舍夫齐克,罗马人(2021)SimBPDD:模拟差速器Beta-Poisson模型中的分布,特别是单细胞RNA测序数据《数学与信息学年鉴》(53):第一届信息技术与数据科学大会论文选集。第283-298页。ISSN 1787-6117(在线)
Absztrakt(基沃纳特)
Beta-Poisson(BP)模型采用泊松分布,其中对应的速率参数本身是一个贝塔分布随机变量。他们已经证明可以适当地模拟单细胞核糖核酸测序(scRNA-seq)的背景,一项突破允许对个体生物信息进行测序的技术细胞和促进对许多生物学领域的基本见解。一项重要的scRNA-seq数据分析任务是识别基因差异表达式在两个条件下的分布。验证新的统计方法在这种情况下,人们通常必须依赖精确的模拟,因为通常没有评估的基本事实。我们介绍几个允许生成差分分布(DD)的模拟程序基于BP模型。特别是,我们描述了如何创建不同的类型DD,反映差异的不同来源或来源,以及DDs的程度,从弱到强的差异。The soundness of the仿真程序如验证研究所示,理论上DD仿真的预期模型特性得到了确认。调查结果原则上不限于scRNA-seq上下文,并且通常也可应用于其他应用领域。模拟方法在公开可用的R包SimBPDD中实现。
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Szerző: |
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Beta-Poisson模型,差异分布,单细胞RNA测序,瓦瑟斯坦距离 |
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内政部azonosító: |
10.33039/ami.2021.03.003 |
国际标准编号: |
1787-6117(在线) |
费哈斯扎洛: |
蒂博·加尔
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塔姆: |
2021年12月18日16:42 |
Utolsómódosítás: |
2021年12月18日16:42 |
URI(URI): |
http://publikacio.uni-eszterhazy.hu/id/eprint/7011 |
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