Electrostatic features for nucleocapsid proteins of SARS-CoV and SARS-CoV-2

Wenhan Guo; Yixin Xie; Alan E Lopez-Hernandez; Shengjie Sun; Lin Li; Wenhan Guo; Yixin Xie; Alan E Lopez-Hernandez; Shengjie Sun; Lin Li

doi:10.3934/mbe.2021120

数学生物科学与工程

2021,第18卷, 第3版: 2372-2383. 数字对象标识：2021120年10月3934日/月

研究文章特殊问题

SARS-CoV和SARS-CoV-2核衣壳蛋白的静电特性

1
美国德克萨斯州埃尔帕索市德克萨斯大学计算科学项目，邮编79968
2
德克萨斯大学埃尔帕索分校物理系，美国德克萨斯州埃尔帕索79968

收到：2021年1月30日 认可的：2021年3月5日 出版：2021年3月9日

新冠肺炎正日益影响人类健康和全球经济。为了开发新冠肺炎的治疗方法，迫切需要了解严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）的基本机制。SARS-CoV和SARS-CoV-2在其N蛋白RBD序列中具有92.06%的同源性，导致结构非常相似。然而，SARS-CoV-2更容易传播。利用多尺度计算方法，研究了SARS-CoV和SARS-CoV-2的核衣壳（N）蛋白的基本机制，包括它们在不同pH值下的稳定性和与RNA的结合强度。N蛋白表面的静电势表明，SARS-CoV和SARS-CoV-2的N蛋白都具有吸引RNA的优势正电位。严重急性呼吸系统综合征冠状病毒N蛋白和不同距离的RNA之间的结合力在方向和大小上都与严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型相似。SARS-CoV和SARS-CoV-2的N蛋白和RNA之间的电场线也相似。折叠能和结合能对pH的依赖性表明，N蛋白与RNA发挥作用的最佳环境是弱酸性环境。
- SARS-CoV公司,
- SARS-CoV-2型,
- 新型冠状病毒,
- 蛋白质相互作用,
- 蛋白质-RNA/DNA相互作用,
- 静电力,
- 德尔菲,
- DelPhiForce公司
引用：郭文翰，谢义新，艾伦·E·洛佩兹-赫尔南德斯，孙胜杰，李林.SARS-CoV和SARS-CoV-2核衣壳蛋白的静电特性[J]。数学生物科学与工程，2021，18（3）：2372-2383。doi:10.3934/mbe.2021120年

相关论文：

摘要

新冠肺炎正日益影响人类健康和全球经济。为了开发新冠肺炎的治疗方法，迫切需要了解严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）的基本机制。SARS-CoV和SARS-CoV-2在其N蛋白RBD序列中具有92.06%的同源性，导致结构非常相似。然而，SARS-CoV-2更容易传播。利用多尺度计算方法，研究了SARS-CoV和SARS-CoV-2的核衣壳（N）蛋白的基本机制，包括它们在不同pH值下的稳定性和与RNA的结合强度。N蛋白表面的静电势表明，SARS-CoV和SARS-CoV-2的N蛋白都具有吸引RNA的优势正电位。SARS-CoV N蛋白与不同距离RNA之间的结合力在方向和大小上与SARS-CoV-2相似。SARS-CoV和SARS-CoV-2的N蛋白和RNA之间的电场线也相似。折叠能和结合能对pH的依赖性表明，N蛋白与RNA发挥作用的最佳环境是弱酸性环境。

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