The enveomics collection: a toolbox for specialized analyses of microbial genomes and metagenomes

Luis M Rodriguez-R; Konstantinos T Konstantinidis

doi:10.7287/peerj.preprints.1900v1

环境组学集合：微生物基因组和宏基因组专业分析的工具箱

路易斯·M 罗德里格斯-R ^1,2,康斯坦蒂诺斯T 康斯坦蒂尼迪斯^1,2,三

1 佐治亚理工学院生物学院,亚特兰大,佐治亚州,美国

2 佐治亚理工学院生物信息学和计算基因组学中心,亚特兰大,佐治亚州,美国

三佐治亚理工学院土木与环境工程学院,亚特兰大,佐治亚州,美国

内政部: 10.7287/peerj.preprints.1900v1

出版: 2016-03-27
认可的: 2016-03-27

主题领域: 生物信息学,基因组学,微生物学
关键词: 基因组学,基因组,图形用户界面,工具包

版权: ©2016 Rodriguez-R等人。
执照: 这是一篇根据知识共享署名许可协议允许在任何介质中以任何目的不受限制地使用、分发、复制和改编，前提是其具有适当的属性。对于归属，必须引用文章的原始作者、标题、出版物来源（PeerJ预印本）以及DOI或URL。

引用这篇文章: Rodriguez-R LM，Konstantinidis KT公司。 2016.环境组学集合：微生物基因组和宏基因组专业分析的工具箱.PeerJ预印本 4:e1900v1版 https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.1900v1

摘要

基因组和宏基因组分析在生物学研究的几个领域中越来越普遍，但经常性的专业分析经常被报告为内部脚本，在出版后很少可用。我们描述了环境组学集合，这是一组不断增长的积极维护的脚本，用于微生物基因组学和宏基因组学中的一些经常性和专门性任务，并提供了图形用户界面和一些案例研究。我们的资源包括前面描述的以及新算法，如变换空间重采样偏差集（TRIBS），这是一种评估具有强烈系统发育偏差的参考集中系统发育欠分散或过分散的新方法。enveomics系列根据Artistic License 2.0的条款免费提供，网址为https://github.com/lmrodriguezr/enveomics网站和在线分析http://enve-omics.ce.gatech.edu