞周期中变化,在G2期降低,在有丝分裂和胞质分裂中增加,在细胞出生时迅速下降。这些密度变化是由生物量合成的恒定速率、细胞分裂期间体积增长的减缓和胞质分裂后的快速膨胀来解释的。在特定细胞周期阶段的阻滞加剧了密度变化。密度的空间异质性模式表明密度调节、尖端生长和细胞内渗透压之间存在联系。我们的结果表明,细胞周期中的系统密度变化主要是由于体积膨胀的调节,并揭示了密度梯度和细胞周期阻滞的功能后果。

介绍

细胞内密度是所有细胞成分浓度的累积测量值,是全面影响细胞功能的一个重要参数:密度影响生物分子的浓度和活性,并可以影响细胞质的生物物理特性,如大分子拥挤、扩散、机械刚度、,和相变(米奇逊,2019年;Neurohr等人,2019年;van den Berg等人,2017年;Zhou等人,2008). 虽然人们通常认为密度必须保持在特定的水平才能优化适应度,但人们越来越认识到细胞内密度往往随生理条件的不同而变化。例如,在发育、老龄化和疾病状态中检测到密度和/或拥挤的实质性变化(Neurohr和Amon,2020年;Oh等人,2019年). 即使是正常的细胞周期进展也可能涉及密度的变化;在培养的哺乳动物细胞中,有丝分裂期间体积增加了10-30%(Son等人,2015年;Zlotek-Zlotkiewicz等人,2015年)可能在胞质分裂期间密度增加之前稀释细胞质。

尽管存在这种生物中心性,但维持细胞密度的稳态机制仍不清楚。在一个典型的细胞周期过程中,细胞的体积会加倍,并复制所有细胞内容物。一个尚未解决的关键问题是,细胞体积的增长(细胞大小的增加)和生物合成是如何协调的。在有壁细胞中,体积增长率主要取决于细胞壁合成和膨胀压力(Rojas和Huang,2018年). 原则上,反馈机制可以将生物合成与壁膨胀紧密耦合。然而,最近的研究表明,生物合成与体积增长解耦是可能的。例如,停滞在G1期的芽殖酵母细胞生长到非常大的尺寸,细胞质稀释,同时蛋白质合成和生长速度降低(Neurohr等人,2019年). 相反,使用渗透振荡或抑制分泌暂时抑制体积增长会导致密度增加,伴随着裂变酵母体积增长率的急剧增加(Knapp等人,2019年).

已经发展了许多方法来测量活细胞中生物量、细胞内密度和拥挤程度(米奇逊,2019年;Neurohr和Amon,2020年;Zangle和Teitell,2014年). 悬浮微通道谐振器(SMRs)根据单个细胞通过嵌入式微通道时共振悬臂频率的变化来推断浮力细胞质量(Burg等人,2007年). 作为SMR的替代方案,定量相位成像(QPI)是一种成熟的光学技术,用于从折射率变化中提取干质量测量值(Park等人,2018年),因为蛋白质、脂质和核酸等主要细胞成分的折射率相似(Zangle和Teitell,2014年). 先前的研究使用相位光栅或全息术来生成可用于量化细胞内密度的相移图;这些方法需要专门的设备(Lee等人,2013年). 精确测量整个细胞周期的密度需要在高时空分辨率下对单个细胞进行无创、长期定量。

在这里,我们开发了一种新的QPI方法,用于测量裂变酵母细胞的细胞内密度。此无标签方法基于以下分析z-成堆的亮场图像(Bostan等人,2016年)从而具有不需要专用相位物镜或全息系统的优点。裂变酵母葡萄裂殖酵母是一种领先的细胞周期模型,因为这些杆状细胞具有高度规则的形状、大小和细胞周期,有助于定量分析(霍夫曼等人,2015年). 使用QPI跟踪单个细胞在微流控室内生长和分裂时的密度,我们确定野生型裂变酵母细胞在细胞周期中表现出特征性的密度变化,其中密度在G2期下降,在有丝分裂和胞质分裂期间增加。这些密度变化是由于体积和质量增长相对速率的差异引起的;虽然质量在整个细胞周期中呈指数增长,但体积增长取决于细胞周期的阶段/阶段。对细胞周期进展和/或生长的扰动加剧了密度变化。我们进一步观察了单个细胞内密度的梯度,发现细胞内密度变化与尖端生长和细胞内压力相关。我们的发现说明了一种通过控制体积增长和生物合成的相对速率来调节密度的一般机制。

结果

QPI可实现生长细胞内细胞密度的高分辨率测量

为了使用标准宽视野显微镜测量细胞内密度,我们开发了一种QPI版本,其中相移通过计算从z(z)-亮场图像堆栈(Bostan等人,2016年). 这种无标签方法利用了生物分子的细胞内浓度和细胞内部折射率之间的关系(Zangle和Teitell,2014年),可以从沿z-利用密度传递方程进行定向(图1A,材料和方法)。为了用绝对浓度(干物质/体积)校准相移,我们测量了在含有一系列校准标准(牛血清白蛋白,BSA)浓度的培养基中生长的细胞内的相移(材料和方法);这些测量结果显示出一种线性关系,可以用来推断细胞内的密度(图1B). 该方法提供了活细胞密度的像素级测量,并且可以很容易地应用于大多数宽视野显微镜上亚分钟时间分辨率的延时成像。

基于QPI的细胞内密度精确测量z-一堆明亮的图像。

(A类)用于从亮场图像计算细胞质密度的QPI方法。A类z-通过求解传输强度方程,计算分析了裂变酵母细胞在中平面焦点位置(顶面板)周围±1.5µm的亮场图像堆栈(Bostan等人,2016)检索逐像素相移贴图(左下角)。通过分割和骨骼化(右下角)确定细胞尺寸。(B类)QPI相移由补充了一定浓度BSA的介质中的成像细胞进行校准。恢复的相移与浓度呈线性关系(虚线是线性最佳拟合)。(C类)在30°C的YE5S培养基中生长的指数期分裂酵母细胞的干质量密度测量直方图。高斯拟合(红色)得出平均(虚线)密度为282±16 mg/mL(n个=2345个时间点,78个单元格)。SD,标准偏差。(D类)细胞周期开始时的细胞密度与细胞周期中密度的变化呈负相关,表明体内平衡行为(n个=76个单元格)。由于细胞分离后密度降低约15 mg/mL,密度变化的分布并非集中在0 mg/mL左右(参见图2F).

使用这种方法,我们确定了野生型异步种群的平均干物质密度S.pombe公司在30°C富YE5S培养基中生长的细胞为282±16 mg/mL(图1C). 细胞内异质性有多种来源,如脂滴(图1——图补充1A)和细胞壁间隔,两者都是高信号区(图1A). 在大多数相移图中,细胞核无法区分,表明其密度与细胞质相似(图1A). 尽管如此,尽管细胞大小和细胞周期阶段存在差异,但密度分布非常窄,变异系数(CV)为0.06。同一细胞周期阶段的细胞密度分布更窄(CV<0.05,图1——补充图1B). 为了确定细胞能否从密度波动中恢复,我们检查了细胞周期内密度的变化,作为细胞周期开始时初始密度的函数。这两个数量成反比(图1D),表明维持密度的稳态行为。在25°C和温度变化后生长的细胞中观察到类似的密度分布(图1——补充图1C). 总之,这些结果表明干物质密度得到了有力的保持,并证明这种QPI方法能够以高时间和空间分辨率精确测量活细胞中的绝对干物质密度。

细胞内密度在S.pombe公司细胞周期

为了确定细胞内密度是否在裂变酵母细胞周期的过程中发生变化,我们在微流体装置中使用QPI在恒流生长介质下对增殖细胞进行成像(材料和方法;图2A,图2-视频1). 对密度图进行分割以提取细胞尺寸,从中计算体积(材料和方法;图1A). 根据体积和平均密度测量值计算每个细胞的总干质量。我们对整个细胞周期的细胞进行成像,然后通过相对的细胞周期进程对每个细胞的计算数据进行校准,从细胞出生(子细胞之间第一次可检测的物理分离)到细胞周期结束时细胞分离之前。

细胞内密度随细胞周期而变化。

(A类)在微流控室中对处于指数期的野生型裂变酵母细胞进行了延时成像,并用QPI提取了相移图。图中所示为代表性细胞从(左)细胞出生到(右)间隔(10分钟/帧)的细胞周期。(B、 C、D)细胞体积(B类),密度(C类),和干质量(D类)通过细胞周期中的相对进展排列的细胞。曲线是平均值,阴影区域代表一个标准偏差(n个=78个单元格)。通过体积和密度测量估算质量。(E类)基于SMR的异步培养中裂变酵母细胞的测量结果(以细胞体积为单位)表明,中间体积的浮力密度与QPI干酵母密度的测量结果相似(C类). (F类)细胞分离后,细胞密度降低。左:细胞分离前后的密度测量(间隔5分钟)。右图:母子细胞之间体积和密度的标准化变化。(G公司)干质量以指数形式增长,而非线性增长。质量增长指数拟合(红色)的残差(底部)(D类)比线性拟合(蓝色)小得多。另请参见图2——图补充3A.

细胞内密度在S.pombe公司细胞周期。如前所述(米奇逊和护士,1985年)体积测量表明,细胞在间期(主要是G2期)表现出稳定的顶端生长,然后在有丝分裂和胞质分裂期间(此处定义为从隔膜形成开始到子细胞分离结束的时期;图2B). 从细胞周期开始到G2期,密度逐渐下降约5%,随后在有丝分裂和胞质分裂期间稳步上升(图2C,图2——图补充1A). 与体积相比,干质量在整个细胞周期中稳步增加,没有任何明显的转变(图2D). 这些测量结果表明,在有丝分裂和胞质分裂期间,密度增加是体积增长停止时持续物质积累的结果。

我们使用互补方法确认了这些密度变化。我们使用悬浮微通道谐振器(SMR)在两种不同密度的溶液中测量单细胞的浮力质量,从而得出单细胞浮力密度和体积(Grover等人,2011年; 材料和方法)。SMR测量结果表明,裂变酵母的平均浮力密度为1.108±0.005 g/mL,中等大小细胞的浮力密度低于大小细胞(图2E,图2——补充图1B、C)与我们基于QPI的细胞周期依赖密度观察结果一致(图2C,图2——图补充1A). 正如预期的那样,由于各自测量的性质不同,浮力密度的相对变化远小于干密度的变化:干密度仅占浮力密度中的一小部分,因为细胞主要由水组成,因此相对变化被放大了(FeijóDelgado等人,2013年). 用全息方法也证实了密度的一般细胞周期变化(图2——补充图1D、E; Rappaz等人,2009年).

我们还发现了细胞出生时密度的额外变化。在胞质分裂结束时,隔膜的中间层被消化,子细胞分离(Martín-Cuadrado等人,2003年;Hercyk等人,2019年). 在这5-10分钟的时间内,隔膜在两侧向外凸出,形成新端的圆形,这是一个由膨胀压力驱动的物理过程(Atilgan等人,2015年). 单个细胞的QPI分析显示,细胞分离后5分钟内密度持续下降(图2F,图2——补充图2); 在此期间,细胞体积增加了约5%,而密度减少了约5%(图2F). 密度变化的幅度和速度表明,细胞分离时的体积增加主要是由于吸水膨胀所致。因此,密度似乎与体积膨胀的动力学直接相关。

我们对细胞尺寸和细胞内密度的精确测量提供了整个细胞周期中干物质动力学(生物合成)的定量表征。干物质积累的绝对速率在细胞周期中稳步增加(图2D). 干物质动力学在自然界中更具指数性而非线性(图2G,图2——图补充3A),如线性拟合与指数拟合的比较所示(图2G)以及归一化质量增长动力学(图2——图补充3A). 因此,在有丝分裂和胞质分裂期间,质量合成的绝对速率高于细胞周期开始时的速率,即使细胞在周期后期体积增长缓慢。因此,大规模生产与产量增长没有紧密耦合。这些测量结果表明,有丝分裂和胞质分裂的密度增加是由于体积增长停止时持续的物质积累造成的。

细胞周期扰动加剧细胞周期依赖性密度变化

我们的数据表明,细胞内密度在有丝分裂和胞质分裂期间增加,这是由于生物合成持续不减,而体积增长减慢的结果;相反,由于体积增长速度超过质量合成速度,密度在相间降低。然而,这些动力学的起源仍未解决。一种可能性是质量合成和体积增长的相对速率没有直接耦合;随着质量呈指数级增长,密度变化随之间接出现,这是细胞周期调节体积膨胀的结果,而体积膨胀是由细胞极性程序控制的,这些程序将细胞壁生长机制重定向到细胞中部,以便在胞质分裂前形成隔膜(Simanis,2015年;Ray等人,2010年;Martin和Arkowitz,2014年). 或者,每个细胞周期阶段的密度可以由特定的细胞周期调节器直接编程到特定的水平。另一种可能性是密度变化可能是由于细胞周期无关的振荡器,如代谢振荡器(Papagianakis等人,2017年;Liu等人,2020). 为了区分这些模型,我们研究了在细胞周期的特定阶段阻止或延迟细胞的后果(图3A). 如果没有严格的生物合成控制,那么当有丝分裂或胞质分裂受阻时,质量应继续累积,密度应达到比正常细胞更高的水平,反之,在延长的间期密度应低于正常水平。如果密度根据细胞周期阶段调整为特定水平,则密度水平在细胞周期延迟期间不应改变,超过每个阶段的适当范围。如果与细胞周期无关的振荡器控制密度变化,那么即使在细胞周期停止期间振荡也可能继续(诺瓦克和米奇逊,1986年;米奇逊,2003年).

G2阶段的扩展S.pombe公司细胞周期导致细胞伸长和细胞密度降低。

(A类)裂变酵母细胞周期示意图,突出显示了cdc25温度敏感突变体延迟G2-M转变。(B类)cdc25-22型将细胞从25°C的允许温度转移到32°C的半允许温度,以延长G2期,导致细胞持续伸长。显示了一个代表性单元的QPI密度图。注意,在细胞伸长过程中密度降低。(C类)基于QPI的体积(左)、密度(中)和干质量(右)测量cdc25-22型与相同条件下的野生型细胞(蓝色)相比,在分裂前相对于其出生长度生长至少2.5倍的细胞(红色)。从细胞出生到延伸率降低到20 nm/min(作为有丝分裂过渡的指示),测量值一直保持一致。曲线是平均值,着色区域表示一个标准偏差。

首先,我们测试了密度是否会在S.pombe公司细胞在间期经历长时间的生长。我们延迟了对温度敏感的细胞cdc25-22型突变(Nurse等人,1976年)通过将其从室温移至半允许温度(32°C),在G2阶段。这些细胞继续从顶端生长,形成异常伸长的细胞(图3B、C)在划分之前。为了将重点放在长时间处于G2期的细胞上,我们将分析局限于长度超过其初始长度2.5倍的细胞。在这些突变细胞中,在其延长的2–3小时的G2期内,细胞内密度比野生型细胞进一步下降(约8%cdc25-22型细胞数为267±19至245±6 mg/mL,而野生型细胞数为约5%(267±11至250±6 mg/mL)(图3C). 没有证据表明在延长的G2期存在密度振荡,这与细胞周期无关的振荡是正常细胞周期中密度变化的原因相矛盾。这些数据表明,密度在G2期下降,因为体积增长速度继续略快于生物合成速度。

其次,我们测试了在有丝分裂中停滞的细胞是否显示细胞内密度增加(图4A). 我们使用一种对温度敏感的切割7-446有丝分裂纺锤体组装中的突变体(驱动蛋白-5)缺陷(Hagan和Yanagida,1990年). 使用QPI,我们追踪了从有丝分裂开始到隔膜形成最早迹象的细胞内密度。正如预期的那样,在非许可温度下,该间隔更长切割7-446细胞(20–30分钟)比野生型细胞(10–20分钟;图4B、C). 在这个有丝分裂期,野生型和切割7-446细胞以相似的速度增加(图4B,C):因此剖面图7-446细胞导致了更大的密度增加(7%切割7-446270±12至288±14 mg/mL,而野生型细胞为5%,为264±11至278±13 mg/mL)。

有丝分裂和胞质分裂中的细胞周期阻滞导致细胞内密度增加S.pombe公司.

(A类)温度敏感突变体切割7-446(纺锤体驱动蛋白-5)和cdc16-116分别阻断有丝分裂和胞质分裂的细胞周期。(B类)切割7-446细胞从25°C转移到30°C以延迟有丝分裂进程。两个代表性细胞的QPI有丝分裂延迟了约20分钟,直到分裂开始(30分钟的时间点)。注意,在有丝分裂阻滞期间密度继续增加。(C类)基于QPI的体积(左)、密度(中)和干质量(右)测量切割7-446有丝分裂进入细胞(t吨=0)通过胞质分裂时隔膜的形成。曲线是平均值,着色区域表示一个标准偏差。(D类)cdc16-116细胞从25°C移动到34°C以阻止细胞分裂。显示了五个代表性单元的QPI。cdc16细胞通常没有完成细胞分离,并且经常在没有伸长的情况下组装额外的隔膜。请注意,在这种细胞因子阻滞期间密度增加。(E类)基于QPI的体积(左)、密度(中)和干质量(右)测量cdc16-116第一隔膜起始的细胞(t吨 = 0). 野生型细胞在约20分钟后分离(虚线),然后跟踪子细胞的行为,以与cdc16型细胞(计算两个子细胞的体积和干质量)。曲线是平均值,着色区域表示一个标准偏差。

第三,我们在胞质分裂中阻止细胞,再次测试密度的增加(图4A).cdc16-116突变细胞在限制温度下阻止胞质分裂,从而反复制造隔膜而不伸长(Minet等人,1979年). 从25°C转变到非允许温度(34°C)后,维持细胞动力学停滞的细胞胞质密度继续增加;90分钟后的密度比细胞分裂素活性野生型细胞高20–30%(图4D,E). 因此,生物合成在有丝分裂或胞质分裂的延长过程中持续进行,导致异常高的细胞内密度。

最后,我们询问抑制体积增长是否足以增加细胞质密度。我们之前的研究表明,两种减缓体积增长的处理(渗透振荡和布雷费尔丁A处理)导致细胞质密度增加(Knapp等人,2019年). 然而,由于这些治疗并不能完全阻止体积增长和/或导致细胞死亡,我们用F-actin抑制剂latrunculin A治疗野生型细胞,该抑制剂可使尖端生长立即停止,与细胞周期阶段无关(Pan等人,2014年;Mutavchiev等人,2016年). QPI密度图显示,无论细胞周期处于哪个阶段,latrunculin A处理都会使所有细胞立即停止顶端生长并开始稳定增加密度(图5A、B). 1小时后平均密度增加约20%(图5B). 不同大小的细胞密度也有类似的增加(图5——图补充1). 然而,我们注意到,与有丝分裂和胞质分裂停止相比,latrunculin A治疗期间的质量增加是可变的,平均增加速度比正常生长期间慢(图5B,图2D),表明生物合成部分减缓和/或降解增加。

latrunculin A对细胞周期诱导的生长抑制导致细胞内密度增加S.pombe公司.

(A类)无论细胞周期处于哪个阶段,Latrunculin A处理都会抑制细胞生长并增加细胞内密度。用200μM latrunculin A处理指定时间的细胞周期不同点的三个野生型细胞的代表性QPI密度图。作为对照,细胞用1%二甲基亚砜处理;生长继续,密度保持相对恒定。(B类)从治疗开始,基于QPI的latrunculin A(LatA)处理或DMSO处理野生型细胞的体积(左)、密度(中)和干质量(右)测量(t吨=0)。由于治疗期间持续的大量合成,生长停止,密度增加。注意,DMSO对照组的平均密度略有上升,这是由于在细胞分裂后分析中去除了异步群体中的细胞。曲线是平均值,阴影区域表示一个标准偏差。

图5-源数据1

的源数据图5关于latrunculin A处理对细胞内密度的影响。

https://cdn.elifesciences.org/articles/64901/elife-64901-fig5-data1-v2.xlsx

综上所述,这些结果表明,细胞周期停滞期间,细胞密度差异加剧,抑制体积增长足以增加细胞内密度。这些发现与密度设定在细胞周期阶段特定水平或涉及细胞周期无关振荡器的模型不一致。相反,我们的结果强烈支持一个模型,即细胞内密度的变化是由细胞周期依赖的体积增长率变化引起的。

极化密度梯度与尖端生长模式有关

分裂酵母细胞有一种众所周知的体积增长模式,在细胞分裂后,旧端在细胞出生后很快开始顶端生长,而在G2的中途,新端的顶端开始生长,但速度慢于旧端(或不是全部)(米奇逊和护士,1985年;Chang和Martin,2009年). 正如预期的那样,我们的延时数据显示,新旧末端在周期过程中平均分别增长约4和2µm。在QPI密度图中,我们注意到许多细胞表现出细胞内密度梯度,其中活跃生长的末端密度似乎低于非生长的末端(图6A). 我们假设这些亚细胞梯度反映了细胞两端尖端生长的差异。与我们的假设一致,增长较慢的新端通常比增长较快的端密度更大(图6A). 在一些细胞中,快生长端和慢生长端的密度差异约为平均总密度的10%(图6A). 整个细胞周期两端的平均密度差为~15 mg/mL,相当于平均总密度的~5%(图6B). 解决新旧两端宽度(以及盖玻片上方高度)差异对相移的影响(图6——图补充1A),我们将分析范围限定在较窄的宽度范围内,发现局部密度和尖端生长高度相关(图6——补充图1B). 具有不同密度的相邻隔室的胞质分裂后细胞示例(图7,图7-图补充1)进一步指出,这些差异不能简单地用宽度差异来解释。通过使用异硫氰酸荧光素(FITC)染料对细胞进行总蛋白和RNA染色,我们进一步证实了存在空间梯度。仅从旧端生长的单极细胞新旧端的FITC强度相差约5%(图6——图补充2),与QPI密度图中的梯度一致。由于叶尖生长受肌动蛋白依赖机制调节(Pan等人,2014年;Mutavchiev等人,2016年;Chang和Martin,2009年),我们测试了梯度的维持是否依赖于F-actin或尖端生长:我们发现在用latrunculin A处理的细胞中,空间密度梯度随着时间的推移而持续存在(图6——补充图1C). 这些结果表明,细胞内密度梯度是稳定的,并与局部生长模式有关,并且它们的维持不需要活性生长或F-肌动蛋白。

细胞内密度梯度与叶尖生长呈负相关庞贝乳杆菌.

(A类)顶部:显示细胞内密度梯度的代表性细胞的QPI。中间:垂直于长轴的切片测量密度。底部:新端(非生长或缓慢生长)的密度高于旧端(生长)。(B类)在许多细胞中,新旧两端的密度差异很大。使用时间间隔QPI测量每个细胞末端3µm范围内区域的密度。图中显示的是整个细胞周期中平均的细胞极点之间的密度差。方框从第25百分位延伸至第75百分位,中间值作为水平条。晶须表示不被视为异常值的极值点(n个=78个单元格)。(C类)在旧(蓝色)和新(红色)端的3µm区域中测量整个细胞周期内尖端生长的平均密度和数量。在细胞周期过程中,旧末端比新末端生长得更快,平均密度更低。方框和胡须图如所述(B类). (D类)代表性细胞在间期、隔膜形成开始、隔膜形成较晚和细胞分裂后的QPI密度图。间期细胞的细胞内密度梯度随着时间的推移保持不变,并传递给子细胞。(E类)不对称密度模式传播到下一个细胞周期。母细胞两端的密度差异与子代子细胞之间的密度差异相关。图中显示了在细胞分裂前5分钟(蓝色)或35分钟(红色)时,子细胞密度差与母细胞相应一半之间的皮尔逊相关系数。母细胞的两半在后期表现出更大的密度差异范围,此时它们与子细胞之间的密度差异更为一致。

隔膜的弯曲揭示了细胞内密度和渗透压之间的联系。

(A类)左图:的QPI密度图mid2∆细胞细胞分离延迟显示两个子细胞间存在弯曲间隔和密度差异。请注意,在这张图片中,所有细胞的隔膜都是弯曲的,远离致密的隔室。右图:多层次mid2∆细胞,由两个隔膜界定的内部隔室表现出比周围隔室更高的密度;在这种情况下,两个隔膜通常都会弯曲,远离高密度的隔间。 (B类)隔膜弯曲的方向几乎总是朝向密度较低的子细胞。在子细胞隔室之间的密度差异最大时测量弯曲隔膜的方向。(C类)间隔弯曲方向和子细胞间密度差的符号随时间波动的细胞示例。在底部隔室减少而顶部隔室密度增加后,隔膜向相反方向弯曲,这与弯曲与密度差异之间的相关性一致(B类).

我们注意到,在细胞分裂后,子细胞之间的密度不对称,其中一个子细胞的密度高于其姊妹细胞。时间推移成像显示,间期形成的细胞内密度差异通常通过细胞分裂传播,并与胞质分裂后子代子代细胞之间的密度差异相关(图6D、E). 因此,亚细胞密度变化足够稳定,可以世代传播。

细胞密度差异与细胞内渗透压有关

接下来,我们确定了5-20%的密度变化(正常生理状态下细胞内和细胞间观察到的大小)是否会产生生理后果。与细胞内密度潜在相关的一个变量是大分子拥挤。预计高浓度的大分子会产生可能影响细胞力学的胶体渗透压(米奇逊,2019年). 如上所述,分隔细胞子隔室的密度往往不同(图6D、E); 这些差异在有细胞视觉缺陷的细胞中常常加剧,例如中期1,中段2、和cdc16细胞。我们注意到,这些子细胞之间的隔膜通常从更致密的隔室弯曲(图7A,图7-图补充1A). 在多隔细胞中也观察到类似的情况,其中内部细胞室的体积增长受到两个隔的限制,密度增加(图7A,右侧)。以前的研究(Atilgan等人,2015年)据报道,隔膜是一种弹性结构,可用作生物传感器,报告隔室之间的渗透压差。例如,当一个女儿被激光显微手术溶解并失去膨胀压力时,隔膜就会从完整的女儿身上凸出(Atilgan等人,2015年). 隔膜弯曲的时间波动被认为是由子细胞之间的压差波动引起的(穆尼奥斯等人,2013年).

为了研究密度差异和隔膜弯曲之间的关系,我们重点关注mid2∆细胞。Mid2是一种苯胺同源物,在晚期胞质分裂中调节七肽;mid2∆突变体在细胞分离中表现出较长的延迟(1-2小时),因此群体中的大多数细胞都有一个或多个隔膜(Berlin等人,2003年). 我们使用QPI跟踪细胞内密度随时间的变化,并确定每个细胞在隔膜形成后达到最大密度差的时间。在71%(64/90)表现出隔膜弯曲的细胞中,97%(62/64)表现出隔膜在最大密度差时远离较高密度的隔室弯曲(图7A),平均最大差值为16±5%(图7B). 在2/90个细胞中,隔膜以相反的方式弯曲,朝向密度较低的隔间;在这些罕见的情况下,最大密度差异明显较低(5%;图7B)可能代表隔膜在方向上波动的情况。事实上,在一个细胞中,隔膜弯曲的波动方向与子细胞之间密度差符号的交替一致(图7C). 在隔膜看起来平坦的情况下,密度差大大低于隔膜弯曲的细胞(约4.5%)。观察到密度差异低至5-10%时出现隔膜弯曲,表明在正常细胞周期过程中密度变化(图2),细胞内周期阻滞细胞(图3,45)或在生长和非生长细胞尖端之间(图6)可能反映了压力介导的压力发生了实质性变化。

讨论

这里,我们建立了一种基于z-用于量化活细胞内细胞密度动态的亮场图像堆栈。我们发现指数期分裂酵母细胞的干密度为282±16 mg/mL(图1C-E)浮力质量密度为1.108±0.005 g/mL(图2E),与其他生物体的测量结果相当(Neurohr和Amon,2020年;Bryan等人,2010年). 野生型裂变酵母细胞的密度在整个细胞周期中有系统地变化,变化范围为~10%(图2C)而干物质合成的相对速率在整个细胞周期阶段保持不变(反映出指数累积)(图2F、G). 这些定量研究结果利用细胞尺寸的精确亚像素测量和自动分析平台,与使用其他方法对裂变酵母进行的定性密度研究一致(Rappaz等人,2009年;米奇逊,1957年;Stonyte等人,2018年).

我们的数据支持一个模型,在该模型中,细胞周期中的这些密度变化是体积增长程序化变化的产物,伴随着恒定的相对质量生物合成速率。因此,体积生长和生物合成在整个细胞周期中没有紧密耦合。在G2期尖端生长期间,细胞内密度稳步下降(图2C3C公司)表明在此期间,体积增长速度超过了生物合成速度。有丝分裂和胞质分裂期间密度稳步上升(图2C)当体积增长停止或减缓时。子细胞分离后(细胞出生),随着新细胞端的扩张,细胞体积迅速增加,密度下降(图2F; Atilgan等人,2015年)可能是由于水侵。

与此模型一致,细胞周期进展或体积增长的扰动直接加剧了密度变化。cdc25随着细胞异常伸长,G2期延迟的突变体表现出密度的稳定下降(图3)这让人联想到在很大的芽殖酵母细胞和衰老哺乳动物细胞中观察到的细胞质稀释(Neurohr等人,2019年). 纺锤体检查点有丝分裂停止期间(剪切7)或通过调节SIN途径抑制胞质分裂(cdc16),体积增长减缓,但质量合成不受影响,导致密度稳定增加(图4C、E). latrunculin A对细胞生长的抑制导致密度稳定增加,而与细胞周期阶段无关(图5). 这些发现表明,任何影响细胞周期进展或生长的扰动都可能改变密度动力学。细胞周期阻滞通常用于细胞同步化,通常是为了应对DNA损伤等压力而触发的。我们的研究表明,这种扰动并不像人们通常认为的那样无害;停搏不仅影响细胞周期进展和细胞大小,还引起细胞内密度的变化和其他潜在的下游生理变化。

我们的研究提供了整个细胞周期中单个分裂酵母细胞质量动力学的定量测量。我们发现大量积累是连续的,与以前的研究一致(米奇逊,1957年;Stonyte等人,2018年). 值得注意的是,我们的定量测量表明质量动力学本质上是指数的(图2D,G,图2——图补充3A)与其他细胞类型的研究结果一致(Godin等人,2010年). 有趣的是,对其他细胞类型的密度和生长的研究报告了一些不同的细胞周期模式。在芽殖酵母中,浮力密度在G1早期最低,在芽形成时在G1晚期和S期上升(Bryan等人,2010年). 此外,与我们在裂变酵母中的发现不同,S期和M期细胞周期阻滞以及latrunculin A处理不会导致芽殖酵母中浮力密度的增加(图5). 在人类细胞中,大规模生长在有丝分裂早期继续,但在中期停止,在胞质分裂晚期恢复,可能伴有细微的振荡(Liu等人,2020;Miettinen等人,2019年). 在细胞周期的大部分时间里,人类细胞的密度是恒定的,但有丝分裂减少(浮质减少0.5%,相当于干质密度减少>10%),同时有丝分裂四舍五入期间体积增加10-30%;然后胞质分裂密度略有增加(Son等人,2015年;Zlotek-Zlotkiewicz等人,2015年). 在细菌中大肠杆菌,密度从出生到分裂略有不同,但表面积与质量的比率相对恒定,这表明生物合成与表面积合成有关(Oldewurtel等人,2019年). 在这里,我们发现在裂变酵母中,质量与表面积的关系也比体积更密切,特别是当隔膜两侧的表面积被考虑在内时(图2——补充图3B–D). 然而,例如latruculin A处理的细胞(图5B)证明了物质积累和表面积增长不是密不可分的,可以解耦。细胞密度调节的一般规则是否会从生物体和细胞类型之间的比较中产生,还有待观察。

我们的发现也为体积生长速率和亚细胞密度调节之间的关系提供了见解。裂殖酵母细胞通过顶端生长进行生长,这涉及到新细胞壁和质膜在生长顶端的延伸和组装;这种生长是通过细胞极性机制、胞吐作用、壁生长和机制以及膨压的复杂整合来实现的(Martin和Arkowitz,2014年;Chang和Martin,2009年). 除了体积增长对密度的全球影响外,我们发现的密度模式的有趣极化(图6)提示尖端生长更直接地影响局部细胞密度模式。空间梯度表明,局部密度与叶尖生长相关,生长端密度较低(图6C). 目前尚不清楚是什么细胞成分导致了这种空间格局,以及它们是在生长细胞尖端被积极耗尽还是集中在非生长区域。FITC染色显示总蛋白/RNA分布不对称(图6——图补充2).这种梯度可能是由膜结合或无膜细胞器的分布引起的;除非存在扩散屏障(可能是原子核),否则它不太可能由可溶、自由扩散的粒子产生。我们注意到,在受损(羰基化)蛋白质的免疫荧光中检测到极化模式,这可能会影响复制老化(Erjavec等人,2008年). 在间期建立的极化密度模式通常通过细胞分裂传播,并似乎由子细胞遗传,导致谱系间密度的差异(图6D、E). 这些模式如何导致细胞谱系中的不对称行为,如生长模式和衰老,仍有待探索(Chang和Martin,2009年;Erjavec等人,2008年). 哺乳动物细胞中也观察到密度的空间异质性;这些模式是否与细胞形状、细胞器或细胞质密度的变化有关尚待确定(Oh等人,2019年;Choi等人,2007年;Tolde等人,2018年).

细胞内密度变化对细胞功能的影响才刚刚开始被认识到。我们观察到的5-20%的密度变化可能会影响细胞质中大多数(如果不是全部)细胞成分的浓度,这可能会对细胞反应的生物化学以及大分子拥挤和粘度产生深远的影响,例如通过影响扩散(米奇逊,2019年;Neurohr等人,2019年;van den Berg等人,2017年;Zhou等人,2008;吕比·菲尔普斯,2000). 我们发现的一个有趣的暗示是,观察到的密度变化可能意味着细胞质物理性质的细胞周期依赖性和空间变化。在这里,我们提供了证据表明密度也会影响细胞力学,从而影响细胞形状。子隔室之间的细胞内渗透压和密度差异强烈耦合,弹性隔室壁的弯曲证明了这一点(图7). 密度可能通过对大分子拥挤的影响来影响压力,大分子拥挤会产生与水的置换相关的胶体渗透压(米奇逊,2019年). 胶体渗透压的差异被认为会影响核的大小(米奇森,2019;Harding和Feldherr,1959年),但实验证据表明拥挤与力的产生有关体内总体上仍然不足。因此,我们的发现为以下观点提供了重要支持:不同密度的大分子可以产生足够大的胶体渗透压差异,从而改变细胞形状。我们推测,细胞分裂时密度的增加可能通过增加膨胀压力提供机械力,以促进细胞间的分离和细胞壁的膨胀(Atilgan等人,2015年),并可能影响其他细胞周期阶段细胞壁内的机械应力分布。

尽管密度发生了这些变化,但作为一个种群,细胞的密度分布保持相对紧密(CV~6%;图1C),表明存在维持密度水平的稳态机制。事实上,与体内平衡相一致,我们的发现表明在细胞周期过程中密度波动得到了部分修正(图1D). 一种可能的体内平衡机制是通过调节体积增长率。在裂变酵母中,随着密度增加的扰动,体积增长率急剧增加,密度恢复正常(Knapp等人,2019年). 密度如何影响体积增长率,可能是通过某些细胞内因子的浓度或通过对细胞内压力的影响,尚待阐明。在其他情况下,细胞也可能通过调节生物合成速率来保持密度(Miettinen等人,2019年). 需要进一步研究细胞密度对特定细胞过程的影响,以了解密度变化对细胞生理学的全部影响。

材料和方法

关键资源表
试剂类型
(物种)或资源
任命来源或参考标识符附加
信息
应变,应变背景(葡萄裂殖酵母)野生型S.pombe公司其他FC15,
小时-野生型菌株972
图1,2,,4,56;图1——图补充1,图2——图补充1,
图2——补充图2,图2——补充图3,图5——图补充1,图6——图补充1
FC实验室收集;https://www.uniprot.org/taxonomy/284812
遗传试剂
(S.pombe公司)
cdc25-22型突变体其他FC342,
小时-cdc25-22型
图3;
FC实验室收集;https://www.pombase.org/genotype/cdc25-22-C532Y-氨基_acid_mutation-expression-not_assayed
遗传试剂
(S.pombe公司)
切割7-446突变体其他FC1455,
小时-剪切7-446 leu1-32
图4;
FC实验室收集;https://www.pombase.org/genotype/cut7-446-I954T-amino_acid_mutation-expression-knockdown
遗传试剂
(S.pombe公司)
cdc16-116突变体其他FC13,
小时-cdc16-116
图4;
FC实验室收集;https://www.pombase.org/genotype/cdc16-16-unknown-unknow-n-expression-not_assayed
遗传试剂
(S.pombe公司)
中段2突变体其他FC881型
小时-mid2::kanMX ade6 leu1-32
尿苷-D18
图7;
FC实验室收集;https://www.pombase.org/genotype/mid2delta
遗传试剂
(S.pombe公司)
gpd1号机组突变体其他FC3291,
小时-gpd1::hphMX6ade6-M216leu1-32 ura4-D18his3-D1
图6——图补充2
FC实验室收集
肽、重组蛋白牛血清白蛋白西格玛-奥尔德里奇类别号:A3608
肽、重组蛋白凝集素西格玛-奥尔德里奇类别号:1395加元
肽、重组蛋白RNA酶赛默飞世尔类别号:EN0531标准
化合物、药物Latrunculin甲阿巴卡姆类别号:约144290
化合物、药物车身493/503赛默飞世尔类别号:D3922号
化合物、药物FITC公司西格玛-奥尔德里奇类别号:2250英镑
化合物、药物OptiPrep公司西格玛-奥尔德里奇类别号:D1556型
软件、算法Matlab公司数学作业R2019a号机组
软件、算法菲吉https://imagej.net/Fiji/下载v.1.53c
软件、算法检索相位信息的算法https://bitbucket.org/kchuanglab/quantitative-phase-imaging/src/master/ Bostan等人,2016年
软件、算法形态计量学SimTK:形态计量学:项目主页Ursell等人,2017年
其他CellASIC Onix2微流体控制系统默克公司类别号:
CAX2-S0000
其他CellASIC ONIX微流控板默克公司类别号:Y04C-02-5PK型
其他光学滤波器Chroma技术类别号:D680/3米

菌株和细胞培养

请求详细的协议

全部S.pombe公司本研究中使用的菌株列在关键资源表中。繁殖和生长的方法S.pombe公司细胞如中所述Moreno等人,1991年一般来说,培养物在30°C下的3mL YE5S培养基中在旋转摇床上培养过夜至OD600~1,稀释至OD600~0.1,培养至OD600约0.3用于成像。温度敏感突变体cdc25-22型细胞(和野生型对照细胞)首先在室温下生长;成像开始90分钟后,温度升高至32°C。温度敏感突变体cdc16-116细胞(和野生型对照细胞)首先在25°C下生长,然后在显微镜上用预先加热到34°C的温控外壳成像。温度敏感突变体切割7-446细胞(和野生型对照细胞)首先在25°C下生长,然后在显微镜上用温控箱预热至30°C成像。

单细胞成像

请求详细协议

使用配备680 nm带通滤波器(D680/30,Chroma Technology)的Ti-Eclipse倒置显微镜(尼康),在60X(NA:1.4)DIC油物镜(尼肯)的照明路径中采集图像。在成像之前,配置Koehler照明,并将10 ms曝光时间下的峰值照明强度设置为Zyla sCMOS 4.2相机(Andor Technology)的动态范围的中间值。µ管理器版本1.41(Edelstein等人,2014年)用于自动获取z(z)-在焦平面周围(总共25个成像平面),从±3µm开始,将步长为250 nm的亮场图像堆叠起来,以确保大量过采样,从而有助于校正z-在每次实验过程中,以5分钟或10分钟的间隔,以倍数(x、 年)位置。

微流体学

请求详细协议

使用由ONIX或ONIX2(Millipore)微流体泵系统控制的细胞微流体流动细胞板(Millipore,Y04C)进行成像。YE5S介质被加载到除一个储液罐外的所有储液罐中;剩余的孔在YE5S中装载100 mg/mL牛血清白蛋白(BSA)(Sigma-Aldrich)。液体在5psi(相当于34.5kPa)下从所有六个通道流出至少5分钟,然后从含有YE5S的井流出5分钟,以冲洗缓冲液并填充通道和成像室。在整个装载过程中,板被保存在温度控制的外壳(OkoLab)中。然后将细胞转移到适当的孔中,并装载到微流体成像室中,使得最初捕获少量细胞,并施加YE5S流。为了确保成像过程中腔室中的液体完全交换,在采集图像之前至少40秒切换流道。每隔约2小时,在成像的一个时间点激活BSA流,以校准QPI测量值。

图像分析以检索相移

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为了减少后处理时间,每个z-堆栈被裁剪成一个方形区域,其中包含感兴趣的单元格和至少40个像素的边界,然后确定焦平面。该种植首先使用FIJI v.1.53c在阈值标准偏差内确定感兴趣区域(ROI)z-每个亮场的投影图像z-堆栈。使用自定义Matlab R2019a(Mathworks)脚本,将图像裁剪为ROI,并计算每个ROI中像素的标准偏差。焦平面是根据具有最低标准偏差的堆栈中的图像定义的。焦平面上方和下方各有三张图像,相隔500 nm,用于量化细胞质密度。基于这些图像,使用自定义的Matlab脚本计算相位信息,该脚本实现了先前发布的算法(Bostan等人,2016年). 简而言之,该方法将电池的相位信息与沿z-方向。焦平面上方和下方的等距离焦图像用于估计不同离焦距离下的强度变化。以非线性迭代方式重建相移图,以求解密度传递方程。

细胞质密度定量

请求详细协议

使用Matlab,通过将高斯拟合到相移图直方图(对应于背景像素)的最高峰值,并移动每个像素,使背景强度峰值对应于零相移,对图像进行背景校正。这些背景校正的相移图被转换为二值图像,使用分水岭进行细胞分割;必要时,对二值图像进行手动校正,以确保准确分割。使用形态计量学对二值图像进行分割(Ursell等人,2017年)生成亚像素分辨率的单元格轮廓。

使用自定义Matlab代码对每个单元格轮廓进行骨架化,如下所示。首先,使用每个单元格周围最接近的矩形来定义单元格的长轴。垂直于长轴,以250 nm的间隔计算截面线及其与细胞轮廓的交点。然后更新中心线,使其穿过两个轮廓相交点之间的每条剖切线的中点。每个剖切线的坡度都已更新为垂直于中心线围绕中点的坡度。删除了与相邻线相交的剖切线。假设旋转对称,通过计算每个截面的体积或面积来计算细胞体积和表面积。极点的体积和面积是在假设一个规则的球形帽的情况下计算的。

为了将每个细胞内相移的平均强度转换为绝对浓度(单位为mg/mL),首先计算所有时间点上所有细胞的平均值。然后,规定浓度的BSA(通常为100 mg/mL)引起的相移减少被定义为BSA成像时间点前后相移的平均值与BSA时间点期间相移的差值。这种强度差异建立了相移强度和BSA浓度之间的校准标度(图1B). 然后将细胞的平均相移除以上述比例因子,计算出每个细胞的细胞质密度。每个细胞的质量是根据其平均密度和体积推断出来的。

BSA校准

请求详细协议

用凝集素(Sigma-Aldrich,L1395)(水中0.1 mg/mL)处理通道载玻片(µ-载玻片VI 0.4,ibidi)约5分钟,用YE5S清洗,添加细胞并培养约5分钟以允许附着。用YE5S冲洗去除未附着的细胞。新鲜制备YE5S中的BSA溶液(Sigma-Aldrich,A3608)。首先在YE5S培养基中对培养箱中的附着细胞进行成像,然后将其瞬时转移到含有不同浓度BSA的YE5S。

脂滴染色

请求详细协议

用BODIPY 493/503染料对脂滴进行染色(Thermo Fisher,D3922)(Meyers等人,2016年). 在无水乙醇中制备100 mM BODIPY等分试样(10µL)。然后在真空下在干燥器中蒸发乙醇,并将干燥的等分样品储存在4°C下以供长期储存。使用时,将等分试样重新溶解在10µL无水乙醇中,并将1µL添加到YE5S中每单位细胞密度(OD)的1 mL细胞培养物中600=0.1,在室温下避光培养约1分钟。然后将细胞在0.4 rcf的微型离心机中造粒1分钟,并用新鲜YE5S交换培养基。细胞被发现在琼脂糖垫上,并通过连接到尼康Ti-Eclipse倒置显微镜的一个端口上的旋转盘共焦系统(横河CSU-10),使用EM-CCD相机(滨松)进行成像,该系统带有488 nm激光。平行,明亮视野z-为QPI采集堆栈图像。

延时成像数据集的线性跟踪

请求详细协议

首先,根据中心之间的距离和大小差异(横截面积),将实验开始时出现的每个细胞与下一帧中最近的细胞联系起来。如果连续时间点之间的中心在20像素(~2µm)以内,并且横截面积大于前一时间点面积的70%,则认为该细胞是相同的。重复此过程以定义沿袭,直到违反任一要求(通常是由于细胞分裂),此时使用最早的未分配细胞初始化新沿袭。对所有血统进行目视检查,必要时进行纠正。

极地生长和密度量化

请求详细协议

为了分别量化新末端和旧末端的生长,确定了诸如细胞轮廓上的出生疤痕等可信标记,从这些标记可以测量细胞周期开始和结束时到每个极的距离。通过提取每个时间点极点3µm范围内区域密度值直方图的峰值,然后计算随时间点的平均值,计算每个极点区域的密度。FITC染色(Knapp等人,2019年),细胞在30°C的YE5S液体培养物中以指数期生长。将一毫升细胞培养物固定在4%甲醛(Thermo Scientific,Cat.#28906)中60分钟,用磷酸盐缓冲盐(PBS)清洗,并保存在4°C下。然后将200微升的固定细胞分裂成两个单独的管,其中一个用0.1mg/mL RNA酶(Thermo Scientific,Cat.#EN0531)处理,并在37°C下摇动培养两个管2小时。接下来,在PBS中清洗细胞,并用50 ng/mL FITC(Sigma,Cat.#F7250)在PBS内染色30分钟,然后在PBS里清洗三次。细胞安装在PBS+1%琼脂糖垫上,在明亮的视野中成像,并在旋转圆盘共焦显微镜上用488 nm激光照射。用300 nm采集图像z-步骤。单极性细胞(仅生长在旧端的细胞)是根据细胞形状手动选择的,就像一个人在没有接触荧光图像的情况下在明亮的视野图像中看到的那样。根据新生瘢痕在新末端的位置以及生长和非生长细胞末端的特征曲率,将细胞指定为单极。对于每个选定的细胞,从单个内侧焦平面的图像计算FITC强度值,三个内侧300 nm的总和z-切片,或z-包含整个单元格的切片。为了测量沿长轴的强度分布,在沿长轴1.2µm宽的条纹中测量FITC信号。减去背景强度,并将强度标准化为每个细胞内沿线条轮廓的最大强度。为了比较旧端(OE)和新端(NE。

悬浮微通道谐振器(SMR)测量

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基于SMR的密度和体积测量是根据先前报告的流体切换方法进行的(Grover等人,2011年). 简而言之,SMR通过在培养基中流过振动悬臂梁并测量振动频率的变化来测量细胞的浮力质量。然后将细胞与由50%培养基和50%OptiPrep(Sigma-Aldrich)组成的密度更高的培养基混合,并在10 s后通过悬臂回流,以获得第二个浮力质量测量值。根据两种流体的已知密度,从两个连续的浮力质量测量值计算细胞体积和密度(Grover等人,2011年). 每个细胞在30°C的培养基中从贮存器连续冲洗到系统中。每小时测量一次,水库就会从指数相培养中补充。

SMR器件是在CEA-LETI(法国格勒诺布尔)制造的。SMR的物理尺寸和操作以及数据分析与Miettinen等人,2019年;Kang等人,2019年简而言之,SMR悬臂梁在SMR芯片下方使用压电陶瓷板以第二弯曲弯曲模式振动。悬臂梁的振动频率是使用悬臂梁底部的压电电阻器测量的。使用数字控制平台以反馈模式驱动悬臂梁,其中从压阻器获取的振动频率信号被延迟、放大,并用作驱动信号来驱动悬臂梁。使用两个电子压力调节器和电磁阀控制流体流量,用于对含有培养基的小瓶加压。通过悬臂梁的典型细胞转运时间为150 ms。通过将SMR和培养基小瓶安装在与加热水浴相连的铜支架上来控制系统温度。所有SMR操作均使用National Instruments控制卡和自定义LabVIEW(2012)代码进行控制。使用之前报告的自定义Matlab代码对频率数据进行分析,该代码测量每个单元通过悬臂梁时的最大频率变化(Kang等人,2019年). 使用已知密度的聚苯乙烯珠和氯化钠溶液校准频率测量值。

全息折射率测量

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用于折射率测量,野生型庞贝乳杆菌将在30°C下生长的细胞固定在凝集素涂层的玻璃底35 mm直径µ-皿(ibidi)上。使用3D Cell Explorer系统(Nanolive)进行全息折射率测量,该系统的温度控制外壳设置为30°C。首先,对z(z)-生成堆叠的三维折射率图以通过分水岭检索细胞轮廓。与平板玻璃底盘成一定角度的电池被忽略。对于剩余的每个细胞,平均折射率是从z-使用Matlab进行叠加,并使用最高值(假设对应于中间平面)进行进一步分析。

Latrunculin A治疗

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通过将100µg latrunculin A(Abacam,ab144290)溶解在二甲基亚砜(DMSO,Sigma-Aldrich)中,使其浓度达到20 mM,并将其储存在−20°C的1µL等分溶液中,从而制备储备溶液。为了制备琼脂糖垫,将1µL 20 mM latrunculin A或1µL DMSO与100µL含有2%(w/v)琼脂糖超纯琼脂糖(Invitrogen Corporation)的YE5S培养基混合,保存在约70°C的水浴中。将混合物用移液管移到显微镜玻璃载玻片上,并迅速用另一载玻片覆盖,形成厚度约为2 mm的平坦琼脂糖垫。一旦垫凝固,小心取出其中一个载玻片,并在琼脂糖板上沉积1-2µL指数相野生型细胞。让细胞静置1-2分钟,然后在顶部放置盖玻片,并用Valap(1:1:1凡士林:羊毛脂:石蜡)密封侧面,以防止成像过程中蒸发。

统计分析

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使用皮尔逊相关系数报告两个连续变量之间的相关性大小。R(右)2使用Matlab R2019a(Mathworks)中的内置函数corrcoef计算相关的p值。实验代表了至少两个具有独立数据集的生物复制。

数据可用性

本研究期间生成或分析的所有数据均包含在手稿和支持文件中。用于图像分析的自定义Matlab代码已发布在网上https://bitbucket.org/kchuanglab/quantitative-phase-imaging/src/master/(副本存档于https://archive.softwareheritage.org/swh:1:dir:789a30703e749c6c456c6e7097878f743b2007ba).

生成了以下数据集

参考文献

    1. Mitchison吉咪
    2. 护士P
    (1985)
    裂变酵母中细胞长度的增长葡萄裂殖酵母
    细胞科学杂志 75:357–376.

文章和作者信息

作者详细信息

  1. 帕斯卡·德·奥德马特

    1. 美国旧金山加利福尼亚大学细胞和组织生物学系
    2. 美国斯坦福大学生物工程系
    当前地址
    瑞士洛桑联邦理工学院全球卫生研究所
    贡献
    概念化、资源、数据管理、软件、形式分析、资金获取、验证、调查、可视化、方法论、写作-初稿、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0002-1307-1364
  2. Teemu P Miettinen公司

    1. 美国剑桥麻省理工学院科赫综合癌症研究所
    2. 英国伦敦大学学院分子细胞生物学MRC实验室
    贡献
    调查、方法、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0002-5975-200X
  3. 乔·勒米埃

    美国旧金山加利福尼亚大学细胞和组织生物学系
    贡献
    验证、调查、可视化、方法
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0002-9017-1959
  4. Joon Ho Kang公司

    1. 美国剑桥麻省理工学院科赫综合癌症研究所
    2. 美国剑桥麻省理工学院物理系
    3. 韩国首尔韩国科学技术研究院脑科学研究所
    贡献
    调查、方法
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0003-4165-7538
  5. 埃姆拉·博斯坦

    荷兰阿姆斯特丹阿姆斯特丹大学信息学院
    贡献
    概念化、软件、形式分析、调查、方法论、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
  6. 斯科特·马纳利斯

    1. 美国剑桥麻省理工学院科赫综合癌症研究所
    2. 美国剑桥麻省理工学院生物工程系
    3. 美国剑桥麻省理工学院机械工程系
    贡献
    监督、资金获取、方法、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
  7. 科温·凯西·黄

    1. 美国斯坦福大学生物工程系
    2. 美国斯坦福大学医学院微生物学和免疫学系
    3. Chan Zuckerberg Biohub,美国旧金山
    贡献
    概念化、资源、数据管理、监督、资金获取、方法论、写作-初稿、项目管理、写作-审查和编辑
    用于通信
    kchuang@stanford.edu
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0002-8043-8138
  8. 弗雷德·张

    美国旧金山加利福尼亚大学细胞和组织生物学系
    贡献
    概念化、监督、资金获取、方法、写作-初稿、项目管理、写作-审查和编辑
    用于通信
    fred.chang@ucsf.edu
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0002-8907-3286

基金

瑞士国家科学基金会(P2ELP3_172318)

  • 帕斯卡·德·奥德马特

瑞士国家科学基金会(P400PB_180872)

  • 帕斯卡·德·奥德马特

国家普通医学科学研究所(NIH GM056836)

  • 弗雷德·张

威康信托(110275/Z/15/Z)

  • 蒂姆·P·米提宁

Chan Zuckerberg倡议

  • 凯文·凯西·黄

资助者不参与研究设计、数据收集和解释,也不参与将研究成果提交出版的决定。

致谢

我们感谢Chang和Huang实验室的讨论和支持,感谢Gabriella Estevam对项目早期阶段的贡献,感谢Scott M Knudsen协助SMR测量的细胞培养,感谢Sophie Dumont和她的实验室的讨论。PDO由瑞士国家科学基金会的博士后研究金资助,资助项目为P2ELP3_172318和P400PB_180872。FC由NIH GM056836支持。TPM获得了Wellcome信托基金的资助(110275/Z/15/Z)。KCH是Chan Zuckerberg生物中心的调查员。

版本历史记录

  1. 收到日期:2020年11月14日
  2. 接受日期:2021年6月7日
  3. 接受手稿出版日期:2021年6月8日(第1版)
  4. 公布的记录版本:2021年6月23日(第2版)

版权

©2021,Odermatt等人。

本文根据知识共享署名许可协议,它允许不受限制的使用和重新分配,前提是原始作者和来源都是可信的。

韵律学

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  1. 帕斯卡·德·奥德马特
  2. 蒂姆·P·米提宁
  3. 乔·勒米埃
  4. Joon Ho Kang公司
  5. 埃姆拉·博斯坦
  6. 斯科特·马纳利斯
  7. 凯文·凯西·黄
  8. 弗雷德·张
(2021)
分裂酵母菌顶端生长调节引起细胞周期中细胞内密度的变化
电子生活 10:e64901。
https://doi.org/10.7554/eLife.64901

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